Η Ουνιβερσιτάριο το 1972 και η Σπόρτιγκ Κριστάλ το 1997 ήταν οι μοναδικές ομάδες απο το Περού που είχαν φτάσει σε τελικό Copa Libertadores αλλά δεν κατάφεραν να κατακτήσουν το τρόπαιο. Χρειάστηκε να έρθει μια όχι και τόσο διάσημη ομάδα η Club Sportivo Cienciano να φέρει στην χώρα ένα τρόπαιο διεθνές όπως ήταν το Copa Sudamericana του 2003.
Το ποδόσφαιρο στην πόλη Κούσκο έγινε γνωστό το 1898 απο μια ομάδα Άγγλων ναυτικών. Ένας απο αυτούς ο Γουίλιαμ Νιούελ καθηγητής φυσικής αγωγής που ξεκίνησε να δουλεύει στην Πανεπιστημιακή Σχολή Καλών Τεχνών της πόλης. ήταν αυτός που είχε την ιδέα να καλλιεργήσει το άθλημα του ποδοσφαίρου και στις 8 Ιουλίου του 1901 δημιουργήθηκε η Union Cienciana.
Στις 27 Ιουλίου του 1902 έδωσε το πρώτο της παιχνίδι κόντρα στην Atletic Club και αποτέλεσε την κορυφαία ομάδα της περιοχής. Κατέκτησε το τοπικό πρωτάθλημα 26 φορές μέχρι και το 1973, χρονιά ορόσημο αφού κέρδισε την άνοδο στην μεγάλη κατηγορία καταλαμβάνοντας την δεύτερη θέση πίσω απο την Σπορτίβο Χουρακάν.
Στην πρώτη κατηγορία παρέμεινε μέχρι το 1977 καταλαμβάνοντας το 1974 την 10η θέση, το 1975 την 16η, το 1976 την 12η, ενώ το 1977 υποβιβάστηκε καταλαμβάνοντας την 16η θέση. Ύστερα απο εφτά χρόνια το 1984 επανήρθε στην πρώτη κατηγορία αλλά χωρίς να πετύχει κάτι το αξιοσημείωτο.
Το 1985, το 1987, το 1989, το 1990, το 1991 δεν μπόρεσε να περάσει στην τελική φάση, το 1986 αποκλείστηκε στην προκριματική φάση απο την Μιουνισιπάλ, ενώ το 1988 προκρίθηκε στην τελική φάση και στην οποία τερμάτισε στην 6η θέση.
Το 1992 στην τελική φάση τερμάτισε στην 6η θέση, το 1993 στην 9η θέση, το 1994 στο Apertura 5η, στο Descentralizado 13η, το 1995 στην 4η θέση στην μέχρι τότε καλύτερη πορεία της στο Πρωτάθλημα.
To 1996 τερμάτισε στην 6η θέση διεκδικώντας την είσοδό της σε διασυλλογικές διοργανώσεις, το 1997 στο Apertura 4η και στο Clausura 6η και για μία ακόμη φορά διεκδίκησε ένα εισιτήριο για τις διασυλλογικές διοργανώσεις αλλά δεν τα κατάφερε.
Το 1998 ήρθε 9η και 5η αντίστοιχα, το 1999 4η και 8η και στις αρχές του 2000 η Σιενσιάνο άρχισε να γίνεται απο τους βασικούς διεκδικητές του τίτλου. Το 2000 ήρθε 4η και 3η, το 2001 4η και το 2001 κατέκτησε το Clausura.
Ισοβαθμώντας στην πρώτη θέση με 45 βαθμούς με την Εστουντιάντες Ντε Μεντισίνα χρειάστηκε να δοθεί αγώνας μπαράζ όπου χάρις στο γκολ του Ζαπάτα πήρε την νίκη με 1-0 και ταυτόχρονα τον τίτλο. Παράλληλα αυτή η επιτυχία της έδωσε την ευκαιρία να συμμετάσχει το 2002 για πρώτη φορά στο Copa Libertadores όπου και αποκλείστηκε απο την φάση των "16".
