Πρόκειται για την τρίτη πιο δημοφιλέστερη ομάδα σε ολόκληρη την Βραζιλία με 17 εκατομμύρια υποστηρικτές ενώ κατέχει την τρίτη θέση πίσω από την Μπόκα Τζούνιορς και την Ιντεπεντιέντε στην κατάκτηση διεθνών τίτλων στην Νότια Αμερική. Επίσης η Σάο Πάολο είναι μία απο τις πέντε ομάδες που δεν έχει υποβιβαστεί ποτέ.
Η ιστορία ξεκινάει στις 29 Δεκεμβρίου του 1900, όταν εκείνη την ημέρα διεξαγόταν ποδοσφαιρικός αγώνας ανάμεσα στην Ιντερνασιονάλ του Σάο Πάολο και το κολέγιο Μακ Kένζι. Αυτός ο αγώνας αποτέλεσε το έναυσμα ούτως ώστε νέοι της εποχής να αποφασίσουν να δημιουργήσουν τον σύλλογο Club Athletico Paolistano και στις 3 Μαϊού του 1902 να δώσουν το πρώτο τους παιχνίδι όπου και γνώρισαν την ήττα από την Sao Paulo Athletic.
Την 1η Νοεμβρίου του 1905 ο τότε αρχηγός της ομάδας Χόρχε Μεσκίτα και ένα γκρουπ παικτών αποχώρησε από τον σύλλογο για να ενταχθεί στην Παλμέιρας, και στις 25 Ιανουαρίου του 1930 μετονομάστηκε Sao Paulo Futebol Clube με "στάρ" τους Άρθουρ Φριέντενραιχ και Άρσεκεν Πατούσκα. Με το όνομα αυτό κατέκτησε το πρωτάθλημα Paulista το 1931 ενώ το 1933 έδωσε το πρώτο της επαγγελματικό παιχνίδι απέναντι στην Σάντος όπου και επικράτησε με 5-1.
Τα οικονομικά προβλήματα που αντιμετώπισε η Sao Paulo Futebol Clube ανάγκασε τους ιθύνοντες του συλλόγου να συγχωνευθούν με την Clube de Regatas Tiete και στις 14 Μαϊού του 1935 ανακοίνωσαν την διάλυση του ποδοσφαιρικού τμήματος. Λίγες ημέρες αργότερα δημιουργήθηκε η Gremio Tricolor η οποία ίδρυσε στις 4 Ιουνίου του 1935 το Clube Atletico Sao Paulo για να φτάσουμε στις 15 Δεκεμβρίου του 1935 στην επίσημη ονομασία του συλλόγου όπως την γνωρίζουμε έως και σήμερα με την ονομασία Sao Paulo Futebol Clube.
Στις 25 Ιανουαρίου του 1936 η Σάο Πάολο έδωσε το πρώτο της παιχνίδι απέναντι στην Portuguesa Santista ένα ματς που παραλίγο να αναβληθεί,ενώ το 1938 δέχτηκαν στις τάξεις τους την ομάδα Clube Atletico Estudantes Paulista.
Η μετεγγραφή του Λεονίντας απο την Φλαμένγκο δίνοντας το ποσό των 200 contos de reis(βραζιλιάνικο νόμισμα) σε συνδυασμό με την παρουσία του Αργεντίνου Αντόνιο Σάστρε, και των Νορόνια, Χοσέ Κάρλος Μπάουερ, Ζέζε Προκόπιο, Λουιζίνιο, Ρουί και Τειξερίνια πήρε το παρατσούκλι "Steam Roller(οδοστρωτήρας)" κερδίζοντας το πρωτάθλημα του Σάο Πάολο πέντε φορές το 1943,το 1945,το 1946, το 1948 και το 1949.
