Είναι απο τους παλαιότερους συλλόγους της χώρας, αποτελώντας μαζί με την Πενιαρόλ ένα απο τους δύο κορυφαίους πυλώνες όσον αφορά το συλλογικό επίπεδο, αφού πέρα απο τους τίτλους εντός των συνόρων η Νασιονάλ του Μοντεβιδέο έχει κατακτήσει το Copa Libertadores και όχι μόνο.
Τον Μάιο του 1899 μια ομάδα φοιτητών αποφασίζουν να δημιουργήσουν ένα ποδοσφαιρικό κλαμπ συνενώνοντας τις δύο υπάρχοντες ομάδες Uruguay Athletic Club και Montevideo Futbol Club σε μία την Club National de Football. Μάλιστα ήταν η πρώτη ομάδα στην αμερικανική ήπειρο που δημιουργήθηκε η που έλεγχαν απο γηγενείς και όχι απο Βρετανούς η απο οποιουσδήποτε άλλους ξένους.
Τα χρώματα της ομάδας(λευκό, κόκκινο και μπλέ), υιοθετήθηκαν προς τιμήν του εθνικού ήρωα της χώρας Χοσέ Γκερβάσιο Αρτίγκας, ενώ ως έδρα χρησιμοποίησαν το Estadio Gran Parque Central, που είναι μέχρι και σήμερα η έδρα της ομάδας.
Στις 25 Ιουνίου του ίδιου έτους έδωσε και το πρώτο της παιχνίδι, ενώ το 1900 συμπεριέλαβε στους κόλπους της ποδοσφαιριστές απο την ομάδα Ντεφένσα. Όταν δημιουργήθηκε η ομοσπονδία της Ουρουγουάης τα τέσσερα ιδρυτικά μέλη(Albion F.C,. CURCC, Uruguay Athletic Club και Deutsher F.K.) απέρριψαν αρχικά το αίτημα της Νασιοναλ για την είσοδο στην Ομοσπονδία, και την δέχτηκαν στην συνέχεια το 1901 όταν η αργεντίνικη λίγκα της έκανε πρόταση για να λάβει μέρος στο δικό της Πρωτάθλημα.
Πολύ σύντομα άρχισε να συλλέγει τίτλους στην χώρα της κατακτώντας τα Πρωταθλήματα του 1902, του 1903 το Copa Competencia του 1903, το Copa de Honor του 1905 και του 1906. Στο Πρωτάθλημα του 1905 ήρθε δεύτερη πίσω απο την CURCC, το 1906, το 1908, το 1910 και το 1911 3η, το 1907 και το 1909 4η.
To 1911 στην γενική συνέλευση του συλλόγου ο Χοσέ Μαρία Ντελγκάδο ανέλαβε την προεδρία του συλλόγου και αποφάσισε να αλλάξει την ταυτότητα του συλλόγου, ανοίγοντας τις πόρτες και σε ανθρώπους χαμηλότερων κατηγοριών, όπως τον Άμπντον Πόρτε που αποτέλεσε εάν απο τους παίκτες-σύμβολα της ομάδας μέχρι και τον θάνατο του το 1918 σε ηλικία μόλις 25 ετών.
To 1911 στην γενική συνέλευση του συλλόγου ο Χοσέ Μαρία Ντελγκάδο ανέλαβε την προεδρία του συλλόγου και αποφάσισε να αλλάξει την ταυτότητα του συλλόγου, ανοίγοντας τις πόρτες και σε ανθρώπους χαμηλότερων κατηγοριών, όπως τον Άμπντον Πόρτε που αποτέλεσε εάν απο τους παίκτες-σύμβολα της ομάδας μέχρι και τον θάνατο του το 1918 σε ηλικία μόλις 25 ετών.
Με τον Πόρτε, τον Πέδρο Ματσούλο, τον Αλφρέντο Φολίνο και τον Αντόνιο Μπριέντσα μεταξύ άλλων έφτασε στην κατάκτηση τεσσάρων Πρωταθλημάτων το 1912, το 1915, το 1916, το 1917, τέσσερα Copa Competencia το 1912, το 1913, το 1914 και το 1915, και πέντε Copa de Honor το 1913, το 1914, το 1915, το 1916 και το 1917.
Στο Πρωτάθλημα το 1913 ήρθε 2η πίσω απο την River Plate FC, to 1914 3η και το 1918 επίσης 2η αλλά αυτή την φορά πίσω απο την Πενιαρόλ. Ακολούθησαν ακόμα πέντε Πρωταθλήματα το 1919, το 1920, το 1922, το 1923 και το 1924 κάνοντας την την πιο πετυχημένη ομάδα στην ερασιτεχνική περίοδο, ενώ το 1921 ήρθε 2η πίσω απο την Πενιαρόλ.
Αυτή ακριβώς η επιτυχία έκανε την Νασιονάλ τροφοδότη της Εθνικής ομάδας και το 1924 στους Ολυμπιακούς Αγωνες στο Παρίσι έξι παίκτες της οι Άντρες Ματσάλι, Σάντος Ουρντιναράν, Έκτορ Σκαρόνε, Άνχελ Ρομάνο, Αλφρέντο Ζιμπέκι και Πασκουάλ Σόμμα την βοήθησαν να κατακτήσει το χρυσό μετάλλιο.
Στο Πρωτάθλημα το 1913 ήρθε 2η πίσω απο την River Plate FC, to 1914 3η και το 1918 επίσης 2η αλλά αυτή την φορά πίσω απο την Πενιαρόλ. Ακολούθησαν ακόμα πέντε Πρωταθλήματα το 1919, το 1920, το 1922, το 1923 και το 1924 κάνοντας την την πιο πετυχημένη ομάδα στην ερασιτεχνική περίοδο, ενώ το 1921 ήρθε 2η πίσω απο την Πενιαρόλ.
