Το παρατσούκλι του ήταν "OSRAM" απο την γνωστή εταιρία κατασκευής συστημάτων φωτισμού και του το έβγαλε ο συμπαίκτης του στην Γκλάντμπαχ Ρούντι Γκέρς βλέποντας τον να γίνεται κατακόκκινος όταν βρισκόταν σε κατάσταση πίεσης. Παρόλα αυτά ο Γιούπ Χάινκες μόνο απο την πίεση δεν λύγιζε αφού τόσο ως παίκτης όσο και ως προπονητής πέτυχε αξιοθαύμαστα επιτεύγματα.
Γεννήθηκε στις 9 Μαΐου του 1945 στο Μενχενγκλάντμπαχ και έκανε τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα στην BV Green White Holt για να ενταχθεί στην συνέχεια στην Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ.
Το πρώτο του πέρασμα θα διαρκέσει απο το 1963 έως το 1967 έχοντας 91 συμμετοχές και 56 γκολ, αλλά το καλοκαίρι του 1967 θα αναγκαστεί να τον πουλήσει για το ποσό των 275.000 γερμανικών μάρκων.
Η Γκλάντμπαχ αναγκάστηκε να τον πουλήσει επειδή οι μισθοί των παικτών της είχαν ανέβει κατακόρυφα μετά τις πρώτες επιτυχίες και δεν μπορούσε να τον κρατήσει με ένα απλό συμβόλαιο, ενώ το Ανόβερο του πρόσφερε πολύ καλύτερες οικονομικές αποδοχές.
Ο ίδιος ο Χάινκες, πάντως, σε μετέπειτα συνεντεύξεις του δήλωσε ότι αυτή η μεταγραφή ήταν «το μεγαλύτερο λάθος της καριέρας του», καθώς έχασε τα πρώτα χρόνια της χρυσής εποχής της Γκλάντμπαχ, παρόλο που επέστρεψε εκεί το 1970.
Θα αγωνιστεί μέχρι το 1970 έχοντας 113 συμμετοχές και 41 τέρματα. Δεν προσαρμόστηκε ποτέ πλήρως στο Ανόβερο, ένιωθε ότι η φυγή του το 1967 ήταν ένα τεράστιο λάθος, καθώς έχανε τη δημιουργία της μεγάλης ομάδας της Γκλάντμπαχ υπό τον Χένες Βαϊσβάιλερ.
Το 1970, η Γκλάντμπαχ μόλις είχε κατακτήσει το πρώτο πρωτάθλημα της ιστορίας της, είχε πλέον την οικονομική άνεση και το κύρος να φέρει πίσω τον κορυφαίο γηγενή επιθετικό της για να ενισχυθεί ενόψει του Κυπέλλου Πρωταθλητριών.
Έτσι πληρώνοντας το ποσό των 130.000 με 140.000 γερμανικών μάρκων θα επιστρέψει στο "Μπέκελμπεργκ" όπου θα τον βρει μέλος μιας απο τις καλύτερες γερμανικές ομάδες όλων των εποχών
Υπο την καθοδήγηση των Χανες Βαισβάιλερ και Ούντο Λάτεκ θα κατακτήσει τέσσερα Πρωταθλήματα το 1971, το 1975, το 1976 και το 1977, το Κύπελλο το 1973 και το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ το 1975 κόντρα στην Τβέντε με τον ίδιο να πετυχαίνει τρία τέρματα στην ρεβάνς ενώ θα είναι φιναλίστ του Κυπέλλου Πρωταθλητριών το 1977 στην Ρώμη απέναντι στην Λίβερπουλ, έχοντας 309 συμμετοχές και 232 τέρματα.
Με την εθνική ομάδα θα κάνει ντεμπούτο στις 22 Φεβρουαρίου του 1967 σε φιλικό παιχνίδι κόντρα στο Μαρόκο στην Καρλσρούη όπου μάλιστα θα σκοράρει. Θα αναδειχθεί Πρωταθλητής Ευρώπης το 1972 έχοντας συμμετοχή στον τελικό κόντρα στην Σοβιετική Ένωση και Παγκόσμιος Πρωταθλητής στα γήπεδα της Γερμανίας.
