Μετά τις Ατλέτικο Νασιονάλ και Όνσε Κάλδας, η Ιντεπεντιέντε Σαντα Φε έγινε η τρίτη ομάδα απο την Κολομβία που κατέκτησε διεθνή τίτλο και η πρώτη που έφερε στην Κολομβία το Copa Sudamericana. Βέβαια στην χώρα της πρόκειται για μια απο τις κορυφαίες ομάδες που δεν έχει λείψει απο την πρώτη κατηγορία.
Στις 28 Φεβρουαρίου του 1941 απόφοιτοι του κολεγίου Gimnasio Moderno αποφασίζουν να ιδρύσουν ένα ερασιτεχνικό σωματείο στο οποίο πολύ σύντομα εντάσσονται και γίνονται μέλη και απο άλλα σχολεία. Λίγους μήνες αργότερα θα πάρουν μέρος σε τουρνουά που διοργανώνει η τοπική ομοσπονδία της Μπογκοτά και στις 4 Μαΐου του 1941 στον πρώτο τους αγώνα θα έρθουν ισόπαλοι 0-0 με την Universal.
Σε αυτό το τουρνουά θα καταλάβουν την δεύτερη θέση πίσω απο την Legion Militar Deportiva de los Taxis Rojos που αποτελούταν απο υπαλλήλους εταιρίας συγκοινωνιών παρότι ήταν αήττητη. Τον επόμενο χρόνο θα φτάσει στον τελικό του Torneo de Cuntinamarca όπου και θα ηττηθεί απο την Αμέρικα Ντε Κάλι έχοντας στον πάγκο της τον Άγγλο Τζάκ Γκρίνγουελ παίκτη και προπονητή της Μπαρτσελόνα, ο οποίος όμως τον Νοέμβριο του ίδιου έτους σε ηλικία 58 ετών θα φύγει απο την ζωή απο καρδιακή προσβολή.
Το 1948 αποφασίζεται η δημιουργία της πρώτης κατηγορίας με την Ιντεπεντιέντε να είναι ανάμεσα στις 10 ομάδες που πήραν μέρος στο πρώτο Πρωτάθλημα που ξεκίνησε τον Αύγουστο του ίδιου έτους. Με απολογισμό 12 νίκες, 3 ισοπαλίες και 3 ήττες οι "καρδινάλιοι" κατέκτησαν τον τίτλο με 27 βαθμούς έναντι 23 της Ζουνιόρ FC.
Προπονητής ήταν ο Περουβιανός Κάρλος Καρίγιο Νάρδα και το ρόστερ αποτελούταν απο τους Χεσούς Μαρία Λίρες(Ισπανία/Αργεντινή), Χερμάν Αντόν(Αργεντινή), Χούλιο Γκαβίρια, Χούλιο Ζαμούντιο, Χερνάντο Μογιάνο, Αλμπέρτο Γκουαρδιόλα, Όσκαρ Μπερνάου, Κάρλος Κάστρο, Λουίς Βάσκες, Καόρου Ντόκου Μπερνέχο, Λουίς Κοντρέρας, Χέσους Φίσκο, Λορένσο Ντέλι, Γκαμπριέλ Πινέδα, Χούλιο Ντε Λα Χος, Λουίς Ρούμπιο, Ρομπέρτο Γκάμεζ, Λόπεζ Χερμενεγκίλντο, Μιγκέλ Ταλέρο, Κάρλος Σάντσες και Ραφαέλ Πριέτο.
Την επόμενη χρονιά με προπονητή τον Ισπανό Χοσέ Καστίγιο τερμάτισε τρίτη, ενώ τα επόμενα χρόνια ενισχύθηκε με Βρετανούς ποδοσφαιριστές(Νίλ Φράνκλιν, Τζόρτζ Μάουντφουτ και Τσάρλι Μίτεν) αλλά και με τους Ρενέ Αλεχάντρο Ποντόνι, Εφραίμ Σάντσες, Ρουμπέν Παντίν(Αργεντινή) δεν κατάφερα να φτάσει στην κορυφή
Το 1950 ήρθε 8η, το 1951 6η, το 1952 9η, το 1953 4η, το 1954 10η, το 1955 9η, το 1956 12η, ενώ το 1957 δεν πέρασε στον τελικό. Το 1958 με 17 νίκες, 14 ισοπαλίες και 5 ήττες συγκέντρωσε 48 βαθμούς έναν παραπάνω απο την Μιγιονάριος με προπονητή τον Αργεντίνο Χούλιο Τοκερ και τους Μανουέλ Πατσέκο, Φερνάντο Φερνάντες, Κάρλος Ροντρίγκες, Κάρλος Μπόγια, Σέζαρ Άλβαρες, Εουχένιο Καστίγιο, Χουάν Κάρλος Πελεγκρίνο, Χερνάντο Τοβάρ, Κάρλος Αράνγκο, Μάριο Μπουσταμάντε, Σέζαρ Ντίας, Χοσέ Γκρέκο και Χουάν Χοσέ Φεράρο(Αργεντινή).