Στο Πρωτάθλημα το 2002 τερμάτισε στην 4η θέση και στα δύο τουρνουά, το 2003 ήρθε 4η στο Apertura εξασφαλίζοντας είσοδο στο Copa Sudamericana και 8η στο Clausura. Και εκεί που δεν το περίμενε κανείς ήρθε η πολύ μεγάλη επιτυχία με την κατάκτηση του Copa Sudamericana και να γίνει έτσι η πρώτη ομάδα απο το Περού που κατέκτησε διασυλλογικό τίτλο.
Ξεκίνησε την προσπάθεια της απέναντι στην Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα και την Αλιάνζα Λίμα παίρνοντας την πρόκριση για τα προημιτελικά. Εκεί απέκλεισε την Σάντος, στην συνέχεια την Ατλέτικο Νασιονάλ και στον τελικούς θα αντιμετώπιζε την Ρίβερ Πλέιτ.
Στο πρώτο παιχνίδι στο "Μονουμεντάλ" στάθηκε όρθια παίρνοντας ισοπαλία με 3-3, και στο Κούσκο με χρυσό σκόρερ τον Παραγουανό Κάρλος Λούγκο στο 78' κατέκτησε το τρόπαιο.
Το 1992 στην τελική φάση τερμάτισε στην 6η θέση, το 1993 στην 9η θέση, το 1994 στο Apertura 5η, στο Descentralizado 13η, το 1995 στην 4η θέση στην μέχρι τότε καλύτερη πορεία της στο Πρωτάθλημα.
To 1996 τερμάτισε στην 6η θέση διεκδικώντας την είσοδό της σε διασυλλογικές διοργανώσεις, το 1997 στο Apertura 4η και στο Clausura 6η και για μία ακόμη φορά διεκδίκησε ένα εισιτήριο για τις διασυλλογικές διοργανώσεις αλλά δεν τα κατάφερε.
Το 1998 ήρθε 9η και 5η αντίστοιχα, το 1999 4η και 8η και στις αρχές του 2000 η Σιενσιάνο άρχισε να γίνεται απο τους βασικούς διεκδικητές του τίτλου. Το 2000 ήρθε 4η και 3η, το 2001 4η και το 2001 κατέκτησε το Clausura.
Ισοβαθμώντας στην πρώτη θέση με 45 βαθμούς με την Εστουντιάντες Ντε Μεντισίνα χρειάστηκε να δοθεί αγώνας μπαράζ όπου χάρις στο γκολ του Ζαπάτα πήρε την νίκη με 1-0 και ταυτόχρονα τον τίτλο. Παράλληλα αυτή η επιτυχία της έδωσε την ευκαιρία να συμμετάσχει το 2002 για πρώτη φορά στο Copa Libertadores όπου και αποκλείστηκε απο την φάση των "16".
Στο Πρωτάθλημα το 2002 τερμάτισε στην 4η θέση και στα δύο τουρνουά, το 2003 ήρθε 4η στο Apertura εξασφαλίζοντας είσοδο στο Copa Sudamericana και 8η στο Clausura. Και εκεί που δεν το περίμενε κανείς ήρθε η πολύ μεγάλη επιτυχία με την κατάκτηση του Copa Sudamericana και να γίνει έτσι η πρώτη ομάδα απο το Περού που κατέκτησε διασυλλογικό τίτλο.
Ξεκίνησε την προσπάθεια της απέναντι στην Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα και την Αλιάνζα Λίμα παίρνοντας την πρόκριση για τα προημιτελικά. Εκεί απέκλεισε την Σάντος, στην συνέχεια την Ατλέτικο Νασιονάλ και στον τελικούς θα αντιμετώπιζε την Ρίβερ Πλέιτ.
Στο πρώτο παιχνίδι στο "Μονουμεντάλ" στάθηκε όρθια παίρνοντας ισοπαλία με 3-3, και στο Κούσκο με χρυσό σκόρερ τον Παραγουανό Κάρλος Λούγκο στο 78' κατέκτησε το τρόπαιο.
Προπονητής της ομάδας ο Φρέντι Τερνέρο και το δυναμικό αποτελούταν απο τους Όσκαρ Ιμπάνιες, Μιγκέλ Γιάνος, Σαντιάγκο Ακασιέτε, Τζιουλιάνο Πορτίγια, Αλεσάντρο Μοράν, Χουάν Κάρλος Λα Ρόσα, Χουάν Κάρλος Μπαλαζάρ, Χούλιο Γκαρσία, Ροντρίγκο Σάραζ(Κολομβία), Χερμάν Κάρτι, Πάολο Μαλδονάδο, Κάρλος Λομπατόν, Σέζαρ Σαχουαντίκο, Μάρτιν Γκαρσία, Ραμόν Ροντρίγκες και τον Παραγουανό Κάρλος Λούγκο.
