Πρόκειται για την τρίτη πιο δημοφιλέστερη ομάδα σε ολόκληρη την Βραζιλία με 17 εκατομμύρια υποστηρικτές ενώ κατέχει την τρίτη θέση πίσω από την Μπόκα Τζούνιορς και την Ιντεπεντιέντε στην κατάκτηση διεθνών τίτλων στην Νότια Αμερική. Ο λόγος για την Σάο Πάολο που με τους 12 διεθνείς τίτλους που έχει στην κατοχή της είναι η πιο επιτυχημένη ομάδα της χώρας.
Μέχρι όμως να φτάσουμε στην επίσημη ημερομηνία ίδρυσης που θεωρείται η 15η Δεκεμβρίου του 1935 η Σάο Πάολο πέρασε από πολλά στάδια, με πρώτο σταθμό στις 29 Δεκεμβρίου του 1900. Εκείνη την ημέρα διεξαγόταν ποδοσφαιρικός αγώνας ανάμεσα στην Ιντερνασιονάλ του Σάο Πάολο και το κολέγιο Μακ Kένζι, αποτελώντας το έναυσμα ούτως ώστε νέοι της εποχής να αποφασίσουν να δημιουργήσουν τον σύλλογο Club Athletico Paolistano και στις 3 Μαϊού του 1902 έδωσαν το πρώτο τους παιχνίδι όπου και γνώρισαν την ήττα από την Sao Paulo Athletic.
Την 1η Νοεμβρίου του 1905 ο τότε αρχηγός της ομάδας Χόρχε Μεσκίτα και ένα γκρουπ παικτών αποχώρησε από τον σύλλογο για να ενταχθεί στην Παλμέιρας, και στις 25 Ιανουαρίου του 1930 μετονομάστηκε Sao Paulo Futebol Clube με "στάρ" τους Άρθουρ Φριέντενραιχ και Άρσεκεν Πατούσκα.
Με το όνομα αυτό κατέκτησε το πρωτάθλημα Παουλίστα το 1931 με προπονητή τον Ρούμπενς Μοράες Σάγιες, ενώ το 1933 έδωσε το πρώτο της επαγγελματικό παιχνίδι απέναντι στην Σάντος όπου και επικράτησε με 5-1.
Με το όνομα αυτό κατέκτησε το πρωτάθλημα Παουλίστα το 1931 με προπονητή τον Ρούμπενς Μοράες Σάγιες, ενώ το 1933 έδωσε το πρώτο της επαγγελματικό παιχνίδι απέναντι στην Σάντος όπου και επικράτησε με 5-1.
Τα οικονομικά προβλήματα που αντιμετώπισε η Sao Paulo Futebol Clube ανάγκασε τους ιθύνοντες του συλλόγου να συγχωνευθούν με την Clube de Regatas Tiete και στις 14 Μαϊού του 1935 ανακοίνωσαν την διάλυση του ποδοσφαιρικού τμήματος.
Λίγες ημέρες αργότερα δημιουργήθηκε η Gremio Tricolor η οποία ίδρυσε στις 4 Ιουνίου του 1935 το Clube Atletico Sao Paulo για να φτάσουμε στις 15 Δεκεμβρίου του 1935 στην επίσημη ονομασία του συλλόγου όπως την γνωρίζουμε έως και σήμερα με την ονομασία Sao Paulo Futebol Clube.
Λίγες ημέρες αργότερα δημιουργήθηκε η Gremio Tricolor η οποία ίδρυσε στις 4 Ιουνίου του 1935 το Clube Atletico Sao Paulo για να φτάσουμε στις 15 Δεκεμβρίου του 1935 στην επίσημη ονομασία του συλλόγου όπως την γνωρίζουμε έως και σήμερα με την ονομασία Sao Paulo Futebol Clube.
Στις 25 Ιανουαρίου του 1936 η Σάο Πάολο έδωσε το πρώτο της παιχνίδι απέναντι στην Portuguesa Santista ένα ματς που παραλίγο να αναβληθεί,ενώ το 1938 δέχτηκαν στις τάξεις τους την ομάδα Clube Atletico Estudantes Paulista.
Η μετεγγραφή του Λεονίντας απο την Φλαμένγκο δίνοντας το ποσό των 200 contos de reis(βραζιλιάνικο νόμισμα) σε συνδυασμό με την παρουσία του Αργεντίνου Αντόνιο Σάστρε, και των Νορόνια, Βαλντεμάρ Ντε Μπρίτο, Νιβανσίρ, Ρέμο Γιανούτσι, Λίνο Μανσίγια, Λαουρίντο Φουρλάνι, Χοσέ Κάρλος Μπάουερ, Αρμάντο Ρενγκανέσκι(Αργεντινή), Ζέζε Προκόπιο, Λουιζίνιο, Ρουί και Τειξερίνια πήρε το παρατσούκλι "Steam Roller(οδοστρωτήρας)" κερδίζοντας το πρωτάθλημα Παουλίστα πέντε φορές το 1943, το 1945, το 1946 με προπονητή τον Πορτογάλο Ζορέκα το 1948 και το 1949 με προπονητή τον Βιθέντε Φέολα.
Εν αντιθέσει με την δεκαετία του '40, η δεκαετία του '50 ήταν ιδιαιτέρως φτωχή με την κατάκτηση μόνο δύο πρωταθλημάτων Παουλίστα το 1953 με προπονητή τον Τζιμ Λόπεζ(Αργεντινή) και το 1957. Στο τελευταίο μάλιστα αγωνιζόταν ο Ζιζίνιο ενώ προπονητής ήταν ο περίφημος Μπέλα Γκούτμαν,
Στις 2 Οκτωβρίου του 1960 η Σάο Πάολο εγκαινίασε το ποδοσφαιρικό της γήπεδο το "Μορουμπί" με φιλική νίκη επί της Σπόρτιγκ Λισαβόνας με 1-0. Το "Μορούμπι" είχε αρχική χωρητικότητα 120.000 θεατών αλλά πλέον έχει πέσει στις 80.000 και αποτελεί ένα απο τα στάδια που θα διεξαχθούν αγώνες για την τελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2016.