Το 1950 ήρθε 8η, το 1951 6η, το 1952 9η, το 1953 4η, το 1954 10η, το 1955 9η, το 1956 12η, ενώ το 1957 δεν πέρασε στον τελικό. Το 1958 με 17 νίκες, 14 ισοπαλίες και 5 ήττες συγκέντρωσε 48 βαθμούς έναν παραπάνω απο την Μιγιονάριος με προπονητή τον Αργεντίνο Χούλιο Τοκερ και τους Μανουέλ Πατσέκο, Φερνάντο Φερνάντες, Κάρλος Ροντρίγκες, Κάρλος Μπόγια, Σέζαρ Άλβαρες, Εουχένιο Καστίγιο, Χουάν Κάρλος Πελεγκρίνο, Χερνάντο Τοβάρ, Κάρλος Αράνγκο, Μάριο Μπουσταμάντε, Σέζαρ Ντίας, Χοσέ Γκρέκο και Χουάν Χοσέ Φεράρο(Αργεντινή).
Μετά απο μια 8η θέση το 1959, ο επόμενος τίτλος δεν άργησε να έρθει το 1960 με προπονητή και πάλι τον Τόκερ και με τους Οσβάλντο Παντσούτο και Αλμπέρτο Περάτσο(Αργεντινή), Λεονάρντο Μπεβιλάκoυα, Γουίλιαμ Μάιλν(Αγγλία), Χουάν Μοντέρο, Ρικάρντο Μπελ, Κάρλος Απόντε έφτασε στον τίτλο αφήνοντας δεύτερη την Αμέρικα.
Έτσι κέρδισε το δικαίωμα να συμμετάσχει στο Copa Libertadores όπου έφτασε μέχρι και τα ημιτελικά με την Παλμέιρας να την αποκλείει απο τον τελικό της διοργάνωσης. Το 1961 ήρθε 3η στο Πρωτάθλημα, το 1962 9η, το 1963 2η πίσω απο την Μιγιονάριος, το 1964 7η , το 1965 5η.
Tο 1966 με προπονητή τον Γκαμπριέλ Οτσόα Ουρίμπε και τους Οσβάλδο Αγιάλα, Κάρλος Αντονιέτα, Κλαουντιονόρ Κάρσο, Ιγκνάσιο Πέρες, Πάμπλο Σεντουριόν, Λουίς Κάρλος Φράνκα, Ντέλιο Γκαμπόα, Ομάρ Λορέντσο Ντεβάνι(Αργεντινή), Πέδρο Ντίας και Αλφόνσο Κανιόν κατακτούσε το τέταρτο Πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Το 1967 ήρθε 6η, το 1968 5η, το 1969 8η και το 1970 υπό την καθοδήγηση του Τόζα Βεσελίνοβιτς και τους Μανουέλ Οβεχέρο, Μιγκέλ Άνχελ Μπασίλικο(Αργεντινή), Χάιμε Ροντρίγκες, Λουίς Αουγκούστο Αγκίρε, Ντράγκοσλαβ Σεκουλάρατς(Σερβία), Βίκτορ Καμπάζ, Λουίς Αλμπέρτο Μοντάνιο, Βάλτερ Σόσα και Τουμάκο Γκονζάλες κατέκτησε το Copa Simon Bolivar.
Tο 1966 με προπονητή τον Γκαμπριέλ Οτσόα Ουρίμπε και τους Οσβάλδο Αγιάλα, Κάρλος Αντονιέτα, Κλαουντιονόρ Κάρσο, Ιγκνάσιο Πέρες, Πάμπλο Σεντουριόν, Λουίς Κάρλος Φράνκα, Ντέλιο Γκαμπόα, Ομάρ Λορέντσο Ντεβάνι(Αργεντινή), Πέδρο Ντίας και Αλφόνσο Κανιόν κατακτούσε το τέταρτο Πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Το 1967 ήρθε 6η, το 1968 5η, το 1969 8η και το 1970 υπό την καθοδήγηση του Τόζα Βεσελίνοβιτς και τους Μανουέλ Οβεχέρο, Μιγκέλ Άνχελ Μπασίλικο(Αργεντινή), Χάιμε Ροντρίγκες, Λουίς Αουγκούστο Αγκίρε, Ντράγκοσλαβ Σεκουλάρατς(Σερβία), Βίκτορ Καμπάζ, Λουίς Αλμπέρτο Μοντάνιο, Βάλτερ Σόσα και Τουμάκο Γκονζάλες κατέκτησε το Copa Simon Bolivar.
Στο πρωτάθλημα του 1970 στην τελική φάση κατέλαβε την 3η θέση και το 1971 με νέο προπονητή τον Σέρβο Βλάντιμιρ Πόποβιτς που αντικατέστησε τον Βεσελίνοβιτς η Ιντεπεντιέντε κατέκτησε τον τίτλο με περιπετειώδη τρόπο.
Ύστερα απο ένα μίνι πρωτάθλημα τεσσάρων ομάδων Ιντεπεντιέντε και Νασιονάλ ισοβάθμησαν στην πρώτη θέση οπότε ο τίτλος θα κρινόταν σε αγώνες μπαράζ. Και οι δύο αγώνες ήρθαν ισόπαλοι χωρίς τέρματα οπότε χρειάστηκε και τρίτο παιχνίδι στο Κάλι με τα "λιοντάρια" να επικρατούν με 3-2 και να φτάνουν στον 5ο τίτλο.
Το 1972, το 1973 και το 1974 δεν πέρασε στην τελική φάση, ενώ το 1975 με προπονητή τον Χιλιανό Φρανσίσκο Ορμαζάμπαλ και τους Λουίς Λόπεζ, Χοσέ Αντόνιο Τέβες, Χαμές Μίνα Καμάτσο, Χοσέ Ντίαζ, Λεονάρντο Ρεκούπερο, Τεόφιλο Γκαρσία, Ντάριο Λόπεζ, Έκτορ Σαρνάρι και Κάρλος Αλμπέρτο Παντόλφι κατέκτησε τον τίτλο μποστά απο την Μιγιονάριος.
