Είναι ένα απο τα μεγαλύτερα κλαμπ όχι μόνο στην Λατινική Αμερική αλλά και σε ολόκληρο τον κόσμο. Δεν είναι τυχαίο ότι μαζί με την Μίλαν και την Ρεάλ Μαδρίτης έχει κερδίσει 18 διεθνείς τίτλους αναγνωρισμένους απο την FIFA, έχει κερδίσει όλου τους τίτλους της CONMEBOL και σύμφωνα με την IFFHS(Διεθνής Ομοσπονδία Στατιστικής και Ποδοσφαίρου) είναι η κορυφαία ομάδα στην πρώτη δεκαετία του 21ου αιώνα.
Καθόλου άσχημα για την Μπόκα Τζούνιορς την ομάδα των Ιταλών μεταναστών στο Μπουένος Άιρες που στις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα το κύμα φυγής προς την Αργεντινή είχε ενταθεί ειδικότερα προς την πρωτεύουσα της χώρας και εγκαθίστανται στην γειτονιά La Boca του Μπουένος Άιρες.
Τον Απρίλιο του 1905 μια ομάδα Ιταλών που κατάγονταν απο την περιοχή της Γένοβα και αποτελούταν απο τους Εστεμπάν Μπαλιέτο, Αλφρέντο Σκαρπάτι, Σαντιάγκο Σάνα, τα αδέρφια Χουάν και Τεόντορο Φαρένγκα, Ατρούρο Πένει, Μαρτσελίνο Βεργκάρα, Λύις Σερέθο, Αντόλφο Τάγκιο, Τζιοβανέλι, Ντονάτο Αμπατάντζελο και Μπερτολίνι αποφασίζουν να προχωρήσουν στην ίδρυση ενός ποδοσφαιρικού συλλόγου.
Οι Μπαλιέτο Σάνα και Σκαρπάτι πήραν το ερέθισμα απο τον Ιρλανδό ποδοσφαιριστή αλλά και μποξέρ Πάτρικ Μακ Κάρθι ο οποίος δίδασκε τα παιδιά των μεταναστών ποδοσφαιρική τεχνική ως μέλος της Δημοτικής Αθλητικής Επιτροπής του Μπουένος Άιρες.
Οι Μπαλιέτο Σάνα και Σκαρπάτι πήραν το ερέθισμα απο τον Ιρλανδό ποδοσφαιριστή αλλά και μποξέρ Πάτρικ Μακ Κάρθι ο οποίος δίδασκε τα παιδιά των μεταναστών ποδοσφαιρική τεχνική ως μέλος της Δημοτικής Αθλητικής Επιτροπής του Μπουένος Άιρες.
Στην συνάντηση αυτή υπήρχαν και απρόοπτα αφού ο πατέρας του Μπαλιέτο τους έδιωξε απο το σπίτι και έτσι κατέφυγαν στην Plaza Solis εκεί όπου μπήκαν οι πρώτες βάσεις για την δημιουργία της Μπόκα Τζούνιορς.
Το πρώτο παιχνίδι του νεοσυσταθέντα συλλόγου δόθηκε στις 21 Απριλίου του 1905 με την πρώτη εμφάνιση να είναι άσπρη με μαύρες ρίγες και η Μπόκα κέρδισε με 4-0 την Club Marriano Moreno. Πολύ σύντομα άρχιζε να παίρνει μέρος σε τουρνουά και το 1907 έδωσε το πρώτο της διεθνές παιχνίδι κόντρα στην Ουνιβερσάλ του Μοντεβιδέο όπου και ηττήθηκε με 1-0.
Επειδή όμως τα χρώματα τα φορούσε και η Αλμάγκρο αποφασίστηκε να γίνει ένα παιχνίδι μεταξύ τους και ο νικητής θα κρατούσε την συγκεκριμένη εμφάνιση. Η Μπόκα έχασε με συνέπεια να αναζητήσει νέα χρώματα για την στολή της. Τότε ο Χουάν Μπριγκέτο πρώην πρόεδρος και εργάτης στο λιμάνι έριξε τη ιδέα, να υιοθετήσουν τα χρώματα της σημαίας του πρώτου καραβιού που θα εμφανιστεί το επόμενο πρωινό.
Το πρώτο καράβι που εμφανίστηκε είχε την σημαία της Σουηδίας οπότε αποφασίστηκε να υιοθετηθεί το μπλέ και το κίτρινο(χρυσό) της συγκεκριμένης σημαίας. Έτσι η πρώτη εμφάνιση ήταν η μπλε με μια χρυσή διαγώνια ζώνη που παρέμεινε μέχρι το 1913 όταν και στην συνέχεια η ζώνη αυτή να είναι οριζόντια που παραμένει μέχρι και στις ημέρες μας.
Η Μπόκα έκανε ντεμπούτο στις εγχώριες διοργανώσεις απο την δεύτερη κατηγορία την Segunda de Ascenso και κατάφερε να πετύχει τον προβιβασμό στην μεγάλη κατηγορία το 1913 όταν η Ομοσπονδία αύξησε τον αριθμό των ομάδων απο 6 σε 15.
Στις δύο πρώτες σεζόν τερμάτισε 5η και 3η αντίστοιχα, όμως το 1916 δεν τα πήγε καθόλου καλά τερματίζοντας στην 14 ανάμεσα στις 25 γνωρίζοντας και κάποιες βαριές ήττες απο την Ρασίνγκ και την Σαν Ισίντρο με 6-0 αντίστοιχα.
Στις δύο πρώτες σεζόν τερμάτισε 5η και 3η αντίστοιχα, όμως το 1916 δεν τα πήγε καθόλου καλά τερματίζοντας στην 14 ανάμεσα στις 25 γνωρίζοντας και κάποιες βαριές ήττες απο την Ρασίνγκ και την Σαν Ισίντρο με 6-0 αντίστοιχα.
Εκείνα τα χρόνια και πιο συγκεκριμένα το 1913 θα γίνει και η πρώτη συνάντηση των δύο γιγάντων του αργεντίνικου ποδοσφαίρου της Μπόκα Tζούνιορς και της Ρίβερ Πλειτ το superclassico, με την Ρίβερ να επικρατεί με 2-1.
Στην δεκαετία του '20 η Μπόκα έφτασε στην κατάκτηση των πρώτων της εγχώριων τίτλων, δύο συνεχόμενων Πρωταθλημάτων το 1919 και το 1920, το 1923 κόντρα στην Ουρακάν σε τέσσερα παιχνίδια, και το 1924 ενώ κατέκτησε και τρία Copa Ibarguren τo 1920, τo 1923 και το 1924.
Αμέρικο Τεσοριέρε, Αλφρέντο Έλι, Πέδρο Καλομίνο, Λουντοβίκο Μπιντόλιο, Αντόνιο Τσερότι, Ντομίνγκο Ταρασκόνι, Ντάντε Περτίνι, Αλφρέντο Μαρτίν, Καρμέλο Πότσο, Μάριο Μπούσο, Ραμόν Μούτις, Σεγκούντο Μεντίτσι, Χοσέ Αλφρέντο Λόπεζ, Αλφρέντο Γκαρασίνι ήταν μερικοί απο το έμψυχο δυναμικό της ομάδας εκείνα τα χρόνια.
Αμέρικο Τεσοριέρε, Αλφρέντο Έλι, Πέδρο Καλομίνο, Λουντοβίκο Μπιντόλιο, Αντόνιο Τσερότι, Ντομίνγκο Ταρασκόνι, Ντάντε Περτίνι, Αλφρέντο Μαρτίν, Καρμέλο Πότσο, Μάριο Μπούσο, Ραμόν Μούτις, Σεγκούντο Μεντίτσι, Χοσέ Αλφρέντο Λόπεζ, Αλφρέντο Γκαρασίνι ήταν μερικοί απο το έμψυχο δυναμικό της ομάδας εκείνα τα χρόνια.