Με την ολοκλήρωση του σταδίου οι ιθύνοντες της ομάδας προχώρησαν στην ενίσχυση του συλλόγου με τους Ζέρσον απο την Μποταφόγκο, του Ουρουγουανού Πέδρο Ρότσα απο την Πενιαρόλ, και του Τονίνιο Γκερέιρο απο την Σάντος που εντάχθηκαν στους ήδη υπάρχοντες Μπελίνι, Τέρτο, Αρλίντο, Πάμπλο Φορλάν(Ουρουγουάη)
Υπό την καθοδήγηση του Ζέζε Μορέιρα κατέκτησε το Παουλίστα του 1970 και του Οσβάλδο Μπραντάο το αντίστοιχο του 1971, το 1974 έφτασε στον τελικό του Copa Libertadores όπου στους διπλούς τελικούς ηττήθηκε απο την Ιντεπεντιέντε, ενώ το 1975 κατέκτησε και πάλι το Παουλίστα με προπονητή τον Αργεντίνο Χοσέ Πόι.
Το 1977 έφτασε για πρώτη φορά στην κορυφή του Βραζιλιάνικου Πρωταθλήματος με παίκτες όπως οι Βαλντίρ Πέρεζ, Τσικάο, Σερτζίνιο Τσουλάπα, Ζε Σέρτζιο, Νέλσον, Τεόντορο, Μουρίσι, Παράνιος, Πιάου, Γκετούλιο, Εστεβάμ, Νέκα, Ντάριο Περέιρα(Ουρουγουάη) και προπονητή τον Ρούμπενς Μινέλι.
Την δεκαετία του 1980 κέρδισε πέντε Παουλίστα το 1980(με προπονητή τον Κάρλος Αλμπέρτο Σίλβα), το 1981(με προπονητή τον Ζοάο Λεάλ Νέτο), το 1985(με ποδοσφαιριστή τον Παόλο Ρομπέρτο Φαλκάο και το 1987 με προπονητή τον Σιλίνιο και το 1989 με προπονητή τον Κάρλος Αλμπέρτο Σίλβα.
Το 1986 με προπονητή τον Πέπε και με τους Χοσέ Όσκαρ Μπερνάρντι, Νελσίνιο, Μύλερ, Σίδνει Καρέκα, Πίτα, Ζιλμάρ, Ζε Τεόντορο, Πιντάδο και Πάουλο Σίλας κατέκτησε το δεύτερο Πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Μπαίνοντας στην δεκαετία του '90, το 1991 κατέκτησε το Πρωτάθλημα απέναντι στην Μπραγκαντίνο, και ακολούθησαν δύο συνεχόμενα Copa Libertadores το 1992 και το 1993, με προπονητή τον Τέλε Σαντάνα και ποδοσφαιριστές όπως οι Ζέτι, Καφού, Αντόνιο Κάρλος, Ροναλντάο, Ιβάν, Ελιβέλτον, Αντίλσον, Ραί, Παλίνια, Τονίνιο Σερέζο, Ρικάρντο Ρότσα
Το 1992 στην πρώτη φάση των ομίλων τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Κρισιούμα, και στους νοκ-άουτ αγώνες απέκλεισε την Νασιονάλ, την Κρισιούμα, στα ημιτελικά την Μπαρτσελόνα απο το Εκουαδόρ και στον τελικό θα αντιμετώπιζε την Νιούελς Όλντ Μπόις.
Το πρώτο παιχνίδι στο Ροζάριο έληξε με 1-0 υπέρ της "λέπρας", στην ρεβάνς η Σάο Πάολο επικράτησε με 1-0 με γκολ του Ραί, και τα πάντα θα κρινόνταν στα πέναλντι. Μπερίτσο(δοκάρι), Ροναλντάο(απόκρουση Σκοπόνι), Μεντόσα(άουτ) αστόχησαν, ο Καφού ευστόχησε κάνοντας το 3-2, και στο τελευταίο του Γκαμπόα ο Ζέτι απέκρουσε δίνοντας το τρόπαιο στους Βραζιλιάνους.
Ο Ραί ήταν ο πρωταγωνιστής στην κατάκτηση του Διηπειρωτικού αφού με τα δύο δικά του γκολ στο 27' και στο 78' ανέτρεψε το προβάδισμα της Μπαρτσελόνα με τον Χρίστο Στόιτσκοφ στο 12' χαρίζοντας το τρόπαιο στην ομάδα του.
Την επόμενη χρονιά οι "τρικολόρ" έκαναν το "ρίπιτ" μπαίνοντας στην φάση των νόκ-άουτ αγώνων όπου στους "16" απέκλεισε την φιναλίστ της προηγούμενης διοργάνωσης Νιούελς Όλντ Μπόις ανατρέποντας την ήττα 2-0 στην Αργεντινή με το εντυπωσιακό 4-0 στην ρεβάνς.
Στα προημιτελικά αντιμετώπισε την Φλαμένγκο με το πρώτο ματς να έρχεται 1-1 και στην ρεβάνς ήρθε η νίκη με 2-0. Στα ημιτελικά απέναντι στην Σέρο Πορτένιο χρειάστηκε ένα γκολ στην Ασουνσιόν για να έρθει η πρόκριση εκεί όπου θα αντιμετώπιζαν την Ουνιβερσιτάντ Κατόλικα
Το πρώτο ματς για τους "σομπεράνο" ήταν ονειρικό αφού επικράτησε της Ουνιβερσιτάντ με 5-1, κάνοντας ουσιαστικά τυπική διαδικασία την ρεβάνς. Πράγματι παρά την ήττα με 2-0 στο Σαντιάγκο η Σάο Πάολο πανηγύρισε το δεύτερο συνεχόμενο Copa Libertadores.
