Είναι μία από τις πέντε μόλις ομάδες που δεν έχει υποβιβαστεί ποτέ στη δεύτερη τη τάξει εθνική κατηγορία του βραζιλιάνικου πρωταθλήματος. Παράλληλα θεωρείται και ένα από τα πιο πλούσια βραζιλιάνικά κλαμπ αφού καλλιεργεί και άλλα αθλήματα εκτός του ποδοσφαίρου. Οι "αλεπούδες" όπως είναι το παρατσούκλι της Κρουζέιρο μετά την κατάκτηση του Brasileirao το 2013 διατηρήθηκαν στην κορυφή της Βραζιλίας και το 2014.
Ο σύλλογος ιδρύθηκε από την ιταλική παροικία του Μπέλο Οριζόντε, ορμώμενοι από την αντίστοιχη κίνηση που είχαν κάνει οι συμπατριώτες τους στο Σάο Πάολο οι οποίοι είχαν δημιουργήσει την Παλμέιρας. Έτσι λοιπόν στις 2 Ιανουαρίου του 1921 72 άτομα προερχόμενα κυρίως από την έτερη ομάδα της πόλης την Yale Atletico Clube η οποία αντιμετώπιζε προβλήματα διοίκησης αποτέλεσαν τα ιδρυτικά μέλη της Sociedade Esportiva Palestra Italia.
Η νέα ομάδα έκανε την πρώτη της εμφάνιση στις 3 Απριλίου του 1921 σε φιλικό παιχνίδι απέναντι σε μια μεικτή ομάδα της πόλης Νόβα Λίμα, ενώ λίγο αργότερα έδωσε και το πρώτο της επίσημο παιχνίδι απέναντι στην Ατλέτικο Μινέιρο που θα αποτελούσαν το ντέρμπι της πόλης.
Τον Ιανουάριο του 1942 η Βραζιλία ανακοινώνει την είσοδο της στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο και η κυβέρνηση της χώρας αποφάσισε να καταργήσει από οποιοδήποτε φορέα, οργανισμό και σύλλογο την χρήση όρων από εχθρικά κράτη. Παρενέργεια αυτής της απόφασης ήταν φυσικά η αλλαγή της ονομασίας του συλλόγου και ύστερα από συζητήσεις και διαβουλεύσεις κατέληξαν στο Cruseiro Esporte Clube παίρνοντας το όνομα του από τον Αστερισμό που είναι γνωστός ως ο "Σταυρός του Νότου" που είναι ευδιάκριτος στο νότιο ημισφαίριο.
Η πρώτη σημαντική επιτυχία του συλλόγου σε πανβραζιλιάνικο επίπεδο ήρθε το 1966 όταν κατέκτησε το Taca Brasil επικρατώντας στον διπλό τελικό της Σάντος του Πελέ με 6-2 και 3-2, προεξάρχοντος του Τοστάο. Ο παγκόσμιος πρωταθλητής με την Βραζιλία στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1970, αγωνίστηκε στην "ραπόσα" από το 1964 έως το 1971 με 378 συμμετοχές και 248 γκολ που τον φέρνουν στην πρώτη θέση της λίστας των σκόρερ όλων των εποχών.
Την δεκαετία του '70 σε δύο περιπτώσεις το 1974 και το 1975 έφτασε πολύ κοντά στο να κατακτήσει την SERIE A για να φτάσουμε στο 1976 όταν και η Κρουζέιρο πέτυχε την μεγαλύτερη επιτυχία της. Με προπονητή τον Ζέζε Μορέιρα και έχοντας στην σύνθεσή της παίκτες όπως οι Νελίνιο, Παλίνια Ζαιρζίνιο, Ζε Κάρλος, Πιάτσα Ντιρσέου Λόπεζ, Ζοαζίνιο και Πλάσσμαν κατέκτησε το Κόπα Λιμπερταδόρες απέναντι στην Ρίβερ Πλέιτ.
Ώς εκπρόσωπος της Νοτίου Αμερικής πήρε μέρος στους διπλούς τελικούς του Διηπειρωτικού Κυπέλλου απέναντι στην Μπάγερν Μονάχου όπου στο πρώτο παιχνίδι έφερε ισοπαλία 0-0 αλλά γνώρισε την ήττα με 3-0 στο Μόναχο. Την αμέσως επόμενη χρονιά το 1977 έφτασε και πάλι στον τελικό του Κόπα Λιμπερταδόρες, με την Μπόκα Τζούνιορς να κατακτάει το τρόπαιο.
