Στις 22 Μαΐου του 1912 ο Ζοακίμ Αμέρικο Γκιμαράες στην πόλη Κουριτίμπα ιδρύει την Internacional Football club ενώ παράλληλα φτιάχνεται και ένα μικρό στάδιο που ονομάζεται Baixada. Δύο χρόνια αργότερα το 1914 δημιουργείται η έτερη ομάδα της πόλης η America Futebol Clube και μία δεκαετία αργότερα στις 26 Μαρτίου συγχωνεύονται για να δημιουργήσουν την Clube Atletico Paranaense.
Τα χρώματα της ήταν το κόκκινο και το μαύρο και στις 6 Απριλίου έδωσε τον πρώτο της αγώνα κόντρα στην Universal FC την οποία και νίκησε με 4-2. Ένα χρόνο αργότερα το 1925 κατέκτησε και το πρώτο πολιτειακό Πρωτάθλημα για να ακολουθήσουν αυτά του 1929, του 1930, του 1934, του 1936, του 1940, του 1943, του 1945 και του 1949.
Μάλιστα εκείνη την χρονιά πήρε και το προσωνύμιο Furacao(τυφώνας) εξαιτίας του αήττητου των 11 αγώνων. Ακολούθησαν τα Πρωταθλήματα του 1958 και του 1970 και το 1973 πήρε για πρώτη φορά μέρος στο πανβραζιλιάνικο Πρωτάθλημα όπου στην τελική βαθμολογία κατέλαβε την 28η θέση στις 40 συμμετέχουσες.
Το 1974 ήταν 9η, το 1975 28η και το 1976 29η, το 1977 44η, το 1978 62η και το 1979 9η. Το 1980 και το 1981 δεν συμμετείχε αλλά το 1982 επανήρθε με την κατάκτηση του Campeonato Paranaense
όπου ήταν 32η.
Το 1983 έφτασε μέχρι τα ημιτελικά όπου αποκλείστηκε απο την Φλαμένγκο ενώ κατέκτησε το πολιτειακό Πρωτάθλημα, το 1984 ήταν 11η, το 1985 δεν συμμετείχε αλλά κατέκτησε το Campeonato Parananense, to 1986 18η to 1978 20η, to 1988 19η και κάτοχος του πολιτειακού Πρωταθλήματος, το 1989 18η ενώ το 1990 ήταν απών αλλά κάτοχος του πολιτειακού Πρωταθλήματος.
Το 1991 17η, το 1992 15η, το 1993 24η, ενώ το 1994 και το 1995 δεν αγωνίστηκε. Το 1996 έφτασε μέχρι τα προημιτελικά, το 1997 ήταν 12η, το 1998 16η αλλά επέστρεψε στα πολιτειακά Πρωταθλήματα ύστερα απο οκτώ χρόνια.
Το 1999 ήταν 9η, το 2000 13η, κάτοχος του Campeonato Paranaense και για πρώτη φορά πήρε μέρος στο Copa Libertadores όπου αποκλείστηκε στα πέναλντι απο την Ατλέτικο Μινέιρο στα προημιτελικά.
Το 2001 όμως ήρθε η μεγάλη στιγμή αφού με προπονητή τον Ζενίνιο και τους Φλάβιο, Ροζέριο Κορέα, Νεμ, Γκουστάβο Κάισε, Αλεσάντρο, Κοσίτο, Αντριάνο, Κλέμπερσον, Φαμπιάνο, Ιλάν, Άλεξ Μινέιρο και Κλέμπερ κατέκτησαν το Πρωτάθλημα αφού στους τελικούς επιβλήθηκαν της Σαο Καετάνο με δύο νίκες 4-2 και 1-0. Παράλληλα κατέκτησε για 19η φορά το Campeonato Paranaense
Το 2002 ήταν 14η, στο Libertadores έμεινε τελευταία στον όμιλό της, ενώ έφτασε τα 20 πολιτειακά Πρωταθλήματα. Το 2003 ήταν 12η, το 2004 2η πίσω απο την Σάντος, το 2005 6η, κάτοχος του πολιτειακού Πρωταθλήματος και φιναλίστ στο Libertadores.