Αυτή ακριβώς η επιτυχία έκανε την Νασιονάλ τροφοδότη της Εθνικής ομάδας και το 1924 στους Ολυμπιακούς Αγωνες στο Παρίσι έξι παίκτες της οι Άντρες Ματσάλι, Σάντος Ουρντιναράν, Έκτορ Σκαρόνε, Άνχελ Ρομάνο, Αλφρέντο Ζιμπέκι και Πασκουάλ Σόμμα την βοήθησαν να κατακτήσει το χρυσό μετάλλιο.
Ήταν τέτοια η επιτυχία που το 1925 πραγματοποίησε ευρωπαϊκή περιοδεία έξι μηνών παίζοντας 38 παιχνίδια έχοντας 26 νίκες, 7 ισοπαλίες και 5 ήττες, ενώ το 1927 έκανε ανάλογη περιοδεία και στην αμερικανική ήπειρο.
Τόσο στους Ολυμπιακούς Αγώνες το 1928 στο Άμστερνταμ όπου και πάλι η Ουρουγουάη κατέκτησε το χρυσό μετάλλιο, αλλά και στην κατάκτηση του πρώτου Παγκοσμίου Κυπέλλου το 1930 εντός έδρας, η Νασιονάλ είχε το δικό της μερίδιο με παίκτες όπως οι Χόσε Αντράντε, Έκτορ Κάστρο, Πέδρο Σέα, Πέδρο Πετρόνε, Χουάν Πίριζ, Κοντουέλο Πίριζ, Εμίλιο Ρεκόμπα και Ζοίλο Σαλντομπίντε.
Στα εγχώρια είχε πάντως μια πτώση αφού το 1927 και το 1928 τερμάτισε στην 3η θέση, το 1929 στην 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και το 1931 επίσης 2η αλλά αυτή την φορά πίσω απο την Μοντεβιδέο Γουόντερερς.
Στα εγχώρια είχε πάντως μια πτώση αφού το 1927 και το 1928 τερμάτισε στην 3η θέση, το 1929 στην 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και το 1931 επίσης 2η αλλά αυτή την φορά πίσω απο την Μοντεβιδέο Γουόντερερς.
Το 1932 το ποδόσφαιρο στην Ουρουγουάη έγινε επαγγελματικό και την Νασιονάλ να κατακτάει τα δύο πρώτα το 1933 όπου ήταν γνωστή ως η "Άσπρη Μηχανή" λόγω των πολλών γκολ που πετύχαινε, και το 1934 με προπονητή τον Ούγγρο Αμέρικο Σζιγκέτι, ενώ απο το 1935 έως το 1938 έμεινε στην 2η θέση πίσω απο την Πενιαρόλ.
Δεν άργησε όμως να "πάρει το αίμα της πίσω" αφού με τον Έκτορ Κάστρο στον πάγκο της κατέκτησε πέντε συνεχόμενα Πρωταθλήματα απο το 1939 έως το 1943. Συνολικά σε 96 παιχνίδια είχε 77 νίκες, 9 ισοπαλίες και 10 ήττες πετυχαίνοντας 318 γκολ, ενώ και κόντρα στην μεγάλη της αντίπαλο την Πενιαρόλ της είχε πάρει τον "αέρα" με 18 νίκες και μόλις 4 ήττες σε 23 "classicos" .
Δεν άργησε όμως να "πάρει το αίμα της πίσω" αφού με τον Έκτορ Κάστρο στον πάγκο της κατέκτησε πέντε συνεχόμενα Πρωταθλήματα απο το 1939 έως το 1943. Συνολικά σε 96 παιχνίδια είχε 77 νίκες, 9 ισοπαλίες και 10 ήττες πετυχαίνοντας 318 γκολ, ενώ και κόντρα στην μεγάλη της αντίπαλο την Πενιαρόλ της είχε πάρει τον "αέρα" με 18 νίκες και μόλις 4 ήττες σε 23 "classicos" .
Ατιλιο Γκαρσία(Αργεντινή), Χοσέ Νασάτσι, Χούλιο Πέρεζ, Ροντόλφο Πίνι, Εουσέμπιο Τεχέρα, Ανιμπάλ Παζ, Σούμπερτ Γκαμπέτα, Λουίς Ερνέστο Κάστρο, Ανίμπαλ Τσιόκα, Εουγκένιο Γκαλβαλίσι, Ρομπέρτο Πόρτα και Μπιμπιάνο Ζαπιραίν αποτέλεσαν την βάση εκείνης της ομάδας που κατέκτησαν συνολικά εφτά πρωταθλήματα σε 11 χρόνια.
Δύο ακόμα δεύτερες θέσεις το 1944 και το 1945 πίσω απο την Πενιαρόλ για να ακολουθήσουν τα Πρωταθλήματα του 1946 με προπονητή τον Ενρίκε Φερνάντες, του 1947 με προπονητή τον Ρικαρντο Φάτσιο, του 1950 και του 1952 με προπονητή τον Ενρίκε Φερνάντες, του 1955, του 1956 και του 1957 με προπονητή τον Οντίνο Βιέρα.
Λουίς Αλμπέρτο Κρούζ, Χαβιέ Αμπρουά, Χοσέ Σανταμαρία, Χούλιο Σέζαρ Μπρίτος, ο Παραγουανός Χουάν Άνχελ Ρομέρο, Έκτορ Νούνιες, Ραούλ Νούνιες, Χούλιο Ακόστα, Γκιγιέρμο Εσκαλάδα και Έκτορ Ροντρίγκες αποτελούσαν το έμψυχο δυναμικό της ομάδας εκείνη την περίοδο.
Το 1949, το 1951, το 1953, το 1954, το 1958 και το 1959 τερμάτισε πίσω απο την πρωταθλήτρια Πενιαρόλ, το 1960 στην 3η, το 1961 και το 1962 πάλι στην 2η θέση πίσω απο την Πενιαρόλ, αλλά το 1963 με προπονητή τον Βραζιλιάνο Ζέζε Μορέιρα επανήρθε στην κορυφή.