Ύστερα απο ένα μίνι πρωτάθλημα τεσσάρων ομάδων Ιντεπεντιέντε και Νασιονάλ ισοβάθμησαν στην πρώτη θέση οπότε ο τίτλος θα κρινόταν σε αγώνες μπαράζ. Και οι δύο αγώνες ήρθαν ισόπαλοι χωρίς τέρματα οπότε χρειάστηκε και τρίτο παιχνίδι στο Κάλι με τα "λιοντάρια" να επικρατούν με 3-2 και να φτάνουν στον 5ο τίτλο.
Το 1972, το 1973 και το 1974 δεν πέρασε στην τελική φάση, ενώ το 1975 με προπονητή τον Χιλιανό Φρανσίσκο Ορμαζάμπαλ και τους Λουίς Λόπεζ, Χοσέ Αντόνιο Τέβες, Χαμές Μίνα Καμάτσο, Χοσέ Ντίαζ, Λεονάρντο Ρεκούπερο, Τεόφιλο Γκαρσία, Ντάριο Λόπεζ, Έκτορ Σαρνάρι και Κάρλος Αλμπέρτο Παντόλφι κατέκτησε τον τίτλο μποστά απο την Μιγιονάριος.
Το 1976 δεν πέρασε στην τελική φάση, το 1977 ήρθε 5η στην τελική φάση, το 1978 4η στην τελική φάση, το 1979 7η και 2η στην τελική φάση πίσω απο την Αμέρικα Κάλι. Στην δεκαετία του '80 τα πράγματα δεν εξελίχθησαν καλά για την Ιντεπεντιέντε.
Μάλιστα σε κάποιες περιπτώσεις δεν έφτανε ούτε καν στην τελική φάση όπως το 1980, το 1981, το 1982, το 1984,το 1985 το 1986 και το 1989, ενώ το 1983 ήρθε 6η στην τελική φάση, το 1987 3η και το 1988 4η.
Παρότι υπήρχαν αξιόλογοι ποδοσφαιριστές όπως οι Ούγκο Γκοτάρντι(Αργεντινή), Χοσέ Λουίς Καρπένε, Ντιέγκο Ουμάνα, Σέρχιο Οντίνε, Βάλτερ Περάτσο, Ραούλ Μόρα, Οσβάλδο Ρεντόντο, Εουσέμπιο Λίμα, Χεριμπέρτο Νίνιο, Ρανταμέλ Γκαρσία, Βίκτορ Παλάσιος και Ορλάντο Κάστρο μόλις το 1989 επανήρθε στους τίτλους.
Υπό την καθοδήγηση του Ντιέγκο Ουμάνα κατέκτησε το Κύπελλο επικρατώντας στον τελικό της Ουνιόν Μαγκνταλένα βάζοντας τέλος στην "ανομβρία" 14 ετών χωρίς τίτλο. Φερνάντο Χερνάντες, Μανουέλ Ρινκόν, Μιγιέρ Κουέστα, Μανουέλ Κόρδοβα, Χοσέ Ρομέιρο, Τζον Αλβάρες, Γουίλιαμ Μοράλες, Έκτορ Σόσα, Αρμάντο Ντίας, Χέρμαν Μοράλες, Αντόλφο Βαλένσια και Φρέντι Ρινκον ήταν το ρόστερ της ομάδας.
Η κατάκτηση του Κυπέλλου ήταν περισσότερο αναλαμπή αφού στην δεκαετία του '90 κάποιες φορές έμπαινε στην τελική φάση(1990,1991,1992,1995,1998), άλλες έμενε εκτός(1993,1994,1996,1997,1999). Μονές εξαιρέσεις αρχικά ο τελικός του Copa Conmebol το 1996 όπου έφτασε στον τελικό αποκλείοντας κατά σειρά Ντεπορτίβο Τατσίρα(Βενεζουέλα), Μπραγκαντίνο(Βραζιλία) στον ημιτελικό την Βάσκο Ντα Γκάμα στην διαδικασία των πέναλντι.
Απέναντι της ήταν η αργεντίνικη Λανούς όπου στο πρώτο παιχνίδι στο Μπουένος Άιρες επικράτησε με 2-0, στην ρεβάνς στο El Campin δεν κατάφερε να υπερκεράσει την διαφορά των δύο τερμάτων επικρατώντας με 1-0.
Το 1999 έφτασε και στον τελικό του Copa Merconorte όπου στην φάση των ομίλων τερμάτισε στην πρώτη θέση, στην συνέχεια απέκλεισε την Καράκας απο την Βενεζουέλα στα πέναλντι και στον τελικό απέναντι στην Αμέρικα Ντε Κάλι νίκησε στο πρώτο παιχνίδι με 2-1, στην ρεβάνς η Αμέρικα πήρε την νίκη με 1-0 και στα πέναλντι με 5-3 κατέκτησε το τρόπαιο.
Το 1999 έφτασε και στον τελικό του Copa Merconorte όπου στην φάση των ομίλων τερμάτισε στην πρώτη θέση, στην συνέχεια απέκλεισε την Καράκας απο την Βενεζουέλα στα πέναλντι και στον τελικό απέναντι στην Αμέρικα Ντε Κάλι νίκησε στο πρώτο παιχνίδι με 2-1, στην ρεβάνς η Αμέρικα πήρε την νίκη με 1-0 και στα πέναλντι με 5-3 κατέκτησε το τρόπαιο.