Εν αντιθέσει με την δεκαετία του '40, η δεκαετία του '50 ήταν ιδιαιτέρως φτωχή με την κατάκτηση μόνο δύο πρωταθλημάτων το 1953 και το 1957. Στο τελευταίο μάλιστα αγωνιζόταν ο Ζιζίνιο ενώ προπονητής ήταν ο περίφημος Ούγγρος Μπέλα Γκούτμαν,
Στις 2 Οκτωβρίου του 1960 η Σάο Πάολο εγκαινίασε το ποδοσφαιρικό της γήπεδο το "Μορουμπί" με φιλική νίκη επί της Σπόρτιγκ Λισαβόνας με 1-0. Το "Μορούμπι" είχε αρχική χωρητικότητα 120.000 θεατών αλλά πλέον έχει πέσει στις 80.000 και αποτελεί ένα απο τα στάδια που θα διεξαχθούν αγώνες για την τελική φάση του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2016.
Με την ολοκλήρωση του σταδίου οι ιθύνοντες της ομάδας αποφάσισαν να ενισχύσουν τον σύλλογο με την απόκτηση των Ζέρσον απο την Μποταφόγκο,του Ουρουγουανού Πέδρο Ρότσα απο την Πενιαρόλ, και του Τονίνιο Γκερέιρο απο την Σάντος, και ενώ στην ομάδα βρισκόταν ήδη ο Μπελίνι, και υπό την καθοδήγηση του Ζέζε Μορέιρα κατέκτησε τα Paulista του 1970 και του 1971.
Το 1974 στο Copa Libertadores πήρε την πρώτη θέση στον όμιλο της απέναντι σε Παλμέιρας, Μουνισιπάλ και Χόρχε Βίλστερμαν, ενώ στην ημιτελική φάση ξεπέρασε τα εμπόδια των Μιγονάριος και Ντεφενσόρ Λίμα. Στους διπλούς τελικούς αντιμετώπισε την Ιντεπεντιέντε, με τις δύο ομάδες να μοιράζονται τις νίκες αλλά στο τρίτο παιχνίδι στο Σαντιάγκο οι Αργεντίνοι πήραν την νίκη με 1-0 και το τρόπαιο.
Το 1977 έφτασε για πρώτη φορά στην κορυφή του Βραζιλιάνικου Πρωταθλήματος με παίκτες όπως οι Βαλντίρ Πέρεζ, Τσικάο, Σερτζίνιο Τσουλάπα,Ζε Σέρτζιο,Ντάριο Περέιρα, και την δεκαετία του 1980 κέρδισε πέντε Paulista(1980,1981,1985,1987,1989) σε ένα απο αυτά το 1985 είχε ενεργό συμμετοχή ο Πάολο Ρομπέρτο Φαλκάο. Το 1986 με προπονητή τον Πέπε και με τους Μύλερ, Σίδνει Καρέκα, Όσκαρ και Σίλας κατέκτησε το δεύτερο Πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Μπαίνοντας στην δεκαετία του '90, το 1991 κατέκτησε το Πρωτάθλημα απέναντι στην Μπραγκαντίνο και τρία Paulista το 1990, το 1991 και το 1998. Το 1992 έφτασε στην κατάκτηση του πρώτου της Copa Libertadores όπου στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Κρισιούμα.
Στην συνέχεια απέκλεισε τις Νασιονάλ, Κρισιούμα και Μπαρτσελόνα Γκουαγιακίλ και στον τελικό αντιμετώπισε τους Νιούελς Όλντ Μπόις. Τα δύο ματς έληξαν 1-0 υπέρ των γηπεδούχων και στην διαδικασία των πέναλντι με 3-2 στα πέναλντι να κατακτάει το τρόπαιο με τον Ζέτι να αποκρούει το τελευταίο πέναλντι του Γκαμπόα.
Κόντρα στην Μπαρτσελόνα κατάφερε να πάρει και το Διηπειρωτικό Κύπελλο, με 2-1 με τα τέρματα των Ραί, και την επόμενη σεζόν η Σάο Πάολο υπερασπιζόταν τον τίτλο της μπαίνοντας απευθείας στην φάση των "16"όπου απέκλεισε τους Νιούελς Όλντ Μπόις, στους "8" την Φλαμένγκο και στα ημιτελικά την Τσέρο Πορτένιο.