Τον επόμενο χρόνο κατέκτησε το Recopa Sudamericana επικρατώντας της Μπόκα Τζούνιορς στην διαδικασία των πέναλντι με 4-2, αφού ο κανονικός αγώνας έληξε 1-1. Ο Κολομβιανός Μανουέλ Αρμπολέδα, ο Πάολο Ντε Λα Χάσα, ο Ουρουγουανός Λουίς Ντανιέλ Γκαμάρα, και ο Αργεντίνος Σέρχιο Ιμπάρα ενίσχυσαν τους "φοιτητές" στην προσπάθεια αυτή.
Την ίδια χρονιά ήταν φιναλίστ του Apertura πίσω απο την Αλιάνζα Λίμα και 3η στο Clausura, κατέκτησε το Apertura του 2005 και ήρθε 5η στο Clausura αλλά δεν μπόρεσε να φτάσει στην κατάκτηση του Πρωταθλήματος αφού γνώρισε την ήττα απο την Σπόρτιγκ Κριστάλ.
Tο 2006 ήρθε 4η στο Apertura, κατέκτησε το Clausura ενώ έχασε το Πρωτάθλημα και πάλι απο την Αλιάνζα Λίμα παρά την νίκη της με 1-0, αφού στην ρεβάνς ηττήθηκε με 3-1. Στο Apertura του 2007 τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ουνιβερσιδάδ Σαν Μαρτίν και στην τρίτη στο Clausura.
Το 2008 τερμάτισε στην 4η και την 5η θέση αντίστοιχα, το 2009 έμεινε μακριά απο τις πρώτες θέσεις, ενώ το 2010 επίσης η κακή παρουσία της την έφερε σε πολύ χαμηλή θέση στην γενική βαθμολογία πολύ κοντά στον υποβιβασμό.
Το 2011 ήρθε 8η έχοντας στην σύνθεσή της τον Μάρτιν Ιντάλγκο. το 2012 10η στην γενική βαθμολογία , το 2013 9η στην γενική βαθμολογία, το 2014 10η στο Apertura και 13η στο Clausura, τo 2015 11η και στα δύο τουρνουά αλλά στην γενική βαθμολογία κατέλαβε την 15η θέση που είχε ως συνέπεια τον υποβιβασμό στην δεύτερη τη τάξει κατηγορία το 2016.
Στην πρώτη της χρονιά κατέλαβε την 3η θέση χάνοντας την ευκαιρία να διεκδικήσει την άνοδο σε μπαράζ μόλις για ένα βαθμό πίσω απο Καντολάο και Σπόρτ Άνκας αντίστοιχα, ενώ το 2017 αφού ήρθε 6η.
Το 2018 στην κανονική περίοδο ήταν 3η πίσω απο Ουνιβερσιδάδ Σέζαρ Βαγιέχο και Κάρλος Μανούτσι και θα διεκδικούσε την άνοδο στα πλει-οφ. Το πρώτο εμπόδιο της Αλιάνσα Ατλέτικο το πέρασε με ισοπαλία 1-1 και νίκη 3-0, και στην επόμενη φάση αν και κέρδισε εκτός την Κάρλος Μανούτσι με 2-0, η ήττα με 5-2 στην ρεβάνς την άφησε εκτός τελικού.
Κέρδισε όμως και μια δεύτερη ευκαιρία αφού επικράτησε σε αγώνες μπαράζ της Χουάν Άουριτς επικρατώντας στην ρεβάνς με 3-1, ανατρέποντας το εις βάρος της σκορ 2-1 στο πρώτο παιχνίδι. Στον όμιλο αντιμετώπισε τις Αλιάνσα Ουνιβερσιδάδ, Κάρλος Μανούτσι και Σάντος, παίρνοντας ισοπαλία με την Αλιάνσα 1-1 και επικρατώντας της Σάντος με 3-2.
Τα πάντα θα κρίνονταν την τελευταία αγωνιστική με την Σιενσιάνο να ηττάται απο την Κάρλος Μανούτσι και σε συνδυασμό με την νίκη της Αλιάνσα, η "ρόχο" έμεινε για μία ακόμη χρονιά στην δεύτερη κατηγορία.
