Άν και ανήκει στο κλαμπ των πέντε μεγάλων της Αργεντινής που το 1934 με την θεμελίωση της Ομοσπονδίας ποδοσφαίρου απέκτησαν το δικαίωμα η ψήφος τους να έχει μεγαλύτερη βαρύτητα από τους υπολοίπους, η Σαν Λορέντζο χρειάστηκε να περιμένει 106 ολόκληρα χρόνια για να γευτεί την κατάκτηση για πρώτη φορά στην ιστορία της την κατάκτηση του Κόπα Λιμπερταδόρες.
Η ιστορία ξεκινάει στις αρχές του 20ου αιώνα,όταν μια ομάδα παιδιών έπαιζε στους δρόμους του Μπουένος Άιρες, μια δραστηριότητα όμως που άρχιζε να γίνεται ιδιαίτερα επικίνδυνη λόγω της αύξησης των αυτοκινήτων στην περιοχή. Βλέποντας αυτή την κατάσταση ο πάτερ Λορέντσο Μάσα που ήταν ιερέας στην τοπική εκκλησία προσφέρθηκε να τους παραχωρήσει την αυλή του ναού για να αθλούνται με τον όρο να πηγαίνουν να παρακολουθούν την λειτουργία της Κυριακής.
Την 1η Απριλίου του 1908 πραγματοποιήθηκε στην γειτονιά Αλμάγκρο του Μπουένος Άιρες συνάντηση όλων των εμπλεκομένων με σκοπό την δημιουργία ενός κλάμπ. Κατα την διάρκεια αυτής προτάθηκαν πολλά ονόματα. Η πρώτη επιλογή ήταν το "Los Forzozos de Almagro" το οποίο όμως δεν προτιμήθηκε. Αντίθετα τέθηκε στο τραπέζι το όνομα "San Lorenzo" θέλοντας με αυτό τον τρόπο να τιμήσουν τον Μάσα ο οποίος όμως αρχικά αρνήθηκε. Παρόλα αυτά αποφάσισε να αποδεχτεί το όνομα θέτοντας το όμως με διαφορετικό συμβολισμό.
Πρώτον για να τιμηθεί ο Άγιος Λαυρέντιος της Ρώμης και κατά δεύτερον για να τιμηθεί η μάχη του Σαν Λορέντζο μια ιδιαίτερα σημαντική μάχη για την ανεξαρτησία της χώρας. Παράλληλα ένα άλλο ιδρυτικό μέλος ο Φεντερίκο Μόντι πρότεινε να προστεθεί στον τίτλο και η Αλμάγκρο, η γειτονιά από την οποία κατάγονταν οι περισσότεροι, πρόταση που αποδέχτηκαν όλοι και έτσι δημιουργήθηκε η Club Atletico San Lorenzo de Almagro.
Το πρώτο επίσημο ματς του νέου συλλόγου δόθηκε στις 26 Απριλίου του 1914 και πολύ σύντομα κατάφερε να κερδίσει τον προβιβασμό στην μεγάλη κατηγορία. Το 1919 το ποδόσφαιρο της Αργεντινής διασπάστηκε σε δύο λίγκες με την Σαν Λορέντζο μαζί με τις Ρασίγκ Κλάμπ, Ρίβερ Πλέιτ και Ιντεπεντιέντε πήρε μέρος στο Asociacion Amateur(Aam) όπου κατέκτησε δύο πρωταθλήματα το 1923 και το 1924. Με την ένωση των δύο λιγκών υπό την ονομασία Asociacion Amateurs Agentina de Football(AAAF) κατέκτησε τον τίτλο το 1927 με κυριότερους παίκτες τους Αλφρέντο Καρικαμπέρι, Λουίς Μόντι και Ντιέγκο Γκαρσία.