Το 1925 πραγματοποίησε το πρώτο της ταξίδι εκτός Αργεντινής παίζοντας φιλικά σε Ισπανία, Γερμανία και Γαλλία έχοντας 15 νίκες σε 19 παιχνίδια. Με κεκτημένη ταχύτητα έφτασε το 1926 σε ένα ακόμα Πρωτάθλημα αήττητη ενώ κατέκτησε και το Copa Estimulo ολοκληρώνοντας με τον καλύτερο τρόπο έχοντας στην κατοχή της και δύο Copa de Competencia Jockey Club το 1919 και το 1925.
Ύστερα απο τέσσερα χρόνια χωρίς τίτλο με προπονητή τον Μάρο Φορτουνάτο το 1930 έφτασε στην κορυφή έχοντας προσθέσει τους Ρομπέρτο Τσέρο, Αντόνιο Αλμπερίνο και Αρίκο Σουάρεζ, όπως και την αμέσως επόμενη χρονιά το 1931 όταν και δημιουργήθηκε το επαγγελματικό Πρωτάθλημα, με τους Χουάν Εβαρίστο και Φρανσίσκο Βαράγιο να προστίθενται στο ήδη υπάρχον ρόστερ.
Tο 1932 θα τερματίσει στην 4η θέση, και το 1933 στην 2η θέση πίσω απο την Σαν Λορέντζο. Η δεκαετία του '30 θα ολοκληρωθεί με δύο ακόμα Πρωταθλήματα το 1934 και το 1935 με βασικούς παίκτες τους Χουάν Ελάις Γιούστριτς, Ερνέστο Λατσάτι, Ντελφίν Μπενίτες Κάσερες(Παραγουάη) κάνοντας το καλύτερο ποδαρικό στην επαγγελματική εποχή του συλλόγου, ενώ το 1936 και το 1937 ήρθε 3η, 5η το 1938 και 6η το 1939.
Στην δεκαετία του 1940 η Μπόκα κατέκτησε τρία Πρωταθλήματα το 1940 με προπονητή τον Ενρίκε Σομπράλ, μια σημαδιακή χρονιά αφού τότε φτιάχτηκε το Estadio Boca Juniors η όπως είναι πιο γνωστό στους περισσότερους ως La Bombonera(κουτί σοκολάτας στα ισπανικά), το 1943 και το 1944 με προπονητή τον Αλφρέντο Γκαρασίνι, και δύο Copa Ibarguren το 1940 και το 1944.
Το 1942 τερμάτισε στην 5η θέση, τρία συνεχόμενα χρόνια το 1945, το 1946 και το 1947 τερμάτισε 2η πίσω απο Ρίβερ Πλέιτ σε δύο περιπτώσεις και Σαν Λορέντζο, το 1948 ήρθε 8η και το 1949 πολύ χαμηλά μόλις στην 15η θέση μαζί με την Τίγκρε, λίγο έλειψε να υποβιβαστεί αλλά η νίκη επί της Λανούς την έσωσε.
Χουάν Αλμπέρτο Εστράδα, Λουίς Καρνίλια, Χάιμε Σαρλάνγκα, Μπερνάρντο Γκαντούγια, Κλαούντιο Βάκκα, Κάρλος Σόσα, Νατάλιο Πέσκια, Μάριο Μπόγιε, Πίο Κορκουέρα, Σεβερίνο Βαρέλα, αποτελούσαν το δυναμικό της ομάδας αυτά τα χρόνια,
Το 1942 τερμάτισε στην 5η θέση, τρία συνεχόμενα χρόνια το 1945, το 1946 και το 1947 τερμάτισε 2η πίσω απο Ρίβερ Πλέιτ σε δύο περιπτώσεις και Σαν Λορέντζο, το 1948 ήρθε 8η και το 1949 πολύ χαμηλά μόλις στην 15η θέση μαζί με την Τίγκρε, λίγο έλειψε να υποβιβαστεί αλλά η νίκη επί της Λανούς την έσωσε.
Χουάν Αλμπέρτο Εστράδα, Λουίς Καρνίλια, Χάιμε Σαρλάνγκα, Μπερνάρντο Γκαντούγια, Κλαούντιο Βάκκα, Κάρλος Σόσα, Νατάλιο Πέσκια, Μάριο Μπόγιε, Πίο Κορκουέρα, Σεβερίνο Βαρέλα, αποτελούσαν το δυναμικό της ομάδας αυτά τα χρόνια,
Στις αρχές της δεκαετίας του '50 κατέλαβε την 2η θέση πίσω απο την Ρασίγκ, το 1951 ήρθε 6η, το 1952 10η, το 1953 7η και το 1954 επανήρθε στην κορυφή της Αργεντινής με τον Χοσέ Μπορέγιο να πετυχαίνει 19 τέρματα τον Χούλιο Μεσιμέσι που είχε το παρατσούκλι ο "τραγουδιστής γκολκίπερ", τον Χουάν Φρανσίσκο Λομπάρντο, τον Ελισέο Μουρίνιο, τον Χουάν Κάρλος Κόλμαν και τον Φεντερικό Ρομπέρτο Έντουαρντς με προπονητή τον Ερνέστο Λατσάτι.
Το 1955 και το 1956 τερμάτισε στην 3η θέση, το 1957 στην 4η, το 1958 στην 2η πίσω απο την Ρασίγκ, το 1959 στην 8η, το 1960 στην 4η και το 1961 στην 5η. Το πρώτο Πρωτάθλημα στην δεκαετία του '6ο ήρθε το 1962 με προπονητή τον Χοσέ Ντ' Αμίκο, το 1963 ήταν 3η και επανήρθε στην κορυφή δύο συνεχόμενες χρονιές το 1964 με προπονητή τον Αριστόβουλο Ντεαμπρόζι και το 1965 με προπονητή τον Νέστορ Ρόσι.
Το 1966 ήρθε 3η, στο Metropolitano του 1967 ήρθε 4η, στο Nacional δεν πέρασε στην τελική φάση, ενώ το 1968 και στα δύο Πρωταθλήματα δεν προκρίθηκε στην τελική φάση. Στο Μetropolitano του 1969 ισοβάθμησε με την Ρασίγκ στην 3η θέση και στο Nacional κατέκτησε το Πρωτάθλημα αλλά και το Copa Argentina όπου κέρδισε την Ατλάντα στον τελικό με προπονητή τον Αλφρέδο Ντι Στέφανο.
Το 1955 και το 1956 τερμάτισε στην 3η θέση, το 1957 στην 4η, το 1958 στην 2η πίσω απο την Ρασίγκ, το 1959 στην 8η, το 1960 στην 4η και το 1961 στην 5η. Το πρώτο Πρωτάθλημα στην δεκαετία του '6ο ήρθε το 1962 με προπονητή τον Χοσέ Ντ' Αμίκο, το 1963 ήταν 3η και επανήρθε στην κορυφή δύο συνεχόμενες χρονιές το 1964 με προπονητή τον Αριστόβουλο Ντεαμπρόζι και το 1965 με προπονητή τον Νέστορ Ρόσι.
Το 1966 ήρθε 3η, στο Metropolitano του 1967 ήρθε 4η, στο Nacional δεν πέρασε στην τελική φάση, ενώ το 1968 και στα δύο Πρωταθλήματα δεν προκρίθηκε στην τελική φάση. Στο Μetropolitano του 1969 ισοβάθμησε με την Ρασίγκ στην 3η θέση και στο Nacional κατέκτησε το Πρωτάθλημα αλλά και το Copa Argentina όπου κέρδισε την Ατλάντα στον τελικό με προπονητή τον Αλφρέδο Ντι Στέφανο.
Σημεία αναφοράς οι Αντόνιο Ρόμα, Αντόνιο Ρατίν, Σίλβιο Ματσορλίνι, Ερνέστο Γκρίγιο, Ορλάντο, Πάουλο Βαλεντίμ, Αλμίρ, Αλμπέρτο Μαρίο Γκονζάλεζ, Νορμπέρτο Μενέντεζ, Καρμέλο Σιμεόνε, Χοσέ Μαρία Σίλβερο και Άνχελ Κλεμέντε Ρόχας.