Αυτό που δεν κατάφερε να πετύχει το 2018 το πέτυχε ένα χρόνο αργότερα. Άν και δυσκολεύτηκε να το καταφέρει αφού μετά την 3η αγωνιστική κατάφερε να βρεθεί στην κορυφή που οδηγεί στην απευθείας άνοδο στην 21η αγωνιστική και στην εκτός έδρας νίκη επί της Χουάν Άουριτς.
Χρειαζόταν μία νίκη για να επιστρέψει στα μεγάλα σαλόνια και την πέτυχε εντός έδρας κόντρα στην Santos FC με 4-2 και με 44 βαθμούς κατέκτησε τον τίτλο μόλις ένα βαθμό μπροστά απο την Αλιάνζα Ατλέτικο. Επίσης πήρε μέρος στο νεοσυσταθέν Copa Bicentenario αλλά στον 7ο όμιλο έμεινε στην τρίτη θέση πίσω Ρεάλ Γκαρσιλάσο και Ακαντέμια Καντολάο και αποκλείστηκε απο την συνέχεια.
Το 2011 ήρθε 8η έχοντας στην σύνθεσή της τον Μάρτιν Ιντάλγκο. το 2012 10η στην γενική βαθμολογία , το 2013 9η στην γενική βαθμολογία, το 2014 10η στο Apertura και 13η στο Clausura, τo 2015 11η και στα δύο τουρνουά αλλά στην γενική βαθμολογία κατέλαβε την 15η θέση που είχε ως συνέπεια τον υποβιβασμό στην δεύτερη τη τάξει κατηγορία το 2016.
Στην πρώτη της χρονιά κατέλαβε την 3η θέση χάνοντας την ευκαιρία να διεκδικήσει την άνοδο σε μπαράζ μόλις για ένα βαθμό πίσω απο Καντολάο και Σπόρτ Άνκας αντίστοιχα, ενώ το 2017 αφού ήρθε 6η.
Το 2018 στην κανονική περίοδο ήταν 3η πίσω απο Ουνιβερσιδάδ Σέζαρ Βαγιέχο και Κάρλος Μανούτσι και θα διεκδικούσε την άνοδο στα πλει-οφ. Το πρώτο εμπόδιο της Αλιάνσα Ατλέτικο το πέρασε με ισοπαλία 1-1 και νίκη 3-0, και στην επόμενη φάση αν και κέρδισε εκτός την Κάρλος Μανούτσι με 2-0, η ήττα με 5-2 στην ρεβάνς την άφησε εκτός τελικού.
Κέρδισε όμως και μια δεύτερη ευκαιρία αφού επικράτησε σε αγώνες μπαράζ της Χουάν Άουριτς επικρατώντας στην ρεβάνς με 3-1, ανατρέποντας το εις βάρος της σκορ 2-1 στο πρώτο παιχνίδι. Στον όμιλο αντιμετώπισε τις Αλιάνσα Ουνιβερσιδάδ, Κάρλος Μανούτσι και Σάντος, παίρνοντας ισοπαλία με την Αλιάνσα 1-1 και επικρατώντας της Σάντος με 3-2.
Τα πάντα θα κρίνονταν την τελευταία αγωνιστική με την Σιενσιάνο να ηττάται απο την Κάρλος Μανούτσι και σε συνδυασμό με την νίκη της Αλιάνσα, η "ρόχο" έμεινε για μία ακόμη χρονιά στην δεύτερη κατηγορία.
Αυτό που δεν κατάφερε να πετύχει το 2018 το πέτυχε ένα χρόνο αργότερα. Άν και δυσκολεύτηκε να το καταφέρει αφού μετά την 3η αγωνιστική κατάφερε να βρεθεί στην κορυφή που οδηγεί στην απευθείας άνοδο στην 21η αγωνιστική και στην εκτός έδρας νίκη επί της Χουάν Άουριτς.
