Μέχρι και το 1996 την "Χρυσή Μπάλα" την κατακτούσαν επιθετικογενείς ποδοσφαιριστές, για να έρθει η συγκεκριμένη χρόνια όταν και ο Ματίας Ζάμερ την κατέκτησε. Αγωνιζόταν τόσο ως αμυντικός μέσος αλλά και λίμπερο και ήταν απο τους κορυφαίους της γενιάς του.
Πολύ σύντομα αναρριχήθηκε απο τα τμήματα υποδομής και στις 24 Αυγούστου του 1985 κόντρα στο Μαγδεμβούργο, έκανε ντεμπούτο με την πρώτη ομάδα αγωνιζόμενος συνολικά σε 18 παιχνίδια Πρωταθλήματος όχι όμως στην θέση που θα τον γνωρίσουμε τα επόμενα χρόνια αλλά σε αυτή του επιθετικού ήταν δεύτερος σκόρερ της ομάδας με 8 τέρματα μάλιστα.
Την επόμενη χρονιά θα αναδειχθεί πρώτος σκόρερ της ομάδας, ενώ την σεζόν 1987-1988 ήταν ο τότε προπονητής του Έντουαρντ Γκέιερ ο οποίος τον μετατόπισε προς την άμυνα, χωρίς όμως να χάσει το ένστικτο του σκόρερ.
Στην Ντινάμο θα παραμείνει μέχρι το καλοκαίρι του 1990 έχοντας 140 συμμετοχές και 54 γκολ και πανηγύρισε την κατάκτηση 2 Πρωταθλημάτων Ανατολικής Γερμανίας το 1989 και το 1990 και του Κυπέλλου το 1990.
Στις 19 Νοεμβρίου του 1986 στην Λειψία κόντρα στην Γαλλία για την προκριματική φάση του EURO 1988 έκανε ντεμπούτο με την εθνική Ανατολικής Γερμανίας. Η πτώση του τείχους του Βερολίνου τον Νοέμβριο του 1989 οδήγησε στην ενοποίηση των δύο Γερμανιών και στις 12 Σεπτεμβρίου 1990 στις Βρυξέλλες κόντρα στο Βέλγιο φόρεσε για 23η και τελευταία φορά την φανέλα της Ανατολικής Γερμανίας έχοντας πετύχει και 6 τέρματα.
Φεύγοντας απο την Δρέσδη αρχικά είχε συμφωνήσει με την Μπάγερ Λεβερκούζεν υπογράφοντας και προσύμφωνο αλλά τελικά η συμφωνία δεν προχώρησε. Θα καταλήξει στην Στουτγκάρδη η οποία δαπάνησε το ποσό των 1,3 εκατομμυρίων ευρώ για να τον κάνει δικό της και κατέκτησε το Πρωτάθλημα του 1992 έχοντας 68 συμμετοχές και 14 γκολ.
Το καλοκαίρι του 1992 η Ίντερ θα έρθει σε συμφωνία με την Στουτγκάρδη προσφέροντας το ποσό των 6 εκατομμυρίων ευρώ και θα τον φέρει στο Μιλάνο. Τα πράγματα δεν θα εξελιχθούν όπως θα περίμενε ο Γερμανός στον ιταλικό Βορρά, αφού δεν θα μπορέσει να προσαρμοστεί στον τρόπο ζωής ενώ μέσα σε όλα θα τραυματιστεί.
Αγωνίστηκε μόνο σε 12 παιχνίδια πετυχαίνοντας 4 τέρματα και τον Ιανουάριο του 1993 θα επιστρέψει και πάλι στην Γερμανία για λογαριασμό της Μπορούσια Ντόρτμουντ η οποία πλήρωσε το ποσό των 4,2 εκατομμυρίων ευρώ για να τον επαναπατρίσει.
Ο Ότμαρ Χίτσφελν ειναι αυτός που θα τον τοποθετήσει στην άμυνα και πιο συγκεκριμένα στην θέση του λίμπερο, κίνηση ιδιαίτερα τόσο για την ομάδα της Βεστφαλίας αλλά και για την εθνική Γερμανίας. Θα κατακτήσει 2 Πρωταθλήματα το 1995 και το 1996, 2 Σούπερ Καπ το 1995 και το 1996 κυρίως όμως το Champions League του 1997 στο Ολυμπιακό Στάδιο του Μονάχου το 1997 κόντρα στην Γιουβέντους σηκώνοντας το τρόπαιο ως αρχηγός.
Αντιμετώπισε προβλήματα τραυματισμών για αυτό και την χρονιά 1997-1998 αγωνίστηκε μόλις σε 6 παιχνίδια όλη την σεζόν 3 απ' αυτά στο Πρωτάθλημα. Τον Οκτωβριο του 1997 υπεβλήθη σε εγχείριση. η οποία όμως δεν εξελίχθηκε με τον καλύτερο τρόπο αφού υπήρξε μένοντας ουσιαστικά ανενεργός την περίοδο 1998-199 και το καλοκαίρι του 1999 αναγκάστηκε να αποσυρθεί απο την ενεργό δράση.