Για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά η Σάο Πάολο κατέκτησε το Διηπειρωτικό κόντρα στην Μίλαν αυτή την φορά. "Χρυσός" σκόρερ ο Μύλερ στο 88ο λεπτό με τον Παλίνια να ανοίγει το σκόρ στο 19', ο Μασάρο ισοφάρισε στο 48', ο Σερέζο έδωσε εκ νέου το προβάδισμα, ενώ στο 81' ο Παπέν είχε ισοφαρίσει για τους "ροσονέρι".
Ακολούθησαν 2 Recopa Sudamericana το 1993 κόντρα στην Κρουζέιρο στα πέναλντι(0-0 και τα δύο ματς) και το 1994 κόντρα στην Μποταφόγκο με νίκη 3-1, το Copa Conmebol to 1994 κόντρα στην Πενιαρόλ με νίκη 6-1 και ήττα 3-0, ενώ έχασε την ευκαιρία να κατακτήσει το Copa Libertadores για τρίτη συνεχόμενη χρονιά το 1994 απέναντι στην Βελέζ Σάρσφιλντ στα πέναλντι.
Ακολούθησε μια περίοδος όπου δεν υπήρχαν σημαντικές επιτυχίες παρά μόνο στο πολιτειακό πρωτάθλημα το 1991 και το 1992 με τον Τέλε Σαντάνα, το 1998 με τον Νελσίνιο Μπαπτίστα και το 2000 με τον Λεβίρ Κούλπι, αλλά αναδείχθηκαν παίκτες όπως οι Ροτζέριο Τσένι, Κακά, Λουίς Φαμπιάνο και Ζούλιο Μπαπτίστα.
Το 2005 κατέκτησε το Παουλίστα με τον Έμερσον Λεάο στον πάγκο όμως η μεγάλη επιτυχία ήρθε με προπονητή τον Πάολο Αουτουόρι όταν και κατέκτησε το Copa Libertadores για τρίτη φορά στην ιστορία της.
Στην φάση των ομίλων πήρε την πρόκριση ως πρώτη μπροστά απο Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε, Κίλμες και Στρόνγκεστ(Βολιβία). Στους "16" απέκλεισε την Παλμέιρας με δύο νίκες, στους "8" την μεξικάνικη Τίγκρες, στα ημιτελικά την Ρίβερ Πλέιτ με δύο νίκες και στον τελικό θα αντιμετώπιζε την Ατλέτικο Παραναένσε σε έναν ακόμα "εμφύλιο".
Το πρώτο ματς στο Πόρτο Αλέγκρε έληξε με 1-1, και στην ρεβάνς στο "Μορουμπί" δεν άφησε περιθώρια αντίδρασης και με 4-0 έφτασε στην κατάκτηση του τροπαίου. Ροτζέριο Τσένι, Σισίνιο, Ντιέγκο Λουγκάνο(Ουρουγουάη), Ζούνιορ, Κάρλος Μινέιρο, Ζοσούε, Λουιζάο, Μάρτσιο Αμορόζο και Ντιέγκο Ταρντέλι κατέκτησαν και το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων που διοργανωνόταν για πρώτη φορά στην Ιαπωνία.
Στον ημιτελικό ξεπέρασαν το εμπόδιο της σαουδαραβικής Άλ Ιτιχάντ με 3-2 και στον τελικό αντιμετώπισαν την Λίβερπουλ την οποία χάρις στο γκολ του Μινέιρο στο 27' έριξαν στο καναβάτσο.
Ακολούθησαν τρία συνεχόμενα Πρωταθλήματα Βραζιλίας το 2006, το 2007 και το 2008 με προπονητή τον Μουρίσι Ραμάλιο, και ένας χαμένος τελικός Copa Libertadores το 2006 απέναντι στην Ιντερνασιονάλ.
Μετά το "θρι-πιτ" δεν κατάφερε να κάνει κάτι καλό στο Πρωτάθλημα αφού το 2009 κατετάγη 3η, το 2010 9η, το 2011 6η και το 2012 4η, ενώ το 2012 κατέκτησε το Copa Sudamericana αποκλείοντας κατά σειρά τις Μπαχία, LDU Λόχα(Εκουαδόρ), Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε, στον ημιτελικό την Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, και στον τελικό θα αντιμετώπιζε την αργεντίνικη Τίγκρε.
Ο πρώτος τελικός στο Μπουένος Άιρες έληξε ισόπαλος χωρίς τέρματα, και στην ρεβάνς στο "Μορουμπί" οι Βραζιλιάνοι πήραν προβάδισμα στο ημίχρονο με 2-0 με τα γκολ των Λούκας Μόουρα και Οσβάλδο Λουρένσο Φίλιο.
Οι παίκτες της Τίγκρε αρνήθηκαν να μπουν στο δεύτερο ημίχρονο επικαλούμενοι φόβους για την ασφάλεια τους κατά την διάρκεια του ημιχρόνου, με συνέπεια ο Χιλιανός διαιτητής Ενρίκε Όσες να κατακυρώσει το παιχνίδι υπέρ της "τρικολόρ" και παράλληλα το τρόπαιο
Προπονητής ήταν ο Νέι Φράνκο και πέραν των Μόουρα και Λουρένσο Φίλιο, είχε στην διάθεσή του τους Πάολο Μιράντα, Ραφαέλ Τολόι, Ντενίλσον, Γιάντσον, Πάολο Γκάνσο, Ντάγκλας και Λουίς Φαμπιάνο.
Στο Πρωτάθλημα δεν μπόρεσε να επανέρθει στην κορυφή, αφού το 2013 τερμάτισε στην 9η θέση, το 2014 στην 2η θέση δέκα βαθμούς πίσω απο την Κρουζέιρο, το 2015 στην 4η θέση και το 2016 στην 10η θέση στην χαμηλότερη των τελευταίων ετών.