Εντός των συνόρων την δεκαετία του 2000, το 2000 στην τελική φάση τερμάτισε 4η, το 2001 δεν πέρασε στους τελικούς μένοντας στην 3η θέση του πρώτου γκρούπ όπως και στο Apertura του 2002 όπου αυτή την φορά ήρθε 2η στο δεύτερο γκρούπ.
Στο Finalizacion ήρθε 8η χωρίς να προκριθεί στην τελική φάση, το 2003 στο Apertura 16η στο Finalizacion 13η, to 2004 13η και 10η, το 2005 τερμάτισε στην δεύτερη θέση του Apertura πίσω απο την Ατλέτικο Νασιονάλ και στο Finalizacion δεν πέρασε στους τελικούς.
Το 2006 κατετάγη 14η και 12η, το 2007 στο Apertura δεν πέρασε στους τελικούς και στο Finalizacion κατέληξε μόλις 18η, Το 2008 δεν πέρασε στους τελικούς και στο Finalizacion τερμάτισε 11η.
Το 2009 ήρθε 10η και στο Finalizacion αποκλείστηκε απο τους τελικούς, και την ίδια χρονιά κατέκτησε το δεύτερο Κύπελλο στην ιστορία της επικρατώντας στην διαδικασία των πέναλντι της Ντεπορτίβο Πάστο με 5-4 αφού οι δύο ομάδες μοιράστηκαν τις νίκες.
Στο Finalizacion ήρθε 8η χωρίς να προκριθεί στην τελική φάση, το 2003 στο Apertura 16η στο Finalizacion 13η, to 2004 13η και 10η, το 2005 τερμάτισε στην δεύτερη θέση του Apertura πίσω απο την Ατλέτικο Νασιονάλ και στο Finalizacion δεν πέρασε στους τελικούς.
Το 2006 κατετάγη 14η και 12η, το 2007 στο Apertura δεν πέρασε στους τελικούς και στο Finalizacion κατέληξε μόλις 18η, Το 2008 δεν πέρασε στους τελικούς και στο Finalizacion τερμάτισε 11η.
Το 2009 ήρθε 10η και στο Finalizacion αποκλείστηκε απο τους τελικούς, και την ίδια χρονιά κατέκτησε το δεύτερο Κύπελλο στην ιστορία της επικρατώντας στην διαδικασία των πέναλντι της Ντεπορτίβο Πάστο με 5-4 αφού οι δύο ομάδες μοιράστηκαν τις νίκες.
Προπονητής ο Χερμάν Μπασίλικο Γκονζάλες και παίκτες οι Αγκουστίν Ζούλιο, Σέρχιο Οταλβάρο, Άντρες Γκονζάλες, Κάρλος Βαλντές, Ρικάρντο Βιγιαράνγκα, Μαξιμιλιάνο Φλότα, Γιούλιαν Αντσίκο, Χουάν Κάρλος Κιντέρος, Λουίς Μανουέλ Σέιχας, Χούλιο Γκουτιέρες, Κρίστιαν Νάζαριτ, Ντανιέλ Βέλες, Χάιρο Σουάρες.
Το 2010 κατετάγη 6η και στο Finalizacion αποκλείστηκε απο τους τελικούς, ενώ το 2011 κατετάγη 14η και στο Finalizacion αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Όνσε Κάλδας. Χρειάστηκε να περάσουν 37 ολόκληρα χρόνια για να πανηγυρίσει το Πρωτάθλημα και πιο συγκεκριμένα το Apertura του 2012,
Με προπονητή τον Γουίλσον Γκονζάλες και παίκτες τους Ντιέγκο Καμπρέρα(Βολιβία), Καμίλο Βάργκας, Χούλιαν Κινόνες, Φρανσίσκο Μέζα, Λουίς Κάρλος Αρίας, Ντάνιελ Τόρε, Χουάν Κάρλος Αρόα, Ομάρ Πέρεζ(Αργεντινή), Τζόναθαν Κοπέτε, Έκτορ Ουρέγκο Έντουιν Καρντόνα, Λέιδερ Πρεσιάδο και Μάριο Γκόμεζ στον τελικό με ισοπαλία 1-1 και νίκη 1-0 απέναντι στην Ντεπορτίβο Πάστο κατέκτησαν το 7ο Πρωτάθλημα.
Στο Finalizacion του 2012 ήρθε 10η και το 2013 κατέκτησε το Σούπερ Καπ(αγώνες ανάμεσα στους κατόχους του Apertura και του Finalizacion) κόντρα στην Μιγιονάριος με δύο νίκες 2-1 και 1-0, με προσθήκες τους Κάρλος Βαλδέζ, Τζχόν Βαλένσια, Γουίλντερ Μεντίνα και Κριστιάν Μπόρχα
Στο Πρωτάθλημα στο Apertura έφτασε μέχρι τον τελικό απέναντι στην Ατλέτικο Νασιονάλ με την οποία στο πρώτο παιχνίδι ήρθε 0-0 και στο δεύτερο η Ατλέτικο με νίκη 2-0 πήρε τον τίτλο. Αντίθετα στο Finalizacion δεν τα κατάφερε και έμεινε εκτός τελικού.
Το 2014 στο Apertura αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Ατλέτικο Νασιονάλ ενώ κατέκτησε το Finalizacion στον τελικό κόντρα στην Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν. Το 2015 ξεκίνησε με την κατάκτηση του Σούπερ Καπ κόντρα στην Ατλέτικο Νασιονάλ παρά την ήττα με 2-1 στον πρώτο αγώνα αφού στην ρεβάνς επικράτησε με 2-0.