Τερμάτισε δεύτερη στον όμιλό της πίσω απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, στους "16" απέκλεισε την Σέρο Πορτένιο, στους "8" την Σάντος και στα ημιτελικά την Γκουανταλαχάρα. Στον τελικό βρήκε απεναντί της την Σάντος όπου στο πρώτο παιχνίδι αναδείχθηκε ισόπαλη 1-1 αλλά στην ρεβάνς ηττήθηκε με 4-1.
Προπονητής ήταν ο Αντόνιο Λόπες και στο ρόστερ άνηκαν οι Ντιέγκο Ζανκάρλος, Ντανίλο, Ντουρβάλ, Μαρκάο, Άλαν Μπαχία, Φερναντίνιο, Αλοίζιο, Ροντρίγκο, Άντρε Ρότσα, Κλέο, Εβάντρο και Τικάο.
Ακολούθησαν το 2006 13η και στα ημιτελικά του Copa Sudamericana όπου αποκλείστηκε απο την Πατσούκα. Το 2007 ήταν 12η και αποκλείστηκε νωρίς απο την Βάσκο Ντα Γκάμα στο Sudamericana, τo 2008 13η και το 2009 14η και κάτοχος του πολιτειακού Πρωταθλήματος, στο δε Sudamericana αποκλείστηκε νωρίς απο την Μποταφόγκο.
Το 2010 ήταν 5η, το 2011 17η και υποβιβάστηκε στην δεύτερη κατηγορία. Κατάφερε να ανέβει άμεσα αν και ισοβάθμησε στην 3η θέση μαζί με τις Βιτόρια και Σάο Καετάνο και το 2013 ήταν 3η. Το 2014 ήρθε 8η και στο Libertadores αφού απέκλεισε την Σπόρτινγκ Κριστάλ πέρασε στους ομίλους όπου όμως δεν μπόρεσε να περάσει στην επόμενη φάση.
Το 2015 ήταν 10η, το 2016 6η, επανήρθε όμως στην κορυφή της πολιτείας ύστερα απο 7 χρόνια, το 2017 ήταν 11η στο Πρωτάθλημα, στο Libertadores στους προκριματικούς γύρους απέκλεισε την Μιγιονάριος και την Ντεπορτίβο Καπιάτα.
Στους ομίλους ήρθε δεύτερη πίσω απο την Σαν Λορέντσο και στους "16" αποκλείστηκε απο την Σάντος. Το 2018 ήταν 7η στο Πρωτάθλημα, για 24η φορά αναδείχθηκε Πρωταθλήτρια στην πολιτεία της αλλά η κυριότερη επιτυχία της ήταν η κατάκτηση του Sudamericana.
Αποκλείοντας κατά σειρά τις Νιούελς Όλντ Μποις, Πενιαρόλ, Καράκας, Μπαχία και Φλουμινένσε στον τελικό αναμετρήθηκε με την Τζούνιορ. Στο πρώτο παιχνίδι στην Μπαρανκίγια αναδείχθηκε ισόπαλη με 1-1 όπως και στην ρεβάνς στο Arena da Baixada και τα πάντα θα κρίνονταν στα πέναλντι.
Μάλιστα οι Κολομβιανοί είχαν μεγάλη ευκαιρία στην παράταση να πάρουν το τρόπαιο αλλά το πέναλντι του Μπαρέρα έφυγε πάνω απο τα δοκάρια του Σάντος. Φουέντες, Τεόφιλο Γκουτιέρες και Ρενάν Λόντι αστόχησαν για τις δύο ομάδες, ο Τιάγκο Ελένο και με 4-3 ο "τυφώνας" κατέκτησε το τρόπαιο.
Προπονητής ήταν ο Τιάγκο Νούνιες ο οποίος είχε αντικαταστήσει τον Φερνάντο Ντινίς και στο ρόστερ βρίσκονταν οι Σαντος, Τζόναθαν Μορέιρα, Τιάγκο Ελένο, Λέο Περέιρα, ο Αργεντίνος Λούτσο Γκονζάλες, Μαρτσέλο Σιρίνο, Ραφαέλ Βέιγκα, Νικάο, Πάμπλο, Μάρσιο Αζεβέδο, Γουέλινγκτον, Ρόνι και Μαρσίνιο.