Ακολούθησε το Nacional του 1970 με προπονητή τον Χοσέ Μαρία Σίλβερο, ενώ στα υπόλοιπα Πρωταθλήματα στο Metropolitano του 1970 ήρθε 3η, στο Metropolitano και στο Nacional του 1971 ήρθε 8η, τo 1972 ήρθε 9η στο Metropolitano και 3η στο Nacional, το 1973 ήρθε 2η στο Metropolitano πίσω απο την Ουρακάν αλλά στο Nacional δεν πέρασε στην τελική φάση.
Το 1974 ήρθε 3η στο Metropolitano και στο Nacional ήρθε 7η στην τελική φάση, το 1975 ήρθε 3η στο Metropolitano αλλά δεν κατάφερε στο Nacional να περάσει στην τελική φάση. Το 1976 είναι η χρονιά-ορόσημο αφού θα έρθει στο "Μπομπονέρα" ο Χουάν Κάρλος Λορένθο και στα τρία χρόνια που θα παραμείνει στον σύλλογο θα κατακτήσει δύο Πρωταθλήματα το Metropolitano και το Nacional του 1976, αλλά το κυριότερο θα έρθουν και οι πρώτοι τίτλοι εκτός Αργεντινής.
Το 1974 ήρθε 3η στο Metropolitano και στο Nacional ήρθε 7η στην τελική φάση, το 1975 ήρθε 3η στο Metropolitano αλλά δεν κατάφερε στο Nacional να περάσει στην τελική φάση. Το 1976 είναι η χρονιά-ορόσημο αφού θα έρθει στο "Μπομπονέρα" ο Χουάν Κάρλος Λορένθο και στα τρία χρόνια που θα παραμείνει στον σύλλογο θα κατακτήσει δύο Πρωταθλήματα το Metropolitano και το Nacional του 1976, αλλά το κυριότερο θα έρθουν και οι πρώτοι τίτλοι εκτός Αργεντινής.
Τερματίζοντας ως πρώτη τόσο στην πρώτη φάση, όσο και στην φάση των ημιτελικών στους ομίλους του Copa Libertadores το 1977, η Μπόκα έφτασε στον τελικό απέναντι στην Κρουζέιρο την οποία νίκησε με 1-0 χάρις στο τέρμα του Καρλος Βέλιο.
Στην ρεβάνς στο Μπέλο Οριζόντε με 1-0, και χρειάστηκε να γίνει και τρίτος αγώνας στο Μοντεβίδεο στο "Σεντενάριο". Το παιχνίδι ολοκληρώθηκε χωρίς τέρματα και στην διαδικασία των πέναλντι επικράτησε με 5-4, με τον Ούγκο Γκάτι να αποκρούει το τελευταίο πέναλντι του Βαντερλέι πανηγυρίζοντας το πρώτο της τρόπαιο.
Λίγους μήνες αργότερα κατακτούσε και το Διηπειρωτικό Κύπελλο απέναντι στην Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ με το πρώτο παιχνίδι να λήγει 2-2 με τους Ερνέστο Μαστράντζελο και Χόρχε Ριμπόλτσι να είναι οι σκόρερ και στην Καρλσρούη με το εντυπωσιακό 0-3(Ντάριο Φέλμαν, Μαστράντζελο και Κάρλος Οράσιο Σαλίνας) να κατακτούν το Διηπειρωτικό.
Το 1978 αφού στην φάση των ομίλων στα ημιτελικά αφήνουν πίσω τους την "αιώνια" αντίπαλο Ρίβερ Πλέιτ στον τελικό αντιμετωπίζουν την Ντεπορτίβο Κάλι με την οποία έρχονται ισόπαλοι 0-0 στο Κάλι και στην ρεβάνς με δύο γκολ του Ούγκο Περότι, και απο ένα των Μαστράντζελο και Σαλίνας επικρατούν με 4-0 και φτάνουν στο δεύτερο Copa Libertadores της ιστορίας τους.
Ούγκο Γκάτι, Σεβεριάνο Παβόν, Βιθέντε Πέρνια, Πέδρο Σα, Ρομπέρτο Μούτσο, Αλμπέρτο Ταραντίνι, Μάριο Ζανάμπρια, Ρούμπεν Σούνε, Χόρχε Μπενίτες, Χοσέ Μαρία Σουάρες να αποτελούν την βάση της ομάδας εκείνης.
Ούγκο Γκάτι, Σεβεριάνο Παβόν, Βιθέντε Πέρνια, Πέδρο Σα, Ρομπέρτο Μούτσο, Αλμπέρτο Ταραντίνι, Μάριο Ζανάμπρια, Ρούμπεν Σούνε, Χόρχε Μπενίτες, Χοσέ Μαρία Σουάρες να αποτελούν την βάση της ομάδας εκείνης.
Το 1979 έφτασε σε ένα τρίτο συνεχόμενο τελικό του Copa Libertadores όμως στον τελικό η Ολίμπια Ασουνσιόν κατέκτησε το τρόπαιο επικρατώντας στο πρώτο παιχνίδι στην πρωτεύουσα της Παραγουάης με 2-0, και αποσπώντας στο Μπουένος Άιρες "λευκή" ισοπαλία.
Στο Πρωτάθλημα το 1977 στο Metropolitano ήρθε 4η, στο Nacional δεν κατάφερε να περάσει στην τελική φάση, το 1978 στο Metropolitano ήρθε 2η πίσω απο την Κίλμες, στο δε Nacional έμεινε εκτός προημιτελικών.
Το 1979 και στα δύο Πρωταθλήματα δεν μπόρεσε να φτάσει στην τελική φάση, το 1980 στο Metropolitano κατέλαβε την 6η θέση ενώ και στο Nacional δεν έφτασε στην τελική φάση. Κατέκτησε το Metropolitano του 1981 με τους "χεινέσες" να παρατάσσονται έχοντας στη σύνθεσή τους παίκτες όπως οι Μιγκέλ Άνχελ Μπρίντιζι, Οσβάλδο Εσκουδέρο, Μαρσέλο Τρομπιάνι, Όσκαρ Ρουτζέρι, Κάρλος Έκτορ Κόρντομπα και Άριελ Κρασούσκι, μα πάνω απο όλους το φαινόμενο Ντιέγκο Μαραντόνα, με προπονητή την παλιά δόξα της ομάδας τον Σίλβιο Ματσορλίνι.
Εκείνο το πρωτάθλημα του 1981 αποδείχτηκε μια απλή αναλαμπή αφού αντιμετώπιζε οικονομικά προβλήματα. Στο Nacional αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Βελέζ Σάρσφιλντ, ενώ το 1982 χρονιά πώλησης του Μαραντόνα στη Μπαρτσελόνα στο Metropolitano ήρθε 3η ενώ στο Nacional αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Αρχεντίνος Τζούνιορς.
Το 1984 έφτασε κοντά στην χρεωκοπία, τερματίζοντας μάλιστα στην 16η θέση σε σύνολο 19 ομάδων στο Metropolitano. Η εκλογή του Αντόνιο Αλέγκρε στον προεδρικό θώκο της ομάδας το 1985 έδωσε το φιλί της ζωής στο σύλλογο αφού επί προεδρίας του τακτοποίησε περίπου 153 αγωγές που είχαν κατατεθεί κατά της Μπόκα.
O Αλέγκρε υποθήκευσε περιουσιακά στοιχεία των επιχειρήσεών του ύψους 250 εκατομμυρίων δολαρίων, δανείζοντας της παράλληλα το ποσό των 800.000 δολαρίων, ενώ πούλησε το οικόπεδο στο οποίο βρισκόταν για 21 εκατομμύρια δολάρια.
Το 1984 έφτασε κοντά στην χρεωκοπία, τερματίζοντας μάλιστα στην 16η θέση σε σύνολο 19 ομάδων στο Metropolitano. Η εκλογή του Αντόνιο Αλέγκρε στον προεδρικό θώκο της ομάδας το 1985 έδωσε το φιλί της ζωής στο σύλλογο αφού επί προεδρίας του τακτοποίησε περίπου 153 αγωγές που είχαν κατατεθεί κατά της Μπόκα.