Στους τελικούς απέναντι στην χιλιανή Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα επικράτησε στο πρώτο παιχνίδι με 5-1, ενώ στην ρεβάνς η Κατόλικα πήρε την νίκη με 2-0 αλλά δεν κατάφερε να υπερκεράσει το σκορ του πρώτου αγώνα και έτσι οι "σομπεράνο" έφτασαν στο δεύτερο συνεχόμενο Copa Libertadores.
Όπως απέναντι στην Μπαρτσελόνα, έτσι και κόντρα στην Μίλαν η Σάο Πάολο κατέκτησε το Διηπειρωτικό Κύπελλο απέναντι στην Μίλαν με 3-2, με τα γκολ των Πλαίνια, Τονίνιο Σερέζο και Μύλερ.
To 1994 προσπάθησε να πετύχει το 3 στα 3 ξεκινώντας και πάλι απο τις νοκ-άουτ φάσεις αποκλείοντας τις Παλμέιρας, Ουνιόν Εσπανιόλα και Ολίμπια Ασουνσιόν. Στους διπλούς τελικούς κόντρα στην Βελέζ Σάρσφιλντ οι δύο ομάδες μοιράστηκαν τις νίκες και χρειάστηκε η διαδικασία των πέναλντι με την Βελέζ να κατακτά το τρόπαιο.
Η περίοδος της ακμής ολοκληρώθηκε με την κατάκτηση 2 Recopa Sudamericana το 1993 απέναντι στην Κρουζέιρο και το 1994 κόντρα στην Μποταφόγκο, το Recopa Libertadores to 1993 και το Copa Conmebol to 1994 όταν στον τελικό επικράτησε της Πενιαρόλ
Προπονητής την περίοδο αυτή ήταν ο Τέλε Σαντάνα που είχε στο δυναμικό του ποδοσφαιριστές όπως οι Ζέτι, Καφού, Αντόνιο Κάρλος, Αντίλσον, Ραί, Παλίνια, Τονίνιο Σερέζο, Άντρε Κρούζ, Ντορίβα, Λεονάρντο, Ζουνίνιο Παουλίστα και Ζούνιορ Μπαιάνο.
Ακολούθησε μια περίοδος ισχνών αγελάδων μόνο δύο Paulista το 2000 και το 2005, όπου αναδείχθηκαν παίκτες όπως οι Ροτζέριο Τσένι, Κακά, Λουίς Φαμπιάνο και Ζούλιο Μπαπτίστα.
Το 2005 με προπονητή τον Πάολο Αουτουόρι κατέκτησε το Copa Libertadores για τρίτη φορά στην ιστορία της όπου στην φάση των ομίλων κατέκτησε την πρώτη θέση μπροστά απο την Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε, Κίλμες και την Δε Στρόνγκεστ.
Στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε τις Παλμέιρας, Τίγκρες, Ρίβερ Πλέιτ και στον τελικό απέναντι στην Ατλέτικο Παραναένσε, το πρώτο παιχνίδι έληξε ισόπαλο 1-1, αλλά στην ρεβάνς πήρε άνετη νίκη με 4-0 παίρνοντας το τρόπαιο. Παράλληλα τον Δεκέμβριο κατέκτησε το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων απέναντι στην Λίβερπουλ με 1-0 με τον Ουρουγουανό Ντιέγκο Λουγκάνο, τον Σισίνιο, τον Μάρτσιο Αμορόζο, τον Ντιέγκο Ταρντέλι, τον Μινέιρο, τον Ζοσουέ και τον Ντανίλο στην σύνθεση της.