Το 1964 και το 1965 ήταν 2η πίσω απο την Πενιαρόλ, το 1966 επανήρθε στην 1η θέση, το 1967 όπως και το 1968 η Πενιαρόλ την ξεπέρασε, και απο το 1969 έως το 1973 θα κατακτήσει 4 συνεχόμενα Πρωταθλήματα με προπονητή αρχικά τον Ζεζέ Μορέιρα και τον Γουάσιγκντον Ετσαμέντι στην συνέχεια
Παράλληλα το 1962 θα αγωνιστεί για πρώτη φορά στο Copa Libertadores όπου έφτασε μέχρι τα ημιτελικά, ενώ το 1964 θα φτάσει στον τελικό του Copa Libertadores για πρώτη φορά στην ιστορία της.
Τερμάτισε πρώτη στον όμιλο με Τσέρο Πορτένιο και Αουρόρα, στα ημιτελικά απέκλεισε την Κόλο-Κόλο αλλά στον τελικό απέναντι στην Ιντεπεντιέντε στο πρώτο ματς ήρθε ισόπαλο στο Μοντεβίδεο χωρίς τέρματα, και στην Αβελανέδα οι Αργεντίνοι πήραν την νίκη με 1-0 και το τρόπαιο.
Ο πρόεδρος του συλλόγου Μιγκέλ Ρεστρούτσια έβαλε τις βάσεις ούτως ώστε η ομάδα να κάνει το κάτι παραπάνω στην Λατινική Αμερική. Εμίλιο Άλβαρες, Λουίς Ουμπίνα, Χουάν Μουχίκα, Χούλιο Μοντέρο Καστίγιο, Βίκτορ Εσπάραγκο, Ατίλιο Αντσετα, Χούλιο Μοράλες, ο Βραζιλιάνος Μάνγκα, ο Λουίς Κουμπίγια και ο Αργεντίνος Λουίς Αρτίμε αποτελούσαν το ρόστερ της ομάδας.
Ο μεγάλος στόχος παρέμενε το Copa Libertadores και η αλήθεια είναι ότι "ίδρωσε" πολύ για να το καταφέρει, αφού τόσο το 1967 όσο και το 1969 ηττήθηκε στους τελικούς απο την Ρασίγκ Κλάμπ και την Εστουντιάντες αντίστοιχα, και το 1971 "έσπασε" το ρόδι στην τέταρτη παρουσία της σε τελικό.
Με προπονητή τον Ουάσιγκντον Ετσαμέντι στον όμιλο τερμάτισε στην πρώτη θεση απέναντι σε Πενιαρόλ, Τσάκο Πετρολέρο, και Δε Στρόνγκεστ, στην δεύτερη φάση απέκλεισε τις Παλμέιρας και Ουνιεβρσιταριο και στον τελικό αντιμετώπισε όπως το 1969 και πάλι την Εστουντιάντες.
Οι δύο ομάδες επικράτησαν με 1-0 αλλά στο τρίτο παιχνίδι στην Λίμα κατέκτησε το τρόπαιο με 2-0, χάρις στα γκολ των Εσπάραγκο και Αρτίμε, "σπάζοντας" έτσι την "κατάρα" των χαμένων τελικών. Λίγους μήνες αργότερα κατέκτησε και το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στον Παναθηναικό με το πρώτο ματς στο "Γεώργιος Καραισκάκης" να έρχεται ισόπαλο 1-1, και στο Μοντεβίδεο η Νασιονάλ με γκολ του Αρτίμε νίκησε με 1-0 και πήρε το τρόπαιο.
To 1971 κόντρα στην Κρούς Ασούλ κατέκτησε το Copa Interamericana, εντός των συνόρων όμως έβλεπε την "αιώνια" αντιπαλό της Πενιαρόλ να κατακτάει τους τίτλους και την Νασιονάλ να μένει 2η το 1973, το 1974 και το 1975, το 1976 ήρθε 3η, το 1977 με προπονητή τον Αργεντίνο Πέδρο Ντεγιάτσα κατέκτησε τον τίτλο, το 1978 και το 1979 τερμάτισε στην 2η θέση πίσω και πάλι απο την Πενιαρόλ.
Η δεκαετία του '80 ξεκίνησε με τα Πρωταθλήματα του 1980 και του 1983 με προπονητή τον Βίκτορ Εσπάραγκο, το 1981 και το 1982 τερμάτισε στην 2η θέση πίσω απο την Πενιαρόλ, αλλά ενδιάμεσα έφτασε στην κατάκτηση του δεύτερου Copa Libertadores και του Διηπειρωτικού Κυπέλλου το 1980.
Η δεκαετία του '80 ξεκίνησε με τα Πρωταθλήματα του 1980 και του 1983 με προπονητή τον Βίκτορ Εσπάραγκο, το 1981 και το 1982 τερμάτισε στην 2η θέση πίσω απο την Πενιαρόλ, αλλά ενδιάμεσα έφτασε στην κατάκτηση του δεύτερου Copa Libertadores και του Διηπειρωτικού Κυπέλλου το 1980.
Με προπονητή την παλιά δόξα της ομάδας τον Χουάν Μουχίκα πέρασε ως πρώτη στην πρώτη φάση των ομίλων κόντρα σε Δε Στρόνγκεστ, Ντεφενσόρ και Οριέντε Πετρολέιρο, στα ημιτελικά ξεπέρασε τα εμπόδια της Ολίμπια Ασουνσιόν και της Ο' Χίγκινς απο την Χιλή, και στους διπλούς τελικούς απέναντι στην Ιντερνασιονάλ κατέκτησε το τρόπαιο με 0-0 στο Πόρτο Αλέγκρε και με νίκη 1-0 με γκόλ του Βικτορίνο.