Το 2010 κατετάγη 6η και στο Finalizacion αποκλείστηκε απο τους τελικούς, ενώ το 2011 κατετάγη 14η και στο Finalizacion αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Όνσε Κάλδας. Χρειάστηκε να περάσουν 37 ολόκληρα χρόνια για να πανηγυρίσει το Πρωτάθλημα και πιο συγκεκριμένα το Apertura του 2012,
Με προπονητή τον Γουίλσον Γκονζάλες και παίκτες τους Ντιέγκο Καμπρέρα(Βολιβία), Καμίλο Βάργκας, Χούλιαν Κινόνες, Φρανσίσκο Μέζα, Λουίς Κάρλος Αρίας, Ντάνιελ Τόρε, Χουάν Κάρλος Αρόα, Ομάρ Πέρεζ(Αργεντινή), Τζόναθαν Κοπέτε, Έκτορ Ουρέγκο Έντουιν Καρντόνα, Λέιδερ Πρεσιάδο και Μάριο Γκόμεζ στον τελικό με ισοπαλία 1-1 και νίκη 1-0 απέναντι στην Ντεπορτίβο Πάστο κατέκτησαν το 7ο Πρωτάθλημα.
Στο Finalizacion του 2012 ήρθε 10η και το 2013 κατέκτησε το Σούπερ Καπ(αγώνες ανάμεσα στους κατόχους του Apertura και του Finalizacion) κόντρα στην Μιγιονάριος με δύο νίκες 2-1 και 1-0, με προσθήκες τους Κάρλος Βαλδέζ, Τζχόν Βαλένσια, Γουίλντερ Μεντίνα και Κριστιάν Μπόρχα
Στο Πρωτάθλημα στο Apertura έφτασε μέχρι τον τελικό απέναντι στην Ατλέτικο Νασιονάλ με την οποία στο πρώτο παιχνίδι ήρθε 0-0 και στο δεύτερο η Ατλέτικο με νίκη 2-0 πήρε τον τίτλο. Αντίθετα στο Finalizacion δεν τα κατάφερε και έμεινε εκτός τελικού.
Το 2014 στο Apertura αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Ατλέτικο Νασιονάλ ενώ κατέκτησε το Finalizacion στον τελικό κόντρα στην Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν. Το 2015 ξεκίνησε με την κατάκτηση του Σούπερ Καπ κόντρα στην Ατλέτικο Νασιονάλ παρά την ήττα με 2-1 στον πρώτο αγώνα αφού στην ρεβάνς επικράτησε με 2-0.
Το καλοκαίρι ήρθε η μεγαλύτερη στιγμή για τον σύλλογο αφού κατέκτησε για πρώτη φορά έναν διεθνή τίτλο και πιο συγκεκριμένα το Copa Sudamericana. Στον πρώτο γύρο απέκλεισε την LDU Loja απο το Εκουαδόρ, στον δεύτερο την Νασιονάλ απο την Ουρουγουάη, στην φάση των "16" την Έμελεκ απο το Εκουαδόρ και στα προημιτελικά την Ιντεπεντιέντε.
Στα ημιτελικά κόντρα στην Σπορτίβο Λουκένιο απο την Παραγουάη κατάφερε χάρις στο εκτός έδρας γκολ του Μπαρτομέρο Περλάθα να πάρει την πρόκριση αφού στην Μπογκοτά το παιχνίδι έμεινε στο μηδέν.
Στους τελικούς κλήθηκε να αντιμετωπίσει την Ουρακάν με το πρώτο παιχνίδι στο Μπουένος Άιρες να μένει στο μηδέν και στην ρεβάνς το 0-0 έμεινε σε όλο το ενενηντάλεπτο και sστην ημίωρη παράταση και χρειάστηκε η διαδικασία των πέναλντι για να κριθεί ο νικητής.
Εκεί ο Ρόμπινσον Ζαπάτα απέκρουσε το πέναλντι του Μπογάδο, τα αντίστοιχα των Νέγκρο και Τοράνσο σταμάτησαν στο οριζόντιο δοκάρι και με 3-1 με τους "cardinales" να κατακτούν το πρώτο τους διεθνές τρόπαιο.
Προπονητής ο Ουρουγουανός Χεράρδο Πελούσο και εκτός του Ζαπάτα, στην ομάδα βρίσκονταν οι Αλμίρ Σότο, Φρανσίσκο Μέζα, Χουάν Ντανιέλ Ρόα, Γιέρι Μίνα, Λειβίν Μπαλάντα, Γιούλιαν Αντσίκο, Γιέισον Γκορντίγιο, Λουίς Μανουέλ Σέιχας(Βενεζουέλα), Γουίλσον Μορέλο, Ντανιέλ Ανγκούλο, Λεάντρο Καστεγιάνος, Χάρολντ Κάμινγκς(Παναμάς), Σέρχιο Οταλβάρο, Ντάριο Πάρα, Μπαλντομέρο Περλάθα, Ομάρ Πέρεζ(Αργεντινή), Σεμπαστιάν Σαλάζαρ και Μιγκέλ Μπόρχα.
Στο Apertura του 2015 ήρθε 9η, στο Finalizacion αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Τζούνιορ, στο Apertura του 2016 αποκλείστηκε στην προημιτελική φάση απο την Κορτουλούα, αλλά επανήρθε στην κορυφή κατακτώντας το Finalizacion, φτάνοντας συνολικά τα 9 Πρωταθλήματα στην ιστορία της.