Στο Copa Libertadores το 2016 έφτασε μέχρι την ημιτελική φάση όπου αποκλείστηκε απο την μετέπειτα κάτοχο του τροπαίου απο την Ατλέτικο Νασιονάλ. Τον Φεβρουάριο του 2017 η εμβληματική φυσιογνωμία των "τρικολόρ" Ροζέριο Σένι επανήρθε στον σύλλογο αυτή την φορά όμως απο την θέση του προπονητή
Τα πράγματα όμως δεν πήγαν καλά για τον Σένι αφού στο Παουλίστα έμεινε εκτός τελικού απο την Κορίνθιανς μένοντας για δέκατη συνεχόμενη χρονιά μακριά απο την κορυφή της πολιτείας, ενώ και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στον 4ο γύρο απο την Κρουζέιρο.
Στο δε Copa Sudamericana αποκλείστηκε στον πρώτο προκριματικό γύρο απο την Ντεφένσια y Τζουστίσια με δύο ισοπαλίες 0-0 και 1-1, αλλά με το εκτός έδρας γκολ ήταν οι Αργεντίνοι που προκρίθηκαν.
Στο Πρωτάθλημα μετά απο 11 αγωνιστικές βρισκόταν στην ζώνη του υποβιβασμού στην 17η θέση και πάρθηκε η απόφαση για την απόλυση του και στην θέση του ανέλαβε ο Ντοριβάλ Ζούνιορ. Ο στόχος πλέον δεν ήταν άλλος απο την παραμονή που έστω και δύσκολα επιτεύχθηκε καταλαμβάνοντας τελικά την 13η θέση.
Ούτε όμως και το 2018 κύλησε καλά αφού για μία ακόμη χρονιά στο Παουλίστα έμεινε μακριά απο τον τίτλο αφού η Κορίνθιανς την απέκλεισε στα πέναλντι στην ημιτελική φάση. Λίγες μέρες νωρίτερα είχε απολυθεί ο Ντοριβάλ Ζούνιορ και στη θέση του ανέλαβε ο Ντιέγκο Αγκίρε.
Ούτε και με τον Αγκίρε όμως τα πράγματα πήγαν καλύτερα αφού και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στον τέταρτο γύρο απο την Ατλέτικο Παραναένσε και στο Sudamericana στον δεύτερο γύρο απο την Κολόν.
Στο Πρωτάθλημα είχε μια αναλαμπή αφού απο την 17η εώς την 22η αγωνιστική και την 25η με την 26η βρέθηκε στην κορυφή αλλά δεν μπόρεσε να διατηρηθεί πέφτοντας τελικά στην 5η θέση που της εξασφάλισε το εισιτήριο για τον δεύτερο γύρο του επερχόμενου Libertadores.
Ενδιάμεσα στον Νοέμβριο είχαμε μία ακόμα αλλαγή τεχνική ηγεσίας με τον Αγκίρε να αποχωρεί και τον Αντρέ Ζαρντίν να αναλαμβάνει να ολοκληρώσει την σεζόν, ενώ είχε συμφωνήσει με τον Κούκα να αναλάβει την ομάδα με την είσοδο του 2019.
Επειδή όμως αντιμετώπιζε θέματα υγείας, ανέλαβε τον Ιανουάριο ως προσωρινός ο Βάγκνερ Μαντσίνι τεχνικός διευθυντής του συλλόγου, μέχρι να τα ξεπεράσει. Στο Paulista έφτασε μέχρι τον τελικό αλλά η Κορίνθιανς ήταν αυτή που πανηγύρισε, ενώ και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στους "16" απο την Μπαχία.
Στον δεύτερο προκριματικό γύρο του Copa Libertadores αποκλείστηκε απο την Ταγιέρες με ήττα 2-0 και ισοπαλία 0-0. Τον Σεπτέμβριο ο Κούκα απολύθηκε ύστερα απο ήττα απο την Γκοιάς για να αναλάβει ο Φερνάντο Ντινίζ και στο Πρωτάθλημα τερμάτισε στην 6η θέση, εξασφαλίζοντας θέση στους ομίλους του Copa Libertadores to 2020.
Στην νέα πολύπαθη σεζόν λόγω του κορονοϊού στο Paulista αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Μιρασόλ, στο Libertadores έμεινε στην τρίτη θέση πίσω απο Ρίβερ Πλέιτ και LDU Κίτο και "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana όπου και εκεί αποκλείστηκε στον δέυτερο προκριματικό γύρο απο την Λανούς λόγω των εκτός έδρας γκολ.
Με την ολοκλήρωση του σταδίου οι ιθύνοντες της ομάδας προχώρησαν στην ενίσχυση του συλλόγου με τους Ζέρσον απο την Μποταφόγκο, του Ουρουγουανού Πέδρο Ρότσα απο την Πενιαρόλ, και του Τονίνιο Γκερέιρο απο την Σάντος που εντάχθηκαν στους ήδη υπάρχοντες Μπελίνι, Τέρτο, Αρλίντο, Πάμπλο Φορλάν(Ουρουγουάη)
Υπό την καθοδήγηση του Ζέζε Μορέιρα κατέκτησε το Παουλίστα του 1970 και του Οσβάλδο Μπραντάο το αντίστοιχο του 1971, το 1974 έφτασε στον τελικό του Copa Libertadores όπου στους διπλούς τελικούς ηττήθηκε απο την Ιντεπεντιέντε, ενώ το 1975 κατέκτησε και πάλι το Παουλίστα με προπονητή τον Αργεντίνο Χοσέ Πόι.
Το 1977 έφτασε για πρώτη φορά στην κορυφή του Βραζιλιάνικου Πρωταθλήματος με παίκτες όπως οι Βαλντίρ Πέρεζ, Τσικάο, Σερτζίνιο Τσουλάπα, Ζε Σέρτζιο, Νέλσον, Τεόντορο, Μουρίσι, Παράνιος, Πιάου, Γκετούλιο, Εστεβάμ, Νέκα, Ντάριο Περέιρα(Ουρουγουάη) και προπονητή τον Ρούμπενς Μινέλι.