Ο Μουχίκα είχε στην διάθεση του την "παλιοσειρά" Χούλιο Μοράλες που ήταν και στην προηγούμενη κατάκτηση το 1971, τον Ροδόλφο Ροντρίγκες, τον Χοσέ Χέρμες Μορέιρα, τον Χουάν Κάρλος Μπλάνκο, τον Γουάσιγκντον Γκονζάλες, τον Εδουάρδο Ντε Λα Πένια, τον Αρσένιο Λουσάρδο, τον Ούγκο Ντε Λεόν, τον Βίκτορ Εσπάραγκο, και τον Βαλντεμάρ Βικτορίνο ο οποίος ήταν και ο άνθρωπος που χάρισε στους "μπόλσο" το δεύτερο Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Νότιγχαμ Φόρεστ.
Το 1984 κατετάγη 3η, το 1985 έπεσε κάτω απο την 3η θέση στην 5η, το 1986 και το 1987 στην 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και το 1988 στην 7η θεση. Την ίδια χρονιά με προπονητή τον Ρομπέρτο Φλέιτας, ήταν μια πολύ καλή χρονιά για την Νασιονάλ σε διεθνές επίπεδο αφού κατέκτησε τρεις τίτλους, το Copa Libertadores, το Διηπειρωτικό Κύπελλο και το Copa Interamericana.
Στο Copa Libertadores στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την κολομβιανή Αμέρικα και μπροστά απο την Μιγιοναριος και την Μοντεβίδεο Γουόντερερς. Στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε κατά σειρά την Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα και στον ημιτελικό την Αμέρικα.
Στους διπλούς τελικούς κόντρα στους Νιούελς Όλντ Μπόις όπου αν και γνώρισε την ήττα στο πρώτο παιχνίδι με 1-0, στην ρεβάνς με τα γκολ των Ερνέστο Βάργκας, Σαντιάγκο Οστολάζα και Ντε Λεόν ανέτρεψε το εις βάρος της αποτέλεσμα και κατέκτησε το τρίτο τρόπαιο της ιστορίας της.
Το 1984 κατετάγη 3η, το 1985 έπεσε κάτω απο την 3η θέση στην 5η, το 1986 και το 1987 στην 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και το 1988 στην 7η θεση. Την ίδια χρονιά με προπονητή τον Ρομπέρτο Φλέιτας, ήταν μια πολύ καλή χρονιά για την Νασιονάλ σε διεθνές επίπεδο αφού κατέκτησε τρεις τίτλους, το Copa Libertadores, το Διηπειρωτικό Κύπελλο και το Copa Interamericana.
Στο Copa Libertadores στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την κολομβιανή Αμέρικα και μπροστά απο την Μιγιοναριος και την Μοντεβίδεο Γουόντερερς. Στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε κατά σειρά την Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα και στον ημιτελικό την Αμέρικα.
Στους διπλούς τελικούς κόντρα στους Νιούελς Όλντ Μπόις όπου αν και γνώρισε την ήττα στο πρώτο παιχνίδι με 1-0, στην ρεβάνς με τα γκολ των Ερνέστο Βάργκας, Σαντιάγκο Οστολάζα και Ντε Λεόν ανέτρεψε το εις βάρος της αποτέλεσμα και κατέκτησε το τρίτο τρόπαιο της ιστορίας της.
Για το Διηπειρωτικό Κύπελλο στο Τόκιο Νασιονάλ και Αιντχόφεν αναδείχθηκαν ισόπαλες με 2-2(Ο Οστολάζα πέτυχε και τα δύο τέρματα), και στην διαδικασία των πέναλντι επικράτησε με 7-6, με τον Χόρχε Σέρε να αποκρούει το πέναλντι του Φαν Άρλε, και τον Τόνι Γκόμεζ να ευστοχεί στο τελευταίο πέναλντι.
Με προπονητή τον Έκτορ Νούνιες οι "τρικόλορες" κατέκτησαν και το τρίτο διεθνές τρόπαιο το Copa Interamericana κόντρα στην Ολίμπια απο τις Ονδούρες, με το πρώτο ματς στην Τεγκουτσικάλπα να λήγει 1-1 με το γκολ του Ντανιέλ Φονσέκα, και στην ρεβάνς με δύο γκολ του Λουίς Νόε, και απο ένα των Σαντιάγκο Οστολάζα και του Ντανιέλ Φονσέκα έφτασε στην κατάκτηση.
Το 1989 με προπονητή τον Έκτορ Νούνιες, κατέκτησε το Recopa Sudamericana κόντρα στην Ρασίγκ Κλάμπ με μία νίκη με 1-0 με σκόρερ και πάλι τον Φονσέκα, ενώ το δεύτερο ματς έληξε ισόπαλο με 0-0.
Στα τέλη της δεκαετίας του '80 και στις αρχές του '90, το 1989, το 1990 και το 1991 τερμάτισε στην 2η θέση πίσω απο την Progresso, την Μπέλα Βίστα και την Ντεφενσόρ αντίστοιχα, αντιμετωπίζοντας σοβαρά οικονομικά προβλήματα, αλλά το 1992 επανήρθε στην κορυφή της Ουρουγουάης ύστερα απο εννιά χρόνια με μεγάλους πρωταγωνιστές τον Ντέλι Βαλντέζ, τον Φαμπιάν Ο' Νιλ, τον Τζιάνι Γκιγκού και τον Αντόνιο Βιδάλ.
Το 1993 κατετάγη 4η, το 1994 ήρθε 3η, το 1995 και το 1996 2η πίσω απο την Πενιαρόλ, το 1997 αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Πενιαρόλ και το 1998 με πρωταγωνιστή τον Ρούμπεν Σόσα και προπονητή τον Ούγκο Ντε Λεόν επανήρθε στην κορυφή.
Στα τέλη της δεκαετίας του '80 και στις αρχές του '90, το 1989, το 1990 και το 1991 τερμάτισε στην 2η θέση πίσω απο την Progresso, την Μπέλα Βίστα και την Ντεφενσόρ αντίστοιχα, αντιμετωπίζοντας σοβαρά οικονομικά προβλήματα, αλλά το 1992 επανήρθε στην κορυφή της Ουρουγουάης ύστερα απο εννιά χρόνια με μεγάλους πρωταγωνιστές τον Ντέλι Βαλντέζ, τον Φαμπιάν Ο' Νιλ, τον Τζιάνι Γκιγκού και τον Αντόνιο Βιδάλ.