Το 2019 ξεκίνησε με μία ακόμα κατάκτηση πολιτειακού Πρωταθλήματος, το 25ο στην ιστορία της, αλλά το κυριότερο ήταν το πρώτο Κύπελλο της ιστορίας της. Στους διπλούς τελικούς επικράτησε της Ιντερνασιονάλ με 1-0 και 1-2 αντίστοιχα με γκολ των Μπρούνο Γκιμαράες, Λέο Τσιταντίνι και Ρόνι.
Στο Libertadores προκρίθηκε στους "16" πίσω μόνο απο την Μπόκα Τζούνιορς, ενώ στις νοκ-άουτ αναμετρήσεις τέθηκε ξανά αντιμέτωπη με την Μπόκα απο την οποία αποκλείστηκε με δύο ήττες με 0-1 και 0-2.
Ένα μήνα πριν την ολοκλήρωση του Brasileirao τον Νοέμβριο ο Τιάγκο Νούνιες αποδέχτηκε την πρόταση της Κορίνθιανς και παραιτήθηκε και στην θέση του ανέλαβε ως προσωρινός ο Εντουάρντο Μπάρος. Τελικά τερμάτισε στην 5η θέση εξασφαλίζοντας την απευθείας πρόκριση στους ομίλους του Libertadores.
Το 2019 ξεκίνησε με μία ακόμα κατάκτηση πολιτειακού Πρωταθλήματος, το 25ο στην ιστορία της, αλλά το κυριότερο ήταν το πρώτο Κύπελλο της ιστορίας της. Στους διπλούς τελικούς επικράτησε της Ιντερνασιονάλ με 1-0 και 1-2 αντίστοιχα με γκολ των Μπρούνο Γκιμαράες, Λέο Τσιταντίνι και Ρόνι.
Στο Libertadores προκρίθηκε στους "16" πίσω μόνο απο την Μπόκα Τζούνιορς, ενώ στις νοκ-άουτ αναμετρήσεις τέθηκε ξανά αντιμέτωπη με την Μπόκα απο την οποία αποκλείστηκε με δύο ήττες με 0-1 και 0-2.
Ένα μήνα πριν την ολοκλήρωση του Brasileirao τον Νοέμβριο ο Τιάγκο Νούνιες αποδέχτηκε την πρόταση της Κορίνθιανς και παραιτήθηκε και στην θέση του ανέλαβε ως προσωρινός ο Εντουάρντο Μπάρος. Τελικά τερμάτισε στην 5η θέση εξασφαλίζοντας την απευθείας πρόκριση στους ομίλους του Libertadores.
Εκεί όπου στην φάση των ομίλων πέρασε στην επόμενη φάση αυτή των "16" ως δεύτερη πίσω απο την Μπόκα Τζούνιορς, απο την οποία αποκλείστηκε με δύο ήττες. Τον Δεκέμβριο του 2019 ο Ντοριβάλ Τζούνιορ διαδέχτηκε τον Μπάρος αλλά τον Αύγουστο του 2020 απολύθηκε λόγω των κακών αποτελεσμάτων της ομάδας αν και κατέκτησε το πολιτειακό Πρωτάθλημα με δύο νίκες κόντρα στην Κοριτίμπα.
Ξανανέλαβε ο Μπάρος ως προσωρινός μέχρι και τις 22 Οκτωβρίου του 2020 όταν ανέλαβε ο Πάολο Αουτουόρι o οποίος είχε διπλό ρόλο και τεχνικού διευθυντή και πρώτου προπονητή. Στο Πρωτάθλημα κατέλαβε την 9η θέση, ενώ στο Κύπελλο αποκλείστηκε στους "16" απο την Φλαμένγκο.
Ο Αουτουόρι τον Φεβρουάριο του 2021 θα διατηρήσει μόνο την θέση του τεχνικού διευθυντή και την θέση του θα αναλάβει προσωρινά για δύο αγώνες, ο Πορτογάλος Αντόνιο Ολιβείρα ο οποίος θα μονιμοποιηθεί τον Μάρτιο και ενώ μέχρι τότε ήταν προπονητής της U-23 της Ατλέτικο.
Στο Copa Sudamericana κατέλαβε την 1η θέση στην φάση των ομίλων και στους νοκ-άουτ αναμετρήσεις απέκλεισε κατα σειρά τις Αμέρικα Ντε Κάλι, LDU Κίτο, Πενιαρόλ στα ημιτελικά με προπονητή τον Αλμπέρτο Βαλεντίμ, αφού στις 9 Σεπτεμβρίου ο Ολιβείρα παραιτήθηκε, ενώ στο πολιτειακό Πρωτάθλημα αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Κασκαβέλ.