Η δεκαετία του '80 ήταν φτωχή από τίτλους αφού τα οικονομικά προβλήματα ανάγκασαν τους
ιθύνοντες του συλλόγου να πουλήσουν ποδοσφαιριστές στο εξωτερικό και να μεταδίδουν τηλεοπτικά κανάλια τους αγώνες της για να καταφέρει να βγει από το αδιέξοδο.
Το ακριβώς αντίθετο με την δεκαετία του 1990 όταν κατέκτησε 2 Supercopa Sudamericana(1991,1992),2 Κύπελλα Βραζιλίας(1993,1996),1 Recopa Sudamericana(1998). Το κερασάκι στην τούρτα ήρθε το 1997 με προπονητή τον Πάουλο Αουτoυόρι και με παίκτες όπως οι Ντίντα,Φαμπίνιο,Ρικαρντίνιο,Παλίνια και Τίκο κατέκτησε το δεύτερο Κόπα Λιμπερταδόρες της ιστορίας της απέναντι στην περουβιανή Σπόρτιγκ Κριστάλ. Για μία ακόμη φορά στον τελικό του Διηπειρωτικού Κυπέλλου αντιμετώπισε γερμανική ομάδα την Μπορούσια Ντόρτμουντ όπου και πάλι γνώρισε την ήττα με 2-0.
Η δεκαετία του 2000 ξεκίνησε με το τρίτο κατά σειρά Κύπελλο της ιστορίας της όμως το 2003 ήταν μια χρονιά ορόσημο για τον σύλλογο του Μπέλο Οριζόντε αφού πέτυχε το εγχώριο "τρέμπλ" κατακτώντας το πρωτάθλημα της πολιτείας του Μίνας Ζεράις, το Κύπελλο αλλά και το Πρωτάθλημα Βραζιλίας. Κύριοι εκφραστές αυτής της επιτυχίας ήταν οι Άλεξ,Ντέιβιντ Ντε Σοούζα και Βίκτορ Αριστιζάμπαλ υπό την καθοδήγηση του Βαντερλέι Λουξεμπούργκο.
Το 2009 έφτασε για τέταρτη φορά στην ιστορία της στον τελικό του Κόπα Λιμπερταδόρες απέναντι στην Εστουντιάντες Λα Πλάτα και παρότι έφερε λευκή ισοπαλία στο "Εστάντιο Θιουντάντ Ντε Λα Πλάτα" στο Μινειράο γνώρισε την εντός έδρας ήττα με 2-1. Στα τέλη Νοεμβρίου του 2013 με προπονητή τον Μαρτσέλο Ολιβέιρα επανέρχεται στην κορυφή της Βραζιλίας με μεγάλο αστέρι τον Ζούλιο Μπαπτίστα και τους Γουίλιαν,Νταγκομπέρτο,Μαρτινούτσιο,Τίνγκα και Φάμπιο.
To 2014 έχοντας διατηρήσει το ρόστερ της και ενισχυμένο με τον Βολιβιανό επιθετικό Μαρτσέλο Μορένο δανεικό απο την Γκρέμιο, κατέκτησε το πολιτειακό πρωτάθλημα, ενώ διατηρήθηκε στην κορυφή της Βραζιλίας αφού δύο αγωνιστικές πριν την ολοκλήρωσή του πανηγύρισε το δεύτερο συνεχόμενο πρωτάθλημα και τέταρτο στην ιστορία της
To 2014 έχοντας διατηρήσει το ρόστερ της και ενισχυμένο με τον Βολιβιανό επιθετικό Μαρτσέλο Μορένο δανεικό απο την Γκρέμιο, κατέκτησε το πολιτειακό πρωτάθλημα, ενώ διατηρήθηκε στην κορυφή της Βραζιλίας αφού δύο αγωνιστικές πριν την ολοκλήρωσή του πανηγύρισε το δεύτερο συνεχόμενο πρωτάθλημα και τέταρτο στην ιστορία της