Στις 19 Δεκεμβρίου του 1990 στην Στουτγκάρδη κόντρα στην Ελβετία σε φιλικό παιχνίδι. Θα είναι στην αποστολή του EURO 1992 στα γήπεδα της Σουηδίας όπου θα παίξει σε τέσσερα παιχνίδια και στο Παγκόσμιο Κύπελλο των Ηνωμένων Πολιτείων το 1994 όπου και εκεί θα παίξει σε τέσσερα παιχνίδια.
Στα γήπεδα της Αγγλίας το 1996 θα είναι η κινητήριος δύναμη της Εθνικής Γερμανίας προς την κατάκτηση του EURO κόντρα στην Τσεχία στο "Γουέμπλει" με το χρυσό γκολ του Όλιβερ Μπίρχοφ. Παρών σε όλα τα παιχνίδια θα πετύχει και δύο τέρματα κόντρα σε Ρωσία και το νικητήριο κόντρα στην Κροατία στην προημιτελική φάση.
Θα αναδειχθεί κορυφαίος ποδοσφαιριστής του τουρνουά, φυσικά στην κορυφαία εντεκάδα, αναδείχθηκε κορυφαίος παίκτης και απο το γαλλικό περιοδικό Onze Mondial, το 1995 και το 1996 αναδείχθηκε κορυφαίος Γερμανός ποδοσφαιριστής και σαν κερασάκι στην τούρτα ήρθε και η Χρυσή Μπάλα.
Στις 7 Ιουλίου του 1997 στο Κίεβο κόντρα στην Ουκρανία για την προκριματική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 1998 θα πραγματοποιήσει την 51η και τελευταία εμφάνιση με την "νάτσιοναλ μάντσαφτ" έχοντας πετύχει και 8 τέρματα αφού το πρόβλημα στο γόνατο του στέρησε μία ακόμα συμμετοχή σε τελική φάση Παγκοσμίου Κυπέλλου στα γήπεδα της Γαλλίας.
Πολύ σύντομα ασχολήθηκε με την προπονητική και τον Ιούλιο του 2000 ανέλαβε την Μπορούσια Ντόρτμουντ και θα κατακτήσει το Πρωτάθλημα του 2002 και θα φτάσει μέχρι τον τελικό του ΟΥΕΦΑ όπου θα ηττηθεί στο Ρότερνταμ απο την Φέγενορντ.
Θα απολυθεί στο τέλος της σεζόν 2003-2004 έχοντας σε 183 παιχνίδια έχοντας 89 νίκες, 46 ισοπαλίες και 48 ήττες. Δεν θα παραμείνει για πολύ καιρό άνεργος αφού τον Ιούλιο του 2004 θα αναλάβει την Στουτγκαρδη χωρίς όμως μεγάλη επιτυχία αφού τον Ιούνιο του 2005 οι δύο πλευρές αποφάσισαν να λύσουν απο κοινού την συνεργασία, αν και έφτασε κοντά στις προνομιούχες θέσεις του Champions League.
Με τους Σουηβούς σε 47 παιχνίδια είχε 25 νίκες, 8 ισοπαλίες και 14 ήττες και τον Απρίλιο του 2006 ανέλαβε θέση τεχνικού διευθυντή στην γερμανική ομοσπονδία έχοντας υπο την εποπτεία του τις μικρές εθνικές ομάδες, ειδικά στις ηλικίες απο 11 έως 18 ετών, και τη εισαγωγή της αθλητικής επιστήμης στις προπονητικές πρακτικές της ομοσπονδίας.
Τον Ιούλιο του 2012 θα αναλάβει θέση αθλητικού διευθυντή στην Μπάγερν Μονάχου στην θέση του Κρίστιαν Νερλιγκερ. Μία θέση ιδιαίτερα αγχώδης και απαιτητική και αυτό είχε ως συνέπεια την άνοιξη του 2016 να υποστεί λεπτή κυκλοφορική διαταραχή στον εγκέφαλο και θα αποσυρθεί απο τα καθήκοντά του αρχικά προσωρινά έως ότου ζητήσει ο ίδιος να αποχωρήσει απο τον σύλλογο τον Ιούλιο του 2016.
Η παραίτηση του θα γίνει αποδεκτή και στην συνέχεια ο Ζάμμερ θα αναλάβει χρέη σχολιαστή στο Eurosport για να επανέρθει και πάλι στην Μπορούσια Ντόρτμουντ τον Μάρτιο του 2018 απο τρίτο πόστο ως σύμβουλος σε συνεργασία με τον Χάνς Γιόακιμ Βάτσκε και τον Μίκαελ Τσόρκ.
Όταν ήταν ενεργός ποδοσφαιριστής στην Ανατολική Γερμανία ο Ζάμερ είχε αναλάβει πόστο στην περίφημη Στάζι για 17 μήνες κάτι που το παραδέχτηκε ο ίδιος σε συνέντευξή του στην Bild. Ανέφερε ότι δεν εκτελούσε χρέη κατασκόπου έναντι των συμπαικτών του, δεν κρατούσε όπλο και δεν συμμετείχε σε ασκήσεις με τον ίδιο να δηλώνει ότι εντάχθηκε στην συγκεκριμένη οργάνωση ούτως ώστε να αποφύγει την στράτευση.