Στον τελικό της 20ης Νοεμβρίου αντιμετώπισε στο Μοντεβίδεο την Ρεντ Μπουλ Μπραγκαντίνο όπου στο "Σεντεναριο" οι "ρούμπρο-νέγκρο" με το εκπληκτικό γκολ του Νικάο μόλις στο 4ο λεπτό θα κρίνει την αναμέτρηση υπέρ της Ατλέτικο.
O Νικάο μαζί με τον Σάντος, τον Τιάγκο Ελένο και τον Μάρσιο Αζεβέδο ήταν οι μοναδικοί "επιζώντες" απο την προ τριετίας κατάκτηση του τροπαίου. Στο ρόστερ μεταξύ άλλων βρίσκονταν οι Πέδρο Ενρίκε, Νικόλας Ερνάντες(Κολομβία), Μαρτσίνιο, Έρικ, Λέο Τσιταντίνι, Άμπνερ Βινίσιους, Νταβίντ Τέρανς(Ουρουγουάη), Ρενάτο Κάιζερ, Πέδρο Κόστα, Φερνάντο Κανεσίν, Ζε Ιβάλδο, Νικόλας και Κριστιάν.
Στο Πρωτάθλημα ολοκλήρωσε πολύ χαμηλά στην 14η θέση, αλλά λόγω της κατάκτησης του Sudamericana κέρδισε θέση απευθείας τους ομίλους του νέου Libertadores, στο Κύπελλο στους διπλούς τελικούς κόντρα στην Ατλέτικο Μινέιρο στις 12 και 15 Δεκεμβρίου γνώρισε ισάριθμες ήττες με 4-0 και 2-1.
Νικάο, Ρενάτο Καϊζερ, Νίκολας και Φερναντο Κανεσίν αποχώρησαν ενώ αποκτήθηκαν οι Μάρλος, Βίτορ Μπουένο, Ματέους Φερνάντες ως δανεικός, Ούγκο Μόουρα, Ζόναταν, ο Αργεντίνος Τόμας Κουέγιο και ο Ντάβι Αραούχο.
Ως κάτοχος του Sudamericana αντιμετώπισε σε διπλούς τελικούς την Παλμέιρας για το Recopa Sudamericana όπου στον πρώτο στην Κουριτίμπα αναδείχθηκε ισόπαλη με 2-2, ενώ στον επαναληπτικό στο Σάο Πάολο γνώρισε την ήττα με 2-0.
Tον Απρίλιο ο Βαλεντίμ απομακρύνθηκε απο το ποστό του και ανέλαβε ο Φάμπιο Καρίλε ο οποίος όμως και αυτός απολύθηκε ύστερα απο παρουσία 21 ημερών και 7 αγώνων και ανέλαβε ο Λουίς Φελίπε Σκολάρι.
Στο πολιτειακό πρωτάθλημα έφτασε μέχρι τα ημιτελικά όπου την "σταμάτησε" η Κοριτίμπα. Στο Κύπελλο στα προημιτελικά αποκλείστηκε απο την Φλαμένγκο, αφού παρά την ισοπαλία στο πρώτο παιχνίδι στο Ρίο, ηττήθηκε με 1-0 στην ρεβάνς.
Στο Libertadores ισοβάθμησε στην πρώτη θέση με την Λιμπερτάδ αλλά για ένα γκολ στην διαφορά τερμάτων +8 έναντι +7 έμεινε δεύτερη. Μάλιστα με τους Παραγουανούς τέθηκε αντιμέτωπη στην φάση των "16" όπου προκρίθηκε με νίκη 2-1 και ισοπαλία 1-1.
Στα προημιτελικά αντιμετώπισε την Εστουντιάντες, το πρώτο παιχνίδι να λήγει 0-0 και στην ρεβάνς στην Λα Πλάτα με το γκολ του Βίτορ Ρόκε στο 90+6' πήρε την πρόκριση για τα ημιτελικά. Εκεί όπου αντιμετώπισε την κάτοχο των δύο προηγούμενων διοργανώσεων Παλμέιρας, όπου στον πρώτο αγώνα στην Κουριτιμπα επικράτησε με 1-0.