Την δεκαετία του 1980 κέρδισε πέντε Παουλίστα το 1980(με προπονητή τον Κάρλος Αλμπέρτο Σίλβα), το 1981(με προπονητή τον Ζοάο Λεάλ Νέτο), το 1985(με ποδοσφαιριστή τον Παόλο Ρομπέρτο Φαλκάο και το 1987 με προπονητή τον Σιλίνιο και το 1989 με προπονητή τον Κάρλος Αλμπέρτο Σίλβα.
Το 1986 με προπονητή τον Πέπε και με τους Χοσέ Όσκαρ Μπερνάρντι, Νελσίνιο, Μύλερ, Σίδνει Καρέκα, Πίτα, Ζιλμάρ, Ζε Τεόντορο, Πιντάδο και Πάουλο Σίλας κατέκτησε το δεύτερο Πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Μπαίνοντας στην δεκαετία του '90, το 1991 κατέκτησε το Πρωτάθλημα απέναντι στην Μπραγκαντίνο, και ακολούθησαν δύο συνεχόμενα Copa Libertadores το 1992 και το 1993, με προπονητή τον Τέλε Σαντάνα και ποδοσφαιριστές όπως οι Ζέτι, Καφού, Αντόνιο Κάρλος, Ροναλντάο, Ιβάν, Ελιβέλτον, Αντίλσον, Ραί, Παλίνια, Τονίνιο Σερέζο, Ρικάρντο Ρότσα
Το 1992 στην πρώτη φάση των ομίλων τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Κρισιούμα, και στους νοκ-άουτ αγώνες απέκλεισε την Νασιονάλ, την Κρισιούμα, στα ημιτελικά την Μπαρτσελόνα απο το Εκουαδόρ και στον τελικό θα αντιμετώπιζε την Νιούελς Όλντ Μπόις.
Το πρώτο παιχνίδι στο Ροζάριο έληξε με 1-0 υπέρ της "λέπρας", στην ρεβάνς η Σάο Πάολο επικράτησε με 1-0 με γκολ του Ραί, και τα πάντα θα κρινόνταν στα πέναλντι. Μπερίτσο(δοκάρι), Ροναλντάο(απόκρουση Σκοπόνι), Μεντόσα(άουτ) αστόχησαν, ο Καφού ευστόχησε κάνοντας το 3-2, και στο τελευταίο του Γκαμπόα ο Ζέτι απέκρουσε δίνοντας το τρόπαιο στους Βραζιλιάνους.
Ο Ραί ήταν ο πρωταγωνιστής στην κατάκτηση του Διηπειρωτικού αφού με τα δύο δικά του γκολ στο 27' και στο 78' ανέτρεψε το προβάδισμα της Μπαρτσελόνα με τον Χρίστο Στόιτσκοφ στο 12' χαρίζοντας το τρόπαιο στην ομάδα του.
Την επόμενη χρονιά οι "τρικολόρ" έκαναν το "ρίπιτ" μπαίνοντας στην φάση των νόκ-άουτ αγώνων όπου στους "16" απέκλεισε την φιναλίστ της προηγούμενης διοργάνωσης Νιούελς Όλντ Μπόις ανατρέποντας την ήττα 2-0 στην Αργεντινή με το εντυπωσιακό 4-0 στην ρεβάνς.
Στα προημιτελικά αντιμετώπισε την Φλαμένγκο με το πρώτο ματς να έρχεται 1-1 και στην ρεβάνς ήρθε η νίκη με 2-0. Στα ημιτελικά απέναντι στην Σέρο Πορτένιο χρειάστηκε ένα γκολ στην Ασουνσιόν για να έρθει η πρόκριση εκεί όπου θα αντιμετώπιζαν την Ουνιβερσιτάντ Κατόλικα
Το πρώτο ματς για τους "σομπεράνο" ήταν ονειρικό αφού επικράτησε της Ουνιβερσιτάντ με 5-1, κάνοντας ουσιαστικά τυπική διαδικασία την ρεβάνς. Πράγματι παρά την ήττα με 2-0 στο Σαντιάγκο η Σάο Πάολο πανηγύρισε το δεύτερο συνεχόμενο Copa Libertadores.
Για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά η Σάο Πάολο κατέκτησε το Διηπειρωτικό κόντρα στην Μίλαν αυτή την φορά. "Χρυσός" σκόρερ ο Μύλερ στο 88ο λεπτό με τον Παλίνια να ανοίγει το σκόρ στο 19', ο Μασάρο ισοφάρισε στο 48', ο Σερέζο έδωσε εκ νέου το προβάδισμα, ενώ στο 81' ο Παπέν είχε ισοφαρίσει για τους "ροσονέρι".
Ακολούθησαν 2 Recopa Sudamericana το 1993 κόντρα στην Κρουζέιρο στα πέναλντι(0-0 και τα δύο ματς) και το 1994 κόντρα στην Μποταφόγκο με νίκη 3-1, το Copa Conmebol to 1994 κόντρα στην Πενιαρόλ με νίκη 6-1 και ήττα 3-0, ενώ έχασε την ευκαιρία να κατακτήσει το Copa Libertadores για τρίτη συνεχόμενη χρονιά το 1994 απέναντι στην Βελέζ Σάρσφιλντ στα πέναλντι.
Ακολούθησε μια περίοδος όπου δεν υπήρχαν σημαντικές επιτυχίες παρά μόνο στο πολιτειακό πρωτάθλημα το 1991 και το 1992 με τον Τέλε Σαντάνα, το 1998 με τον Νελσίνιο Μπαπτίστα και το 2000 με τον Λεβίρ Κούλπι, αλλά αναδείχθηκαν παίκτες όπως οι Ροτζέριο Τσένι, Κακά, Λουίς Φαμπιάνο και Ζούλιο Μπαπτίστα.
