Η Ατλέτικο Νασιονάλ είναι μία απο τις κορυφαίες ομάδες της Κολομβίας, αλλά παράλληλα είναι και η πρώτη ομάδα της χώρας που έφτασε στην κατάκτηση του Copa Libertadores ενώ σημαντικοί ποδοσφαιριστές έχουν φορέσει την φανέλα της.
Η Ατλέτικο προήρθε απο την ποδοσφαιρική ομάδα Union FC που ιδρύθηκε το 1935 στην περιοχή Μπουένος Άιρες στην πόλη του Μεντεγίν, η οποία αγωνίστηκε στην δεύτερη κατηγορία. Το 1943 με την είσοδο στην πρώτη κατηγορία αποφάσισε να συγχωνευθεί με την άλλη ομάδα της περιοχής την Ιντουλάνα.
To 1947 o πρόεδρος της λίγκας της περιοχής της Αντιόχειας Λουίς Αλμπέρτο Βιγιέγκας αποφασίζει να προχωρήσει στην δημιουργία μιας νέας ομάδας και στις 7 Μαρτίου δημιουργείται η Club Atletico Municipal. To 1948 μαζί με άλλες ομάδες προχωρούν στην δημιουργία του επαγγελματικού Πρωταθλήματος και στην πρώτη αυτή χρονιά καταλαμβάνει την 6η θέση, το 1949 7η, το 1950 15η.
Το 1951 αλλάζει το ονομά της σε Atletico Nacional θέλοντας να καταδείξει τον διεθνή χαρακτήρα που ήθελε να δώσει και στο Πρωτάθλημα εκείνης της σεζόν καταλαμβάνει την 15η θέση, ενώ και το 1952 ήρθε 13η.
Το 1953 ήρθε 7η, ενώ τον Μάρτιο της ίδιας χρονιάς φτιάχτηκε το γήπεδο της το Estadio Atanasio Girardot. To 1954 με προπονητή τον Φερνάντο Πατερνοστέρ και τους Ουμπέρτο Άλβαρες, Ερνέστο Εσκομπάρ, Ιγκνάσιο Καγιέ, Χούλιο Γκαβίρια, Γκαμπριέλ Μεχία, τον Ουρουγουανό Χουάν Τέρρα, και τους Αργεντίνους Ατίλιο Μιότι, Μιγκέλ Ζαζίνι, Νικόλας Τζιαναστάσιο και Κάρλος Γκαμπίνα κατέκτησε το πρώτο Πρωτάθλημα της ιστορίας τους.
Το 1951 αλλάζει το ονομά της σε Atletico Nacional θέλοντας να καταδείξει τον διεθνή χαρακτήρα που ήθελε να δώσει και στο Πρωτάθλημα εκείνης της σεζόν καταλαμβάνει την 15η θέση, ενώ και το 1952 ήρθε 13η.
Το 1953 ήρθε 7η, ενώ τον Μάρτιο της ίδιας χρονιάς φτιάχτηκε το γήπεδο της το Estadio Atanasio Girardot. To 1954 με προπονητή τον Φερνάντο Πατερνοστέρ και τους Ουμπέρτο Άλβαρες, Ερνέστο Εσκομπάρ, Ιγκνάσιο Καγιέ, Χούλιο Γκαβίρια, Γκαμπριέλ Μεχία, τον Ουρουγουανό Χουάν Τέρρα, και τους Αργεντίνους Ατίλιο Μιότι, Μιγκέλ Ζαζίνι, Νικόλας Τζιαναστάσιο και Κάρλος Γκαμπίνα κατέκτησε το πρώτο Πρωτάθλημα της ιστορίας τους.
Τα επόμενα χρόνια αντιμετώπισε σοβαρά οικονομικά προβλήματα και τότε αποφασίστηκε να υπάρξει μια ένωση μεταξύ της Ατλέτικο Νασιονάλ και της Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, Άν και αγωνιζόταν με το όνομα της Ατλέτικο Νασιονάλ ήταν περισσότερο γνωστή ως Ιντεπεντιέντε Νασιονάλ.
Όμως όλη αυτή η ένωση κράτησε ένα χρόνο και στην συνέχεια οι δύο ομάδες αποφάσισαν να συνεχίσουν αυτόνομη πορεία. Όλη αυτή η ιστορία την εμπόδισε να κατακτήσει τίτλους παρότι διέθετε σημαντικούς ποδοσφαιριστές όπως ο Αργεντίνος Όσκαρ Ρόσι, ο Περουβιανός Σέζαρ Κουέτο, ο Χεράρδο Μονκάδα.
Το 1955 ήρθε 2η πίσω απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, το 1956, το 1960 και το 1964 9η, το 1957 δεν πέρασε στον τελικό, το 1958 και το 1959 5η, το 1961, το 1963 και το 1967 11η, το 1962 10η, το 1965 2η πίσω απο την Ντεπορτίβο Κάλι, το 1966 12η, το 1968 στο Apertura ήρθε 12η και 9η στο Finalizacion.
Στο Apertura του 1969 ήρθε 14η και 10η στο Finalizacion, στο Apertura του 1970 8η στο Finalizacion 14η και το 1971 βρέθηκε πρώτη στο Apertura και στο Finalizacion 3η οπότε για την ανάδειξη πρωταθλητή οι τέσσερις κορυφαίες ομάδες θα διασταύρωναν τα ξίφη τους.
Ατλέτικο Νασιονάλ και Ιντεπεντιέντε Σάντα Φε ισοβάθμησαν και χρειάστηκαν εκ νέου αναμετρήσεις αφού τα δύο παιχνίδια σε Μπογκοτά και Μεντεγίν 0-0 και στο Κάλι η Ιντεπεντιέντε κέρδισε με 3-2 και πήρε το Πρωτάθλημα.
Το 1972 στο Apertura ήρθε 5η και στο Finalizacion 3η, και στο Apertura του 1973 ήρθε αλλά στο Finalizacion με προπονητή τον Παραγουανό Σέζαρ Λόπεζ Φρέτες κατέκτησε τον τίτλο. Το 1974 πέρασε στην τελική φάση όπου αναδείχθηκε 2η πίσω απο την Ντεπορτίβο Κάλι.
Το 1975 δεν μπόρεσε να φτάσει στην τελική φάση και το 1976 ο πρόεδρος του συλλόγου Ερνάν Μποτέρο κάνει την μεγάλη κίνηση και φέρνει στο Μεντεγίν τον Οσβάλντο Ζουμπέλντια τον δημιουργό της μεγάλης Εστουντιάντες.
Όμως όλη αυτή η ένωση κράτησε ένα χρόνο και στην συνέχεια οι δύο ομάδες αποφάσισαν να συνεχίσουν αυτόνομη πορεία. Όλη αυτή η ιστορία την εμπόδισε να κατακτήσει τίτλους παρότι διέθετε σημαντικούς ποδοσφαιριστές όπως ο Αργεντίνος Όσκαρ Ρόσι, ο Περουβιανός Σέζαρ Κουέτο, ο Χεράρδο Μονκάδα.