O Αλέγκρε υποθήκευσε περιουσιακά στοιχεία των επιχειρήσεών του ύψους 250 εκατομμυρίων δολαρίων, δανείζοντας της παράλληλα το ποσό των 800.000 δολαρίων, ενώ πούλησε το οικόπεδο στο οποίο βρισκόταν για 21 εκατομμύρια δολάρια.
Ο Αλέγκρε κατάφερε να πετύχει την οικονομική εξυγίανση και το 1986 προχώρησε στην μετονομασία του γηπέδου αποτίοντας φόρο τιμής στον Καμίλο Σίσερο μιας και υπό την ηγεσία του ξεκίνησαν οι εργασίες του γηπέδου της Μπόκα. Λίγα χρόνια αργότερα το 2000 ο τότε πρόεδρος της Μπόκα Μαουρίτσιο Μάκρι θα αλλάξει την ονομασία σε Estadio Alberto J. Armando.
Το 1985 στο Nacional αποκλείστηκε και πάλι στα προημιτελικά απο την Βελέζ Σάρσφιλντ, ενώ την περίοδο 1985-1986 κατετάγη 5η. Την περίοδο 1986-1987 ήρθε 4η, την περίοδο 1987-1988 ήρθε 12η, την περίοδο 1988-1989 ήρθε 2η πίσω απο την Ιντεπεντιέντε.
Η ομάδα άρχιζε σιγά-σιγά να βρίσκει τα πατήματα της, κατέκτησε με προπονητή τον Κάρλος Αιμάρ το Supercopa Sudamericana του 1989 κόντρα στην Ιντεπεντιέντε και το Recopa Sudamericana του 1990 κόντρα στην Ατλέτικο Νασιονάλ.
Στο πρωτάθλημα την περίοδο 1989-1990 ήρθε 3η, την περίοδο 1990-1991 8η, την περίοδο 1991-1992 ήρθε 2η πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ και 4η αντίστοιχα. Ύστερα απο 11 χρόνια υπό την καθοδήγηση του Όσκαρ Ταμπάρες και με παίκτες τους Αλφρέντο Γκρατσιάνι, Κάρλος Τάπια, Ντιέγκο Λατόρε, Χοσέ Λουίς Βιγιαρεάλ, Κάρλος Ναβάρο Μοντόγια, Μπλάς Τζιούντα και Βίκτορ Ούγκο Μαρκεσίνο κατακτούσε το Apertura.του 1992.
Στο Clausura του 1993 ήρθε 7η, στο Apertura του 1993 4η, στο Clausura του 1994 7η, στο Apertura του 1994 13η, στο Clausura αλλά και στο Apertura του 1995 κατέλαβε την 4η θέση, στο Clausura του 1996 την 5η και στο Apertura του 1996 10η , στο Clausura του 1997 η 9η και στο Apertura του 1997 2η πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ.
Δεύτερο σημείο αναφοράς για την ιστορία της Μπόκα ήταν το 1998 μετά την κατάκτηση της 6ης θέσης στο Clausura του 1998, όταν την ομάδα ανέλαβε ο Κάρλος Μπιάνκι που κατάφερε μέχρι το 2001 όταν και έφυγε να κατακτήσει 9 τίτλους. Το Apertura του 1998, το Clausura του 1999(παρέμεινε αήττητη για 40 παιχνίδια σπάζοντας το ρεκόρ που κατείχε η Ρασίνγκ Κλάμπ), και το Copa Libertadores του 2000, ενώ στο Apertura του 1999 τερμάτισε στην 3η θέση.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην πρώτη θέση του ομίλου μπροστά απο Πενιαρόλ, Μπλούμινγκ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στους "16" απέκλεισε την Έλ Νασιονάλ, στους "8" την Ρίβερ Πλέιτ και στα ημιτελικά την Αμέρικα. Στον τελικό απέναντι στην Παλμέιρας η κούπα κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι αφού τα δύο ματς ήρθαν ισόπαλα 2-2 και 0-0
Ακολούθησε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Ρεάλ Μαδρίτης με 3-1, το Apertura του 2000, και το Copa Libertadores του 2001 όπου στην πρώτη φάση πήρε την πρόκριση ως πρώτη απο τον ομιλό της με Κομπρελόα, Ντεπορτίβο Κάλι και Οριέντε Πετρολέρο. Ακολούθησαν οι αποκλεισμοί των Τζούνιορ, Βάσκο Ντα Γκάμα, Παλμέιρας και ο τελικός κόντρα στην Κρους Ασούλ κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1 υπέρ της Μπόκα αφού και τα δύο ματς έληξαν με 1-0.
Ο πολύπειρος τεχνικός στηρίχθηκε στον αρχισκόρερ Μάρτιν Παλέρμο, το "μυαλό" των "χεινέσες" Χουάν Ρομάν Ρικέλμε, τον Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, τον Ρομπέρτο Αμποταντσιέρι, τον Γκιγέρμο Μπάρος Σκελότο, τους Κολομβιανούς Χόρχε Μπερμούδες, Μαουρίτσιο Σέρνα και Όσκαρ Κόρντομπα, τους Ούγκο Ιμπάρα, Σεμπαστιάν Μπατάλια και Νικόλας Μπουρδίσο.
Το 1985 στο Nacional αποκλείστηκε και πάλι στα προημιτελικά απο την Βελέζ Σάρσφιλντ, ενώ την περίοδο 1985-1986 κατετάγη 5η. Την περίοδο 1986-1987 ήρθε 4η, την περίοδο 1987-1988 ήρθε 12η, την περίοδο 1988-1989 ήρθε 2η πίσω απο την Ιντεπεντιέντε.
Η ομάδα άρχιζε σιγά-σιγά να βρίσκει τα πατήματα της, κατέκτησε με προπονητή τον Κάρλος Αιμάρ το Supercopa Sudamericana του 1989 κόντρα στην Ιντεπεντιέντε και το Recopa Sudamericana του 1990 κόντρα στην Ατλέτικο Νασιονάλ.
Στο πρωτάθλημα την περίοδο 1989-1990 ήρθε 3η, την περίοδο 1990-1991 8η, την περίοδο 1991-1992 ήρθε 2η πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ και 4η αντίστοιχα. Ύστερα απο 11 χρόνια υπό την καθοδήγηση του Όσκαρ Ταμπάρες και με παίκτες τους Αλφρέντο Γκρατσιάνι, Κάρλος Τάπια, Ντιέγκο Λατόρε, Χοσέ Λουίς Βιγιαρεάλ, Κάρλος Ναβάρο Μοντόγια, Μπλάς Τζιούντα και Βίκτορ Ούγκο Μαρκεσίνο κατακτούσε το Apertura.του 1992.
Στο Clausura του 1993 ήρθε 7η, στο Apertura του 1993 4η, στο Clausura του 1994 7η, στο Apertura του 1994 13η, στο Clausura αλλά και στο Apertura του 1995 κατέλαβε την 4η θέση, στο Clausura του 1996 την 5η και στο Apertura του 1996 10η , στο Clausura του 1997 η 9η και στο Apertura του 1997 2η πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ.