Τερματίζοντας στην τέταρτη θέση στην κανονική περίοδο, μπήκε στους νοκ-άουτ αγώνες αποκλείοντας στα προημιτελικά την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, στον ημιτελικό την Ατλέτικο Νασιονάλ και στον τελικό επικράτησε της Ντεπόρτες Τολίμα με το πρώτο παιχνίδι στο Ιμπάγκουε να λήγει χωρίς τέρματα, και στην ρεβάνς στην Μπογκοτά χάρις στο γκολ του Έκτορ Αντόνιο Ουρέγκο κατέκτησε το Πρωτάθλημα.
Προπονητής απο τον Μάιο είχε αναλάβει ο Αργεντινός Γκουστάβο Κόστας και στους ήδη υπάρχοντες Ζαπάτα, Αντσίκο, Καστεγιάνος, Μπαλάντα, Ρόα, Γκορντίγιο, Πέρεζ, Περλάθα, Σαλάζαρ προστέθηκαν οι Οράσιο Σαλαμπέρυ(Ουρουγουάη), Χουάν Μανουέλ Φαλκόν(Βενεζουέλα), Τζόναθαν Γκόμεζ(Αργεντινή), Λεονάρντο Πίκο, Τζόναταν Αγκουδέλο.
Στο Copa Libertadores έμεινε εκτός συνέχειας τερματίζοντας στην τρίτη θέση του ομίλου πίσω απο Σάντος και Στρόνγκεστ παίρνοντας το εισιτήριο για το Copa Sudamericana. Στο Apertura του 2017 δεν μπόρεσε να πάρει το εισιτήριο για την τελική φάση μένοντας 9η.
Στο Copa Sudamericana απέκλεισε την Φουέρσα Αμαρίγια απο το Εκουαδόρ με νίκη 1-0 και ισοπαλία 1-1, όμως κόντρα στην Λιμπερτάδ αποκλείστηκε αφού ηττήθηκε στο πρώτο ματς με 1-0 ενώ στον επαναληπτικό αναδείχθηκε ισόπαλη με 1-1.
Στο Finalizacion με νέο προπονητή τον Ουρουγουανό Γκρεγκόριο Πέρες εν αντιθέσει με το Apertura μπήκε στα πλει-οφ αποκλείοντας στα προημιτελικά την Τζαγκουάρες, στα ημιτελικά την Ντεπόρτες Τολιμα και στους διπλούς τελικούς κόντρα στην Μιγιονάριος ηττήθηκε στο πρώτο παιχνίδι με 1-0, το δεύτερο παιχνίδι έληξε ισόπαλο με 2-2 , με την Μιγιονάριος να κατακτά τον τίτλο.
Στο Apertura του 2018 βρέθηκε εκτός πλει οφ με την 12η θέση που κατέλαβε, την ίδια ώρα που στο Libertadores απέκλειε στους προκριματικούς γύρους τις Ντεπορτίβο Τατσίρα(Βενεζουέλα) και Σαντιάγκο Γουόντερερς(Χιλή) και προκρινόταν στους ομίλους.
Εκεί όπου έμεινε πίσω απο Ρίβερ Πλέιτ και Φλαμένγκο και "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana όπου απέκλεισε την ουρουγουανική Ράμπλα Τζούνιορς, και στην συνέχεια "επέζησε" απο δύο "εμφυλίους", στα πέναλντι την Μιγιονάριος και την Ντεπορτίβο Κάλι για να αποκλειστεί στα ημιτελικά απο την επίσης κολομβιανή Τζούνιορ.
Απο τον Απρίλιο ο Πέρες είχε αποχωρήσει και στην θέση του μετά απο ένα σύντομο πέρασμα απο τον Αγκουστίν Χούλιο, ανέλαβε ο Ουρουγουανός Γκιγιέρμο Σανγκινέτι. Στο Finalizacion με την ψυχή στο στόμα μπήκε στα πλει-οφ μόλις για ένα βαθμό μπροστά απο την Ατλέτικο Νασιονάλ, αλλά ήταν σύντομη η πορεία της αφού την απέκλεισε στα πέναλντι η Ντεπόρτες Τολίμα.
Στο Apertura του 2019 πραγματοποίησε πολύ κακή εμφάνιση τερματίζοντας στην 20η και τελευταία θέση, ο Σανγκινέτι τον Φεβρουάριο του 2019 κοινή συναινέση με την διοίκηση αποφάσισαν να χωρίσουν τους δρόμους τους και ανέλαβε ο Χεράρδο Μπεντόγια, αλλά τον Μάιο αντικαταστάθηκε απο τον Αργεντίνο Πατρίσιο Κάμπς.
Στο Apertura του 2015 ήρθε 9η, στο Finalizacion αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Τζούνιορ, στο Apertura του 2016 αποκλείστηκε στην προημιτελική φάση απο την Κορτουλούα, αλλά επανήρθε στην κορυφή κατακτώντας το Finalizacion, φτάνοντας συνολικά τα 9 Πρωταθλήματα στην ιστορία της.
Τερματίζοντας στην τέταρτη θέση στην κανονική περίοδο, μπήκε στους νοκ-άουτ αγώνες αποκλείοντας στα προημιτελικά την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, στον ημιτελικό την Ατλέτικο Νασιονάλ και στον τελικό επικράτησε της Ντεπόρτες Τολίμα με το πρώτο παιχνίδι στο Ιμπάγκουε να λήγει χωρίς τέρματα, και στην ρεβάνς στην Μπογκοτά χάρις στο γκολ του Έκτορ Αντόνιο Ουρέγκο κατέκτησε το Πρωτάθλημα.