Με την είσοδο του επαγγελματισμού στην δεκαετία του '30 η Σαν Λορέντζο κατέκτησε δύο ακόμα πρωταθλήματα το 1933 και το 1936 το Copa de Honor που ήταν ουσιαστικά η πρώτη φορά που διεξήχθησαν δύο πρωταθλήματα. Πέρασε μία δεκαετία για να βρεθεί ξανά στην κορυφή του πρωταθλήματος και αυτό πραγματοποιήθηκε το 1946 καθοδηγούμενοι από το "χρυσό" τρίο τους Αρμάντο Φάρρο, Ρενέ Ποντόνι, Ρινάλντο Μαρτίνο και τον Ισπανό Άνχελ Ζουμπιέτα και στην συνέχεια πραγματοποίησε ευρωπαϊκή περιοδεία σε Ισπανία και Πορτογαλία αντίστοιχα.
Στην δεκαετία του '50 η συγκομιδή των "αθουλγκράνα" ήταν φτωχή με την κατάκτηση μόνο του πρωταθλήματος το 1959 με πρωταγωνιστές τον Χοσέ Σανφίλιπο που αναδείχτηκε και πρώτος σκόρερ με 31 τέρματα και τον Παραγουάνο Άνχελ Μπέρνι, δίνοντας την δυνατότητα να είναι η πρώτη αργεντίνικη ομάδα που έπαιξε στο Κόπα Λιμπερταδόρες. Τα χρόνια όμως που θα έρχονταν και ειδικά η εξαετία 1968-1974 θα ήταν ιδιαίτερα παραγωγική και θα χαρακτηριζόταν ως η κορυφαία στην ιστορία του συλλόγου.
Οι "Los matadores" όπως ήταν το παρατσούκλι εκείνης της ομάδας κατέκτησαν το Metropolitano του 1968 με προπονητή τον Βραζιλιάνο Έλμπα Ντε Παδούα Λίμα αήττητοι κάτι που συνέβαινε για πρώτη φορά στα χρονικά του αργεντίνικου ποδοσφαίρου με 16 νίκες και 8 ισοπαλίες. Επίσης τέσσερα χρόνια αργότερα με προπονητή τον Χουάν Κάρλος Λορέντσο το 1972 έγινε η πρώτη ομάδα που κατακτάει ταυτόχρονα και τα δύο πρωταθλήματα στην ίδια χρόνια τόσο το Metropolitano όσο και το Nacional το δεύτερο ειδικά αήττητοι, για να κλείσει ο κύκλος της ομάδας με την κατάκτηση του Nacional το 1974.
Ο βασικός κορμός της ομάδας εκείνης αποτελούταν από τους Ρομπέρτο Τέλτς, Αγκουστίν Ιρούστα,Ράφαελ Άλμπρεχτ, Έκτορ Βέιρα, Ροντόλφο Φίσερ, Ρούμπεν Αγιάλα, Βικτόριο Κόκκο, Κάρλος Βέλιο, Έκτορ Σκότα, Όσκαρ Ορτίθ, Ρικάρντο Λαβόλπε και Χοσέ Ολγκουίν. Επειδή όμως μετά την ακμή έρχεται η παρακμή τα επόμενα χρόνια που ακολούθησαν βρήκαν τον σύλλογο σε δεινή θέση.
Η κακή διαχείριση σε συνδυασμό με τα οικονομικά προβλήματα και τις αγωγές που κατέθεταν πρωην ποδοσφαιριστές ζητώντας τα χρήματα τους έστειλαν τον σύλλογο να υποβιβαστεί για πρώτη φορά στην επαγγελματική κατηγορία αλλά και στην ιστορία του το 1981. Η επάνοδος της στην πρώτη κατηγορία ήρθε άμεσα το 1982 και καθ όλη την δεκαετία του '80 υπήρξαν χρονιές όπου είχε τερματίσει στην πρώτη τριάδα διεκδικώντας επί ίσοις όροις την πρωτιά.
Χρειάστηκε να περάσουν 21 χρόνια για να μπορέσει ο "Κυκλώνας" να πατήσει κορυφή όταν με προπονητή τον Έκτορ Βέιρα μέλος των περίφημων "Matadores", και με παίκτες όπως ο Όσκαρ Ρουτζέρι, ο Βραζιλιάνος Πάουλο Σίλας, ο Φερνάντο Γκαλέτο,ο Χόρχε Μπορέλι,ο Βενεζουελάνος Γκιλμπέρτο Αγκελούτσι,ο Εντουάρντο Μπένετ από την Ονδούρα και ο Εστεμπάν Γκονζάλεζ κατέκτησε το Clausura του 1995 με ένα βαθμό διαφορά από την Χιμνάσια Λα Πλάτα.