Δεύτερο σημείο αναφοράς για την ιστορία της Μπόκα ήταν το 1998 μετά την κατάκτηση της 6ης θέσης στο Clausura του 1998, όταν την ομάδα ανέλαβε ο Κάρλος Μπιάνκι που κατάφερε μέχρι το 2001 όταν και έφυγε να κατακτήσει 9 τίτλους. Το Apertura του 1998, το Clausura του 1999(παρέμεινε αήττητη για 40 παιχνίδια σπάζοντας το ρεκόρ που κατείχε η Ρασίνγκ Κλάμπ), και το Copa Libertadores του 2000, ενώ στο Apertura του 1999 τερμάτισε στην 3η θέση.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην πρώτη θέση του ομίλου μπροστά απο Πενιαρόλ, Μπλούμινγκ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στους "16" απέκλεισε την Έλ Νασιονάλ, στους "8" την Ρίβερ Πλέιτ και στα ημιτελικά την Αμέρικα. Στον τελικό απέναντι στην Παλμέιρας η κούπα κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι αφού τα δύο ματς ήρθαν ισόπαλα 2-2 και 0-0
Ακολούθησε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Ρεάλ Μαδρίτης με 3-1, το Apertura του 2000, και το Copa Libertadores του 2001 όπου στην πρώτη φάση πήρε την πρόκριση ως πρώτη απο τον ομιλό της με Κομπρελόα, Ντεπορτίβο Κάλι και Οριέντε Πετρολέρο. Ακολούθησαν οι αποκλεισμοί των Τζούνιορ, Βάσκο Ντα Γκάμα, Παλμέιρας και ο τελικός κόντρα στην Κρους Ασούλ κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1 υπέρ της Μπόκα αφού και τα δύο ματς έληξαν με 1-0.
Ο πολύπειρος τεχνικός στηρίχθηκε στον αρχισκόρερ Μάρτιν Παλέρμο, το "μυαλό" των "χεινέσες" Χουάν Ρομάν Ρικέλμε, τον Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, τον Ρομπέρτο Αμποταντσιέρι, τον Γκιγέρμο Μπάρος Σκελότο, τους Κολομβιανούς Χόρχε Μπερμούδες, Μαουρίτσιο Σέρνα και Όσκαρ Κόρντομπα, τους Ούγκο Ιμπάρα, Σεμπαστιάν Μπατάλια και Νικόλας Μπουρδίσο.
Στο Τόκιο κόντρα στην Μπάγερν για το Διηπειρωτικό λύγισε στην παράταση στο 109' απο το γκολ του Σάμιουελ Κουφούρ. Στο Clausura του 2001 όπως και στο Apertura του 2001 αλλά και στο Clausura του 2002, έμεινε στην 3η θέση. Εκείνη την περίοδο αρχίσαν και οι πρώτες φήμες για την μη συνέχιση της συνεργασίας των δύο πλευρών.
Τα κακά αποτελέσματα συν την πώληση σημαντικών ποδοσφαιριστών έφεραν την τριβή ανάμεσα σε πρόεδρο και προπονητή, και το τέλος ήρθε όταν ο Μάκρι παρουσιάστηκε σε μια συνέντευξή τύπου του Μπιάνκι και μπροστά στους δημοσιογράφους άνοιξε κουβέντα μαζί του.
Μια κίνηση που προκάλεσε τον εκνευρισμό του Μπιάνκι ο οποίος αποχώρησε απο την αίθουσα και βάζοντας τους τίτλους τέλους σε αυτό την πρώτη συνεργασία των δύο πλευρών. Διάδοχος του ο Όσκαρ Ταμπάρες όπου στο Apertura του 2002 έμεινε 2η πίσω απο την Ιντεπεντιέντε
Ο Μπιάνκι επανήρθε στον πάγκο για δεύτερη φορά και μπορεί στο Clausura του 2003 να έμεινε πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ, αλλά συνέχισε την συγκομιδή των τίτλων με το Apertura του 2003, και το Copa Libertadores το τρίτο μέσα σε τέσσερα χρόνια.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, και στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε την Παισαντού, την Κομπρελόα και την Αμέρικα αντίστοιχα και στον τελικό με δύο νίκες κόντρα στην Σάντος με 2-0 και 3-1 πήρε το τρόπαιο.
Στην συνέχεια ήρθε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Μίλαν στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1, ενσωματώνοντας και νέους παίκτες όπως ο Κάρλος Τέβες, ο Μαρτσέλο Ντελγκάδο, ο Ρολάντο Σκιάβι, ο Κλεμέντε Ροντρίγκες και ο Ντιέγκο Κάνια.
Το 2004 έφτασε σε ένα ακόμα τελικό αλλά ηττήθηκε απο την κολομβιανή Όνσε Κάλδας, ο Μπιάνκι παραιτήθηκε και στην συνέχεια ανέλαβαν οι Μιγκέλ Άνχελ Μπρίντιζι και Χόρχε Μπενίτες με τον τελευταίο να την οδηγεί στο πρώτο Copa Sudamericana το 2004, αποκλείοντας κατά σειρά Σαν Λορέντσο, Τσέρο Πορτένιο, Ιντερνασιονάλ, στον τελικό απέναντι στην βολιβιανή Μπολιβάρ ηττήθηκε με 1-0 στον πρώτο αγώνα, αλλά στον δεύτερο αγώνα με 2-0 ανέτρεψε το αποτέλεσμα και πήρε το τρόπαιο.
Ακολούθησε και δεύτερο Copa Sudamericana το 2005 με προπονητή τον Άλφιο Μπαζίλε, αποκλείοντας Τσέρο Πορτένιο, Ιντερνασιονάλ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στον τελικό απέναντι στην μεξικάνικη Πούμας με τα δύο ματς να λήγουν ισόπαλα με 1-1 και στην διαδικασία των πέναλντι με 4-3 πήρε το τρόπαιο.
Στο Πρωτάθλημα στο Clausura του 2004 πάλι έμεινε στην 2η θέση πίσω απο την Ρίβερ Πλειτ και στο Apertura του 2004 έπεσε στην 8η θέση, ενώ στο Clausura του 2005 έπεσε ακόμα χαμηλότερα φτάνοντας στην 15η θέση.
Ο απολογισμός συνεχίστηκε με δύο Recopa Sudamericana το 2005 και το 2006 κόντρα σε Όνσε Καλδας και Σάο Πάολο, για να ολοκληρωθεί εντός των συνόρων με το Apertura του 2005 και το Clausura του 2006, με τον Άλφιο Μπασίλε στον πάγκο και τους Φαμπιάν Βάργκας, Φερνάντο Γκάγκο, Κλαούντιο Μορέλ και Ροντρίγκο Παλάσιο να προστίθενται στο υπάρχον υλικό.
Στο Apertura του 2006 ήρθε 2η πίσω απο την Εστουντιάντες όπως και στο Clausura του 2007 πάλι έμεινε στην 2η θέση πίσω απο την Σαν Λορέντζο. Το 2007 η Μπόκα κατέκτησε το 6ο Copa Libertadores της ιστορίας της με τον Μιγκέλ Άνχελ Ρούσο στον πάγκο της και τον Ρικέλμε να επιστρέφει.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε πίσω απο την Τολούκα, και στην συνέχεια απέκλεισε τις Βελέζ Σάρσφιλντ, Λιμπερτάδ, Ντεπορτίβο Κουκουτά, και στους τελικούς με δύο νίκες κόντρα στην Γκρέμιο με 3-0 και 2-0 σήκωσε το βαρύτιμο τρόπαιο.
Στο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στην Ιαπωνία στον ημιτελικό νίκησε με 1-0 την τυνησιακή Ετουάλ Ντι Σαχέλ, και στον τελικό η Μίλαν πήρε το τρόπαιο με 4-2. Το 2008 κατέκτησε το Recopa Sudamericana κόντρα στην Άρσεναλ Σαραντί όπως και το Apertura του 2008 με τον Κάρλος Ίσκια στον πάγκο της.
Οι συνεχόμενες αλλαγές προπονητών αλλά και οι πωλήσεις παικτών ειδικά στην Ευρώπη δεν έφεραν τα επιθυμητά αποτελέσματα εκτός απο το Apertura του 2008 που το κατέκτησε με προπονητή τον Κάρλος Ίσκια . Στο Apertura του 2007 ήρθε 4η, στο Clausura του 2008 ήταν 2η πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ
Στο Clausura του 2009 κατετάγη στην 14η θέση, ενώ και στο Apertura του 2009 παρέμεινε κάτω απο την δεκάδα στην 11η θέση. Στο Clausura του 2010 πήγε ακόμα χειρότερα καταλήγοντας στην 16η θέση ενώ και στο Apertura του 2010 ήταν 12η και στο Clausura του 2011 πήγε κάπως καλύτερα με την 7η θέση
Τον Ιανουάριο του 2011 αναλαμβάνει ο Χούλιο Φαλτσιόνι με στόχο να την επαναφέρει την Μπόκα στις επιτυχίες. Κάτι που το κατάφερε με το Apertura του 2011 και το Κύπελλο Αργεντινής το 2012 κόντρα στην Ρασίγκ Κλάμπ, ενώ έφτασε σε ένα ακόμα τελικό Copa Libertadores όπου και ηττήθηκε απο την Κορίνθιανς.