Το 1993 κατετάγη 4η, το 1994 ήρθε 3η, το 1995 και το 1996 2η πίσω απο την Πενιαρόλ, το 1997 αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Πενιαρόλ και το 1998 με πρωταγωνιστή τον Ρούμπεν Σόσα και προπονητή τον Ούγκο Ντε Λεόν επανήρθε στην κορυφή.
Το 1999 ήρθε 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και στις αρχές του 21ου αιώνα κατέκτησε τρία συνεχόμενα Πρωταθλήματα το 2000, το 2001 και το 2002, με προπονητή τον Ούγκο Ντε Λεόν που επέστρεψε στην τεχνική ηγεσία της ομάδας και τον Ντανιέλ Καρένιο, και στον αγωνιστικό χώρο τους Ντιέγκο Λουγκάνο, Ρίτσαρντ Μοράλες, Αλεχάντρο Λέμπο, Άντρες Σκότι, Γκουστάβο Μουνούα και Σεμπαστιάν Αμπρέου.
Τα τελευταία χρόνια η Νασιονάλ επανήρθε δυναμικά στην κορυφή της Ουρουγουάης το 2003 και το 2004 ήρθε 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και την Ντανούμπιο. Ακολούθησαν έξι ακόμα Πρωταθλήματα με παίκτες όπως οι Μαουρίσιο Βικτορίνο, Νικόλας Λοδέιρο, Λουίς Σουάρες, Χόρχε Φουσίλε, Σεμπάστιαν Κοάτες και τον Άλβαρο Ρεκόμπα.
Το Clausura του 2005, το Clausura του 2006 και το Πρωτάθλημα του 2006, το Apertura του 2008 και το Πρωτάθλημα του 2009, το Apertura του 2009, το Clausura του 2011 και το Πρωτάθλημα του 2011, το Apertura του 2011 και το Πρωτάθλημα του 2012, το Apertura του 2014 και το Πρωτάθλημα του 2015
Στο Apertura του 2005 ήρθε 2η και στο Clausura του 2006, στο Apertura του 2006 7η και στο Clausura του 2007 12η, στο Apertura του 2007 5η και στο Clausura του 2008 3η σε ισοβαθμία με την Λίβερπουλ Μοντεβιδέο και Ντεφενσόρ.
Στο Clausura του 2009 κατέλαβε την 6η θέση, στο Clausura του 2010 ήρθε 4η και στο Apertura του 2010 ήρθε στην 2η θέση πίσω απο την Ντεφενσόρ, το Clausura του 2012 στην 2η θέση πίσω απο την Ντεφενσόρ.
Στο Apertura του 2012 τερμάτισε 3η και στο Clausura του 2013 στην 4η θέση, στο Apertura του 2013 στην 3η θέση και στο Clausura του 2014 την 3η θέση, στο Clausura του 2015 την 9η θέση. Στο Apertura του 2015 ήρθε 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και στο Clausura του 2016 στην 5η θέση
Στις διεθνείς διοργανώσεις το 2002 και το 2007 έφτασε στα προημιτελικά του Copa Libertadores, ενώ το 2009 έφτασε στα ημιτελικά όπου και αποκλείστηκε απο την Εστουντιάντες.
Το 2016 με προπονητή τον Μάρτιν Λασάρτε η Νασιονάλ επέστρεψε στην κορυφή του Πρωταθλήματος καταλαμβάνοντας την πρώτη θέση με 34 βαθμούς έναντι 29 των Γουόντερερς στο ενδιάμεσο Πρωτάθλημα.
Φουσίλε και Βικτορίνο ήταν οι συνδετικοί κρίκοι και τους Ντιέγκο Πολέντα, Μπράιαν Λοσάνο, Σέρχιο Οταλβάρο(Κολομβία), Ντιέγκο Αρισμέντι, Λουίς Μεχία(Παναμάς), Σεμπάστιαν Φερνάντες να είναι απο τις βασικές επιλογές του Λασάρτε.
Στο Apertura του 2017 έμεινε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ντεφενσόρ, ενώ κατέκτησε το Torneo Intermedio επικρατώντας στον τελικό της Ντεφενσόρ με 1-0 με γκόλ του Ροδρίγκο Αγκίρε. Στο Copa Libertadores πέρασε στην επόμενη φάση πίσω απο την Λανούς, αλλά στους "16" αποκλείστηκε απο την Μποταφόγκο με δύο ήττες.
Τον Δεκέμβριο του 2017 Λασάρτε και Νασιονάλ έλυσαν κοινή συναίνεση την συνεργασία τους και ανέλαβε ένας παλιός της ποδοσφαιριστής ο Αλεξάντερ Μεδίνα. Στο Libertadores στους προκριματικούς γύρους απέκλεισε τις Σαπεκοένσε και Μπάνφιλντ και στους ομίλους ισοβάθμησε στην δεύτερη θέση μαζί με την Εστουντιάντες στους 8 βαθμούς όμως για ένα γκολ στην διαφορά τερμάτων +2 έναντι +1 "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana.
Εκεί όπου απέκλεισε την παραγουανική Σολ Ντε Αμέρικα, την Σαν Λορέντζο αλλά αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Φλουμινένσε. Στα εντός των συνόρων ηττήθηκε στο πρώτο Σουπερ Καπ απο την Πενιαρόλ, αλλά βγήκε πρώτη στο Apertura και στο Intermedio, ενώ ήταν δεύτερη στο Clausura.
Όμως στην γενική κατάταξη ήταν δεύτερη πίσω απο την Πενιαρόλ οπότε για να διεκδικούσε τον τίτλο θα έπρεπε να επικρατήσει της "αιώνιας" αντιπάλου της για να κριθεί ο τίτλος σε διπλούς τελικούς. Τελικά γνώρισε την ήττα στην παράταση με 2-1 και έτσι δεν μπόρεσε να διεκδικήσει τον τίτλο.
