Άν και δεν κατάφερε να πάρει μέρος με την Εθνική Ουρουγουάης σε συνεχόμενες τελικές φάσεις Παγκοσμίων Κυπέλλων, εντούτοις ο Ντανιέλ Φονσέκα πραγματοποίησε μια πολύ μεγάλη καριέρα ειδικά στην Ιταλία όπου και ουσιαστικά πέρασε τα πιο παραγωγικά χρόνια του έχοντας πέρασμα από πέντε διαφορετικές ομάδες με κορυφαία όλων την Γιουβέντους
Γεννήθηκε στις 13 Σεπτεμβρίου του 1969 στο Μοντεβίδεο και ξεκίνησε την καριέρα του στην Νασιονάλ την διετία 1988-1990 στην οποία αν και αγωνίστηκε μόλις σε 27 παιχνίδια πετυχαίνοντας 9 γκολ, κατέκτησε το Κόπα Λιμπερταδόρες και το Διηπειρωτικό Κύπελλο του 1988, το Copa Interamericana και το Recopa Sudamericana του 1989 όπου αγωνίστηκε και στα δύο παιχνίδια.
Το καλοκαίρι του 1990 ξεκίνησε η "ιταλική" περιοδεία του με πρώτο σταθμό την Σαρδηνία και το Κάλιαρι όπου μετεγγράφηκε μαζί με τον συμπατριώτη του τον Έντσο Φραντσέσκολι. Στο "Σαν Ελία" αν και αγωνίστηκε κυρίως στην αριστερή πλευρά της επίθεσης είχε σε 51 συμμετοχές 17 γκολ μέχρι και το καλοκαίρι του 1992 όταν η Νάπολι τον ενέταξε στο δυναμικό της.
Στο "Σάν Πάολο" έκανε ακόμα καλύτερες εμφανίσεις με αποκορύφωμα την εμφάνιση του απέναντι στην Βαλένθια στον πρώτο γύρο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ της περιόδου 1992-1993, πετυχαίνοντας έξι γκολ, πέντε από τα οποία στην πρώτη αναμέτρηση των δύο ομάδων. Συνολικά στους "παρτενοπέι" παρέμεινε μέχρι και το καλοκαίρι του 1994 έχοντας 69 συμμετοχές και 39 γκολ, με τους υπευθύνους της Ρόμα να κάνουν κίνηση για την απόκτηση του.
Άν και έμεινε στο "Ολίμπικο" τρία χρόνια από το 1994 έως το 1997 εμφανίστηκαν τα πρώτα προβλήματα τραυματισμών που τον υποχρέωσαν να παρακολουθήσει πολλές αναμετρήσεις από την εξέδρα. Παρόλα αυτά έχοντας παρτενέρ τον Αργεντινό Άμπελ Μπάλμπο κατάφερε να πετύχει 28 γκολ σε 79 εμφανίσεις με τους "τζιαλορόσι".
Η αποδέσμευση του από τους Ρωμαίους το καλοκαίρι του 1997 ώθησε τους ιθύνοντες της Γιουβέντους να κάνουν κίνηση για την απόκτησή του. Στο "Ντελε Άλπι" δεν αγωνίστηκε στην φυσική του θέση ως κεντρικός επιθετικός αλλά παρόλα αυτά όταν χρειαζόταν έδινε λύσεις από τον πάγκο αν και ταλαιπωρήθηκε και στο Τορίνο από τραυματισμούς.
Στην τριετία του 1997-2000 με τους "μπιανκονέρι" είχε σε 70 συμμετοχές 17 γκολ κατακτώντας το Πρωτάθλημα του 1998 και το Σούπερ Καπ του 1997. Παράλληλα αγωνίστηκε ως αλλαγή στον τελικό του Champions League του 1998 στο Άμστερνταμ απέναντι στην Ρεάλ Μαδρίτης με τις "μερένγκες" να κατακτούν το 7ο Κύπελλο Πρωταθλητριών στην ιστορία της.
Επιστροφή στην Λατινική Αμερική για την Ρίβερ Πλέιτ το καλοκαίρι του 2000 όπου όμως έλυσε πολύ γρήγορα το συμβόλαιο του ουσιαστικά αγωνίστηκε με την φανέλα των "μιλιονάριος" μόνο σε φιλικά προετοιμασίας. Το 2002 επανήρθε στην Νασιονάλ με την οποία είχε μόνο 5 συμμετοχές και 2 γκολ που δεν τον εμπόδισε να πανηγυρίσει το Πρωτάθλημα Ουρουγουάης.
Τελευταία του παρουσία στους αγωνιστικούς χώρους ήταν με την φανέλα της Κόμο στην οποία εντάχθηκε ως ελεύθερος τον Νοέμβριο του 2002 όμως η ισχνή του παρουσία μόλις 2 συμμετοχές τον ανάγκασαν να ανακοινώσει τον Φεβρουάριο του 2003 την απόσυρση του από την ενεργό δράση.
Με την Εθνική Ουρουγουάης έκανε το ντεμπούτο του στις 2 Φεβρουαρίου του 1990 απέναντι στην Κολομβία στο Μαϊάμι στο πλαίσιο του Marlboro Cup. Πήρε μέρος στην τελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου στα γήπεδα της Ιταλίας το 1990 όπου αγωνίστηκε στα παιχνίδια με την Νότια Κορέα και την Ιταλία στην φάση των "16".
Ήταν άτυχος αφού η "σελέστε" δεν πήρε μέρος στα Παγκόσμια Κύπελλα του 1994 και του 1998, αλλά αναδείχτηκε Πρωταθλητής Νοτίου Αμερικής το 1995 όπου πέτυχε 2 γκολ. Στις 10 Σεπτεμβρίου του 1997 αγωνίστηκε για 30η και τελευταία φορά στην Λίμα απέναντι στο Περού στο πλαίσιο της προκριματικής φάσης του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 1998 έχοντας και 11 γκολ.
Αφότου κρέμασε τα ποδοσφαιρικά του παπούτσια ο Φονσέκα είναι πλέον μάνατζερ ποδοσφαιριστών ενώ συχνά-πυκνά είναι τηλεσχολιαστής και συμμετέχει σε διαφορά τηλεοπτικά προγράμματα που έχουν σχέση με το ποδόσφαιρο.