Ο Ρικέλμε αποφασίζει να αποχωρήσει εκ νέου απο τον σύλλογο, ενώ στο Clausura του 2012 κατετάγη 4η. Το 2013 Κάρλος Μπιάνκι και Χουάν Ρομάν Ρικέλμε επιστρέφουν, ο Μπιάνκι για τρίτη φορά όμως τα πράγματα δεν κύλησαν όπως τις προηγούμενες φορές αφού δεν κατάφεραν να οδηγήσουν την Μπόκα στις επιτυχίες.
Στο Κύπελλο την σεζόν 2012-2013 αποκλείστηκε στους "16" απο την Όλ Μπόις, την δε επόμενη 2013-2014 απο την Ουρακάν στην φάση των "64". Στο Inicial ήρθε 6η, στο Final 19η πάνω μόνο απο την Ουνιόν Σάντα Φε, στο Inicial του 2013 7η, στο Final του 2014 2η πίσω απο την Ρίβερ Πλέιτ, ενώ στο Transicion ήρθε 5η.
Τον Ιούλιο του 2014 ο Ρικέλμε θα μετακομίσει στην Αρχεντίνος Τζούνιορς, και τον Ιανουάριο του 2015 θα ανακοινώσει την αποχώρησή του απο την ενεργό δράση. Τον Αύγουστο του 2014, ο Μπιάνκι θα παραιτηθεί έχοντας σε 349 παιχνίδια, 181 νίκες, 97 ισοπαλίες και 71 ήττες απολογισμός που τον φέρνει στην πρώτη θέση τον πίνακα των προπονητών.
Αντικαταστάτης του ο παλιός παίκτης του συλλόγου Ροδόλφο Αρουαμπαρένα και το καλοκαίρι του 2015 ο Κάρλος Τέβες μετά το πέρασμά του απο Αγγλία και Ιταλία θα επιστρέψει στο "Μπομπονέρα".
Παρά τον αποκλεισμό στην φάση των "16" στο Copa Libertadores απο την "αιώνια" αντίπαλο Ρίβερ Πλέιτ, οι "χεινέσες" με προπονητή τον Αρουαμπαρένα έφτασαν στην κατάκτηση του Πρωταθλήματος το 2015.
Φερνάντο Γκάγκο, Ντάνιελ Ντάις, Νίκολα Κολάσο, Τζόναθαν Καλέρι, Κρίστιαν Έρμπες, Αγκουστίν Οριόν, Τζίνο Περούτσι, Σεμπάστιαν Πέρες(Κολομβία), Βίλμαρ Μπάριος(Κολομβία), Φαμπιάν Μονσόν, Νικόλας Λοδέιρο(Ουρουγουάη) και Φερνάντο Τόμπιο αποτελούσαν το ρόστερ της ομάδας.
Δεν έμειναν μόνο εκεί αφού στην συνέχεια κατέκτησαν και το Κύπελλο επικρατώντας στον τελικό της Κόρδομπα της Ροζάριο Σεντράλ με 2-0 με τα γκολ των Λοδέιρο και Άντρες Τσάβες. Τον Φεβρουάριο του 2016 γνώρισε βαριά ήττα στο Σούπερ Καπ απο την Σαν Λορέντσο με 4-0 και τον Μάρτιο ο Αρουαμπαρένα απολύθηκε λόγω του πολύ κακού ξεκινήματος.
Στην θέση του ανέλαβε ο Γκιγιέρμο Μπάρος Σκελότο αλλά δεν μπόρεσε να πετύχει κάτι καλό αφού στο Copa Libertadores αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Νασιονάλ στα πέναλντι. στο Πρωτάθλημα τερμάτισε πολύ χαμηλά μόλις στην 10η θέση στην ζώνη 2, στο δε Κύπελλο αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Ροζάριο Σεντράλ.
Τον Ιούλιο έφτασε μέχρι τα ημιτελικά του Copa Libertadores όπου αποκλείστηκε απο την Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάλε, ενώ τον Δεκέμβριο ο Τέβες αναχώρησε για την Κίνα. Παρά την φυγή του "Ινδιάνου" η Μπόκα επανήρθε στην κορυφή της Αργεντινής αφήνοντας στην δεύτερη θέση τις Ρίβερ Πλέιτ και και Εστουντιάντες, αλλά στο Κύπελλο την περίοδο 2016-2017 αποκλείστηκε απο την Ροζάριο Σεντράλ στην φάση των "16".
Όσκαρ Μπενίτες, Άξελ Βέρνερ, Τζόναθαν Σίλβα, Χουάν Ινσαουράλδε, Σαντιάγκο Βερχίνι, Ρικάρντο Σεντουριόν, Ροντρίγκο Μπεντανκούρ(Ουρουγουάη) και Βάλτερ Μπού αποτελούσαν τις επιλογές του Σκελότο.
Στο Libertadores στον όμιλο προκρίθηκε ως δεύτερη πίσω απο την Παλμέιρας για να ακολουθήσει μια ξέφρενη πορεία προς τον τελικό αποκλείοντας κατά σειρά τις Λιμπερτάδ, Κρουζέιρο και Παλμέιρας αντίστοιχα.
Στον τελικό θα έβρισκε απέναντι της την "αιώνια αντίπαλο" Ρίβερ Πλέιτ με το πρώτο παιχνίδι που ήταν προγραμματισμένο για τις 10 Νοεμβρίου να διεξάγεται την επομένη λόγω δυνατής βροχόπτωσης και να λήγει ισόπαλο 2-2 στο "Μπομπονέρα".
Η ρεβάνς ήταν προγραμματισμένη να διεξαχθεί στις 24 Νοεμβρίου του 2018. Όμως οι οπαδοί των "εκατομμυριούχων" επιτέθηκαν στο πούλμαν της Μπόκα λίγο έξω απο το γήπεδο με συνέπεια να υπάρξουν τραυματίες παίκτες των "χεινέσες".
Αφού υπήρξε μετακίνηση της ώρας έναρξης αποφασίστηκε τελικά να αναβληθεί για την επομένη, Η Μπόκα όμως ζήτησε να μην διεξαχθεί ο αγώνας κάτι που η ομοσπονδία της Νοτίου Αμερικής το δέχτηκε.
Εν τέλει αποφασίστηκε ο δεύτερος τελικός να διεξαχθεί εκτός Αργεντινής και πιο συγκεκριμένα στο "Σαντιάγκο Μπερναμπέου" στην Μαδρίτη. Μπενεντέτο και Πράτο έστειλαν το παιχνίδι στην παράταση εκεί όπου η Ρίβερ με τους Κιντέρο και Γκονζάλο Μαρτίνες κατέκτησε το τρόπαιο με 3-1.
Την περίοδο 2017-2018 κατέκτησε το 33ο Πρωτάθλημα με διαφορά δύο βαθμών απο την Γοδόι Κρούζ, στο Κύπελλο αποκλείστηκε στην φάση των "16" απο την Χιμνάσια y Εσκρίμα, ενώ τον Μάρτιο του 2018 έχασε στο Σουπερ Καπ απο την Ρίβερ.
Στο Πρωτάθλημα την περίοδο 2018-2019 ήρθε 3η πίσω απο Ρασίγκ και Ντεφένσα, ενώ τον Μάιο του 2019 κατέκτησε το Σούπερ Καπ στα πέναλντι κόντρα στην Ροζάριο Σεντράλ.
