Σε μία εποχή που οι μπακ γενικότερα δεν είχαν μεγάλη επίδραση στο επιθετικό παιχνίδι της ομάδας τους, ο Nilton Reis dos Santos που αγωνιζόταν ως αριστερός μπακ ήταν από τους πρώτους που συνείσφεραν στην ανάπτυξη της ομάδας. "Ποτέ δεν ζήλεψα τα χρήματα που παίρνουν οι σημερινοί παίκτες πάρα μόνο την ελευθερία που τους δίνεται να βγαίνουν και μπροστά" έλεγε χαρακτηριστικά. Δεν είναι τυχαίο ότι το παρατσούκλι του ήταν "Εγκυκλοπαίδεια" εξαιτίας της γνώσεις που είχε για το το ποδόσφαιρο αποδεικνύοντας το πόσο ολοκληρωμένος ήταν.
Γεννήθηκε στις 16 Μαΐου του 1925 στο Ρίο Ντε Τζανέιρο στην περιοχή Ilha do Governador και όπως όλα τα παιδιά της ηλικίας του έπαιζε ποδόσφαιρο στην γειτονιά, ενώ παράλληλα βοηθούσε και τον πατέρα του στην δουλειά του.
Στα 14 του εντάχθηκε στην Flexeiras Atletico Clube, όμως αναγκάστηκε να σταματήσει γιατί η οικογένειά του αντιμετώπιζε οικονομικά προβλήματα και έτσι ξεκίνησε να δουλεύει ως σερβιτόρος. Κατά την διάρκεια της στρατιωτικής του θητείας ήταν ο μοναδικός στρατιώτης που έπαιζε ποδόσφαιρο μαζί με τους αξιωματικούς.
Μετά απο ένα παιχνίδι με την Σάο Κριστοβάο εντυπωσίασε τόσο πολύ τους ιθύνοντες της που του έκαναν πρόταση για να τον αποκτήσουν. Όμως ακούγοντας τον συνταγματάρχη Ονόριο Μαγκαλάες πήγε να προπονηθεί στην Μποταφογκο.
Στα πρώτα του δοκιμαστικά αγωνίστηκε ως κεντρικός επιθετικός, ωστόσο, ο τότε προπονητής της ομάδας, Ζεζέ Μορέιρα, διέκρινε την εξαιρετική του τεχνική κατάρτιση και την ευφυΐα του και τον μετακίνησε μόνιμα στο αριστερό άκρο της άμυνας.
Θα αγωνιστεί στους "γκλοριόσο" από το 1948 έως το 1964 κερδίζοντας τέσσερα Campeonato Carioca το 1948, το 1957, το 1961 και το 1962 και 2 Τουρνουά Ρίο-Σάο Πάολο το 1962 και το 1964. Μάλιστα με τις 723 συμμετοχές είναι δεύτερος σε συμμετοχές στην ιστορία του συλλόγου πίσω απο τον Γκαρίντσα έχοντας πετύχει και 11 τέρματα.
Όταν ο νεαρός τότε Γκαρίντσα πήγε για δοκιμή στην Μποταφόγκο το 1953, αντιμετώπισε στο οικογενειακό δίτερμα τον ήδη καταξιωμένο Νίλτον Σάντος και τον ταλαιπώρησε αφάνταστα με τις απρόβλεπτες ντρίμπλες του.
Αντί να εκνευριστεί, ο Νίλτον Σάντος πήγε αμέσως στη διοίκηση και είπε: «Υπογράψτε τον τώρα, προτιμώ να τον έχω συμπαίκτη παρά αντίπαλο». Έκτοτε έγιναν αχώριστοι φίλοι και οδήγησαν τον σύλλογο στην κορυφή.
