Όταν το καλοκαίρι του 1995 ο Χαβιέ Ζανέτι υπέγραφε στην Ίντερ, ποτέ δεν θα φανταζόταν ότι θα παρέμεινε στον σύλλογο του Μιλάνου μια ζωή. Η πρώτη μετεγγραφή της προεδρίας του Μάσιμο Μοράτι θα αποδεικνυόταν ίσως η πιο σημαντική της τελευταίας εικοσαετίας. "Πολυεργαλείο" αφού πέραν της θέσης του αριστερού μπακ έχει αγωνιστεί και στην δεξιά πλευρά ενώ κατά καιρούς έχει περάσει και από τον χώρο της άμυνας αλλά και από αυτόν του κέντρου.
Γεννήθηκε στις 10 Αυγούστου του 1973 στο Μπουένος Άιρες και από πολύ μικρός συνδύαζε το σχολείο με την δουλειά αφού βοηθούσε τον πατέρα του που ήταν οικοδόμος ενώ παράλληλα παρέδιδε γάλα και δούλευε στο μανάβικο του ξαδέρφου του. Στον ελεύθερο χρόνο του έπαιζε ποδόσφαιρο και η πρώτη του προσπάθεια να ενταχθεί στις ακαδημίες της Ιντεπεντιέντε απέτυχε.
Εν τέλει η Club Atletico Talleres ήταν αυτή που τον ενέταξε στο δυναμικό της και την περίοδο 1992-1993 στην Primera B όπου αγωνίστηκε σε 33 παιχνίδια πετυχάινοντας και ένα γκολ. Την αμέσως επόμενη σεζόν η Μπάνφιλντ τον απέκτησε και πήρε το βάπτισμα του πυρός στην μεγάλη κατηγορία στις 12 Σεπτεμβρίου του 1993 απέναντι στην Ρίβερ Πλέιτ.
Οι εμφανίσεις του με τους "el taladro" προσέλκυσαν το ενδιαφέρον ομάδων όπως η Μπόκα Τζούνιορς και η Ρίβερ Πλέιτ ενώ κλήθηκε για πρώτη φορά και στην Εθνική. Ο ίδιος όμως δεν επηρεάστηκε από τις "σειρήνες" του εσωτερικού και συνέχισε να προσφέρει τις υπηρεσίες του στην ομάδα του μέχρι το καλοκαίρι του 1995 συμπληρώνοντας 66 συμμετοχές και 4 γκολ.
Ο Ιούνιος του 1995 θα αποδειχθεί καταλυτικός για την περαιτέρω πορεία του αφού η Ίντερ θα προσφέρει το ποσό των 6.5 εκατομμυρίων δολαρίων για να τον φέρει στην Ιταλία. Έκανε ντεμπούτο στην SERIE A στις 27 Αυγούστου απέναντι στην Βιτσέντζα και στην πρώτη του χρονιά αγωνίστηκε σε 39 παιχνίδια σε όλες τις διοργανώσεις πετυχάινοντας και 2 γκολ.
Την περίοδο 1996-1997 έφτασε πολύ κοντά στον πρώτο του τίτλο το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ όμως στους διπλούς τελικούς απέναντι στην Σάλκε με τους Γερμανούς να κατακτούν το τρόπαιο στην διαδικασία των πέναλτι.
Αυτό που δεν πέτυχε απέναντι στους "βασιλικούς μπλε" το κατάφερε την αμέσως επόμενη χρονιά(1997-1998) στον τελικό του "Παρκ Ντε Πρένς" απέναντι στην Λάτσιο κατακτώντας τον πρώτο του τίτλο με τους "νερατζούρι".
Αυτό που δεν πέτυχε απέναντι στους "βασιλικούς μπλε" το κατάφερε την αμέσως επόμενη χρονιά(1997-1998) στον τελικό του "Παρκ Ντε Πρένς" απέναντι στην Λάτσιο κατακτώντας τον πρώτο του τίτλο με τους "νερατζούρι".
Από τον Αύγουστο του 1999 φόρεσε το περιβραχιόνιο του αρχηγού και στα επόμενα χρόνια θα πανηγυρίσει την κατάκτηση πέντε συνεχόμενων Πρωταθλημάτων(2006,2007,2008,2009,2010), 3 Κυπέλλων Ιταλίας το 2005, το 2006 και το 2011, και 4 Ιταλικών Σούπερ Καπ το 2005, το 2006, το 2008 και το 2010.