Το 1955 ήρθε 2η πίσω απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, το 1956, το 1960 και το 1964 9η, το 1957 δεν πέρασε στον τελικό, το 1958 και το 1959 5η, το 1961, το 1963 και το 1967 11η, το 1962 10η, το 1965 2η πίσω απο την Ντεπορτίβο Κάλι, το 1966 12η, το 1968 στο Apertura ήρθε 12η και 9η στο Finalizacion.
Στο Apertura του 1969 ήρθε 14η και 10η στο Finalizacion, στο Apertura του 1970 8η στο Finalizacion 14η και το 1971 βρέθηκε πρώτη στο Apertura και στο Finalizacion 3η οπότε για την ανάδειξη πρωταθλητή οι τέσσερις κορυφαίες ομάδες θα διασταύρωναν τα ξίφη τους.
Ατλέτικο Νασιονάλ και Ιντεπεντιέντε Σάντα Φε ισοβάθμησαν και χρειάστηκαν εκ νέου αναμετρήσεις αφού τα δύο παιχνίδια σε Μπογκοτά και Μεντεγίν 0-0 και στο Κάλι η Ιντεπεντιέντε κέρδισε με 3-2 και πήρε το Πρωτάθλημα.
Το 1972 στο Apertura ήρθε 5η και στο Finalizacion 3η, και στο Apertura του 1973 ήρθε αλλά στο Finalizacion με προπονητή τον Παραγουανό Σέζαρ Λόπεζ Φρέτες κατέκτησε τον τίτλο. Το 1974 πέρασε στην τελική φάση όπου αναδείχθηκε 2η πίσω απο την Ντεπορτίβο Κάλι.
Το 1975 δεν μπόρεσε να φτάσει στην τελική φάση και το 1976 ο πρόεδρος του συλλόγου Ερνάν Μποτέρο κάνει την μεγάλη κίνηση και φέρνει στο Μεντεγίν τον Οσβάλντο Ζουμπέλντια τον δημιουργό της μεγάλης Εστουντιάντες.
Ο Ζουμπέλντια παρέμεινε μέχρι και τον θάνατο του το 1982 κατακτώντας δύο Πρωταθλήματα το 1976 και το 1981, ενώ απο τα χέρια του πέρασαν σημαντικοί παίκτες του συλλόγου όπως οι Ερνάν Ντάριο Χερέρα, Πέδρο Σαρμιέντο, Βίκτορ Λούνα, Νορμπέρτο Πελούφο, Γκάμπριελ Χάιμε Γκόμεζ, και ο Ουρουγουανός Σέρχιο Σαντίν.
Το 1977 τερμάτισε στην 4η θέση, το 1978 την 3η θέση, το 1979 την 2η θέση πίσω απο την Αμέρικα Κάλι, το 1980 4η και το 1982 στην 6η θέση. Τα επόμενα χρόνια την τεχνική ηγεσία ανέλαβαν σημαντικές προσωπικότητες όπως οι Ουρουγουανοί Λουίς Κουμπίγια, Άνιμπαλ Παζ, Χουάν Μουχίκα, ο Χιλμπέρτο Οσόριο
Το 1983 ήρθε 3η, το 1984 7η, το 1985 6η, το 1986 επίσης στην 6η θέση, το 1987 4η, το 1988 2η πισω απο την Μιγιονάριος. Τον Ιούλιο του 1987 οι ιθύνοντες του συλλόγου αποφασίζουν να δώσουν το χρίσμα στον Φρανσίσκο Ματουράνα.
Μια κίνηση που θα αποβεί σημαντική το 1989, μια σημαντική χρονιά και για την Ατλέτικο αλλά και για το κολομβιανό ποδόσφαιρο αφού έγινε η πρώτη ομάδα απο την χώρα που κατέκτησε το Copa Libertadores. Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Μιγιονάριος και μπροστά απο τις Ντεπορτίβο Κίτο και Έμελεκ.
Στην φάση των "16" απέκλεισε την Ρασίγκ Κλάμπ, στους "8" την Μιγιονάριος, στα ημιτελικά την Ντανούμπιο και στους διπλούς τελικούς θα έβρισκε απέναντι της την Ολίμπια Ασουνσιόν. Στον πρώτο τελικό στην πρωτεύουσα της Παραγουάης γνώρισε την ήττα με 2-0, στο Μεντεγίν ισοφάρισε το σκόρ του αγώνα επικρατώντας με 2-0 και στην διαδικασία των πέναλντι με 5-4 έγραψε ιστορία κατακτώντας το τρόπαιο.
Ρενέ Χιγκίτα, Άντρες Εσκομπάρ, Γκαμπριέλ Χάιμε Γκόμεζ, Λουίς Φερνάντο Ερέρα, Λεονέλ Άλβαρεζ, Λουίς Περέα, Αλμπέιρο Ουσουριάγκα, Τζον Χάιρο Τρέλλεζ, Αλέξις Γκαρσία αποτελούσαν την βάση της ομάδας που αγωνίστηκε και στον τελικό του Διηπειρωτικού Κυπέλλου στο Τόκιο γνωρίζοντας την ήττα απο την Μίλαν με 1-0, με τους "ροσονέρι" να πετυχαίνουν το νικητήριο γκολ με τον Εβάνι στο 119'.
Το 1990 οι "βερντολάγκος" έχασαν στους τελικούς του Copa Interamericana και του Recopa Sudamericana απο Μπόκα Τζούνιορς και την μεξικάνικη Αμέρικα, Στο Πρωτάθλημα το 1989 ήρθε 3η, το 1990 2η πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι, αλλά ένα χρόνο αργότερα το 1991 επανήρθαν στην κορυφή της Κολομβίας ύστερα απο δέκα χρόνια με νέα πρόσωπα τους Φαουστίνο Ασπρίγια, Μαουρίτσιο Σέρνα, Χουάν Πάμπλο Άνχελ και Βίκτορ Αριστισάμπαλ
Ακολούθησαν δύο Πρωταθλήματα στην δεκαετία του '90 το 1994 και το 1999, ενώ το 1992 ήρθε 2η πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι, το 1993 3η, το 1995 3η, το 1996 3η, το 1997 2η πάλι πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι και το 1998 δεν μπόρεσε να περάσει στον τελικό.
Σε διεθνές επίπεδο το 1995 κατέκτησε το Copa Interamericana κόντρα στην Σαπρίσα απο την Κόστα Ρίκα, το Copa Merconorte τo 1998 κόντρα στην Ντεπορτίβο Κάλι, και το 2001 απέναντι στην Μιγιονάριος, ενώ την φανέλα της φόρεσε απο το 1996 έως το 1998 και ο Ιβάν Κόρντομπα.