Στον επαναληπτικό αν και βρέθηκε πίσω στο σκόρ με 2-0, κατάφερε με τους Πάμπλο και Τεράνς να ισοφαρίσει και με το 2-2 να πάρει την πρόκριση για τον δεύτερο τελικό της ιστορίας της και πρώτο μετά το 2005.
Στο Γκουαγιακίλ απέναντι στην Φλαμένγκο βρέθηκε πίσω στο σκορ στις καθυστερήσεις απο το γκολ του Μπαρμπόσα, ενώ απο το 43' έπαιζε με παίκτη λιγότερο λόγω αποβολής του Πέδρο Ενρίκε με δεύτερη κίτρινη κάρτα.
Το 1-0 δεν άλλαξε μέχρι το τέλος με την Ατλέτικο να χάνει και τον δεύτερο τελικό του Libertadores. Στο Πρωτάθλημα με την 6η θέση αν και ισοβάθμησε με την Ατλέτικο Μινέιρο λόγω της μίας παραπάνω νίκης κέρδισε θέση στους ομίλους του Libertadores.
Πριν τον τελευταίο αγώνα με την Μποταφόγκο ο Σκολάρι ανακοίνωσε την απόσυρση του απο την προπονητική και να αναλάβει χρέη τεχνικού διευθυντή έχοντας υποδείξει μάλιστα και αυτόν που θα τον διαδεχτεί, ο οποίος είναι ο Πάουλο Τούρα.
Ύστερα απο τρία χρόνια έφτασε στην κατάκτηση του πολιτειακού Πρωταθλήματος το οποίο ήταν το 27ο συνολικά, αφού στον τελικό επικράτησε στον πρώτο αγώνα εκτός έδρας της Κασκαβέλ με 2-1, με τον δεύτερο αγώνα να έρχεται ισόπαλος 0-0.
Στις 16 Ιουνίου ο Σκολάρι παραιτήθηκε απο το πόστο του τεχνικού διευθυντή για να αναλάβει την τεχνική ηγεσία της Ατλέτικο Μινέιρο προκαλώντας την δυσαρέσκεια του κλάμπ. Ώς συνέχεια της αποχώρησης του "Μπίγκ Φίλ" απολύθηκε και ο Τούρα που ήταν προσωπική του επιλογή και προσωρινά την τεχνική ηγεσία ανέλαβε ο Γουέσλει Καρβάλιο.
Στο Κύπελλο Βραζιλίας έφτασε μέχρι τα προημιτελικά, αποκλείοντας τις CRB και Μποταφόγκο, αλλά αποκλείστηκε απο την Φλαμένγκο με δύο ήττες. Στο Copa Libertadores πέρασε ως πρώτη απο τον όμιλό της και στην φάση των "16" αντιμετώπισε την Μπολιβάρ απο την Βολιβία. Στο πρώτο παιχνίδι στην Λα Πάζ γνώρισε την ήττα με 3-1, αλλά στην ρεβάνς στην Κουριτίμπα νίκησε με 2-0 και έστειλε το παιχνίδι στην διαδικασία των πέναλντι.
Εκεί όπου o Τιάγκο Ελένο έστειλε την μπάλα στο οριζόντιο δοκάρι, οι Βολιβιανοί ευστόχησαν σε όλα και με 5-4 πήραν την πρόκριση. Στο πρωτάθλημα κατέλαβαν την 8η θέση και εξασφάλισαν την απευθείας είσοδο στους ομίλους του Copa Sudamericana.
Στο campeonato paranaense κατέλαβε την πρώτη θέση στην πρώτη φάση, στα προημιτελικά απέκλεισε την Λοντρίνα, στα ημιτελικά την Οπεράριο και στους διπλούς τελικούς απέναντι στην Μαρινγκά με δύο νίκες 1-0 και 3-0 κατέκτησε τον 28ο τίτλο στην ιστορία της.
Αυτός ήταν ο πρώτος τίτλος για τον Κούκα στον πάγκο της Ατλέτικο ο οποίος είχε ανακοινωθεί ότι αναλαμβάνει την ομάδα στις 4 Μαρτίου , δύο ημέρες πριν την διεξαγωγή του δεύτερου τελικού
