Όταν το 1991 ο Ζαν Πιερ Παπέν κατακτούσε την "Χρυσή Μπάλα", ναι μεν ήταν ο τρίτος Γάλλος που το κατάφερνε, όμως ήταν ο πρώτος που άνηκε σε γαλλικό σύλλογο. Πρόκειται για έναν απο τους κορυφαίους Γάλλους επιθετικούς που μάλιστα τα γκολ που πετύχαινε με βολέ απο πολύ δύσκολες γωνίες ονομάστηκαν προς τιμήν του "Παπινάδες".
Γεννήθηκε στις 5 Νοεμβρίου του 1963 στην Βουλώνη στην βόρεια Γαλλία, και απο μικρή ηλικία έδειχνε το ταλέντο του στο ποδόσφαιρο, μιας και ο πατέρας του Γκι ήταν επαγγελματίας ποδοσφαιριστής. Όταν οι γονείς του χώρισαν, έμεινε με την γιαγιά του στο Ζερμόν μια πόλη που βρίσκεται στα γαλλοβελγικά σύνορα.
Τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα θα τα κάνει στην τοπική ομάδα, παίζοντας ως λίμπερο και ακολούθησε η Trith Saint Leger. Σε ηλικία 17 ετών θα ενταχθεί στην Βαλενσιέν, για να ακολουθήσει η INF Vichy την τριετία 1981-1984.
Την περίοδο 1984-1985 θα επιστρέψει στην Βαλενσιέν στην οποία θα κάνει ντεμπούτο στην δεύτερη κατηγορία, πραγματοποιώντας 35 συμμετοχές και πετυχαίνοντας 16 γκολ. Εκεί που κάποιος θα περίμενε τα μεγάλα κλαμπ της Γαλλίας να ενδιαφερθούν θα έρθει η Κλαμπ Μπρίζ και θα τον κάνει δικό της.
Θα πετύχει σε 47 συμμετοχές 35 γκολ, θα κατακτήσει το Κύπελλο όπου ήταν ο πρώτος σκόρερ της διοργάνωσης, πετυχαίνοντας δύο γκολ στον τελικό κόντρα στην Σέρκλ Μπρίζ. Παράλληλα θα έρθουν και οι πρώτες συμμετοχές στην εθνική Γαλλίας και το καλοκαίρι του 1986 θα υπάρξει ένα μικρό σίριαλ για την απόκτηση του.
Θα υπογράψει προσύμφωνο με την Μονακό κατά την διάρκεια του Παγκοσμίου Κυπέλλου, όμως τότε θα παρέμβει ο Μπερνάρ Ταπί για λογαριασμό της Μαρσέιγ προσφέροντας του τα διπλά απο αυτά που του έδιναν στο πριγκιπάτο.
Εν τέλει οι δύο ομάδες θα έρθουν σε συμφωνία με τους "Φωκαείς" να δίνουν ένα ποσό ως αποζημίωση στην Μονακό και έτσι ο Παπέν θα γίνει κάτοικος Μασσαλίας. Το πρώτο διάστημα ψάχνει να βρει τα πατήματα του και την περίοδο 1987-1988 θα αναδειχθεί πρώτος σκόρερ του Πρωταθλήματος με 19 τέρματα.
Τα επόμενα χρόνια θα βοηθήσει στην κατάκτηση 4 Πρωταθλημάτων το 1989, το 1990, το 1991 και το 1992 όπου και αναδείχθηκε πρώτος σκόρερ, 1 Κυπέλλου το 1989 όπου στον τελικό πέτυχε τρία γκολ, ενώ θα είναι φιναλίστ του Κυπέλλου Πρωταθλητριών στο Μπάρι το 1991 όπου θα ηττηθεί απο τον Ερυθρό Αστέρα στην διαδικασία των πέναλντι.
Το καλοκαίρι του 1992 η Μίλαν αντιμετωπίζει επιθετικό πρόβλημα ειδικά με τους συνεχόμενους τραυματισμούς του Μάρκο Φαν Μπάστεν και θα στραφεί στο πρόσωπο του αγοράζοντας τον με το ποσό των 11 εκατομμυρίων ευρώ. Ύστερα απο 275 παιχνίδια και 182 τέρματα δεύτερος σκόρερ όλων των εποχών αφήνει το "Βελοντρόμ" για να μεταβεί στο Μιλάνο με τους "ροσονέρι" να δίνουν το ποσό των 10 εκατομμυρίων λιρών.
Στην πρώτη του χρονιά θα κατακτήσει το Πρωτάθλημα, το Ιταλικό Σούπερ Καπ και θα φτάσει σε έναν ακόμα τελικό Κυπέλλου Πρωταθλητριών αλλά και πάλι θα ηττηθεί στο Ολυμπιακό Στάδιο του Μονάχου απο την πρώην του ομάδα την Μαρσέιγ όπου θα αγωνιστεί ως αλλαγή.
Απο την επόμενη χρονιά ο χρόνος του θα μειώνεται παρ΄'όλα αυτά θα φτάσει στην κατάκτηση του δεύτερου συνεχόμενου Πρωταθλήματος, και στο Champions League αν και στον τελικό απέναντι στην Μπαρτσελόνα στο Ολυμπιακό Στάδιο της Αθήνας ήταν εκτός αποστολής.