Το 2000 ήρθε 7η, το 2001 9η, το 2002 στο Apertura έχασε στον τελικό απο την Αμέρικα Ντε Κάλι ενώ στο Finalizacion δεν μπόρεσε να περάσει στον τελικό, το 2003 στο Apertura 14η, στο Finalizacion δεν μπόρεσε να περάσει στον τελικό, το 2004 έφτασε στον τελικό του Apertura όπου και ηττήθηκε απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν όπως και στον τελικό του Finalizacion όπου και πάλι ηττήθηκε απο την Τζούνιορ.
Το 2002 με προπονητή την παλιά δόξα της ομάδας Αλέξις Γκαρσία, συμμετείχε στην πρώτη έκδοση του Copa Sudamericana όπου στην προκριματική φάση απέκλεισε την Αμέρικα, στα προημιτελικά απέκλεισε τους Σαντιάγκο Γουόντερερς, στα ημιτελικά την Νασιονάλ και στον τελικό αντιμετώπισε την Σαν Λορέντζο.
Στο πρώτο ματς στο Μεντεγίν γνώρισε βαριά ήττα με 4-0, οπότε το δεύτερο ματς ήταν διαδικαστικού χαρακτήρα με τους Αργεντίνους με το 0-0 να κατακτούν την διοργάνωση, ενώ το 2003 και πάλι στο Sudamericana έφτασε στην ημιτελική φάση όπου αποκλείστηκε απο την περουβιανή Σιενσιάνο.
Το 2005 ύστερα απο έξι χρόνια κατέκτησε το Apertura με προπονητή τον Σαντιάγκο Εσκομπάρ, και τους Ακιβάλντο Μοσκερα και Χουάν Ζούνιγκα βασικούς, στο Finalizacion ήρθε 11η, το 2006 στο Apertura δεν πέρασε στον τελικό όπως και στο Finalizacion.
Το 2007 με προπονητή τον Αργεντίνο Όσκαρ Έκτορ Κινταμπάνι κατέκτησε το Apertura κόντρα στην Ατλέτικο Χουίλα και το Finalizacion κόντρα στην Εκουιδάδ. To 2008 14η και στο Finalizacion δεν πέρασε στον τελικό, το 2009 17η και στο Finalizacion αποκλείστηκε στην δέυτερη φάση, το 2010 8η και αποκλεισμός στην δεύτερη φάση.
Το 2011 κατέκτησε το Apertura με τον Σαντιάγκο Εσκομπάρ ξανά στον πάγκο νικώντας στον τελικό την Εκουιδάδ και στο Finalizacion ήρθε 11η. To 2012 ήρθε 12η και αποκλείστηκε στην δεύτερη φάση.
Υπό την καθοδήγηση του Χουάν Κάρλος Οσόριο, το 2013 πήρε και τα δύο τουρνουά το Apertura κόντρα στην Ιντεπεντιέντε Σάντα Φε όσο και το Finalizacion κόντρα στην Ντεπορτίβο Κάλι, και το Apetura του 2014 κόντρα στην Τζούνιορ. Ενδιάμεσα κατέκτησε και δύο Κύπελλα το 2010 και το 2012, ενώ το 2014 έφτασε στον τελικό του Copa Sudamericana.
Στην πρώτη φάση απέκλεισε την Ντεπορτίβο Λα Γκουάιρα απο την Βενεζουέλα, στην δεύτερη την Χενεράλ Ντίαζ απο την Παραγουάη, στους "16" την βραζιλιάνικη Βιτόρια, στους "8" την Ουνιβερσιδάδ Σέζαρ Βαγιέχο απο το Περού και στα ημιτελικά την Σάο Πάολο.
Στους τελικούς αναμετρήθηκε με την Ρίβερ Πλέιτ με το πρώτο ματς να έρχεται ισόπαλο 1-1, με τον Ορλάντο Μπέριο να ανοίγει το σκορ και τον Λεονάρντο Πισκουλίτσι να ισοφαρίζει, αλλά στην ρεβάνς οι Αργεντίνοι πήραν την νίκη με 2-0 και το τρόπαιο.
Στο Finalizacion του 2014 αποκλείστηκε στην δεύτερη φάση, στο Apertura του 2015 αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Ντεπορτίβο Κάλι, αλλά κατέκτησε το Torneo Finalizacion, με τον Ρεινάλντο Ρουέδα στον πάγκο και τους Ντανιέλ Μποκανέγκρα, Τζέφερσον Ντούκε, Αλεχάντρο Γκουέρα(Βενεζουέλα) στο ρόστερ.
Τον Ιανουάριο του 2016 η Ατλέτικο με δύο νίκες 2-0 και 3-0 κατέκτησε το Σούπερ Καπ της χώρας, κόντρα στην Ντεπορτίβο Κάλι, ενώ λίγους μήνες αργότερα έφτασε στην κατάκτηση του δεύτερου Copa Libertadores ύστερα απο το 1989.
Στην φάση των ομίλων η Ατλέτικο κόντρα σε Ουρακάν, Πενιαρόλ και Σπόρτιγκ Κριστάλ τερμάτισε αήττητη και στην πρώτη θέση με πέντε νίκες και μία ισοπαλία. Στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε την Ουρακάν με ισοπαλία 0-0 και νίκη 4-2, στα προημιτελικά μία ακόμα αργεντίνικη ομάδα την Ροζάριο Σεντράλ παρά την ήττα στο πρώτο παιχνίδι με 1-0 αφού στην ρεβάνς στο Μεντεγίν πήρε την νίκη και την πρόκριση με 3-1.
Στα ημιτελικά με δύο νίκες 2-0 και 2-1 πέρασε το εμπόδιο της Σάο Πάολο και στον τελικό βρήκε απέναντι της την "σταχτοπούτα" Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάγιε απο το Εκουαδόρ, με τον πρώτο τελικό στο Κίτο να λήγει ισόπαλος με 1-1, και στην ρεβάνς ο Μιγκέλ Μπόρχα με το γκολ του μόλις στο 8ο λεπτό έδωσε στους "βερντολάγας" το δεύτερο τρόπαιο στην ιστορία τους.
Φράνκο Αρμάνι(Αργεντινή), Ντάνιελ Μποκανέγκρα, Ντιέγκο Αρίας, Ορλάντο Μπέριο, Μάρλος Μορένο, Μιγκέλ Μπόρχα, Κριστιαν Μπονίγια, Αντρες Ιμπαργκουέν, Αλεχάντρο Γκουέρα(Βενεζουέλα), Αλεχάντρο Ρεσκαλντάνι(Αργεντινή), Αλεξάντερ Μεχία, Φρανσίσκο Ναχέρα, Φαρίντ Ντίαζ, Αλέξις Ενρικες, Τζόναθαν Κοπέτε, Βίκτορ Ιμπάρμπο μέχρι και τα μέσα Ιουλίου ήταν στην διάθεση του Εκουαδοριανού τεχνικού.