Προπονητής απο τον Μάιο είχε αναλάβει ο Αργεντινός Γκουστάβο Κόστας και στους ήδη υπάρχοντες Ζαπάτα, Αντσίκο, Καστεγιάνος, Μπαλάντα, Ρόα, Γκορντίγιο, Πέρεζ, Περλάθα, Σαλάζαρ προστέθηκαν οι Οράσιο Σαλαμπέρυ(Ουρουγουάη), Χουάν Μανουέλ Φαλκόν(Βενεζουέλα), Τζόναθαν Γκόμεζ(Αργεντινή), Λεονάρντο Πίκο, Τζόναταν Αγκουδέλο.
Στο Copa Libertadores έμεινε εκτός συνέχειας τερματίζοντας στην τρίτη θέση του ομίλου πίσω απο Σάντος και Στρόνγκεστ παίρνοντας το εισιτήριο για το Copa Sudamericana. Στο Apertura του 2017 δεν μπόρεσε να πάρει το εισιτήριο για την τελική φάση μένοντας 9η.
Στο Copa Sudamericana απέκλεισε την Φουέρσα Αμαρίγια απο το Εκουαδόρ με νίκη 1-0 και ισοπαλία 1-1, όμως κόντρα στην Λιμπερτάδ αποκλείστηκε αφού ηττήθηκε στο πρώτο ματς με 1-0 ενώ στον επαναληπτικό αναδείχθηκε ισόπαλη με 1-1.
Στο Finalizacion με νέο προπονητή τον Ουρουγουανό Γκρεγκόριο Πέρες εν αντιθέσει με το Apertura μπήκε στα πλει-οφ αποκλείοντας στα προημιτελικά την Τζαγκουάρες, στα ημιτελικά την Ντεπόρτες Τολιμα και στους διπλούς τελικούς κόντρα στην Μιγιονάριος ηττήθηκε στο πρώτο παιχνίδι με 1-0, το δεύτερο παιχνίδι έληξε ισόπαλο με 2-2 , με την Μιγιονάριος να κατακτά τον τίτλο.
Στο Apertura του 2018 βρέθηκε εκτός πλει οφ με την 12η θέση που κατέλαβε, την ίδια ώρα που στο Libertadores απέκλειε στους προκριματικούς γύρους τις Ντεπορτίβο Τατσίρα(Βενεζουέλα) και Σαντιάγκο Γουόντερερς(Χιλή) και προκρινόταν στους ομίλους.
Εκεί όπου έμεινε πίσω απο Ρίβερ Πλέιτ και Φλαμένγκο και "υποβιβάστηκε" στο Sudamericana όπου απέκλεισε την ουρουγουανική Ράμπλα Τζούνιορς, και στην συνέχεια "επέζησε" απο δύο "εμφυλίους", στα πέναλντι την Μιγιονάριος και την Ντεπορτίβο Κάλι για να αποκλειστεί στα ημιτελικά απο την επίσης κολομβιανή Τζούνιορ.
Απο τον Απρίλιο ο Πέρες είχε αποχωρήσει και στην θέση του μετά απο ένα σύντομο πέρασμα απο τον Αγκουστίν Χούλιο, ανέλαβε ο Ουρουγουανός Γκιγιέρμο Σανγκινέτι. Στο Finalizacion με την ψυχή στο στόμα μπήκε στα πλει-οφ μόλις για ένα βαθμό μπροστά απο την Ατλέτικο Νασιονάλ, αλλά ήταν σύντομη η πορεία της αφού την απέκλεισε στα πέναλντι η Ντεπόρτες Τολίμα.
Στο Apertura του 2019 πραγματοποίησε πολύ κακή εμφάνιση τερματίζοντας στην 20η και τελευταία θέση, ο Σανγκινέτι τον Φεβρουάριο του 2019 κοινή συναινέση με την διοίκηση αποφάσισαν να χωρίσουν τους δρόμους τους και ανέλαβε ο Χεράρδο Μπεντόγια, αλλά τον Μάιο αντικαταστάθηκε απο τον Αργεντίνο Πατρίσιο Κάμπς.
Αντίθετα στο Finalizacion πέρασε στην ημιτελική φάση αλλά δεν πέρασε στους τελικούς αφού έμεινε πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι για ένα βαθμό διαφορά 9 έναντι 8, με τον Κάμπς τον Αύγουστο να αποτελεί παρελθόν για να αναλάβει ο Χάρολντ Ριβέρα, ενώ στο Κύπελλο αποκλείστηκε στους "16" απο την Ατλέτικο Νασιονάλ
Το 2020 απο τον Μάρτιο εώς τον Σεπτέμβριο δεν υπήρχε αγωνιστική δραστηριότητα, και στην επανεκκίνηση στον πρώτο γύρο κατέλαβε την πρώτη θέση, παίρνοντας το εισιτήριο για την τελική φάση όπου έφτασε μέχρι τον τελικό όπου όπου κόντρα στην Αμέρικα Ντε Κάλι ηττήθηκε στον πρώτο αγώνα με 3-0 και στον δεύτερο δεν μπόρεσε να ανατρέψει την εις βάρος της κατάσταση επικρατώντας με 2-0.
