Πολύ γρήγορα όμως το ταλέντο του και η ηρεμία που τον διέκρινε στο παιχνίδι του τον κατέταξαν σε έναν από τους κορυφαίους Ιταλούς αμυντικούς όλων των εποχών. Γεννημένος στις 19 Μαρτίου του 1976 στην περιοχή Τσινετσιτά της Ρώμης απο μικρός ασχολήθηκε με το ποδόσφαιρο.
Παρότι ο σκάουτερ της Ρόμα Φραντσέσκο Ρόκα ήταν αυτός που τον ανακάλυψε, ο πατέρας του φανατικός οπαδός των "αετών" απέρριψε την προσφορά των "τζιαλορόσι" και τον έστειλε στις ακαδημίες της αγαπημένης του ομάδας από την ηλικία των 9 ετών.
Στα τμήματα υποδομής ξεκίνησε να αγωνίζεται ως επιθετικός και μέσος, κατέληξε να αγωνίζεται ως αμυντικός. Το 1993 εντάχθηκε στην πρώτη ομάδα και ο Ντίνο Τζόφ του έδωσε το βάπτισμα του πυρός στις 13 Μαρτίου του 1994 στην εκτός έδρας ισοπαλία με την Ουντινέζε.
Συνολικά φόρεσε την φανέλα των "λατσιάλι" 261 φορές πετυχαίνοντας 3 γκολ και κατέκτησε 1 Πρωτάθλημα(2000),2 Κύπελλα(1998,2000),1 Κύπελλο Κυπελλούχων το 1999 κόντρα στην Μαγιόρκα στο Μπέρμιγχαμ, 2 Σούπερ Καπ Ιταλίας(1998,2000) και 1 Ευρωπαϊκό Σούπερ Καπ το 1999 κόντρα στην Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ.
Συνολικά φόρεσε την φανέλα των "λατσιάλι" 261 φορές πετυχαίνοντας 3 γκολ και κατέκτησε 1 Πρωτάθλημα(2000),2 Κύπελλα(1998,2000),1 Κύπελλο Κυπελλούχων το 1999 κόντρα στην Μαγιόρκα στο Μπέρμιγχαμ, 2 Σούπερ Καπ Ιταλίας(1998,2000) και 1 Ευρωπαϊκό Σούπερ Καπ το 1999 κόντρα στην Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ.
Το καλοκαίρι του 2002 ο σύλλογος αντιμετώπιζε οικονομικά προβλήματα και ο πρόεδρος των πρωτευουσιάνων Σέρτζιο Κρανιότι ήταν αναγκασμένος να πουλήσει όλα τα μεγάλα αστέρια που διέθετε στις τάξεις. Ένας από αυτούς ήταν και ο Νέστα με την Μίλαν να μην χάνει την ευκαιρία και ξοδεύοντας 31 εκατομμύρια ευρώ τον έκανε κάτοικο Μιλάνου.
Στα 10 χρόνια της παρουσίας του στο "Τζιουζέπε Μεάτσα" παρότι αντιμετώπισε αρκετά προβλήματα τραυματισμών αποτέλεσε σημαντική μονάδα και βοήθησε τους "ροσονέρι" να επανέλθουν στην κορυφή τόσο της Ιταλίας όσο και της Ευρώπης.
Στα 10 χρόνια της παρουσίας του στο "Τζιουζέπε Μεάτσα" παρότι αντιμετώπισε αρκετά προβλήματα τραυματισμών αποτέλεσε σημαντική μονάδα και βοήθησε τους "ροσονέρι" να επανέλθουν στην κορυφή τόσο της Ιταλίας όσο και της Ευρώπης.
Συνολικά αγωνίστηκε σε 326 αγώνες πετυχαίνοντας 10 γκολ και πανηγύρισε την κατάκτηση 2 Πρωταθλημάτων(2004,2011),1 Κυπέλλου(2003), 2 Σούπερ Καπ Ιταλίας(2004,2011), 2 Τσάμπιονς Λιγκ το 2003 στο "Όλντ Τράφορντ" κόντρα στην Γιουβέντους και το 2007 στο Ολυμπιακό Στάδιο της Αθήνας κόντρα στην Λίβερπουλ, 2 Ευρωπαϊκά Σούπερ Καπ(2003,2007), και 1 Παγκόσμιο Πρωτάθλημα Συλλόγων(2007).
Το καλοκαίρι του 2012 αποχώρησε από την Ιταλία για να δοκιμάσει την τύχη του στο MLS στο αμερικάνικο πρωτάθλημα ποδοσφαίρου με την φανέλα των Μόντρεαλ Ίμπακτ όπου παρέμεινε μέχρι και την ολοκλήρωση της καριέρας του τον Οκτώβριο του 2013 με τους οποίους κατέκτησε το Πρωτάθλημα Καναδά, παίζοντας σε 31 παιχνίδια.
Τον Νοέμβριο του 2014 ανακοινώθηκε ότι ο Νέστα υπέγραψε συμβόλαιο συνεργασίας με την ομάδα Chennaiyin FC στην Ινδία, ομάδα που προπονεί ο Μάρκο Ματεράτσι αγωνιζόμενος σε τρία παιχνίδια, ενώ τον Σεπτέμβριο του 2015 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία της νεοιδρυθείσας ομάδας Miami FC με την οποία κατέλαβε την 7η θέση στο Πρωτάθλημα του NASL(North American Soccer League).