Στην συνέχεια κατέκτησε και το Κύπελλο Κολομβίας επικρατώντας στους διπλούς τελικούς της Ατλέτικο Ζούνιορ με 2-1 και 1-0, ενώ και στο Copa Sudamericana έφτασε μέχρι τους διπλούς τελικούς όπου θα αντιμετώπιζε την Σαπεκοένσε, αποκλείοντας κατά σειρά τις Ντεπορτίβο Μιουνισιπάλ(Περού), Μπολιβάρ(Βολιβία), Σολ Ντε Αμέρικα(Παραγουάη), Κοριτίμπα(Βραζιλία) και Σέρο Πορτένιο(Παραγουάη) στον ημιτελικό.
Όμως η αεροπορική τραγωδία που ξεκλήρισε την βραζιλιάνικη ομάδα όπως ήταν φυσικό ανέβαλλε την διεξαγωγή των τελικών, με τους "πράσινους" σε μια κορυφαία στιγμή fair play να ζητάνε απο την CONMEBOL να απονείμει τιμής ένεκεν το τρόπαιο στους αντίπαλους τους κάτι που τελικά πραγματοποιήθηκε.
Μάλιστα την ημέρα που ήταν προγραμματισμένος να διεξαχθεί ο πρώτος τελικός στο "Εστάντιο Ατανάσιο Χιράρδο" συγκεντρώθηκαν 100.000 θεατές όπου και απέτισαν τον δικό τους φόρο τιμής στα μέλη της βραζιλιάνικης ομάδας που χάθηκαν τόσο άδοξα.
Στο Πρωτάθλημα στο Apertura αποκλείστηκε στην ημιτελική φάση απο την Ζούνιορ, ενώ στο Finalizacion αποκλείστηκε στην ημιτελική φάση απο την Ιντεπεντιέντε Σαντα Φε, παίζοντας πάντως με αρκετές απουσίες αφού προετοιμαζόταν για το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στα γήπεδα της Ιαπωνίας.
Στο "Σουίτα Σίτι Στέντιουμ" της Οζάκα οι "σιέμπρε βέρντε" απέναντι στην Κασίμα Άντλερς δεν τα κατάφεραν στον ημιτελικό γνωρίζοντας την ήττα με 3-0, χάνοντας την ευκαιρία να παίξουν για δεύτερη φορά στον τελικό του Παγκοσμίου Κυπέλλου Συλλόγων. Εν τέλει κατέλαβε την τρίτη νικώντας στα πέναλντι την Κλάμπ Αμέρικα με 4-3, και ενώ η κανονική διάρκεια είχε ολοκληρωθεί ισόπαλη με 2-2.
Τον Απρίλιο και τον Μάιο του 2017 ξαναβρέθηκε αντιμέτωπη με την Σαπεκοένσε για τους διπλούς τελικούς του Recopa Sudamericana όπου στο πρώτο παιχνίδι σε έντονο συγκινησιακό κλίμα ηττήθηκε με 2-1. Στην ρεβάνς στο Μεδεγίν με τον Ντάιρο Μορένο και τον Άντρες Ιμπαργκουέν να πετυχαίνουν απο δύο τέρματα οι "βερντολάγκος"έφτασαν στην νίκη με 4-1 και στην κατάκτηση του τροπαίου.
Στο Copa Libertadores τερμάτισε τελευταία στον όμιλό της μένοντας εκτός και Copa Sudamericana. Τον Ιούνιο του 2017 ο Ρουέδα αποχώρησε και στην θέση του ανέλαβε ο Ισπανός Χουάν Μανουέλ Λίγιο.
Στο Πρωτάθλημα στο Apertura κατέλαβε την 1η θέση στην κανονική περίοδο, στα προημιτελικά απέκλεισε τους Τζαγκουάρες, στα ημιτελικά την Μιγιονάριος και στους τελικούς αντιμετώπισε την Ντεπορτίβο Κάλι.
Στο πρώτο παιχνίδι η Ντεπορτίβο επικράτησε με 2-0, αλλά στον επαναληπτικό η Ατλέτικο την "διέλυσε" με 5-1 και παράλληλα κατέκτησε τον τίτλο με μεγάλο πρωταγωνιστή τον πρώτο σκόρερ Ντάιρο Μορένο και ακόμα τους Μακνέλυ Τόρες, Ματέους Ουρίμπε και Ροδίν Κινόνες.
Στο Clausura στην κανονική περίοδο ήταν 3η, αλλά στα προημιτελικά αποκλείστηκε απο την Ντεπόρτες Τολίμα στα πέναλντι, ενώ στο Κύπελλο αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Πατριότας.
Τον Δεκέμβριο του 2017 αποχώρησε ο Λίγιο και ανέλαβε ο Αργεντίνος Σέρχιο Αλμιρόν με τον οποίον στο Apertura στην κανονική περίοδο ήταν πρώτη, έφτασε μέχρι τον τελικό αλλά και πάλι η Ντεπόρτες Τολίμα στα πέναλντι της πήρε τον τίτλο. Αντίθετα στο Fimalizacion ήταν απογοητευτική η παρουσία της μένοντας εκτός πλει-οφ όντας 9η.
Στο Libertadores τερμάτισε πρώτη στον όμιλο της, αλλά στους "16" η Ατλέτικο Τουκουμάν την απέκλεισε αφού ηττήθηκε στο πρώτο παιχνίδι στην Αργεντινή με 2-0 και στην ρεβάνς δεν μπόρεσε να το αντιστρέψει παίρνοντας απλώς την νίκη με 1-0 ένα αποτέλεσμα που προκάλεσε την απόλυση του Αλμιρόν,
Στην θέση του ανέλαβε ο Ερνάν Ερέρα, οδηγώντας την στην κατάκτηση του Κυπέλλου, αποκλείοντας Πατριότας, Τζούνιορ, Λεόνες και στον τελικό κόντρα στην Όνσε Κάλντας με ισοπαλία 2-2 και νίκη 2-1 έφτασε στο 4ο Κύπελλο της ιστορίας της.
Τον Νοέμβριο του 2018 ανέλαβε ο Βραζιλιάνος Πάουλο Αουτουόρι, ξεκινώντας την θητεία του στο Apertura του 2019 καταλαμβάνοντας την 5η θέση πήρε το εισιτήριο στα ημιτελικά όπου όμως έμεινε τελευταία στον όμιλό της.
Στο Copa Libertadores αναγκάστηκε να ξεκινήσει απο την δεύτερη προκριματική φάση όπου απέκλεισε την Ντεπορτίβο Λα Γκουάιρα αλλά στην αμέσως επόμενη φάση η Λιμπερτάδ την άφησε εκτός "νυμφώνος" στην διαδικασία των πέναλντι.