Στην εθνική ομάδα της χώρας του έκανε ντεμπούτο στις 17 Απριλίου του 1949 στο Σάο Πάολο στο πλαίσιο του Πρωταθλήματος Νοτίου Αμερικής το οποίο μάλιστα το κατέκτησε η χώρα του. Άν και βρισκόταν στην αποστολή για το Παγκόσμιο Κύπελλο του 1950 δεν αγωνίστηκε ούτε ένα λεπτό ενώ το 1952 κατέκτησε την πρώτη θέση στους Παναμερικανικούς Αγώνες και συμμετείχε σε ένα ακόμα Πρωτάθλημα Νοτίου Αμερικής το 1953.
Στα γήπεδα της Ελβετίας το 1954 πήρε μέρος σε τρία παιχνίδια απέναντι στο Μεξικό, την Γιουγκοσλαβία και την Ουγγαρία, σε ένα ακόμα Πρωτάθλημα Νοτίου Αμερικής το 1957, και το 1958 στην Σουηδία θα αναδειχθεί Παγκόσμιος Πρωταθλητής αγωνιζόμενος σε όλα τα παιχνίδια. Μάλιστα απέναντι στους Αυστριακούς θα βρει τον δρόμο προς τα δίχτυα με ένα ιδιαίτερα εντυπωσιακό τρόπο με σουτ αφού πρώτα πέρασε όλη την αντίπαλη ομάδα.
Ακολούθησε ένα ακόμα Πρωτάθλημα Νοτίου Αμερικής το 1959 το τέταρτο κατά σειρά και το 1962 στην Χιλή θα βάλει τον επίλογο στην καριέρα του με την "σελεσάο" κατακτώντας το δεύτερο συνεχόμενο Παγκόσμιο Κύπελλο. Στον τελικό απέναντι στους Τσεχοσλοβάκους στις 17 Ιουνίου στο Σαντιάγκο θα έβαζε τους τίτλους τέλους φτάνοντας στις 75 συμμετοχές πετυχαίνοντας και τρία τέρματα.
Ασχολήθηκε με την προπονητική, ξεκίνησε με την Βιτόρια Μπαϊα το 1968, όπου ο ίδιος δήλωσε στην αυτοβιογραφία του ότι η εμπειρία του στην Μπαία ήταν αυτή που τον έκανε να καταλάβει ότι δεν είχε την «υπομονή» να διαχειρίζεται ποδοσφαιριστές από την άκρη του πάγκου.
Το 1969 ανέλαβε την Μποντσουτσέσο ως «κίνηση εντυπωσιασμού» της μικρής ομάδας του Ρίο λόγω του τεράστιου ονόματός του, αλλά αποχώρησε γρήγορα λόγω των πενιχρών οικονομικών του συλλόγου και της έλλειψης ανταγωνιστικού ρόστερ.
Το 1971 ανέλαβε την Γαλίσια όμως κράτησε για λίγες εβδομάδες, το 1980 την Σάο Πάολο ντε Ρίο Γκράντε, η οποία διήρκεσε ελάχιστα παιχνίδια κατά την προετοιμασία της ομάδας και το 1983 την Ταγουατίνγκα με σκοπό να βοηθήσει τον νεοσύστατο τότε σύλλογο (είχε ιδρυθεί το 1975) να αποκτήσει κύρος.
Μετά από αυτή τη θητεία, «ορκίστηκε» να μην ξανακαθίσει ποτέ σε πάγκο ομάδας, επιστρέφοντας στο Ρίο. Υπηρέτησε την αγαπημένη του Μποταφόγκο από διάφορα διοικητικά πόστα, εργάστηκε ως διευθυντής ποδοσφαίρου, ενώ αφιέρωσε πολλά χρόνια στην ανάπτυξη των τμημάτων υποδομής του συλλόγου, ανακαλύπτοντας και καθοδηγώντας νέα ταλέντα.
Ίδρυσε και διηύθυνε ποδοσφαιρικά σχολεία για παιδιά από φτωχές γειτονιές (φαβέλες) του Ρίο ντε Τζανέιρο, χρησιμοποιώντας τον αθλητισμό ως μέσο κοινωνικής ένταξης. Ασχολήθηκε και με το επιχειρείν ανοίγοντας κατάστημα αθλητικών ειδών, ίδρυσε την εταιρεία αθλητικών ειδών "Nilton Santos Material Esportivo Ltda.".