Βλέποντας ότι δεν είχε μεγάλο χρόνο συμμετοχής, το καλοκαίρι του 1994, αποφασίζει να φύγει απο την Ιταλία έχοντας 76 συμμετοχές και 39 γκολ. Επόμενος σταθμός στην Γερμανία για λογαριασμό της Μπάγερν Μονάχου. Την πρώτη χρονιά δεν θα αγωνιστεί πολύ αφού αντιμετώπιζε προβλήματα τραυματισμών.
Το καλοκαίρι του 1995 ο Άλεξ Φέργκιουσον θα επιδιώξει να τον φέρει στο Μάντσεστερ για να πλαισιώσει τον Ερίκ Καντονά, αλλά οι Βαυαροί αρνήθηκαν την πρόσφορά των Άγγλων. Ούτε όμως και η δεύτερη σεζόν στο Μόναχο ήταν πετυχημένη, με μόνο άξιο αναφοράς το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ κόντρα στην Μπορντό, με τον ίδιο να αγωνίζεται μόνο στον πρώτο τελικό.
Έτσι μετά απο 40 συμμετοχές και 7 τέρματα το καλοκαίρι του 1996 θα επιστρέψει στην Γαλλία για λογαριασμό της Μπορντό. Την πρώτη χρονιά 1996-1997 θα έχει την εμπιστοσύνη του Ρολάν Κουρμπίς, ενώ την δεύτερη χρονιά θα πάρει και το περιβραχιόνιο του αρχηγού.
Οι συνεχόμενες αλλαγές προπονητών συν την αναρρίχηση του Σιλβέν Βιλτόρ μείωσαν τον χρόνο του και έτσι το καλοκαίρι του 1998 ύστερα απο 70 συμμετοχές και 32 γκολ θα αποχωρήσει και θα υπογράψει στην Γκινγκάμπ στην δεύτερη κατηγορία.
Θα παίξει μόνο δέκα παιχνίδια πετυχαίνοντας τρία γκολ αφού τον Οκτώβριο του 1998 θα ανακοινώσει την απόσυρση του απο το επαγγελματικό ποδόσφαιρο. Θα συνεχίσει σε ερασιτεχνικό επίπεδο μέχρι το 2004 με την Jeunesse Sportive Saint Pierroise και στην Union Sportive de Lege Cap Feret όπου και θα κρεμάσει τα ποδοσφαιρικά του παπούτσια.
Στις 26 Φεβρουαρίου του 1986 στο Παρκ Ντε Πρένς σε φιλικό παιχνίδι κόντρα στην Βόρεια Ιρλανδία έκανε ντεμπούτο με τους "πετεινούς". Ήταν στις επιλογές του Ανρί Μισέλ για το Παγκόσμιο Κύπελλο του Μεξικό όπου αγωνίστηκε σε τέσσερα παιχνίδια πετυχαίνοντας δύο γκολ κόντρα στον Καναδά και στον μικρό τελικό κόντρα στο Βέλγιο.
Χρειάστηκε να περιμένει έξι χρόνια για να παίξει σε μεγάλη διοργάνωση στο EURO 1992 στην Σουηδία όπου αγωνίστηκε και στα τρία ματς του ομίλου, χωρίς όμως η Γαλλία να μπορέσει να πάρει το εισιτήριο για τα ημιτελικά.
Τελευταία του παρουσία και 54η συνολικά στις 18 Ιανουαρίου του 1995 στην Ουτρέχτη σε φιλικό παιχνίδι κόντρα στην Ολλανδία, έχοντας πετύχει και 30 τέρματα. Αμέσως μετά την αποχώρηση του απο την ενεργό δράση ξεκίνησε την προπονητική στην FC Bassin d'Arcachon, ενώ αρνήθηκε την πρόταση του Φέργκιουσον να αναλάβει προπονητής των επιθετικών στην Μάντσεστερ.
Τον Μάιο του 2006 ανέλαβε την Στρασμπούρ την οποία οδήγησε στην άνοδο στην μεγάλη κατηγορία, αλλά στην αρχή της περιόδου 2007-2008 παραιτήθηκε απο την τεχνική ηγεσία αφού είχε αποκαλυφθεί ότι είχε συζητήσει με τους ιθύνοντες της Λάνς, έχοντας σε 44 παιχνίδια, 23 νίκες, 13 ισοπαλίες και 8 ήττες.
Δεν θα αναλάβει τότε την τεχνική ηγεσία της αλλά μερικές εβδομάδες αργότερα αφού θα αρνηθεί τόσο την πρόταση της Νάντ αλλά και αυτή της Εθνικής Κίνας. Στο "Φελίξ Μπολάρ" θα παραμείνει μέχρι τον Μάιο του 2008, όπου σε 42 παιχνίδια είχε 14 νίκες, 12 ισοπαλίες και 16 ήττες και τον Δεκέμβριο του 2009 θα αναλάβει την Σατορού.