Το 2005 κατέκτησε το Παουλίστα με τον Έμερσον Λεάο στον πάγκο όμως η μεγάλη επιτυχία ήρθε με προπονητή τον Πάολο Αουτουόρι όταν και κατέκτησε το Copa Libertadores για τρίτη φορά στην ιστορία της.
Στην φάση των ομίλων πήρε την πρόκριση ως πρώτη μπροστά απο Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε, Κίλμες και Στρόνγκεστ(Βολιβία). Στους "16" απέκλεισε την Παλμέιρας με δύο νίκες, στους "8" την μεξικάνικη Τίγκρες, στα ημιτελικά την Ρίβερ Πλέιτ με δύο νίκες και στον τελικό θα αντιμετώπιζε την Ατλέτικο Παραναένσε σε έναν ακόμα "εμφύλιο".
Το πρώτο ματς στο Πόρτο Αλέγκρε έληξε με 1-1, και στην ρεβάνς στο "Μορουμπί" δεν άφησε περιθώρια αντίδρασης και με 4-0 έφτασε στην κατάκτηση του τροπαίου. Ροτζέριο Τσένι, Σισίνιο, Ντιέγκο Λουγκάνο(Ουρουγουάη), Ζούνιορ, Κάρλος Μινέιρο, Ζοσούε, Λουιζάο, Μάρτσιο Αμορόζο και Ντιέγκο Ταρντέλι κατέκτησαν και το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων που διοργανωνόταν για πρώτη φορά στην Ιαπωνία.
Στον ημιτελικό ξεπέρασαν το εμπόδιο της σαουδαραβικής Άλ Ιτιχάντ με 3-2 και στον τελικό αντιμετώπισαν την Λίβερπουλ την οποία χάρις στο γκολ του Μινέιρο στο 27' έριξαν στο καναβάτσο.
Ακολούθησαν τρία συνεχόμενα Πρωταθλήματα Βραζιλίας το 2006, το 2007 και το 2008 με προπονητή τον Μουρίσι Ραμάλιο, και ένας χαμένος τελικός Copa Libertadores το 2006 απέναντι στην Ιντερνασιονάλ.
Μετά το "θρι-πιτ" δεν κατάφερε να κάνει κάτι καλό στο Πρωτάθλημα αφού το 2009 κατετάγη 3η, το 2010 9η, το 2011 6η και το 2012 4η, ενώ το 2012 κατέκτησε το Copa Sudamericana αποκλείοντας κατά σειρά τις Μπαχία, LDU Λόχα(Εκουαδόρ), Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε, στον ημιτελικό την Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, και στον τελικό θα αντιμετώπιζε την αργεντίνικη Τίγκρε.
Ο πρώτος τελικός στο Μπουένος Άιρες έληξε ισόπαλος χωρίς τέρματα, και στην ρεβάνς στο "Μορουμπί" οι Βραζιλιάνοι πήραν προβάδισμα στο ημίχρονο με 2-0 με τα γκολ των Λούκας Μόουρα και Οσβάλδο Λουρένσο Φίλιο.
Οι παίκτες της Τίγκρε αρνήθηκαν να μπουν στο δεύτερο ημίχρονο επικαλούμενοι φόβους για την ασφάλεια τους κατά την διάρκεια του ημιχρόνου, με συνέπεια ο Χιλιανός διαιτητής Ενρίκε Όσες να κατακυρώσει το παιχνίδι υπέρ της "τρικολόρ" και παράλληλα το τρόπαιο
Προπονητής ήταν ο Νέι Φράνκο και πέραν των Μόουρα και Λουρένσο Φίλιο, είχε στην διάθεσή του τους Πάολο Μιράντα, Ραφαέλ Τολόι, Ντενίλσον, Γιάντσον, Πάολο Γκάνσο, Ντάγκλας και Λουίς Φαμπιάνο.
Στο Πρωτάθλημα δεν μπόρεσε να επανέρθει στην κορυφή, αφού το 2013 τερμάτισε στην 9η θέση, το 2014 στην 2η θέση δέκα βαθμούς πίσω απο την Κρουζέιρο, το 2015 στην 4η θέση και το 2016 στην 10η θέση στην χαμηλότερη των τελευταίων ετών.
Στο Copa Libertadores το 2016 έφτασε μέχρι την ημιτελική φάση όπου αποκλείστηκε απο την μετέπειτα κάτοχο του τροπαίου απο την Ατλέτικο Νασιονάλ. Τον Φεβρουάριο του 2017 η εμβληματική φυσιογνωμία των "τρικολόρ" Ροζέριο Σένι επανήρθε στον σύλλογο αυτή την φορά όμως απο την θέση του προπονητή
Τα πράγματα όμως δεν πήγαν καλά για τον Σένι αφού στο Παουλίστα έμεινε εκτός τελικού απο την Κορίνθιανς μένοντας για δέκατη συνεχόμενη χρονιά μακριά απο την κορυφή της πολιτείας, ενώ και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στον 4ο γύρο απο την Κρουζέιρο.
Στο Πρωτάθλημα μετά απο 11 αγωνιστικές βρισκόταν στην ζώνη του υποβιβασμού στην 17η θέση και πάρθηκε η απόφαση για την απόλυση του και στην θέση του ανέλαβε ο Ντοριβάλ Ζούνιορ. Ο στόχος πλέον δεν ήταν άλλος απο την παραμονή που έστω και δύσκολα επιτεύχθηκε καταλαμβάνοντας τελικά την 13η θέση.
Ούτε όμως και το 2018 κύλησε καλά αφού για μία ακόμη χρονιά στο Παουλίστα έμεινε μακριά απο τον τίτλο αφού η Κορίνθιανς την απέκλεισε στα πέναλντι στην ημιτελική φάση. Λίγες μέρες νωρίτερα είχε απολυθεί ο Ντοριβάλ Ζούνιορ και στη θέση του ανέλαβε ο Ντιέγκο Αγκίρε.