Ωστόσο, η επιχείρηση απέτυχε οικονομικά, είχε σχολιάσει με χιούμορ και αυτοκριτική διάθεση στην αυτοβιογραφία του πως το μαγαζί δεν πήγε καλά επειδή ο ίδιος «δεν ήξερε ούτε να πουλάει, ούτε να ζητάει χρήματα (να εισπράττει) από κανέναν»
Το 1998 θα βρεθεί στην κορυφαία εντεκάδα όλων των εποχών τόσο σε ψηφοφορία της FIFA όσο και σε αυτής της Λατινικής Αμερικής. Την ίδια χρονιά θα εκδοθεί απο τον εκδοτικό oίκο Gryphus, η αυτοβιογραφία του "Minha Bola, Minha Vida(σ.σ. Η μπάλα, η ζωή μου"), στην οποία κατέγραψε τη χρυσή εποχή του βραζιλιάνικου ποδοσφαίρου και τις αναμνήσεις του δίπλα στον Γκαρίντσα και τον Πελέ.
Ασχολήθηκε και ως αρθρογράφος στην εφημερίδα Correio Braziliense, ενώ το 2000 η τοπική κυβέρνηση της πολιτείας Τοκαντίνς έδωσε το όνομά του στο γήπεδο στην πόλη Πάλμας. Τα τελευταία χρόνια υπέφερε απο την νόσο του Αλτσχάιμερ και η Μποταφόγκο, δείχνοντας έμπρακτα την ευγνωμοσύνη της, ανέλαβε εξ ολοκλήρου τα έξοδα της νοσηλείας και της φροντίδας του σε εξειδικευμένη κλινική του Ρίο.
Στις 27 Νοεμβρίου του 2013 θα άφηνε την τελευταία του πνοή σε ηλικία 88 ετών, λόγω αναπνευστικής ανεπάρκειας που προκλήθηκε από σοβαρή μόλυνση των πνευμόνων, πνευμονία, σε συνδυασμό με την προχωρημένη νόσο Αλτσχάιμερ από την οποία έπασχε.
Στην κηδεία παρευρέθηκαν μεγάλα ονόματα του βραζιλιάνικου ποδοσφαίρου, παλαιοί συμπαίκτες του και εκπρόσωποι της Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας της Βραζιλίας, ενώ συγκινητικά μηνύματα έστειλαν θρύλοι όπως ο Ρονάλντο, ο Ζίκο και ο Πελέ.
Η ταφή του πραγματοποιήθηκε στις 28 Νοεμβρίου 2013 στο διάσημο νεκροταφείο Cemitério de São João Batista στην περιοχή Μποταφόγκο του Ρίο ντε Τζανέιρο. Στα τέλη της δεκαετίας του 2000, μια ομάδα επιφανών και πιστών οπαδών της Μποταφόγκο, οι οποίοι θέλησαν να διατηρήσουν την ανωνυμία τους, ενοχλήθηκαν από τον τρόπο που τα ΜΜΕ υποβαθμίζαν την ιστορική προσφορά του συλλόγου.
Θέλοντας να απαντήσουν με κάτι μεγαλειώδες, αποφάσισαν να χρηματοδοτήσουν εξ ολοκλήρου τη δημιουργία ενός μνημείου για τον κορυφαίο αριστερό μπακ του 20ού αιώνα και το τμήμα μάρκετινγκ της ομάδας αγκάλιασε αμέσως την ιδέα το 2009.
Το έργο ανατέθηκε στον καταξιωμένο Βραζιλιάνο γλύπτη και φανατικό οπαδό της Μποταφόγκο, Έντγκαρ Ντουβιβιέ. Πριν χυθεί ο μπρούντζος, ο Ντουβιβιέ παρουσίασε το πήλινο προσχέδιο στον ίδιο τον Νίλτον Σάντος, ο οποίος τότε πάλευε ήδη με το Αλτσχάιμερ. Ο θρύλος του ποδοσφαίρου συγκινήθηκε βαθύτατα βλέποντας το έργο και έδωσε με χαρά την έγκρισή του.