Την δεύτερη σεζόν αποκλείστηκε στα ημιτελικά απο την Νιου Γιορκ Κόσμος και τον Νοέμβριο του 2017 παραιτήθηκε. Τον Μάιο του 2018 αποδέχτηκε την πρόταση της Περούτζια και ανέλαβε την τεχνική της ηγεσία, στην οποία παρέμεινε μέχρι τον Μάιο του 2019 έχοντας 38 παιχνίδια με 14 νίκες, 8 ισοπαλίες και 16 ήττες.
Το καλοκαίρι του 2019 ανέλαβε την Φροζινόνε με την οποία έφτασε στον τελικό για την άνοδο στην μεγάλη κατηγορία απέναντι στην Σπέτσια, όπου μοιράστηκαν τις νίκες, αλλά επειδή η Σπέτσια είχε τερματίσει σε υψηλότερη θέση στην κανονική διάρκεια προβιβάστηκε.
Tον Μάρτιο του 2021 απολύθηκε ύστερα απο 77 παιχνίδια με απολογισμό 28 νίκες, 23 ισοπαλίες και 26 ήττες
Πλούσια ήταν η καριέρα του και στις εθνικές ομάδες της χώρας του αφού αναδείχθηκε πρωταθλητής Ευρώπης το 1996 στην κατηγορία U-21, ενώ την ίδια χρονιά βρισκόταν στην 23αδα του Αρίγκο Σάκι για το EURO της Αγγλίας χωρίς όμως να αγωνιστεί ούτε ένα λεπτό.
Πήρε μέρος σε τρεις τελικές φάσεις Παγκοσμίων Κυπέλλων ξεκινώντας το 1998 όπου έπαιξε σε τρία παιχνίδια κόντρα σε Χιλή, Αυστρία και Καμερούν, όπως και το 2002 σε τρία παιχνίδια κόντρα σε Εκουαδόρ, Κροατία και Μεξικό, χάνοντας τον αγώνα με την Νότια Κορέα στην φάση των "16" λόγω τραυματισμού.
Στα γήπεδα της Γερμανίας το 2006 αναδείχθηκε παγκόσμιος πρωταθλητής αν και ο ίδιος πρόλαβε να αγωνιστεί μόλις σε τρία παιχνίδια λόγω τραυματισμού στο παιχνίδι με την Τσεχία στην τελευταία αγωνιστική της φάσης των ομίλων..
Επίσης αγωνίστηκε στις τελικές φάσεις των EURO 2000 και 2004, και φόρεσε συνολικά την φανέλα των "ατζούρι" σε 78 παιχνίδια χωρίς να πετύχει κάποιο γκολ,κάνοντας την τελευταία του εμφάνιση στις 11 Οκτωβρίου του 2006 στην Τιφλίδα απέναντι στην Γεωργία στο πλαίσιο της προκριματικής φάσης του EURO 2008.
Την 1η Αυγούστου του 2007 ανακοίνωσε την απόφαση του να αποχωρήσει από την Εθνική ομάδα της Ιταλίας παρότι τόσο ο Ντοναντόνι όσο και ο Λίπι προσπάθησαν να τον μεταπείσουν για να βρίσκεται στην αποστολή των τελικών φάσεων του EURO 2008 και του Παγκοσμίου Κυπέλλου το 2010 αντίστοιχα χωρίς όμως επιτυχία.
Πλούσια ήταν η καριέρα του και στις εθνικές ομάδες της χώρας του αφού αναδείχθηκε πρωταθλητής Ευρώπης το 1996 στην κατηγορία U-21, ενώ την ίδια χρονιά βρισκόταν στην 23αδα του Αρίγκο Σάκι για το EURO της Αγγλίας χωρίς όμως να αγωνιστεί ούτε ένα λεπτό.
Πήρε μέρος σε τρεις τελικές φάσεις Παγκοσμίων Κυπέλλων ξεκινώντας το 1998 όπου έπαιξε σε τρία παιχνίδια κόντρα σε Χιλή, Αυστρία και Καμερούν, όπως και το 2002 σε τρία παιχνίδια κόντρα σε Εκουαδόρ, Κροατία και Μεξικό, χάνοντας τον αγώνα με την Νότια Κορέα στην φάση των "16" λόγω τραυματισμού.
Στα γήπεδα της Γερμανίας το 2006 αναδείχθηκε παγκόσμιος πρωταθλητής αν και ο ίδιος πρόλαβε να αγωνιστεί μόλις σε τρία παιχνίδια λόγω τραυματισμού στο παιχνίδι με την Τσεχία στην τελευταία αγωνιστική της φάσης των ομίλων..
Επίσης αγωνίστηκε στις τελικές φάσεις των EURO 2000 και 2004, και φόρεσε συνολικά την φανέλα των "ατζούρι" σε 78 παιχνίδια χωρίς να πετύχει κάποιο γκολ,κάνοντας την τελευταία του εμφάνιση στις 11 Οκτωβρίου του 2006 στην Τιφλίδα απέναντι στην Γεωργία στο πλαίσιο της προκριματικής φάσης του EURO 2008.
Την 1η Αυγούστου του 2007 ανακοίνωσε την απόφαση του να αποχωρήσει από την Εθνική ομάδα της Ιταλίας παρότι τόσο ο Ντοναντόνι όσο και ο Λίπι προσπάθησαν να τον μεταπείσουν για να βρίσκεται στην αποστολή των τελικών φάσεων του EURO 2008 και του Παγκοσμίου Κυπέλλου το 2010 αντίστοιχα χωρίς όμως επιτυχία.