Το 2019 ξεκίνησε με νέο προπονητή αφού ο Αλεξάντερ Μεδίνα είχε παραιτηθεί τον Δεκέμβριο του 2018, με τον Αργεντίνο Εδουάρδο Ντομίνγκες να αναλαμβάνει. Όμως τον Μάρτιο απολύθηκε και στην θέση του ανέλαβε ο Άλβαρο Γκουτιέρες.
Υπό την καθοδήγηση του Ντομίνγκες πάντως έφτασε στην κατάκτηση του Σουπερ Καπ απέναντι στην Πενιαρόλ με την κανονική διάρκεια και την παράταση να ολοκληρώνεται με 1-1, και στα πέναλντι με 4-3 να φτάνει στην νίκη.
Στο Copa Libertadores πέρασε απο την φάση των ομίλων ως δεύτερη πίσω απο την Σέρο Πορτένιο, αλλά δεν προχώρησε περισσότερο αφού η Ιντερνασιονάλ την απέκλεισε απο την συνέχεια. Στο Apertura ήρθε 3η και στο Intermedio δεν μπόρεσε να φτάσει στον τελικό.
Στο Clausura Νασιονάλ και Πενιαρόλ ισοβάθμησαν στην πρώτη θέση με 34 βαθμούς και χρειάστηκε να δοθεί αγώνας μπαράζ με τους "τρικολόρες" να επικρατούν με 2-0. Έτσι χρειαζόταν μία ακόμη νίκη για να πανηγυρίσει τον τίτλο κάτι που το κατάφερε χάρις στο γκολ του Ματίας Ζουνίνο.
Στην διάθεση του ο Γκουτιέρες είχε τους Λουίς Μεχία(Παναμάς), Γκιγιλερμο Κοτούνιο, Άλβαρο Περέιρα, Ραφαέλ Γκαρσία, Αρμάντο Μέντες, Γκουζμάν Κορούχο, Ματίας Λαμπόρδα, Ματίας Βίνια, Ματάις Καρντάσιο, Γκάμπριελ Νέβες, Φελίπε Καρμπάγιο, Σαντιάγκο Ροντρίγκες, Γκονσάλο Κάστρο Ματίας Ζουνίνο, και Γκονσάλο Μπεργκέσιο(Αργεντινή).
Στο Apertura του 2005 ήρθε 2η και στο Clausura του 2006, στο Apertura του 2006 7η και στο Clausura του 2007 12η, στο Apertura του 2007 5η και στο Clausura του 2008 3η σε ισοβαθμία με την Λίβερπουλ Μοντεβιδέο και Ντεφενσόρ.
Στο Clausura του 2009 κατέλαβε την 6η θέση, στο Clausura του 2010 ήρθε 4η και στο Apertura του 2010 ήρθε στην 2η θέση πίσω απο την Ντεφενσόρ, το Clausura του 2012 στην 2η θέση πίσω απο την Ντεφενσόρ.
Στο Apertura του 2012 τερμάτισε 3η και στο Clausura του 2013 στην 4η θέση, στο Apertura του 2013 στην 3η θέση και στο Clausura του 2014 την 3η θέση, στο Clausura του 2015 την 9η θέση. Στο Apertura του 2015 ήρθε 2η πίσω απο την Πενιαρόλ και στο Clausura του 2016 στην 5η θέση
Στις διεθνείς διοργανώσεις το 2002 και το 2007 έφτασε στα προημιτελικά του Copa Libertadores, ενώ το 2009 έφτασε στα ημιτελικά όπου και αποκλείστηκε απο την Εστουντιάντες.
Το 2016 με προπονητή τον Μάρτιν Λασάρτε η Νασιονάλ επέστρεψε στην κορυφή του Πρωταθλήματος καταλαμβάνοντας την πρώτη θέση με 34 βαθμούς έναντι 29 των Γουόντερερς στο ενδιάμεσο Πρωτάθλημα.
Φουσίλε και Βικτορίνο ήταν οι συνδετικοί κρίκοι και τους Ντιέγκο Πολέντα, Μπράιαν Λοσάνο, Σέρχιο Οταλβάρο(Κολομβία), Ντιέγκο Αρισμέντι, Λουίς Μεχία(Παναμάς), Σεμπάστιαν Φερνάντες να είναι απο τις βασικές επιλογές του Λασάρτε.
Στο Apertura του 2017 έμεινε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ντεφενσόρ, ενώ κατέκτησε το Torneo Intermedio επικρατώντας στον τελικό της Ντεφενσόρ με 1-0 με γκόλ του Ροδρίγκο Αγκίρε. Στο Copa Libertadores πέρασε στην επόμενη φάση πίσω απο την Λανούς, αλλά στους "16" αποκλείστηκε απο την Μποταφόγκο με δύο ήττες.
Τον Δεκέμβριο του 2017 Λασάρτε και Νασιονάλ έλυσαν κοινή συναίνεση την συνεργασία τους και ανέλαβε ένας παλιός της ποδοσφαιριστής ο Αλεξάντερ Μεδίνα. Στο Libertadores στους προκριματικούς γύρους απέκλεισε τις Σαπεκοένσε και Μπάνφιλντ και στους ομίλους ισοβάθμησε στην δεύτερη θέση μαζί με την Εστουντιάντες στους 8 βαθμούς όμως για ένα γκολ στην διαφορά τερμάτων +2 έναντι +1 "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana.
Εκεί όπου απέκλεισε την παραγουανική Σολ Ντε Αμέρικα, την Σαν Λορέντζο αλλά αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Φλουμινένσε. Στα εντός των συνόρων ηττήθηκε στο πρώτο Σουπερ Καπ απο την Πενιαρόλ, αλλά βγήκε πρώτη στο Apertura και στο Intermedio, ενώ ήταν δεύτερη στο Clausura.