Το άγαλμα που βρίσκεται μπροστά απο τις περιστροφικές πύλες του τομέα της δυτικής πτέρυγας του Ολυμπιακού Σταδίου Ζοάο Χαβελάνζε είναι κατασκευασμένο από μπρούντζο και έχει ύψος 2,5 μέτρα (φτάνει τα 5 μέτρα μαζί με το μαρμάρινο βάθρο του).
Αποτυπώνει τον Νίλτον Σάντος στην ακμή του, με την κλασική εμφάνιση της Μποταφόγκο της δεκαετίας του '50, να κρατά την μπάλα με το ένα χέρι και να κοιτάζει περήφανος προς τον ορίζοντα. Τα επίσημα εγκαίνια πραγματοποιήθηκαν στις 27 Σεπτεμβρίου 2009, ήταν μια άκρως συγκινητική γιορτή με την παρουσία παλαιών δόξων της ομάδας, καλλιτεχνών και χιλιάδων οπαδών.
Κατά τη διάρκεια της εκδήλωσης διαβάστηκε ένα ευχαριστήριο γράμμα εκ μέρους του Νίλτον Σάντος, ο οποίος ευχαρίστησε τους Botafoguenses που τον κράτησαν αθάνατο. Το 2012 ξέσπασε ένα μεγάλο σκάνδαλο διαφθοράς γύρω από το όνομα του Ζοάο Χαβελάνζε, με τη δημοσιοποίηση επίσημων εγγράφων που τον ενέπλεκαν σε δωροδοκίες εκατομμυρίων κατά τη θητεία του στη FIFA.
Το γεγονός αυτό προκάλεσε έντονη δυσαρέσκεια στους φιλάθλους της Μποταφόγκο, οι οποίοι δεν ήθελαν το γήπεδό τους να φέρει το όνομα ενός ανθρώπου που είχε συνδεθεί με τη διαφθορά, προτιμώντας να τιμήσουν έναν δικό τους, αγνό θρύλο.
Μετά τον θάνατο του Νίλτον Σάντος στα τέλη του 2013, η πίεση για αλλαγή ονόματος κορυφώθηκε. Στις αρχές του 2015, η διοίκηση της Μποταφόγκο κατέθεσε επίσημο αίτημα στον Δήμο του Ρίο ντε Τζανέιρο (ο οποίος είναι ο ιδιοκτήτης του σταδίου).
Ο Δήμαρχος έδωσε τότε μια ενδιάμεση έγκριση, επιτρέποντας στην Μποταφόγκο να χρησιμοποιεί εμπορικά το όνομα Estádio Nílton Santos για τους αγώνες της και τις προωθητικές ενέργειες. Ωστόσο, στα επίσημα κρατικά έγγραφα και για τις ανάγκες των Ολυμπιακών Αγώνων του Ρίο το 2016, όπου το στάδιο φιλοξένησε τον στίβο, το όνομα παρέμενε τυπικά "João Havelange".
Η πλήρης δικαίωση για τον σύλλογο και τους οπαδούς ήρθε τον Φεβρουάριο του 2017. Ο Δήμος του Ρίο ντε Τζανέιρο εξέδωσε επίσημο διάταγμα με το οποίο άλλαξε οριστικά και νομικά την ονοματοδοσία του κρατικού περιουσιακού στοιχείου σε "Estádio Olímpico Nílton Santos".
Το 2014, έναν χρόνο μετά τον θάνατό του, ο ίδιος εκδοτικός οίκος κυκλοφόρησε μια δεύτερη, ενημερωμένη έκδοση του βιβλίου προς τιμήν της μνήμης του. Η ημερομηνία γέννησής του στις 16 Μαΐου, θεσπίστηκε επίσημα από τον σύλλογο ως η «Ημέρα του Οπαδού της Μποταφόγκο» προς τιμήν του παίκτη που φόρεσε μόνο δύο φανέλες στη ζωή του, της ομάδας του και της Σελεσάο.