Αναμφίβολα όμως η κορυφαία χρονιά της καριέρας του στην Ίντερ δεν ήταν άλλη από το 2010 αφού πέραν των εγχώριων τίτλων, ήρθε και το μεγάλο τρόπαιο, αυτό του Τσάμπιονς Λιγκ στον τελικό της Μαδρίτης απέναντι στην Μπάγερν Μονάχου για πρώτη φορά μετά το 1965 και το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων κόντρα στην Μαζέμπε.
Αναμφίβολα όμως η κορυφαία χρονιά της καριέρας του στην Ίντερ δεν ήταν άλλη από το 2010 αφού πέραν των εγχώριων τίτλων, ήρθε και το μεγάλο τρόπαιο, αυτό του Τσάμπιονς Λιγκ στον τελικό της Μαδρίτης απέναντι στην Μπάγερν Μονάχου για πρώτη φορά μετά το 1965 και το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων κόντρα στην Μαζέμπε.
Τον Οκτώβριο του 2010 με το γκολ που πέτυχε κόντρα στην Τότεναμ σε ηλικία 37 ετών και 71 ημερών ήταν ο γηραιότερος παίκτης που σκόραρε ποτέ στο Τσάμπιονς Λίγκ. Στις 19 Ιανουαρίου του 2011 ξεπέρασε τον Τζιουζέπε Μπέργκομι στην πρώτη θέση της λίστας των συμμετοχών των "μπενεαμάτα" στην SERIE A
Στις 20 Σεπτεμβρίου του 2011 έγινε ο ρέκορντμαν συμμετοχών όλων των εποχών στην SERIE A,ενώ στις 28 Απριλίου του 2013 υπέστη ρήξη αχίλλειου τένοντα που σήμαινε αποχή από τους αγωνιστικούς χώρους για εφτά μήνες και υπήρχαν φόβοι ότι ίσως να ήταν το τέλος της πλούσιας καριέρας του.
Στις 20 Σεπτεμβρίου του 2011 έγινε ο ρέκορντμαν συμμετοχών όλων των εποχών στην SERIE A,ενώ στις 28 Απριλίου του 2013 υπέστη ρήξη αχίλλειου τένοντα που σήμαινε αποχή από τους αγωνιστικούς χώρους για εφτά μήνες και υπήρχαν φόβοι ότι ίσως να ήταν το τέλος της πλούσιας καριέρας του.
Ο ίδιος όμως δεν το έβαλε κάτω, η Ίντερ του ανανέωσε για ένα ακόμα χρόνο το συμβόλαιο και στις 9 Νοεμβρίου απέναντι στην Λιβόρνο επανήρθε στην αγωνιστική δράση. Στις 29 Απριλίου του 2014 απέναντι στην Πάρμα πραγματοποίησε την 1100η επίσημη εμφάνιση, ανεβαίνοντας στην τέταρτη θέση της λίστας με τις περισσότερες επίσημες συμμετοχές.
Οι τίτλοι τέλους για τον "Il Capitano" μπήκαν στις 18 Μάιου κόντρα στην Κιέβο στην Βερόνα, αλλά δεν σταμάτησε εδώ η ενασχόληση του με την Ίντερ, με τον Έρικ Τοχίρ να ανακοινώνει ότι ο Ζανέτι θα αναλάμβανε την θέση του αντιπροέδρου. Τον Μάιο του 2015 επ' αφορμή της έκθεσης Expo 2015 που διοργανώθηκε στο Μιλάνο και σε φιλανθρωπικό παιχνίδι οι "νερατζούρι"απέσυραν την φανέλα με το νούμερο 4.
Συνολικά με την φανέλα της Ίντερ έφτασε τα 858 παιχνίδια σε όλες τις διοργανώσεις που τον φέρνει όπως είναι φυσικό στην πρώτη θέση όλων των εποχών, μπροστά απο σπουδαίους ποδοσφαιριστές όπως οι Μπέργκομι, Φακέτι, Ματσόλα και Κόρσο έχοντας σκοράρει και 21 φορές.