Έξι χρόνια αργότερα με τον Μανουέλ Πελεγκρίνι στον πάγκο τα "κοράκια" πέτυχαν δύο σημαντικά ρεκόρ, 11 συνεχόμενες νίκες, και ρεκόρ συγκομιδής βαθμών 47 σε ένα πρωτάθλημα κατέκτησαν το Clausura του 2001. Ο Χιλιανός προπονητής είχε στην σύνθεση του παίκτες όπως οι Σεμπάστιαν Σάχα, Χουάν Χοσέ Σερισουέλα, Φαμπρίτσιο Κολοτσίνι, Εντουάρντο Τούτσιο, Λέαντρο Ρομανιόλι, Μπερνάρντο Ρομέο, Βάλτερ Ερβίτι, Ραούλ Εστέβεζ, τον Παραγουανό Κλαούντιο Μορέλ Ροντρίγκεζ και τον Σεμπαστιάν Αμπρέου.
Παράλληλα την ίδια χρονιά κατακτούσε και τον πρώτο τίτλο σε διεθνές επίπεδο το Copa Mercosur αποκλείοντας κατά σειρά στις φάσεις νοκ-άουτ τις Τσέρο Πορτένιο, Κορίνθιανς και στον τελικό στην διαδικασία των πέναλντι νίκησε την Φλαμένγκο. Μάλιστα η Σαν Λορέντζο ήταν η μοναδική ομάδα από την χώρα του ταγκό που κέρδισε τον συγκεκριμένο θεσμό.
Ώς απόρροια της κατάκτησης του Mercosur πήρε μέρος στην πρώτη διοργάνωση του Copa Sudamericana. Στην πρώτη φάση απέκλεισε την κολομβιανή Μονάγκας, στην συνέχεια την Ρασίγκ Κλάμπ, την Μπολιβάρ και στον διπλό τελικό στον πρώτο αγώνα στο Μεντεγίν επικράτησε της Ατλέτικο Νασιονάλ με 4-0, στον επαναληπτικό με την "λευκή" ισοπαλία έγινε η πρώτη κάτοχος της διοργάνωσης, με προπονητή τον Ρούμπεν Ινσούα και μεγάλο πρωταγωνιστή τον Ροντρίγκο Αστουντίγιο.
Υπό την καθοδήγηση του Ραμόν Ντίαζ οι "άγιοι" επέστρεψαν στην κορυφή της Αργεντινής κατακτώντας το Clausura του 2007 έχοντας στην διάθεσή του παίκτες όπως οι Τζόναθαν Μποτινέλι, Εζέκιελ Λαβέτσι. Κρίστιαν Λεντέσμα, Γκαστόν Φερνάντεζ, Ντιέγκο Ριβέρο και Σαντιάγκο Χίρσινγκ.
Στις 9 Οκτωβρίου του 2012 προσελήφθη ο Χουάν Αντόνιο Πίτσι ο οποίος έχοντας ως παρακαταθήκη το πρωτάθλημα του 2010 στην Χιλή με την Ουνιβερσιτάντ Κατόλικα, ευτύχησε να φτάσει στην κατάκτηση του Inicial του 2013. Ήταν ένα αγωνιώδες φινάλε αφού τέσσερις ομάδες διεκδικούσαν την πρώτη θέση οι οποίες μάλιστα έπαιζαν μεταξύ τους. Τελικά οι δύο ισοπαλίες στα δύο παιχνίδια διατήρησε την απόσταση των δύο βαθμών που είχε η "σανλορέ" από τους διώκτες της δίνοντας της το 15ο πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Μετά την αποχώρηση του Πίτσι για την Βαλένθια τον Δεκέμβριο του 2013 τον σύλλογο ανέλαβε ο
Εντγκάρντο Μπαούσα. Υπό την καθοδήγησή του έφτασε στην κατάκτηση του Κόπα Λιμπερταδόρες
αν και στην πρώτη φάση δυσκολεύτηκε να περάσει αφού ισοβάθμησε στην δεύτερη θέση με την κολομβιανή Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάλε και χάρις στην διαφορά τερμάτων πέρασε στην επόμενη φάση.