Η Αμέρικα Ντε Κάλι ήταν αυτή που την άφηνε εκτός και απο τον θεσμό του Κυπέλλου, απο την φάση των "16". Στο νέο Πρωτάθλημα στο Apertura τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ατλέτικο Νασιονάλ, στην δε τελική φάση αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Τζούνιορ.
Αντίθετα στο Finalizacion έμεινε πολύ χαμηλά στην 14η θέση και έτσι δεν μπόρεσε να παίξει στην τελική φάση και τον Αύγουστο ο Ριβέρα έφυγε και ανέλαβε ο Γκριγκόρι Μέντες. Στο Libertadores τερμάτισε στην τέταρτη θέση, χωρίς μάλιστα να πετύχει νίκη, στο Κύπελλο αποκλείστηκε στα προημιτελικά και πάλι όπως την προηγούμενη χρονιά στα πέναλντι απο την Ατλέτικο Νασιονάλ δεύτερη φορά μέσα σε τρία χρόνια.
Με απόφαση της διοίκησης ο Μέντες αποφασίστηκε να αναλάβει την U-20 της Ιντεπεντιέντε και νέος προπονητής ορίστηκε ο Αργεντίνος Μάρτιν Καρντέτι. Μετά τον αποκλεισμό στο Κύπελλο Κολομβίας απο την Τζούνιορ στην φάση των "16", και την κακή παρουσία στο Πρωτάθλημα μιας και βρίσκονταν στην 10η θέση στο Apertura και εκτός ημιτελικής φάσης ο Καρντέτι αποτέλεσε παρελθόν ύστερα απο 20 παιχνίδια.
Προσωρινά καθήκοντα ανέλαβε ο Μέντες και στις 20 Μάϊου ανακοινώθηκε ο Αλφρέντο Αρίας πρώην προπονητής της Ντεπορτίβο Κάλι, με την κατάταξη στο Apertura να μην αλλάζει, 10η μένοντας εκτός για δύο βαθμούς απο την τελική φάση
Στο Finalizacion κατέλαβε μεν την 1η θέση στην πρώτη φάση αλλά στην δεύτερη φάση στον όμιλο έμεινε εκτός της πρώτης θέσης και εκτός τελικού. Έτσι έκλεισε την χρονιά στην γενική βαθμολογία με την 6η θέση και το εισιτήριο για τον πρώτο γύρο του νέου Copa Sudamericana.
Στα τέλη Νοεμβρίου ο Αρίας αποχώρησε αφού αποδέχτηκε την πρόταση της Πενιαρόλ, με την Ιντεπεντιέντε να ανακοινώνει στα τέλη Δεκεμβρίου ότι ένας παλιός της γνώριμος ο Χάρολντ Ριβέρα τεχνικός της την διετία 2019-2021 αναλαμβάνει την ομάδα.
Θα περάσει απο τον προκριματικό γύρο του Copa Sudamericana αποκλείοντας την Αγκίλας Ντοράδας και στην φάση των ομίλων λίγο πριν την ολοκλήρωση της στις 11 Μάϊου ο Ριβέρα παραιτήθηκε και στην θέση του ανέλαβε ο Χεράρδο Μπεδόγια.
Υπο τη καθοδήγηση του Μπεδόγια, δεν μπόρεσε να περάσει στην επόμενη φάση μένοντας τελικά στην τρίτη θέση πίσω απο Γκοίας και Ουνιβερσιτάριο. Στις 25 Ιουνίου με την ολοκλήρωση του Apertura στο οποίο η Ιντεπεντιέντε έμεινε εκτός τελικής φάσης ανακοινώθηκε η πρόσληψη του Ουμπέρτ Μποντχέρτ.
Τα αποτελέσματα όμως δεν ήταν τα αναμενόμενα με αφετηρία τον αποκλεισμό στην προημιτελική φάση του Κυπέλλου Κολομβίας απο την Ντεπορτιβο Περέιρα στις αρχές Οκτωβρίου.
Το "κύκνειο άσμα" του Μποντχέρτ ήταν η εντός έδρας συντριβή απο την Αγκίλας Ντοράδας και ώθησε τις δύο πλευρές να λύσουν απο κοινού την συνεργασία τους ύστερα απο 20 παιχνίδια στα οποία είχε 7 νίκες, 6 ισοπαλίες και 7 ήττες.
Διάδοχος του ο Ουρουγουανός Πάμπλο Πειράνο ο οποίος είχε ξαναπεράσει απο τον σύλλογο την περίοδο 2015-16 ως βοηθός του Χεράρδο Πελούσο. Ούτε όμως και στο Finalizacion μπόρεσε να καταφέρει κάτι καλό αφού τερμάτισε στην 13η θέση μένοντας εκτός τελικής φάσης ενώ και στον γενικό πίνακα βρέθηκε στην 13η θέση.
Ενόψει της νέας σεζόν απέκτησε τους Άντρες Μοσκέρα, Σαντιάγκο Κουέρο, Χουάν Πάμπλο Σουλουάγκα, Έλβις Περλάσα, τους Αργεντίνους Μαρσέλο Ορτίς και Φακούντο Ακουέρο, Γιόναταν Ερέρα, Ντανιέλ Τόρες, Φραντσίσκο Τσαβέρ, Ντανιέλ Μορένο, Χοσέ Έρικ Κορέα, Ντουβάν Μίνα, Φρανκ Καστανέδα και τον τον 25χρονο Ουρουγουανό κεντρικό επιθετικό Αγκουστίν Ροντρίγκες,