Άν και "έπεσε" στο Copa Sudamericana ούτε και εκεί μπόρεσε να μακροημερεύσει, αφού η Φλουμινένσε την απέκλεισε. Η ήττα του πρώτου αγώνα με 4-1 αποτέλεσε και το κύκνειο άσμα του Αουτουόρι ο οποίος παραιτήθηκε
Για την ρεβάνς ανέλαβε ως προσωρινός ο Αλεχάντρο Ρεστρέπο, για να αναλάβει στην συνέχεια για δεύτερη φορά ο Χουάν Κάρλος Οσόριο. Στο Finalizacion τερμάτισε πρώτη μεν σε ισοβαθμία δε αλλά και πάλι στην ημιτελική φάση απέτυχε να προκριθεί στον τελικό.
Το 1977 τερμάτισε στην 4η θέση, το 1978 την 3η θέση, το 1979 την 2η θέση πίσω απο την Αμέρικα Κάλι, το 1980 4η και το 1982 στην 6η θέση. Τα επόμενα χρόνια την τεχνική ηγεσία ανέλαβαν σημαντικές προσωπικότητες όπως οι Ουρουγουανοί Λουίς Κουμπίγια, Άνιμπαλ Παζ, Χουάν Μουχίκα, ο Χιλμπέρτο Οσόριο
Το 1983 ήρθε 3η, το 1984 7η, το 1985 6η, το 1986 επίσης στην 6η θέση, το 1987 4η, το 1988 2η πισω απο την Μιγιονάριος. Τον Ιούλιο του 1987 οι ιθύνοντες του συλλόγου αποφασίζουν να δώσουν το χρίσμα στον Φρανσίσκο Ματουράνα.
Μια κίνηση που θα αποβεί σημαντική το 1989, μια σημαντική χρονιά και για την Ατλέτικο αλλά και για το κολομβιανό ποδόσφαιρο αφού έγινε η πρώτη ομάδα απο την χώρα που κατέκτησε το Copa Libertadores. Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Μιγιονάριος και μπροστά απο τις Ντεπορτίβο Κίτο και Έμελεκ.
Στην φάση των "16" απέκλεισε την Ρασίγκ Κλάμπ, στους "8" την Μιγιονάριος, στα ημιτελικά την Ντανούμπιο και στους διπλούς τελικούς θα έβρισκε απέναντι της την Ολίμπια Ασουνσιόν. Στον πρώτο τελικό στην πρωτεύουσα της Παραγουάης γνώρισε την ήττα με 2-0, στο Μεντεγίν ισοφάρισε το σκόρ του αγώνα επικρατώντας με 2-0 και στην διαδικασία των πέναλντι με 5-4 έγραψε ιστορία κατακτώντας το τρόπαιο.
Ρενέ Χιγκίτα, Άντρες Εσκομπάρ, Γκαμπριέλ Χάιμε Γκόμεζ, Λουίς Φερνάντο Ερέρα, Λεονέλ Άλβαρεζ, Λουίς Περέα, Αλμπέιρο Ουσουριάγκα, Τζον Χάιρο Τρέλλεζ, Αλέξις Γκαρσία αποτελούσαν την βάση της ομάδας που αγωνίστηκε και στον τελικό του Διηπειρωτικού Κυπέλλου στο Τόκιο γνωρίζοντας την ήττα απο την Μίλαν με 1-0, με τους "ροσονέρι" να πετυχαίνουν το νικητήριο γκολ με τον Εβάνι στο 119'.
Το 1990 οι "βερντολάγκος" έχασαν στους τελικούς του Copa Interamericana και του Recopa Sudamericana απο Μπόκα Τζούνιορς και την μεξικάνικη Αμέρικα, Στο Πρωτάθλημα το 1989 ήρθε 3η, το 1990 2η πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι, αλλά ένα χρόνο αργότερα το 1991 επανήρθαν στην κορυφή της Κολομβίας ύστερα απο δέκα χρόνια με νέα πρόσωπα τους Φαουστίνο Ασπρίγια, Μαουρίτσιο Σέρνα, Χουάν Πάμπλο Άνχελ και Βίκτορ Αριστισάμπαλ
Ακολούθησαν δύο Πρωταθλήματα στην δεκαετία του '90 το 1994 και το 1999, ενώ το 1992 ήρθε 2η πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι, το 1993 3η, το 1995 3η, το 1996 3η, το 1997 2η πάλι πίσω απο την Αμέρικα Ντε Κάλι και το 1998 δεν μπόρεσε να περάσει στον τελικό.
Σε διεθνές επίπεδο το 1995 κατέκτησε το Copa Interamericana κόντρα στην Σαπρίσα απο την Κόστα Ρίκα, το Copa Merconorte τo 1998 κόντρα στην Ντεπορτίβο Κάλι, και το 2001 απέναντι στην Μιγιονάριος, ενώ την φανέλα της φόρεσε απο το 1996 έως το 1998 και ο Ιβάν Κόρντομπα.
Το 2000 ήρθε 7η, το 2001 9η, το 2002 στο Apertura έχασε στον τελικό απο την Αμέρικα Ντε Κάλι ενώ στο Finalizacion δεν μπόρεσε να περάσει στον τελικό, το 2003 στο Apertura 14η, στο Finalizacion δεν μπόρεσε να περάσει στον τελικό, το 2004 έφτασε στον τελικό του Apertura όπου και ηττήθηκε απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν όπως και στον τελικό του Finalizacion όπου και πάλι ηττήθηκε απο την Τζούνιορ.
Το 2002 με προπονητή την παλιά δόξα της ομάδας Αλέξις Γκαρσία, συμμετείχε στην πρώτη έκδοση του Copa Sudamericana όπου στην προκριματική φάση απέκλεισε την Αμέρικα, στα προημιτελικά απέκλεισε τους Σαντιάγκο Γουόντερερς, στα ημιτελικά την Νασιονάλ και στον τελικό αντιμετώπισε την Σαν Λορέντζο.
Στο πρώτο ματς στο Μεντεγίν γνώρισε βαριά ήττα με 4-0, οπότε το δεύτερο ματς ήταν διαδικαστικού χαρακτήρα με τους Αργεντίνους με το 0-0 να κατακτούν την διοργάνωση, ενώ το 2003 και πάλι στο Sudamericana έφτασε στην ημιτελική φάση όπου αποκλείστηκε απο την περουβιανή Σιενσιάνο.
Το 2005 ύστερα απο έξι χρόνια κατέκτησε το Apertura με προπονητή τον Σαντιάγκο Εσκομπάρ, και τους Ακιβάλντο Μοσκερα και Χουάν Ζούνιγκα βασικούς, στο Finalizacion ήρθε 11η, το 2006 στο Apertura δεν πέρασε στον τελικό όπως και στο Finalizacion.
Το 2007 με προπονητή τον Αργεντίνο Όσκαρ Έκτορ Κινταμπάνι κατέκτησε το Apertura κόντρα στην Ατλέτικο Χουίλα και το Finalizacion κόντρα στην Εκουιδάδ. To 2008 14η και στο Finalizacion δεν πέρασε στον τελικό, το 2009 17η και στο Finalizacion αποκλείστηκε στην δέυτερη φάση, το 2010 8η και αποκλεισμός στην δεύτερη φάση.