Η συνέχεια ήταν καλύτερη αφού απέκλεισε κατά σειρά τις Γκρέμιο, Κρουζέιρο και Μπολιβαρ, και στον τελικό αντιμετώπισε την Νασιονάλ Ασουνσιόν από την Παραγουάη, φέρνοντας ισοπαλία στην Ασουνσιόν στον πρώτο αγώνα με 1-1, και στην ρεβάνς επικράτησε με 1-0 χάρις σε εύστοχη εκτέλεση πέναλτι του Ορτιγκόσα στο 35ο λεπτό.
Ο Μπαούσα είχε στην διαθέση του τους Σεμπαστιάν Τορίκο, Χούλιο Μπουφαρίνι, τον Παραουανό Νεστόρ Ορτιγόσα, τον Εμάνουελ Μας, τον Σαντιάγκο Τζεντιλέτι, τον Έκτορ Βιγιάλμπα, τον Ιγκνάσιο Πιάτι, τον Λεάντρο Ρομανιόλι, τον Μάουρο Μάτος, τον Πάμπλο Μπαριέντος, τον Μάουρο Τσέτο και τον Ουρουγουανό Μάρτιν Καουτερούτσιο.
Τον Μάιο του 2014 θα ηττηθεί απο την Ρίβερ Πλειτ στον τελικό του Superfinal. ενώ ως εκπρόσωπος της Λατινικής Αμερικής θα αγωνιστεί στο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στο Μαρακές όπου στον ημιτελικό θα κερδίσει με 2-1 την Όκλαντ και στον τελικό θα ηττηθεί απο την Ρεάλ Μαδρίτης με 2-0,
Μετά την αποχώρηση του Πίτσι για την Βαλένθια τον Δεκέμβριο του 2013 τον σύλλογο ανέλαβε ο
Εντγκάρντο Μπαούσα. Υπό την καθοδήγησή του έφτασε στην κατάκτηση του Κόπα Λιμπερταδόρες
αν και στην πρώτη φάση δυσκολεύτηκε να περάσει αφού ισοβάθμησε στην δεύτερη θέση με την κολομβιανή Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάλε και χάρις στην διαφορά τερμάτων πέρασε στην επόμενη φάση.
Η συνέχεια ήταν καλύτερη αφού απέκλεισε κατά σειρά τις Γκρέμιο, Κρουζέιρο και Μπολιβαρ, και στον τελικό αντιμετώπισε την Νασιονάλ Ασουνσιόν από την Παραγουάη, φέρνοντας ισοπαλία στην Ασουνσιόν στον πρώτο αγώνα με 1-1, και στην ρεβάνς επικράτησε με 1-0 χάρις σε εύστοχη εκτέλεση πέναλτι του Ορτιγκόσα στο 35ο λεπτό.
Ο Μπαούσα είχε στην διαθέση του τους Σεμπαστιάν Τορίκο, Χούλιο Μπουφαρίνι, τον Παραουανό Νεστόρ Ορτιγόσα, τον Εμάνουελ Μας, τον Σαντιάγκο Τζεντιλέτι, τον Έκτορ Βιγιάλμπα, τον Ιγκνάσιο Πιάτι, τον Λεάντρο Ρομανιόλι, τον Μάουρο Μάτος, τον Πάμπλο Μπαριέντος, τον Μάουρο Τσέτο και τον Ουρουγουανό Μάρτιν Καουτερούτσιο.
Τον Μάιο του 2014 θα ηττηθεί απο την Ρίβερ Πλειτ στον τελικό του Superfinal. ενώ ως εκπρόσωπος της Λατινικής Αμερικής θα αγωνιστεί στο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στο Μαρακές όπου στον ημιτελικό θα κερδίσει με 2-1 την Όκλαντ και στον τελικό θα ηττηθεί απο την Ρεάλ Μαδρίτης με 2-0,