Ούτε και με τον Αγκίρε όμως τα πράγματα πήγαν καλύτερα αφού και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στον τέταρτο γύρο απο την Ατλέτικο Παραναένσε και στο Sudamericana στον δεύτερο γύρο απο την Κολόν.
Στο Πρωτάθλημα είχε μια αναλαμπή αφού απο την 17η εώς την 22η αγωνιστική και την 25η με την 26η βρέθηκε στην κορυφή αλλά δεν μπόρεσε να διατηρηθεί πέφτοντας τελικά στην 5η θέση που της εξασφάλισε το εισιτήριο για τον δεύτερο γύρο του επερχόμενου Libertadores.
Ενδιάμεσα στον Νοέμβριο είχαμε μία ακόμα αλλαγή τεχνική ηγεσίας με τον Αγκίρε να αποχωρεί και τον Αντρέ Ζαρντίν να αναλαμβάνει να ολοκληρώσει την σεζόν, ενώ είχε συμφωνήσει με τον Κούκα να αναλάβει την ομάδα με την είσοδο του 2019.
Επειδή όμως αντιμετώπιζε θέματα υγείας, ανέλαβε τον Ιανουάριο ως προσωρινός ο Βάγκνερ Μαντσίνι τεχνικός διευθυντής του συλλόγου, μέχρι να τα ξεπεράσει. Στο Paulista έφτασε μέχρι τον τελικό αλλά η Κορίνθιανς ήταν αυτή που πανηγύρισε, ενώ και στο Κύπελλο αποκλείστηκε στους "16" απο την Μπαχία.
Στον δεύτερο προκριματικό γύρο του Copa Libertadores αποκλείστηκε απο την Ταγιέρες με ήττα 2-0 και ισοπαλία 0-0. Τον Σεπτέμβριο ο Κούκα απολύθηκε ύστερα απο ήττα απο την Γκοιάς για να αναλάβει ο Φερνάντο Ντινίζ και στο Πρωτάθλημα τερμάτισε στην 6η θέση, εξασφαλίζοντας θέση στους ομίλους του Copa Libertadores to 2020.
Στην νέα πολύπαθη σεζόν λόγω του κορονοϊού στο Paulista αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Μιρασόλ, στο Libertadores έμεινε στην τρίτη θέση πίσω απο Ρίβερ Πλέιτ και LDU Κίτο και "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana όπου και εκεί αποκλείστηκε στον δέυτερο προκριματικό γύρο απο την Λανούς λόγω των εκτός έδρας γκολ.
Στο Κύπελλο απέκλεισε Φορταλέζα και Φλαμένγκο στους "16" και στους "8" αλλά στα ημιτελικά αποκλείστηκε απο την Γκρέμιο, ενώ στο Πρωτάθλημα απο την 24η εώς την 29η αγωνιστική οδηγούσε την κούρσα αλλά τελικά κατέλαβε την 4η θέση.
Λίγο πριν την λήξη του Πρωταθλήματος τον Φεβρουάριο ο Ντινίζ απολύθηκε και για τους υπολειπόμενους αγώνες ανέλαβε ο Μάρκος Βιζόλι. Με την ολοκλήρωση της σεζόν ανακοινώθηκε και ο νέος προπονητής της ομάδας ο Ερνάν Κρέσπο.
Υπο την καθοδήγηση του κατέκτησε το Paulista επικρατώντας της Παλμέιρας με ισοπαλία 0-0 και νίκη 2-0, το πρώτο ύστερα απο 16 ολόκληρα χρόνια. Στο Copa Libertadores πέρασε απο την φάση των ομίλων στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ρασίγκ, την οποία στους "16" κατάφερε να την αποκλείσει επικρατώντας εκτός έδρας με 3-1.
Στα προημιτελικά βρήκε απέναντι της την συμπολίτισσά Παλμέιρας, στο πρώτο παιχνίδι ήρθε ισόπαλη 1-1 και στην ρεβάνς γνώρισε την ήττα με 3-0 και συνάμα τον αποκλεισμό. Στο Κύπελλο Βραζιλίας απέκλεισε τις 4 de Julho και Βάσκο Ντα Γκάμα, στα προημιτελικά αποκλείστηκε απο την Φορταλέζα.
Στο Πρωτάθλημα δεν ξέφυγε απο την μετριότητα, εξασφαλίζοντας θέση στους ομίλους του νέου Sudamericana αν και 13η. Τον Οκτώβριο Κρέσπο και η διοίκηση της Σάο Πάολο αποφάσισαν απο κοινού τον Οκτώβριο να λύσουν την συνεργασία τους, με τον Ροτζέριο Τσένι να αναλαμβάνει για δεύτερη φορά.
Η νέα χρονιά ξεκίνησε με το Paulista όπου αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Κορίνθιανς, στο Κύπελλο απέκλεισε τις Μανάους, Ζουβεντούδε, Παλμέιρας στα πέναλντι, Αμέρικα Μινέιρο στα προημιτελικά, αλλά στον ημιτελικό απέναντι στην Φλαμένγκο δεν κατάφερε να περάσει στον τελικό της διοργάνωσης.
Στο Sudamericana αφού πέρασε απο τον όμιλο, απέκλεισε κατα σειρά Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα,Σεάρα στην διαδικασία των πέναλντι, όπως και την επίσης βραζιλιάνικη Ατλέτικο Γκοιανένσε στα ημιτελικά.
Στον τελικό της 1ης Οκτωβρίου στο "Μάριο Κέμπες" της Κόρδοβα αντιμετώπισε την Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάλε όπου γνώρισε την ήττα με 2-0, ενώ στις καθυστερήσεις αγωνίστηκε με εννιά παίκτες λόγω αποβολής του Τζόναθαν Καλέρι με δεύτερη κίτρινη κάρτα στο 90+3' και του Ντιέγκο στο 90+6' με απευθείας κόκκινη κάρτα.