Το 2011 κατέκτησε το Apertura με τον Σαντιάγκο Εσκομπάρ ξανά στον πάγκο νικώντας στον τελικό την Εκουιδάδ και στο Finalizacion ήρθε 11η. To 2012 ήρθε 12η και αποκλείστηκε στην δεύτερη φάση.
Υπό την καθοδήγηση του Χουάν Κάρλος Οσόριο, το 2013 πήρε και τα δύο τουρνουά το Apertura κόντρα στην Ιντεπεντιέντε Σάντα Φε όσο και το Finalizacion κόντρα στην Ντεπορτίβο Κάλι, και το Apetura του 2014 κόντρα στην Τζούνιορ. Ενδιάμεσα κατέκτησε και δύο Κύπελλα το 2010 και το 2012, ενώ το 2014 έφτασε στον τελικό του Copa Sudamericana.
Στην πρώτη φάση απέκλεισε την Ντεπορτίβο Λα Γκουάιρα απο την Βενεζουέλα, στην δεύτερη την Χενεράλ Ντίαζ απο την Παραγουάη, στους "16" την βραζιλιάνικη Βιτόρια, στους "8" την Ουνιβερσιδάδ Σέζαρ Βαγιέχο απο το Περού και στα ημιτελικά την Σάο Πάολο.
Στους τελικούς αναμετρήθηκε με την Ρίβερ Πλέιτ με το πρώτο ματς να έρχεται ισόπαλο 1-1, με τον Ορλάντο Μπέριο να ανοίγει το σκορ και τον Λεονάρντο Πισκουλίτσι να ισοφαρίζει, αλλά στην ρεβάνς οι Αργεντίνοι πήραν την νίκη με 2-0 και το τρόπαιο.
Στο Finalizacion του 2014 αποκλείστηκε στην δεύτερη φάση, στο Apertura του 2015 αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Ντεπορτίβο Κάλι, αλλά κατέκτησε το Torneo Finalizacion, με τον Ρεινάλντο Ρουέδα στον πάγκο και τους Ντανιέλ Μποκανέγκρα, Τζέφερσον Ντούκε, Αλεχάντρο Γκουέρα(Βενεζουέλα) στο ρόστερ.
Τον Ιανουάριο του 2016 η Ατλέτικο με δύο νίκες 2-0 και 3-0 κατέκτησε το Σούπερ Καπ της χώρας, κόντρα στην Ντεπορτίβο Κάλι, ενώ λίγους μήνες αργότερα έφτασε στην κατάκτηση του δεύτερου Copa Libertadores ύστερα απο το 1989.
Στην φάση των ομίλων η Ατλέτικο κόντρα σε Ουρακάν, Πενιαρόλ και Σπόρτιγκ Κριστάλ τερμάτισε αήττητη και στην πρώτη θέση με πέντε νίκες και μία ισοπαλία. Στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε την Ουρακάν με ισοπαλία 0-0 και νίκη 4-2, στα προημιτελικά μία ακόμα αργεντίνικη ομάδα την Ροζάριο Σεντράλ παρά την ήττα στο πρώτο παιχνίδι με 1-0 αφού στην ρεβάνς στο Μεντεγίν πήρε την νίκη και την πρόκριση με 3-1.
Στα ημιτελικά με δύο νίκες 2-0 και 2-1 πέρασε το εμπόδιο της Σάο Πάολο και στον τελικό βρήκε απέναντι της την "σταχτοπούτα" Ιντεπεντιέντε Ντελ Βάγιε απο το Εκουαδόρ, με τον πρώτο τελικό στο Κίτο να λήγει ισόπαλος με 1-1, και στην ρεβάνς ο Μιγκέλ Μπόρχα με το γκολ του μόλις στο 8ο λεπτό έδωσε στους "βερντολάγας" το δεύτερο τρόπαιο στην ιστορία τους.
Φράνκο Αρμάνι(Αργεντινή), Ντάνιελ Μποκανέγκρα, Ντιέγκο Αρίας, Ορλάντο Μπέριο, Μάρλος Μορένο, Μιγκέλ Μπόρχα, Κριστιαν Μπονίγια, Αντρες Ιμπαργκουέν, Αλεχάντρο Γκουέρα(Βενεζουέλα), Αλεχάντρο Ρεσκαλντάνι(Αργεντινή), Αλεξάντερ Μεχία, Φρανσίσκο Ναχέρα, Φαρίντ Ντίαζ, Αλέξις Ενρικες, Τζόναθαν Κοπέτε, Βίκτορ Ιμπάρμπο μέχρι και τα μέσα Ιουλίου ήταν στην διάθεση του Εκουαδοριανού τεχνικού.
Στην συνέχεια κατέκτησε και το Κύπελλο Κολομβίας επικρατώντας στους διπλούς τελικούς της Ατλέτικο Ζούνιορ με 2-1 και 1-0, ενώ και στο Copa Sudamericana έφτασε μέχρι τους διπλούς τελικούς όπου θα αντιμετώπιζε την Σαπεκοένσε, αποκλείοντας κατά σειρά τις Ντεπορτίβο Μιουνισιπάλ(Περού), Μπολιβάρ(Βολιβία), Σολ Ντε Αμέρικα(Παραγουάη), Κοριτίμπα(Βραζιλία) και Σέρο Πορτένιο(Παραγουάη) στον ημιτελικό.
Όμως η αεροπορική τραγωδία που ξεκλήρισε την βραζιλιάνικη ομάδα όπως ήταν φυσικό ανέβαλλε την διεξαγωγή των τελικών, με τους "πράσινους" σε μια κορυφαία στιγμή fair play να ζητάνε απο την CONMEBOL να απονείμει τιμής ένεκεν το τρόπαιο στους αντίπαλους τους κάτι που τελικά πραγματοποιήθηκε.
Μάλιστα την ημέρα που ήταν προγραμματισμένος να διεξαχθεί ο πρώτος τελικός στο "Εστάντιο Ατανάσιο Χιράρδο" συγκεντρώθηκαν 100.000 θεατές όπου και απέτισαν τον δικό τους φόρο τιμής στα μέλη της βραζιλιάνικης ομάδας που χάθηκαν τόσο άδοξα.
Στο Πρωτάθλημα στο Apertura αποκλείστηκε στην ημιτελική φάση απο την Ζούνιορ, ενώ στο Finalizacion αποκλείστηκε στην ημιτελική φάση απο την Ιντεπεντιέντε Σαντα Φε, παίζοντας πάντως με αρκετές απουσίες αφού προετοιμαζόταν για το Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στα γήπεδα της Ιαπωνίας.