Ενδιάμεσα μετά την απώλεια του Libertadores τον Δεκέμβριο του 2018, ο Σκελότο αποχώρησε και ανέλαβε ο Γκουστάβο Άλφαρο. Στην νέα προσπάθεια στο Libertadores πέρασε ως πρώτη στον όμιλό της, στους "16" απέκλεισε την Ατλέτικο Παραναένσε, στους "8" την Λίγκα Ντε Κίτο και στα ημιτελικά ξαναβρήκε απέναντι της την Ρίβερ Πλέιτ.
Στο "Μονουμεντάλ" η Ρίβερ πήρε την νίκη με 2-0 με τα τέρματα των Μπόρε και Φερνάντες, στο "Μπομπονέρα" η Μπόκα πέτυχε γκολ με τον Ουρτάδο όμως δεν κατάφερε να πετύχει κάτι παραπάνω και της έμεινε η πίκρα για τον αποκλεισμό παρά την νίκη με 1-0.
Τον Ιούνιο του 2019 αγωνίστηκε στον τελικό του 1ου Copa de la Superliga αλλά γνώρισε την ήττα απο την Τίγκρε στο "Μάριο Κέμπες" της Κόρδοβα. Ένα μήνα αργότερα προχώρησε στην απόκτηση του Ντανιέλε Ντε Ρόσι ο οποίος όμως λόγω οικογενειακών θεμάτων τον Ιανουάριο του 2020, ανακοίνωσε την αποχώρηση του απο την ενεργό δράση.
Τον Δεκέμβριο του 2019 το συμβόλαιο του Άλφαρο ολοκληρώθηκε και στην θέση του ανέλαβε ο Μιγκέλ Άνχελ Ρούσο για δεύτερη φορά στην καριέρα του μετά το 2007. Τον Μάρτιο σε ένα επεισοδιακό φινάλε η Μπόκα κατέκτησε το Πρωτάθλημα αφού την τελευταία αγωνιστική επικράτησε της Χιμνάσια με 1-0 την ίδια ώρα που η Ρίβερ έμενε το 1-1 με την Τουκουμάν και έτσι με 48 βαθμούς έναντι 47 κατέκτησε το 34ο Πρωτάθλημα της ιστορίας της.
Εδουάρδο Σάλβιο απο την Μπενφίκα, Γιαν Κάρλος Ουρτάδο(Κολομβία) απο την Χιμνάσια, Κάρλος Ζαμπράνο(Περού) απο την Ντινάμο Κιέβου, Γκιγιέρμο Φερνάντες, Μάουρο Ζάρατε, Εστεμπάν Αντράδα, Σεμπαστιάν Βίγια(Κολομβία), Φράνκο Σολδάνο απο τον Ολυμπιακό, Λισάντρο Λόπες Χορμάν Καμπουσάνο(Κολομβία) συν τον Κάρλος Τέβες αποτελούσαν το ρόστερ της ομάδας που πήρε τον τίτλο.
Στο Κύπελλο αποκλείστηκε απο την φάση των "32" στα πέναλντι απο την Αλμάγκρο, ενώ στο Copa Libertadores πέρασε ως πρώτη απο τον όμιλο της, στους "16" απέκλεισε την Ιντερνασιονάλ στα πέναλντι, στους "8" την Ρασίγκ Κλούμπ αλλά στα ημιτελικά η Σάντος με 0-0 και 3-0 πήρε την πρόκριση για τον μεγάλο τελικό.
Τον Ιανουάριο του 2021 κατέκτησε το Copa de la Liga Profesional του 2020 στο Σαν Χουάν απέναντι στην Μπάνφιλντ στην διαδικασία των πέναλντι με 5-3, ύστερα απο το 1-1 της κανονικής διάρκειας. Στην φάση των ομίλων του Libertadores που ξεκίνησε τον Απρίλιο, τερμάτισε στην δεύτερη θέση του ομίλου της πίσω απο την Μπαρτσελόνα Γκουαγιακίλ.
Στην φάση των "16" τον Ιούλιο, αποκλείστηκε απο την Ατλέτικο Μινέιρο στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1 μιας και τα δύο παιχνίδια έληξαν αμφότερα 0-0. Νωρίτερα στο Copa de la Liga απέκλεισε στα προημιτελικά την Ρίβερ Πλέιτ στα πέναλντι με 4-2(1-1 ο κανονικός αγώνας)
Στα ημιτελικά η Ρασίγκ την πλήρωσε με το ίδιο νόμισμα επίσης με 4-2 αφού το παιχνίδι έληξε χωρίς τέρματα στην κανονική διάρκεια. Υπήρξε δυσαρέσκεια για τον Ρούσο, του καταλόγιζαν ότι δεν υπήρχε ένα σταθερό σχήμα, ανακάτευε συνεχώς την ομάδα, με συνέπεια την έλλειψη ενός πλάνου στο παιχνίδι της ομάδας.
Έτσι τον Αύγουστο απολύθηκε και στην θέση του ανέλαβε ο Σεμπαστιάν Μπατάλια και υπο την καθοδήγηση του κατάφερε να κατακτήσει το Κύπελλο απέναντι στην Ταγιέρες στο Σαντιάγκο Ντελ Εστέρο με το παιχνίδι στην κανονική διάρκεια να μένει στο 0-0.
Στην διαδικασία των πέναλντι ο Ρόσι απέκρουσε αυτό του Φερτόλι οι συμπαίκτες του ευστόχησαν σε όλα και με 5-4 κατέκτησε το Κύπελλο. Ήταν η 4η κατάκτηση και με αυτό τον τρόπο κέρδισε θέση στους ομίλους του Libertadores αφού στο Πρωτάθλημα δεν τα πήγε καθόλου καλά ενώ και στην συνολική βαθμολογία ήταν εκτός της πρώτης τετράδας.
Το 2022 ξεκίνησε με την κατάκτηση του Copa de la Liga Profesional όπου στα προημιτελικά απέκλεισε την Ντιφένσα, στα ημιτελικά στην διαδικασία των πέναλντι την Ράσιγκ και στον τελικό στην Κόρντομπα με γκολ των Βάσκες, Φάμπρα και Ρόχο επικράτησε με 3-0 της Τίγκρε.
Στο Libertadores στον όμιλο τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Κορίνθιανς την οποία αντιμετώπισε και στην φάση των "16". Τόσο το ματς του Σάο Πάολο όσο και αυτό του Μπουένος Άιρες έληξαν χωρίς τέρματα και τα πάντα κρίθηκαν στην διαδικασία των πέναλντι.
Εκεί ο Ρόσι ο οποίος είχε αποκρούσει πέναλντι στο παιχνίδι της Βραζιλίας απέκρουσε αυτά των Ραούλ Γκουστάβο και Μπρούνο Μέλο, είδε όμως τους συμπαίκτες του να αστοχούν με "μοιραίο" όλων τον Μπενεντέτο που είχε χάσει πέναλντι και στην κανονική διάρκεια όσο και στην "ρώσικη ρουλέτα".
Έτσι με 6-5 οι Βραζιλιάνοι προκρίθηκαν και αυτός ήταν ο πρώτος εντός έδρας αποκλεισμός απο βραζιλιάνικη ομάδα ύστερα απο 59 χρόνια και την Σάντος του Πελέ. Μετά απο αυτή την εξέλιξη ο Μπατάλια αποτέλεσε παρελθόν και ανέλαβε υπηρεσιακός ο Ούγκο Ιμπάρα.
Στο Πρωτάθλημα το φινάλε ήταν εντυπωσιακό αφού η Μπόκα υποδεχόταν την Ιντεπεντιέντε, ένα βαθμό μπροστά απο την Ρασίγκ που την ίδια ώρα φιλοξενούσε την Ρίβερ Πλέιτ. Άν και βρέθηκε πίσω στο σκορ με 1-0 κατάφερε να το γυρίσει σε 2-1, αλλά οι φιλοξενούμενοι ισοφάρισαν στο τελικό 2-2.