Η Σάο Πάολο ήταν μάλιστα η πρώτη λατινοαμερικάνικη ομάδα που θα έπαιρνε μέρος με τις
υπόλοιπες Πρωταθλήτριες των ηπείρων, ξεκινώντας απο τα ημιτελικά όπου και επικράτησε της σαουδαραβικής Αλ Ιτιχάντ με 3-2, και στον τελικό με σκόρερ τον Μινέιρο θα επικρατήσει της Λίβερπουλ με 1-0 και θα πάρει το πρώτο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων.
Το 2006 προσπάθησε να πετύχει ότι και την δεκαετία του '90 να κατακτήσει και δεύτερο συνεχόμενο Copa Libertadores, και ξεκίνησε την προσπάθεια απο τον 1ο όμιλο όπου και κατέλαβε την πρώτη θέση πάνω απο Γκουανταλαχάρα, Καράκας και Σιενσιάνο. Παλμέιρας, Εστουντιάντες και Γκουανταλαχάρα ήταν τα εμπόδια που ξεπέρασε μέχρι και τον τελικό κόντρα στη Ιντερνασιονάλτου Πόρτο Αλέγκρε.
Στο πρώτο παιχνίδι στο "Μορουμπί" γνώρισε την εντός έδρας ήττα με 1-2, στο Πόρτο Αλέγκρε οι δύο ομάδες αναδείχθηκαν ισόπαλες με την "κολοράντο" να αναδεικνύεται Πρωταθλήτρια Λατινικής Αμερικής. Εντός των συνόρων ήρθαν τρία συνεχόμενα Πρωταθλήματα το 2006, το 2007 και το 2008 με προπονητή τον Μουρίσι Ραμάλιο
Το 2010 έφτασε μέχρι τα ημιτελικά όπου και αποκλείστηκε απο την Ιντερνασιονάλ το 2011 έφερε τον Ριβάλντο και το Λουίς Φαμπιάνο, ενώ το 2012 ύστερα απο ένα επεισοδιακό τελικό κατέκτησε το Copa Sudamericana απέναντι στην Τίγκρε με προπονητή τον Νέι Φράνκο και τους Λούκας Μόουρα,Ντενίλσον, Γιάντσον, Γκάνσο και Λουίς Φαμπιάνο.
Το 2013 ηττήθηκε στον τελικό του Suruga Bank Championship απο την Κασίμα Άντλερς με 3-2, στα Πρωταθλήματα του 2013 και του 2014 τερμάτισε στην 9η και στην 2η θέση αντίστοιχα πίσω απο την Κρουζείρο
Με την ολοκλήρωση του σταδίου οι ιθύνοντες της ομάδας αποφάσισαν να ενισχύσουν τον σύλλογο με την απόκτηση των Ζέρσον απο την Μποταφόγκο,του Ουρουγουανού Πέδρο Ρότσα απο την Πενιαρόλ, και του Τονίνιο Γκερέιρο απο την Σάντος, και ενώ στην ομάδα βρισκόταν ήδη ο Μπελίνι, και υπό την καθοδήγηση του Ζέζε Μορέιρα κατέκτησε τα Paulista του 1970 και του 1971.
Το 1974 στο Copa Libertadores πήρε την πρώτη θέση στον όμιλο της απέναντι σε Παλμέιρας, Μουνισιπάλ και Χόρχε Βίλστερμαν, ενώ στην ημιτελική φάση ξεπέρασε τα εμπόδια των Μιγονάριος και Ντεφενσόρ Λίμα. Στους διπλούς τελικούς αντιμετώπισε την Ιντεπεντιέντε, με τις δύο ομάδες να μοιράζονται τις νίκες αλλά στο τρίτο παιχνίδι στο Σαντιάγκο οι Αργεντίνοι πήραν την νίκη με 1-0 και το τρόπαιο.