Εκτός όμως από το συλλογικό ο "Pupi" είναι και ο ρέκορντμαν συμμετοχών στην Εθνική Αργεντινής με 145 εμφανίσεις κάνοντας το ντεμπούτο του σε φιλικό παιχνίδι στο Σαντιάγκο απέναντι στην Χιλή στις 16 Νοεμβρίου του 1994.
Πήρε μέρος στο Confederations Cup όπου ήταν φιναλίστ, στο Κόπα Αμέρικα και στους Παναμερικανικούς Αγώνες όπου πήρε το χρυσό μετάλλιο του 1995, στους Ολυμπιακούς Αγώνες της Άτλαντα το 1996 όπου κατέκτησε την δεύτερη θέση και το 1998 στην Γαλλία πήρε μέρος στην πρώτη τελική φάση Παγκοσμίου Κυπέλλου.
Πήρε μέρος στο Confederations Cup όπου ήταν φιναλίστ, στο Κόπα Αμέρικα και στους Παναμερικανικούς Αγώνες όπου πήρε το χρυσό μετάλλιο του 1995, στους Ολυμπιακούς Αγώνες της Άτλαντα το 1996 όπου κατέκτησε την δεύτερη θέση και το 1998 στην Γαλλία πήρε μέρος στην πρώτη τελική φάση Παγκοσμίου Κυπέλλου.
Αγωνίστηκε και στα πέντε παιχνίδια βασικός και μάλιστα πέτυχε το ένα από τα πέντε γκολ που έχει σκοράρει με την "αλμπισελέστε" απέναντι στην Αγγλία στην φάση των "16". Πήρε μέρος στο Κόπα Αμέρικα του 1999, και τρία χρόνια αργότερα το 2002 σε Ιαπωνία και Νότιο Κορέα συμμετείχε και στα τρία παιχνίδια αλλά η Αργεντινή αποκλείστηκε από την φάση των ομίλων.
Ήταν φιναλίστ του Κόπα Αμέρικα του 2004 και του 2007,όπως και στο Confederations Cup του 2005, όμως η μεγάλη έκπληξη προήρθε τόσο από τον Χοσέ Πέκερμαν όσο και από τον Ντιέγκο Μαραντόνα που δεν τον κάλεσαν στην αποστολή για τα Παγκόσμια Κύπελλα του 2006 και του 2010 αντίστοιχα αποφάσεις που προκάλεσαν μεγάλη συζήτηση όχι μόνο στην Λατινική Αμερική αλλά και στην Ευρώπη γενικότερα.
Η τελευταία του παρουσία με το εθνόσημο καταγράφηκε στο Κόπα Αμέρικα του 2011 όπου οι οικοδεσπότες αποκλείστηκαν από την Ουρουγουάη στην προημιτελική φάση στην διαδικασία των πέναλτι, και αυτό έμελλε να είναι το τελευταίο του παιχνίδι στις 16 Ιουλίου στην Σαντα Φε απέναντι στην "σελέστε".
Πλούσιο όμως είναι και το φιλανθρωπικό του έργο αφού μαζί με την γυναίκα του ίδρυσαν στην πατρίδα του το PUPI Foundacion που ασχολείται με την κοινωνική ενσωμάτωση των φτωχών παιδιών προσφέροντας τους εκπαίδευση και την κατάλληλη διατροφή.
Επίσης μαζί με τον συμπαίκτη και συμπατριώτη του Εστεμπάν Καμπιάσο ίδρυσαν το φιλανθρωπικό σωματείο "Leoni di Potrero" προπονώντας μικρά παιδιά με πρόβλημα κοινωνικής απομόνωσης και δυσκολίας συντονισμού των κινήσεων.
Επίσης μαζί με τον συμπαίκτη και συμπατριώτη του Εστεμπάν Καμπιάσο ίδρυσαν το φιλανθρωπικό σωματείο "Leoni di Potrero" προπονώντας μικρά παιδιά με πρόβλημα κοινωνικής απομόνωσης και δυσκολίας συντονισμού των κινήσεων.
Παράλληλα είναι πρεσβευτής των Παιδικών χωριών SOS στην χώρα του από την FIFA, παγκόσμιος πρεσβευτής των Special Olympics, ενώ το 2005 η πόλη του Μιλάνου του απένειμε το βραβείο Ambrogino d'Oro για την κοινωνική του προσφορά.