Όμως στην γενική κατάταξη ήταν δεύτερη πίσω απο την Πενιαρόλ οπότε για να διεκδικούσε τον τίτλο θα έπρεπε να επικρατήσει της "αιώνιας" αντιπάλου της για να κριθεί ο τίτλος σε διπλούς τελικούς. Τελικά γνώρισε την ήττα στην παράταση με 2-1 και έτσι δεν μπόρεσε να διεκδικήσει τον τίτλο.
Το 2019 ξεκίνησε με νέο προπονητή αφού ο Αλεξάντερ Μεδίνα είχε παραιτηθεί τον Δεκέμβριο του 2018, με τον Αργεντίνο Εδουάρδο Ντομίνγκες να αναλαμβάνει. Όμως τον Μάρτιο απολύθηκε και στην θέση του ανέλαβε ο Άλβαρο Γκουτιέρες.
Υπό την καθοδήγηση του Ντομίνγκες πάντως έφτασε στην κατάκτηση του Σουπερ Καπ απέναντι στην Πενιαρόλ με την κανονική διάρκεια και την παράταση να ολοκληρώνεται με 1-1, και στα πέναλντι με 4-3 να φτάνει στην νίκη.
Στο Copa Libertadores πέρασε απο την φάση των ομίλων ως δεύτερη πίσω απο την Σέρο Πορτένιο, αλλά δεν προχώρησε περισσότερο αφού η Ιντερνασιονάλ την απέκλεισε απο την συνέχεια. Στο Apertura ήρθε 3η και στο Intermedio δεν μπόρεσε να φτάσει στον τελικό.
Στο Clausura Νασιονάλ και Πενιαρόλ ισοβάθμησαν στην πρώτη θέση με 34 βαθμούς και χρειάστηκε να δοθεί αγώνας μπαράζ με τους "τρικολόρες" να επικρατούν με 2-0. Έτσι χρειαζόταν μία ακόμη νίκη για να πανηγυρίσει τον τίτλο κάτι που το κατάφερε χάρις στο γκολ του Ματίας Ζουνίνο.
Στην διάθεση του ο Γκουτιέρες είχε τους Λουίς Μεχία(Παναμάς), Γκιγιλερμο Κοτούνιο, Άλβαρο Περέιρα, Ραφαέλ Γκαρσία, Αρμάντο Μέντες, Γκουζμάν Κορούχο, Ματίας Λαμπόρδα, Ματίας Βίνια, Ματάις Καρντάσιο, Γκάμπριελ Νέβες, Φελίπε Καρμπάγιο, Σαντιάγκο Ροντρίγκες, Γκονσάλο Κάστρο Ματίας Ζουνίνο, και Γκονσάλο Μπεργκέσιο(Αργεντινή).
Τον Δεκέμβριο όμως ο Γκουτιέρες παραιτήθηκε και στην θέση του ανέλαβε ο Γκουστάβο Μουνούα και διεκδίκησε το Apertura αλλά στον τελικό στο 'Σεντενάριο" γνώρισε την ήττα απο την Ρεντίστας στην παράταση με 1-0. Παράλληλα στο Libertadores κατάφερνε να πάρει την πρόκριση απο τους ομίλους και μάλιστα ως πρώτη σε ισοβαθμία με την Ρασίγκ.
Λίγο πριν ξεκινήσει το Intermedio η διοίκηση αποφάσισε να απομακρύνει τον Μουνούα και να δώσει το χρίσμα στον Χόρχε Τζιορντάνο. Η ομάδα έφτασε μέχρι τον τελικό όπου βρήκε απέναντι της την Πενιαρόλ.
Ο κανονικός αγώνας και η παράταση έληξε χωρίς τέρματα και στην διαδικασία των πέναλντι επικράτησε με 4-1 και κατέκτησε τον τίτλο. Στους "16" απέκλεισε την Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάλε στην διαδικασία των πέναλντι αλλά στα προημιτελικά αποκλείστηκε απο την Ρίβερ Πλέιτ όπου στο δεύτερο παιχνίδι ηττήθηκε με 6-2.
Στο Clausura τερμάτισε στην τέταρτη θέση και ο Τζιορντάνο μία βδομάδα πριν την ολοκλήρωση του απολύθηκε και ο Μάρτιν Λιγκέρα ανέλαβε ως προσωρινός. Ένα μήνα μετά τον Απρίλιο του 2021 ανέλαβε o Αλεχάντρο Καπούκιο με τον οποίον κατέκτησε το Σούπερ Καπ τον Μάιο κόντρα στους Μοντεβιδέο Γουόντερερς, αλλά στο Apertura τερμάτισε στην δεύτερη θέση και ο Καπούκιο αποφάσισε απο κοινού με την διοίκηση να λυθεί η συνεργασία τους.
Την ίδια περίοδο στο Libertadores στην φάση των ομίλων δεν μπόρεσε να προκριθεί αλλά με την τρίτη θέση "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana. Εκεί όπου στην φάση των "16" βρήκε απέναντι της την αιώνια αντίπαλο Πενιαρόλ.
Στο "Γκραν Πάρκε" ηττήθηκε με 2-1, στο "Καμπεόν Ντελ Σίλιο" νίκησε μεν με 1-0 αλλά τα εκτός έδρας γκολ της στέρησαν την πρόκριση στους προημιτελικούς. Στο Clausura έμεινε δεύτερη πίσω απο την Πενιαρόλ για δύο βαθμούς και δεν μπόρεσε να διεκδικήσει τον τίτλο.
Τον Δεκέμβριο του 2021 την τεχνική ηγεσία ανέλαβε ο Πάμπλο Ρεπέτο και στην νέα σεζόν στο Apertura τερμάτισε στην δεύτερη θέση, ενώ στο Copa Libertadores κατετάγη τρίτη πίσω απο Εστουντιάντες και Βελέζ Σάρσφιλντ. Κατέκτησε το Intermedio επικρατώντας στον τελικό της Λίβερπουλ με 1-0 χάρις στο γκολ του Γιόναταν Ροντρίγκες.