Το 1977 έφτασε για πρώτη φορά στην κορυφή του Βραζιλιάνικου Πρωταθλήματος με παίκτες όπως οι Βαλντίρ Πέρεζ, Τσικάο, Σερτζίνιο Τσουλάπα,Ζε Σέρτζιο,Ντάριο Περέιρα, και την δεκαετία του 1980 κέρδισε πέντε Paulista(1980,1981,1985,1987,1989) σε ένα απο αυτά το 1985 είχε ενεργό συμμετοχή ο Πάολο Ρομπέρτο Φαλκάο. Το 1986 με προπονητή τον Πέπε και με τους Μύλερ, Σίδνει Καρέκα, Όσκαρ και Σίλας κατέκτησε το δεύτερο Πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Μπαίνοντας στην δεκαετία του '90, το 1991 κατέκτησε το Πρωτάθλημα απέναντι στην Μπραγκαντίνο και τρία Paulista το 1990, το 1991 και το 1998. Το 1992 έφτασε στην κατάκτηση του πρώτου της Copa Libertadores όπου στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Κρισιούμα.
Στην συνέχεια απέκλεισε τις Νασιονάλ, Κρισιούμα και Μπαρτσελόνα Γκουαγιακίλ και στον τελικό αντιμετώπισε τους Νιούελς Όλντ Μπόις. Τα δύο ματς έληξαν 1-0 υπέρ των γηπεδούχων και στην διαδικασία των πέναλντι με 3-2 στα πέναλντι να κατακτάει το τρόπαιο με τον Ζέτι να αποκρούει το τελευταίο πέναλντι του Γκαμπόα.
Κόντρα στην Μπαρτσελόνα κατάφερε να πάρει και το Διηπειρωτικό Κύπελλο, με 2-1 με τα τέρματα των Ραί, και την επόμενη σεζόν η Σάο Πάολο υπερασπιζόταν τον τίτλο της μπαίνοντας απευθείας στην φάση των "16"όπου απέκλεισε τους Νιούελς Όλντ Μπόις, στους "8" την Φλαμένγκο και στα ημιτελικά την Τσέρο Πορτένιο.
Στους τελικούς απέναντι στην χιλιανή Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα επικράτησε στο πρώτο παιχνίδι με 5-1, ενώ στην ρεβάνς η Κατόλικα πήρε την νίκη με 2-0 αλλά δεν κατάφερε να υπερκεράσει το σκορ του πρώτου αγώνα και έτσι οι "σομπεράνο" έφτασαν στο δεύτερο συνεχόμενο Copa Libertadores.
Όπως απέναντι στην Μπαρτσελόνα, έτσι και κόντρα στην Μίλαν η Σάο Πάολο κατέκτησε το Διηπειρωτικό Κύπελλο απέναντι στην Μίλαν με 3-2, με τα γκολ των Πλαίνια, Τονίνιο Σερέζο και Μύλερ.
To 1994 προσπάθησε να πετύχει το 3 στα 3 ξεκινώντας και πάλι απο τις νοκ-άουτ φάσεις αποκλείοντας τις Παλμέιρας, Ουνιόν Εσπανιόλα και Ολίμπια Ασουνσιόν. Στους διπλούς τελικούς κόντρα στην Βελέζ Σάρσφιλντ οι δύο ομάδες μοιράστηκαν τις νίκες και χρειάστηκε η διαδικασία των πέναλντι με την Βελέζ να κατακτά το τρόπαιο.
Η περίοδος της ακμής ολοκληρώθηκε με την κατάκτηση 2 Recopa Sudamericana το 1993 απέναντι στην Κρουζέιρο και το 1994 κόντρα στην Μποταφόγκο, το Recopa Libertadores to 1993 και το Copa Conmebol to 1994 όταν στον τελικό επικράτησε της Πενιαρόλ
Προπονητής την περίοδο αυτή ήταν ο Τέλε Σαντάνα που είχε στο δυναμικό του ποδοσφαιριστές όπως οι Ζέτι, Καφού, Αντόνιο Κάρλος, Αντίλσον, Ραί, Παλίνια, Τονίνιο Σερέζο, Άντρε Κρούζ, Ντορίβα, Λεονάρντο, Ζουνίνιο Παουλίστα και Ζούνιορ Μπαιάνο.