Στο Πρωτάθλημα κατέλαβε την 9η θέση καταφέρνοντας να κερδίσει εισιτήριο για τους ομίλους του Copa Sudamericana. Η νέα σεζόν ξεκίνησε με το Paulista όπου αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Άγκουα Σάντα στην διαδικασία των πέναλτι με 5-6, αφού η κανονική διάρκεια ολοκληρώθηκε χωρίς τέρματα.
Στις αρχές Απριλίου ο Τσένι παραιτήθηκε και την επόμενη ημέρα ανακοινώθηκε η πρόσληψη του Ντοριβάλ τζούνιορ που επιστρέφει στην ομάδα ύστερα απο 5 χρόνια. Στο Copa Sudamericana κατέκτησε την πρώτη θέση στον όμιλό της και πέρασε απευθείας στην φάση των "16". Εκεί απέκλεισε την Σαν Λορέντζο παρά την ήττα με 1-0 στο πρώτο παιχνίδι, αφού στο "Μορουμπί" νίκησε με 2-0.
Στους "8" βρήκε απέναντι της την LDU Κίτο, όπου στο πρώτο παιχνίδι στο Εκουαδόρ ηττήθηκε με 2-1, αλλά στην ρεβάνς νίκησε με 1-0 και έστειλε το ματς στην διαδικασία των πέναλντι. Εκεί όπου ο νεοεισερχόμενος Χάμες Ροντρίγκες έστειλε την μπάλα ψηλά άουτ, όλοι οι "μπλάνκος" ευστόχησαν και με 5-4 η Σαο Πάολο αποκλείστηκε.
Στο Κύπελλο Βραζιλίας απέκλεισε κατά σειρά Ιτουάνο, Σπορ Ρεσίφε, Παλμέιρας στον ημιτελικό Κορίνθιανς και στους διπλούς τελικούς αντιμετώπισε την Φλαμένγκο, όπου στον πρώτο τελικό επικράτησε με 1-0 χάρις στο τέρμα του Καλέρι στις καθυστερήσεις του πρώτου ημιχρόνου.
Στην ρεβάνς αν και βρέθηκε πίσω στο σκορ στο 44' με τον Μπρούνο Ενρίκε, ο Ροντρίγκο Νέστορ ισοφάρισε στις καθυστερήσεις στο 45+5' σε 1-1, ενώ στις καθυστερήσεις στο 90+9' ο Νέβες αποβλήθηκε με δεύτερη κίτρινη κάρτα.
Το 1-1 παρέμεινε μέχρι και το τελευταίο σφύριγμα του διαιτητή, που σήμαινε ότι η Σάο Πάολο κατέκτησε για πρώτη φορά στην ιστορία της το Κύπελλο Βραζιλίας.
Ράφαελ Πίρες Μοντέιρο, Ραφίνια, Ρόμπερτ Αρμπολέδα(Εκουαδόρ), Λούκας Μπεράλδο, Κάιο Παουλίστα, Γουέλινγκτον, Πάμπλο Γκονσάλβες, Λούκας Μόουρα, Λουσιάν, Ροντρίγκο Νέστορ, Μίτσελ Αραούχο(Ουρουγουάη), Αλισον Έουλερ, Γκάμπριελ Νέβες(Ουρουγουάη), Γουέλινγκτον Ράτο, Ζουάν Σάντος, Τζόναθαν Καλέρι(Αργεντινή) ήταν το ρόστερ της ομάδας του Ντοριβάλ Ζούνιορ.
Έτσι στο Πρωτάθλημα απο την στιγμή που κατέκτησε το Κύπελλο και εξασφάλισε την είσοδο στους ομίλους του Copa Libertadores πέρασε σε δεύτερη μοίρα τερματίζοντας τελικά στην 11η θέση. Λίγο πριν το ξεκίνημα της νέας σεζόν, ο Ντοριβάλ Ζούνιορ αποχώρησε για να αναλάβει την εθνική Βραζιλίας και στην θέση του ήρθε ο 39χρονος Τιάγκο Καρπίνι πρώην προπονητής της Ζουβεντούδε που την ανέβασε στην μεγάλη κατηγορία πληρώνοντας μάλιστα το ποσό του 1 εκατομμυρίου βραζιλιάνικου ρεάλ.
Στο μετεγγραφικό παζάρι απέκτησε τον 26χρονο αριστερό πλάγιο Φερειρίνια, τον 25χρονο Βνεζουελανοιταλό κεντρικό αμυντικό Ναουέλ Φεραρέσι, τον 22χρονο Παραγουανό κεντρικό μέσο Νταμιάν Μπομπαντίγια, τον Λούκας Μόουρα ως ελεύθερο απο την Τότεναμ, τον Έρικ απο την Σεάρα και τον πολύπειρο Λουίς Γκουστάβο.
Στο "Μινειράο" στο Μπέλο Οριζόντε η Σάο Πάολο αντιμετώπισε την Παλμέιρας στον τελικό του Σούπερ Καπ, με τις δύο ομάδες να μένουν στο 0-0 και τα πάντα κρίθηκαν στα πέναλντι, Εκεί όπου οι Μουρίλο και Πικέρες είδαν τις εκτελέσεις του να τις αποκρούει ο Ράφαελ και με 4-2 η Σάο Πάολο κατέκτησε το πρώτο της Σούπερ Καπ.
Στο Paulista πέρασε ως πρώτη απο τον όμιλό της, αλλά στα προημιτελικά αποκλείστηκε στην διαδικασία των πέναλντι απο την Νοβοριζοντινο. Στα μέσα Απριλίου ο Καρπίνι απολύθηκε και στην θέση του ήρθε ο Λουίς Ζουμπεδία αναλαμβάνοντας για πρώτη φορά σύλλογο απο την Βραζιλία