Στο Copa Sudamericana απέκλεισε στους "16" την Ουνιόν, αλλά στα προημιτελικά η Ατλέτικο Γκοιανένσε την "σταμάτησε" κερδίζοντάς την δύο φορές με 1-0 και 3-0 αντίστοιχα.
Πριν τους αγώνες με τους Βραζιλιάνους η διοίκηση των "μπόλσο" ανακοίνωσε την μεγάλη επιστροφή του Λουίς Σουάρες στον σύλλογο στον οποίο ανδρώθηκε ύστερα απο 16 χρόνια.
Στο Κύπελλο αποκλείστηκε στην φάση των "16" απο την Ράμπλα Τζούνιορς ενώ όπως έγινε γνωστό το συμβόλαιο του Σουάρες ήταν μέχρι και την λήξη του Πρωταθλήματος και δεν αναμενόταν να ανανεωθεί. Mε δύο δικά του γκολ πάντως βοήθησε στην κατάκτηση του Πρωταθλήματος στην επικράτηση στην παράταση επι της Λίβερπουλ Μοντεβιδέο με 4-1.
Σέρχιο Ροσέ, Λέο Κοέλιο(Βραζιλία), Καμίλο Καντίντο, Ιγνάσιο Ροντρίγκεζ, Ματίας Λαμπόρδα
Ντιέγκο Ζαμπάλα, Γιόναταν Ροντρίγκες, Φελίπε Καρμπάγιο, Αλφόνσο Τρέτσα, Εμμανουέλ Τζιλιότι(Αργεντινή), Φράνκο Φαγκούντεζ, Φρανσίσκο Τζινέλα, Άνχελ Κάστρο(Κολομβια), Λεάντρο Λοσάνο, Μαρτίν Ροντρίγκες, Σαντιάγκο Ραμίρες, Γκιγιέρμο Σεντουριόν.
Παρά την κατάκτηση του τίτλου ο σύλλογος αποφάσισε την μη ανανέωση του συμβολαίου του Ρεπέτο και ενώ νωρίτερα είχε αποκαλυφθεί ότι εκλεκτός της ομάδας δεν ήταν άλλος απο τον Αργεντίνο Ρικάρντο Ζιελίνσκι.
Στις 19 Μαρτίου η Νασιονάλ ανακοίνωσε ότι ήρθε σε συμφωνία με τον Ζιελίνσκι για να λύσουν απο κοινού την συνεργασία τους, με τον Αργεντίνο να μετράει σε 8 επίσημα παιχνίδια, 3 νίκες, 5 ισοπαλίες και 2 ήττες.
Γρήγορα όμως βρήκαν τον αντικαταστάτη του αφού ήρθαν σε συμφωνία με τον Άλβαρο Γκουτιέρες ο οποίος για τρίτη φορά θα κάτσει στον πάγκο των "άλμπος". Στο Copa Libertadores κατάφερε να προκριθεί στην νοκ άουτ φάση καταλαμβάνοντας την δεύτερη θέση πίσω απο την Ιντερνασιονάλ και στους "16" αντιμετώπισε την Μπόκα Τζούνιορς.
0-0 το πρώτο ματς στο Μοντεβίδεο, 2-2 στην ρεβάνς και η πρόκριση κρίθηκε στα πέναλντι. Ο Ραμίρες είδε το πέναλντι του να το αποκλείει ο Ρομέρο όπως και το αντίστοιχο του Μποκανέγκρα και με 4-2 η Νασιονάλ αποκλείστηκε.
2η θέση στο Apertura πίσω απο την Πενιαρόλ, ούτε και στο Intermedio μπόρεσε να πετύχει κάτι τρίτη έμεινε στον ομιλό της. Στις 20 Οκτωβρίου του 2023 Γκουτιέρες και Νασιονάλ έλυσαν απο κοινού την συνεργασία τους ύστερα απο 29 παιχνίδια στα οποία είχε 13 νίκες, 10 ισοπαλίες και 6 ήττες και στην θέση του ήρθε ο Αλβαρο Ρεκόμπα.
Στο Clausura τερμάτισε στην 4η θέση 11 βαθμούς πίσω απο την πρώτη Λίβερπουλ χωρίς να έχει την δυνατότητα να διεκδικήσει τον τίτλο. Στην γενική βαθμολογία με την τρίτη θέση που κατείχε θα παίξει στον δεύτερο προκριματικό γύρο του νέου Libertadores.
Ενόψει της νέας χρονιάς απέκτησε τον Παναμέζο γκολκίπερ Λουίς Μεχία, τον κεντρικό αμυντικό Ματέο Άντονι Παβόν, τον αριστερό επιθετικό Ραφαέλ Χερμάν Πιλόνι, τον κεντρικό αμυντικό Χουάν Ισκιέρδο, τον μέσο Μαουρίσιο Περέιρα, τον μέσο Κριστιάν Ολίβα, τον Αργεντίνο μέσο Αλέξις Κάστρο, τον επιθετικό Ρούμπεν Μπετανκούρ και τον Παραγουανό επιθετικό Φεντερίκο Σανταντέρ.
Με δύο νίκες με το ίδιο σκόρ 2-0, επικράτησε της Ακαντέμια Πουέρτο Καμπέγιο απο την Βενεζουέλα και προκρίθηκε στον τρίτο γύρο όπου αντιμετώπισε την Always Ready απο την Βολιβία. Στο πρώτο παιχνίδι στο Έλ Άλτο γνώρισε την ήττα με 1-0, ενώ στην ρεβάνς επικράτησε με 2-1 και η πρόκριση θα κρινόταν στην διαδικασία των πέναλντι.
Εκεί όπου με 5-4 αφού ο Μεχία απέκρουσε αυτό του Σουάρες η Νασιονάλ πέτυχε να προκριθεί στην φάση των ομίλων της διοργάνωσης