Ακολούθησε μια περίοδος ισχνών αγελάδων μόνο δύο Paulista το 2000 και το 2005, όπου αναδείχθηκαν παίκτες όπως οι Ροτζέριο Τσένι, Κακά, Λουίς Φαμπιάνο και Ζούλιο Μπαπτίστα.
Το 2005 με προπονητή τον Πάολο Αουτουόρι κατέκτησε το Copa Libertadores για τρίτη φορά στην ιστορία της όπου στην φάση των ομίλων κατέκτησε την πρώτη θέση μπροστά απο την Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε, Κίλμες και την Δε Στρόνγκεστ.
Στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε τις Παλμέιρας, Τίγκρες, Ρίβερ Πλέιτ και στον τελικό απέναντι στην Ατλέτικο Παραναένσε, το πρώτο παιχνίδι έληξε ισόπαλο 1-1, αλλά στην ρεβάνς πήρε άνετη νίκη με 4-0 παίρνοντας το τρόπαιο. Παράλληλα τον Δεκέμβριο κατέκτησε το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων απέναντι στην Λίβερπουλ με 1-0 με τον Ουρουγουανό Ντιέγκο Λουγκάνο, τον Σισίνιο, τον Μάρτσιο Αμορόζο, τον Ντιέγκο Ταρντέλι, τον Μινέιρο, τον Ζοσουέ και τον Ντανίλο στην σύνθεση της.
Η Σάο Πάολο ήταν μάλιστα η πρώτη λατινοαμερικάνικη ομάδα που θα έπαιρνε μέρος με τις
υπόλοιπες Πρωταθλήτριες των ηπείρων, ξεκινώντας απο τα ημιτελικά όπου και επικράτησε της σαουδαραβικής Αλ Ιτιχάντ με 3-2, και στον τελικό με σκόρερ τον Μινέιρο θα επικρατήσει της Λίβερπουλ με 1-0 και θα πάρει το πρώτο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων.
Το 2006 προσπάθησε να πετύχει ότι και την δεκαετία του '90 να κατακτήσει και δεύτερο συνεχόμενο Copa Libertadores, και ξεκίνησε την προσπάθεια απο τον 1ο όμιλο όπου και κατέλαβε την πρώτη θέση πάνω απο Γκουανταλαχάρα, Καράκας και Σιενσιάνο. Παλμέιρας, Εστουντιάντες και Γκουανταλαχάρα ήταν τα εμπόδια που ξεπέρασε μέχρι και τον τελικό κόντρα στη Ιντερνασιονάλτου Πόρτο Αλέγκρε.
Στο πρώτο παιχνίδι στο "Μορουμπί" γνώρισε την εντός έδρας ήττα με 1-2, στο Πόρτο Αλέγκρε οι δύο ομάδες αναδείχθηκαν ισόπαλες με την "κολοράντο" να αναδεικνύεται Πρωταθλήτρια Λατινικής Αμερικής. Εντός των συνόρων ήρθαν τρία συνεχόμενα Πρωταθλήματα το 2006, το 2007 και το 2008 με προπονητή τον Μουρίσι Ραμάλιο
Το 2010 έφτασε μέχρι τα ημιτελικά όπου και αποκλείστηκε απο την Ιντερνασιονάλ το 2011 έφερε τον Ριβάλντο και το Λουίς Φαμπιάνο, ενώ το 2012 ύστερα απο ένα επεισοδιακό τελικό κατέκτησε το Copa Sudamericana απέναντι στην Τίγκρε με προπονητή τον Νέι Φράνκο και τους Λούκας Μόουρα,Ντενίλσον, Γιάντσον, Γκάνσο και Λουίς Φαμπιάνο.
Το 2013 ηττήθηκε στον τελικό του Suruga Bank Championship απο την Κασίμα Άντλερς με 3-2, στα Πρωταθλήματα του 2013 και του 2014 τερμάτισε στην 9η και στην 2η θέση αντίστοιχα πίσω απο την Κρουζείρο