Παράλληλα όμως η Ρασίγκ και ενώ το σκορ ήταν 1-1, έχασε πέναλντι και στις καθυστερήσεις δέχτηκε και δεύτερο τέρμα με την Ρίβερ να δίνει ουσιαστικά τον τίτλο στην "μισητή" της αντίπαλο, κατακτώντας το 35ο Πρωτάθλημα της ιστορίας της.
Αγκουστίν Ρόσι, Μαρσέλο Βειγκάντ, Γκάμπριελ Αράντα, Φακούντο Ρονκάλια, Αγκουστίν Σάντες, Κριστιάν Μεντίνα, Εστεμπάν Ρογιόν, Μαρτίν Παγιέρο, Νορμπέρτο Μπριάσκο(Αρμενία), Νικολας Ορσίνι, Σεμπαστιάν Βίγια(Κολομβία), Λουις Αντβίνκουλα(Περού), Λούκα Λανγκόνι, Γκονσάλο Μοράλες, Ντιέγκο Γκονζάλες, Κάρλος Σαμπράνο(Περού), Ντάριο Μπενεντέτο και Χουάν Ραμίρες αποτελούσαν το ρόστερ της ομάδας.
Στο Κύπελλο απέκλεισε τις Σέντραλ Κόρδοβα, Φεροκαρίλ, Αγκροπεκουάριο, Κίλμες αλλά στον ημιτελικό η Πατρονάτο την απέκλεισε στην διαδικασία των πέναλντι με 3-2 αφού η κανονική διάρκεια είχε ολοκληρωθεί με 1-1.
H χρονιά ολοκληρώθηκε με το Tropheo de Campones απέναντι στην Ρασίγκ Κλάμπ στο Σαν Λουίς και παρότι προηγήθηκε στο 19' με τον Μπριάσκο, ισοφαρίστηκε στο 22' απο τον Ρόχας και στην παράταση στο 119' δέχτηκε και δεύτερο γκολ απο τον Αλκαράς και ηττήθηκε με 2-1.
Η νέα χρονιά ξεκίνησε με την διεξαγωγή του πρώτου Supercopa Intermacional στα Ηνωμένα Αραβικά Εμιράτα. στο Αμπού Ντάμπι, όπου ως δεύτερη στην συνολική βαθμολογία αντιμετώπισε την Ρασίγκ Κλάμπ.
Προηγήθηκε στο 16' με τον Ρονκάλια αλλά στο 19' ισοφαρίστηκε και στις καθυστερήσεις στο 90+7' ο Πιόβι ήταν εύστοχος σε εκτέλεση πέναλντι διαμόρφωσε το τελικό 2-1. Τα πράγματα στην νέα σεζόν δεν εξελίχθηκαν ομαλά για τον Ιμπάρα ο οποίος "πλήρωσε το μάρμαρο" για τα άσχημα αποτελέσματα και απολύθηκε για να έρθει στην θέση του ο Σέρχιο Αλμιρόν, αλλά στο Πρωτάθλημα τερμάτισε στην 7η θέση.
Στο Copa Libertadores στην φάση των ομίλων τερμάτισε άνετα στην 1η θέση, και στην φάση των 16 έκανε ντεμπούτο ο νεοποκτηθείς Έντινσον Καβάνι ό οποίος είχε υπογράψει απο τον Ιούλιο του 2023. Στην φάση των νοκ-άουτ απέκλεισε τις Νασιονάλ, Ρασίγκ και Παλμέιρας με κοινό χαρακτηριστικό ότι αυτό έγινε στην διαδικασία των πέναλντι.
Στον τελικό που έγινε στην Βραζιλία στο Ρίο αντιμετώπισε την Φλουμινένσε και βρέθηκε πίσω στο σκορ απο τον Κάνιο στο 36', αλλά στο 72' ο Αντβίνκουλα έφερε το παιχνίδι στα ίσια, Οδηγώντας το παιχνίδι στην παράταση στο 99' ο Κένεντι διαμόρφωσε το τελικό 2-1 με τις "χεινέσες" να μένουν και με παίκτη λιγότερο στο 105+7' λόγω αποβολής του Φάμπρα χάνοντας για μία ακόμη φορά την ευκαιρία να κατακτήσει το πολυπόθητο 7ο και να πιάσει την Ιντεπεντιέντε.
Μετά την ήττα στον τελικό ο Σέρχιο Αλμιρόν υπέβαλλε την παραίτησή του ενημερώνοντας τον Χουάν Ρομάν Ρικέλμε για την απόφαση του αυτή και παρά τις όποιες προσπάθειες που έγιναν για να μεταπειστεί δεν την άλλαξε, και πλέον η Μπόκα ψάχνει για νέο προπονητή.
Στο Copa de La Liga δεν κατάφερε να περάσει στην επόμενη φάση ενώ και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στον ημιτελικό απο την Εστουντιάντες. Μέχρι το τέλος της χρονιάς στον πάγκο θα παραμείνει ο υπηρεσιακός Μαριάνο Ερόν, σε μία αποτυχημένη χρονιά που φέρνει τον σύλλογο στο επόμενο Copa Sudamericana,
Στις 2 Δεκεμβρίου υπάρχουν εκλογές στον σύλλογο με την προεδρία να διεκδικεί ο Χουάν Ρομάν Ρικέλμε με την σύμπραξη του νυν προέδρου Χορχέ Αμεάλ και απο την άλλη ο Άντρες Ιμπάρα ο οποίος υποστηρίζεται απο τον Μαουρίτσιο Μάκρι παλιό πρόεδρο της Μπόκα την περίοδο 1995-2007.
Οι εκλογές όμως πήραν παράταση αφού η αντιπολίτευση έκανε λόγο για παρατυπίες απο την πλευρά 13.300 μελών που είχαν δικαίωμα ψήφου, ενώ ως συνήθως υπήρχε και αντιπαράθεση αλλά και ανταλλαγές κατηγοριών ανάμεσα στις δύο πλευρές.
Ακόμα και ο νεοεκλεγείς πρωθυπουργός της χώρας Χαβιέρ Μίλει στήριξε ανοιχτά την δυάδα Ιμπάρα-Μάκρι. Μετά από μέρες αβεβαιότητας, οι εκλογές εγκρίθηκαν για τις 17 Δεκεμβρίου, αλλά τα μέλη τα οποία ήταν ύποπτα θα συνέχιζαν να ερευνώνται και θα ψήφιζαν σε χωριστές κάλπες.
Συνολικά ψήφισαν 43.367 μέλη, ξεπερνώντας τον αριθμό των εκλογών του 2019, όταν ψήφισαν 38.363. Ο Ρικέλμε συγκέντρωσε το 64% των ψήφων και εκλέχτηκε πρόεδρος για τα επόμενα τέσσερα χρόνια μέχρι και το 2027.
Πρώτη κίνηση του Ρικέλμε η πρόσληψη του Ντέγκο Μαρτίνες για τον πάγκο, ενώ στο μετεγγραφικό παζάρι απέκτησε τον Κέβιν Ζενόν απο την Ουνιόν, τον Κριστιάν Λέμα απο την Λανούς, ενώ αποχώρησε για την Αγγλία και την Μπράιτον ο Βαλεντίν Μπάρκο.
Στο Copa de la Liga ζορίστηκε για να περάσει στην επόμενη φάση αφήνοντας εκτός την Ρασίγκ και την Λανούς, αλλά στα προημιτελικά με μεγάλο πρωταγωνιστή τον Μερεντιέλ που πέτυχε δύο τέρματα απέκλεισε την Ρίβερ Πλέιτ με 3-2 στην Κόρδοβα.
Όμως στα ημιτελικά κόντρα στην Εστουντιάντες παρότι προηγήθηκε με τον Μερεντιέλ δέχθηκε την ισοφάριση αλλά το 1-1 έμεινε μέχρι το τέλος και στην διαδικασία των πέναλντι Καβάνι, Μερεντιέλ και Φιγκάλ αστόχησαν και οι "πιντσαράτας" προκρίθηκαν στον τελικό.