Στο "Σουίτα Σίτι Στέντιουμ" της Οζάκα οι "σιέμπρε βέρντε" απέναντι στην Κασίμα Άντλερς δεν τα κατάφεραν στον ημιτελικό γνωρίζοντας την ήττα με 3-0, χάνοντας την ευκαιρία να παίξουν για δεύτερη φορά στον τελικό του Παγκοσμίου Κυπέλλου Συλλόγων. Εν τέλει κατέλαβε την τρίτη νικώντας στα πέναλντι την Κλάμπ Αμέρικα με 4-3, και ενώ η κανονική διάρκεια είχε ολοκληρωθεί ισόπαλη με 2-2.
Τον Απρίλιο και τον Μάιο του 2017 ξαναβρέθηκε αντιμέτωπη με την Σαπεκοένσε για τους διπλούς τελικούς του Recopa Sudamericana όπου στο πρώτο παιχνίδι σε έντονο συγκινησιακό κλίμα ηττήθηκε με 2-1. Στην ρεβάνς στο Μεδεγίν με τον Ντάιρο Μορένο και τον Άντρες Ιμπαργκουέν να πετυχαίνουν απο δύο τέρματα οι "βερντολάγκος"έφτασαν στην νίκη με 4-1 και στην κατάκτηση του τροπαίου.
Στο Copa Libertadores τερμάτισε τελευταία στον όμιλό της μένοντας εκτός και Copa Sudamericana. Τον Ιούνιο του 2017 ο Ρουέδα αποχώρησε και στην θέση του ανέλαβε ο Ισπανός Χουάν Μανουέλ Λίγιο.
Στο Πρωτάθλημα στο Apertura κατέλαβε την 1η θέση στην κανονική περίοδο, στα προημιτελικά απέκλεισε τους Τζαγκουάρες, στα ημιτελικά την Μιγιονάριος και στους τελικούς αντιμετώπισε την Ντεπορτίβο Κάλι.
Στο πρώτο παιχνίδι η Ντεπορτίβο επικράτησε με 2-0, αλλά στον επαναληπτικό η Ατλέτικο την "διέλυσε" με 5-1 και παράλληλα κατέκτησε τον τίτλο με μεγάλο πρωταγωνιστή τον πρώτο σκόρερ Ντάιρο Μορένο και ακόμα τους Μακνέλυ Τόρες, Ματέους Ουρίμπε και Ροδίν Κινόνες.
Στο Clausura στην κανονική περίοδο ήταν 3η, αλλά στα προημιτελικά αποκλείστηκε απο την Ντεπόρτες Τολίμα στα πέναλντι, ενώ στο Κύπελλο αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Πατριότας.
Τον Δεκέμβριο του 2017 αποχώρησε ο Λίγιο και ανέλαβε ο Αργεντίνος Σέρχιο Αλμιρόν με τον οποίον στο Apertura στην κανονική περίοδο ήταν πρώτη, έφτασε μέχρι τον τελικό αλλά και πάλι η Ντεπόρτες Τολίμα στα πέναλντι της πήρε τον τίτλο. Αντίθετα στο Fimalizacion ήταν απογοητευτική η παρουσία της μένοντας εκτός πλει-οφ όντας 9η.
Στο Libertadores τερμάτισε πρώτη στον όμιλο της, αλλά στους "16" η Ατλέτικο Τουκουμάν την απέκλεισε αφού ηττήθηκε στο πρώτο παιχνίδι στην Αργεντινή με 2-0 και στην ρεβάνς δεν μπόρεσε να το αντιστρέψει παίρνοντας απλώς την νίκη με 1-0 ένα αποτέλεσμα που προκάλεσε την απόλυση του Αλμιρόν,
Στην θέση του ανέλαβε ο Ερνάν Ερέρα, οδηγώντας την στην κατάκτηση του Κυπέλλου, αποκλείοντας Πατριότας, Τζούνιορ, Λεόνες και στον τελικό κόντρα στην Όνσε Κάλντας με ισοπαλία 2-2 και νίκη 2-1 έφτασε στο 4ο Κύπελλο της ιστορίας της.
Τον Νοέμβριο του 2018 ανέλαβε ο Βραζιλιάνος Πάουλο Αουτουόρι, ξεκινώντας την θητεία του στο Apertura του 2019 καταλαμβάνοντας την 5η θέση πήρε το εισιτήριο στα ημιτελικά όπου όμως έμεινε τελευταία στον όμιλό της.
Στο Copa Libertadores αναγκάστηκε να ξεκινήσει απο την δεύτερη προκριματική φάση όπου απέκλεισε την Ντεπορτίβο Λα Γκουάιρα αλλά στην αμέσως επόμενη φάση η Λιμπερτάδ την άφησε εκτός "νυμφώνος" στην διαδικασία των πέναλντι.
Άν και "έπεσε" στο Copa Sudamericana ούτε και εκεί μπόρεσε να μακροημερεύσει, αφού η Φλουμινένσε την απέκλεισε. Η ήττα του πρώτου αγώνα με 4-1 αποτέλεσε και το κύκνειο άσμα του Αουτουόρι ο οποίος παραιτήθηκε
Για την ρεβάνς ανέλαβε ως προσωρινός ο Αλεχάντρο Ρεστρέπο, για να αναλάβει στην συνέχεια για δεύτερη φορά ο Χουάν Κάρλος Οσόριο. Στο Finalizacion τερμάτισε πρώτη μεν σε ισοβαθμία δε αλλά και πάλι στην ημιτελική φάση απέτυχε να προκριθεί στον τελικό.
Τον Ιανουάριο του 2020 ξεκίνησε το Πρωτάθλημα το οποίο όμως λόγω κορονοϊού απο τον Μάρτιο έως τον Σεπτέμβριο είχε διακοπεί. Στην πρώτη φάση κατέκτησε την τρίτη θέση και στα νοκ-άουτ αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Αμέρικα Κάλι, στο δε Κύπελλο αποκλείστηκε στα προημιτελικά απο την Ντεπόρτες Τολίμα.
Στο Sudamericana στον πρώτο προκριματικό γύρο απέκλεισε την Ουρακάν, αλλά στον δεύτερο αποκλείστηκε απο την Ρίβερ Πλέιτ Μοντεβιδέο. Μετά τον αποκλεισμό έκλεισε η δεύτερη παρουσία του Οσόριο στην Ατλέτικο, και ανέλαβε ως προσωρινός ο Ρεστρέπο.
Τον Ιανουάριο ανέλαβε ο Κοσταρικανός Αλεχάντρε Γκιμαράες και παρότι το ξεκίνημα έδειχνε ελπιδοφόρο με την κατάκτηση της πρώτης θέσης στην πρώτη φάση, εντούτοις αποκλείστηκε και πάλι στα πλει-οφ στα προημιτελικά απο την Λα Εκιδάδ.
Στο Libertadores αφού απέκλεισε στους προκριματικούς γύρους δύο ομάδες απο την Παραγουάη, την Γκουαρανί και την Λιμπερτάδ αντίστοιχα , στους ομίλους τερμάτισε τελευταία στον όμιλό της. Αυτά τα αποτελέσματα οδήγησαν Γκιμαράες και Ατλέτικο να λύσουν απο κοινού την συνεργασία τους και τον Ρεστρέπο να επιστρέφει.