Χρειαζόταν μία νίκη για να επιστρέψει στα μεγάλα σαλόνια και την πέτυχε εντός έδρας κόντρα στην Santos FC με 4-2 και με 44 βαθμούς κατέκτησε τον τίτλο μόλις ένα βαθμό μπροστά απο την Αλιάνζα Ατλέτικο. Επίσης πήρε μέρος στο νεοσυσταθέν Copa Bicentenario αλλά στον 7ο όμιλο έμεινε στην τρίτη θέση πίσω Ρεάλ Γκαρσιλάσο και Ακαντέμια Καντολάο και αποκλείστηκε απο την συνέχεια.
H επόμενη σεζόν ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 2020, αλλά το διάστημα απο τον Μάρτιο έως τον Αύγουστο διακόπηκε λόγω του covid-19, για να ολοκληρωθεί τον Δεκέμβριο, ενώ και το Copa Bicentenario δεν πραγματοποιήθηκε.
Στο Torneo Apertura κατέλαβε την 10η θέση, στο Clausura δεν πέρασε στους τελικούς και στην συνολική βαθμολογία θα καταλάβει την ένατη θέση. Το νέο Πρωτάθλημα θα ξεκινήσει τον Μάρτιο του 2021 και τον Μάιο ο Μαρτσέλο Γκριόνι θα τερματίσει την συνεργασία με την ομάδα και στην θέση του ανέλαβε ο Βίκτορ Ριβέρα.
Τον Αύγουστο όμως ο Ριβέρα απολύθηκε για να αναλάβει ο Αργεντίνος Χεράρδο Αμέλι. Στην πρώτη φάση του Πρωταθλήματος στον όμιλο τερμάτισε στην τέταρτη θέση, στην δεύτερη φάση την έκτη θέση και στην συνολική βαθμολογία παρότι έφαγε ποινή ενός βαθμού λόγω οφειλών κατέκτησε θέση που οδηγεί στο Copa Sudamericana της νέας σεζόν.
Στο δε Copa Bicentenario αποκλείστηκε μόλις στον πρώτο γύρο απο την Πιράτα στην διαδικασία των πέναλντι. Στο νέο Πρωτάθλημα που ξεκίνησε στο Apertura κατέλαβε την 5η θέση, ενώ και στο Copa Sudamericana αποκλείστηκε απο την πρώτη φάση κόντρα στην επίσης περουβιανή Μελγκάρ.
Με την ολοκλήρωση του Apertura ο Αμέλι παραιτήθηκε και στην θέση του ήρθε ο επίσης Αργεντίνος Σέζαρ Βιγκεβάνι πρώην προπονητής της Ντεπορτίβο Μπαινασιονάλ. Δύο αγωνιστικές πριν την ολοκλήρωση του Πρωταθλήματος στις 20 Οκτωβρίου και ύστερα απο 6 παιχνίδια ο Βιγκεβάνι αποχώρησε και στην θέση του ήρθε ο Χεσούς Σισνέρος.
Kατέλαβε την 11η θέση στο Clausura και στην ειδική βαθμολογία κατάφερε να πάρει εισιτήριο για τον πρώτο γύρο του Copa Sudamericana. Το πέρασμα του Σίσνερος ολοκληρώθηκε και τον Δεκέμβριο ανακοινώθηκε ο Κολομβιανός Λεονέλ Άλβαρες.
Μερικούς μήνες αργότερα και ο Άλβαρες αποτέλεσε παρελθόν ύστερα απο 14 παιχνίδια στα οποία μέτρησε 6 νίκες, 3 ισοπαλίες και 5 ήττες μένοντας εκτός τελικής φάσης του Apertura τερματίζοντας στην 11η θέση.
Στην θέση του ανέλαβε προσωρινά ο Αλεσάντρο Μοράν παλιός παίκτης της ομάδας που είχε κατακτήσει το Sudamericana το 2003. Δύο ημέρες αργότερα ανακοινώθηκε η πρόσληψη του Αργεντίνου Χεράρδο Αμέλι ο οποίος έχει ξαναπεράσει απο τον πάγκο της ομάδας την περίοδο 2021-22.
Στις 10 Σεπτεμβρίου μετά την ήττα απο την Μελγκάρ ο Αμέλι απολύθηκε ύστερα απο 14 παιχνίδια με 4 νίκες, 4 ισοπαλίες και 6 ήττες και στην θέση του ανέλαβε ο Όσκαρ Ιμπάνιες, χωρίς όμως να καταφέρει να πετύχει κάτι αφού κατέλαβε την 9η θέση στο Clausura, και την 10η στην ειδική βαθμολογία