Στο Finalizacion πάλι πρώτη θέση στην πρώτη φάση αλλά στην φάση των ομίλων δεν μπόρεσε να άρει την πρώτη θέση του ομίλου της. Στο Κύπελλο απέκλεισε Πατριότας, Σαντα Φε, Ντεπορτίβο Κάλι και στον τελικό αντιμετώπισε την Ντεπορτίβο Περέιρα.
Στον πρώτο αγώνα επικράτησε με 5-0, κάνοντας την ρεβάνς διαδικαστικού χαρακτήρα με την Ντεπορτίβο να παίρνει νίκη γοήτρου με 1-0, με τους "βερντολάγκας" να κατακτούν το 5ο τρόπαιο στην ιστορία τους.
Αλνταίρ Κιντάνα, Τζόναθαν Μαρουλάντα, Φελίπε Αγκιλάρ, Εμανουέλ Ολιβέρα(Αργεντινή), Ντανόβις Μπανγκέρο, Μπαλντομέρο Περλάσα, Μπράιαν Ροβίρα, Ντορλάν Παμπόν, Άντρες Αντράντε, Χαρλάν Μπαρέρα, Τζέφερσον Ντούκε, Γέρσον Καντέλο, Σεμπαστιάν Γκόμεζ, Γιέισον Γκουζμάν, Χουαν Νταβίντ Καμπάλ, Νέλσον Παλάς, Άλεξ Κάστρο και Γιόναταν Άλβες(Ουρουγουάη) συμμετείχαν στους διπλούς τελικούς
Η νέα χρονιά για τις διασυλλογικές διοργανώσεις και πιο συγκεκριμένα στο Libertadores ξεκίνησε απο τους προκριματικούς γύρους όπου στον δεύτερο γύρο αποκλείστηκε απο την Ολίμπια Ασουνσιόν, με τον Ρεστρέπο να έρχεται σε συμφωνία με την διοίκηση για να λυθεί η συνεργασία τους και να αναλαμβάνει ο Ερνάν Ντάριο Ερέρα.
Έφτασε στους τελικούς στην πρώτη φάση όπου κόντρα στην Ντεπόρτες Τολίμα μοιράστηκαν τις νίκες και χάρις στην διαφορά τερμάτων κατέκτησε τον τίτλο, στο δε Κύπελλο έφτασε στα προημιτελικά όπου αποκλείστηκε απο την Τζούνιορ.
Αρχές Σεπτεμβρίου ο Ερέρα αποφασίστηκε να φύγει απο την αντρική ομάδα και να αναλάβει τα τμήματα υποδομής και στην θέση του προσωρινά ήρθε ο Πέδρο Σαρμιέντο, αφού στις αρχές Οκτωβρίου ανακοινώθηκε η πρόσληψη του Πάουλο Αουτουόρι.
Στο Finalizacion έμεινε εκτός της οκτάδας για την τελική φάση για μόλις ένα βαθμό και χάρις στην ειδική βαθμολογία όπου συγκέντρωσε 81 βαθμούς και την δεύτερη θέση έναντι 82 της Ντεπόρτες Τολίμα, εξασφάλισε θέση στους ομίλους του νέου Copa Libertadores.
Η νέα χρονιά ξεκίνησε με το Apertura όπου έφτασε μέχρι τους τελικους απέναντι στην Μιγιονάριος με τους δύο αγώνες να ολοκληρώνονται χωρίς νικητή. Έτσι τα πάντα κρίθηκαν στην διαδικασία των πέναλντι όπου με 3-2 η Μιγιονάριος κατέκτησε τον τίτλο.
Με την ολοκλήρωση της πρώτης φάσης ο Αουτουόρι υπέβαλε την παραίτηση του στις 6 Ιουλίου μιας και σύμφωνα με τα ρεπορτάζ είχε κακές σχέσεις με πολλούς παίκτες, Σε 36 παιχνίδια είχε 17 νίκες, 13 ισοπαλίες και 6 ήττες, και αντικαταστάτης του ορίστηκε ο Βραζιλιάνος Γουίλιαμ Αμαράλ.
Ο Αμαράλ δεν έμεινε πολύ στον πάγκο της ομάδας και παρότι δεν τα πήγαινε άσχημα, σε 22 παιχνίδια είχε 13 νίκες, 3 ισοπαλίες και 6 ήττες και μέσα στους εγχώριους στόχους, στις 9 Οκτωβρίου εντελώς ξαφνικά τo κλαμπ προχώρησε στην απόλυση του. Στην θέση του ανέλαβε ο Ζον Ζάιρο Μποντμέρ μέχρι πρότινος προπονητής στην U-20 των "πρασίνων".
Στην ημιτελική φάση του Finalizacion δεν μπόρεσε να πάρει το εισιτήριο για τους τελικούς μένοντας στην τρίτη θέση στον ομιλό της πίσω απο Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν και Μιγιονάριος, ενώ με την τρίτη θέση στην γενική βαθμολογία έχει εισιτήριο για τον δεύτερο προκριματικό γύρο του Libertadores.
Στο Κύπελλο απέκλεισε τις Αμέρικα Ντε Κάλι, Αγκίλας Ντοράδας, Ντεπορτίβο Περέιρα στα ημιτελικά και στους τελικούς θα αντιμετώπιζε την Μιγιονάριος. Τα δύο παιχνίδια έληξαν 1-1 και στην διαιδκασί των πέναλντι με 5-4 η Ατλέτικο κατέκτησε το 6ο Κύπελλο της ιστορίας της.
Στο μετεγγραφικό παζάρι απέκτησε τον 32χρονο Ουρουγουανό Πάμπλο Τσεπελίνι, τον 27χρονο τερματοφύλακα Παραγουανό Σαντιάγκο Ρόχας, τον 22χρονο Ουρουγουανό μέσο Αγκουστίν Αλβάρες, τον Μπερνάρντο Εσπινόσα κεντρικό αμυντικό απο την Τζιρόνα, τον μέσο Κάρλος Σιέρα και τον μέσο Ντανιέλ Μαντίγια.
Τα πράγματα δεν εξελίχθηκαν καλά για την Ατλέτικο στο Libertadores αφού γνώρισε δύο ήττες απο την παραγουανική Νασιονάλ με 1-0 και 3-0 μένοντας εκτός των διασυλλογικών διοργανώσεων. Μετά απο τον αποκλεισμό ο Μποντμέρ παραιτήθηκε καταγγέλλοντας απειλές για εκείνον και την οικογένειά του.
Στην θέση του ανέλαβε ο Ουρουγουανός Πάμπλο Ρεπέτο ο οποίος νωρίτερα είχε αποχωρήσει απο το Μεξικό και την Σάντος Λαγκούνα