Δεν μπόρεσε να βρει μεγάλο χρόνο συμμετοχής αφού βρήκε μπροστά του τον Γκέρντ Μίλερ και αγωνίστηκε σε δύο παιχνίδια κόντρα σε Χιλή και Αυστραλία αντίστοιχα. Τελευταία του συμμετοχή στις 16 Νοεμβρίου του 1976 σε φιλικό παιχνίδι κόντρα στην Σοβιετική Ένωση στο Ανόβερο, φτάνοντας συνολικά τις 39 έχοντας πετύχει και 14 τέρματα.
Το 1978 θα σταματήσει την ποδοσφαιρική του καριέρα και θα κινήσει τις διαδικασίες για να φοιτήσει στην σχολή της Κολωνίας και να γίνει προπονητής. Θα βρεθεί στο πλευρό του παλιού του προπονητή Ούντο Λάτεκ και απο την 1η Ιουλίου του 1979 θα αναλάβει και επίσημα τα ηνία της μόλις στην ηλικία των 34 ετών.
Θα καθίσει στον πάγκο της μέχρι τις 30 Ιουνίου του 1987 όντας φιναλίστ στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ της περιόδου 1979-1980 κόντρα στην Άιντραχτ Φρανκφούρτης και στο Κύπελλο Γερμανίας την περίοδο 1983-1984 αλλά θα ηττηθεί στα πέναλντι απο την Μπάγερν Μονάχου, έχοντας σε 344 παιχνίδια, 170 νίκες, 77 ισοπαλίες και 97 ήττες.
Μια Μπάγερν η οποία θα αποτελέσει σταθμό στην καριέρα του αφού ούτε λίγο ούτε πολύ θα την κοουτσάρει σε τέσσερις διαφορετικές περιόδους Η πρώτη απο την 1η Ιουλίου του 1987 έως τις 8 Οκτωβρίου του 1991, όταν ο γενικός διευθυντής της Μπάγερν, Ούλι Χένες, που εκτιμούσε βαθύτατα τις ποδοσφαιρικές γνώσεις, την πειθαρχία και το τακτικό πλάνο του Χάινκες αποφάσισε να τον προσεγγίσει.
Οι δυο τους διατηρούσαν στενή φιλική σχέση, γεγονός που έκανε τον Χάινκες την απόλυτη επιλογή του για τη διάδοχη κατάσταση, ενώ σημαντικό ρόλο έπαιξε το γεγονός ότι απο το 1979 έως το 1987, έκανε σπουδαίο έργο ως προπονητής της Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ.
Η Μπάγερν χρειαζόταν έναν προπονητή με σύγχρονες ιδέες, ικανό να διαχειριστεί την αποχώρηση μεγάλων αστέρων και να χτίσει μια νέα ομάδα, ο 42χρονος τότε Χάινκες θεωρήθηκε ο ιδανικός άνθρωπος για αυτή τη μετάβαση.
Στην αρχή της σεζόν 1991-92 η Μπάγερν πραγματοποίησε ένα από τα χειρότερα ξεκινήματα της ιστορίας της στη Bundesliga, αφού στις πρώτες 12 αγωνιστικές, η ομάδα είχε καταφέρει να πετύχει μόλις 4 νίκες.
Το αποκορύφωμα της κρίσης ήρθε με μια βαριά εντός έδρας ήττα με 4-1 από τους Στουτγκάρντερ Κίκερς και την στιγμή της απόλυσής του, βρισκόταν στην ταπεινωτική 12η θέση του βαθμολογικού πίνακα.
Το καλοκαίρι του 1991, η ομάδα είχε χάσει σημαντικούς ποδοσφαιριστές, ενώ ταυτόχρονα ταλαιπωρήθηκε από πολλούς και σοβαρούς τραυματισμούς βασικών παικτών. Δεν μπόρεσε να βρει άμεσες λύσεις για να αναπληρώσει τα κενά, με αποτέλεσμα η ομάδα να χάσει την αγωνιστική της ταυτότητα, ενώ παρά τη στενή φιλία του με τον γενικό διευθυντή της ομάδας, Ούλι Χένες, η πίεση για αποτελέσματα στο Μόναχο ήταν τεράστια.
Η διοίκηση θεώρησε ότι η κατάσταση είχε ξεφύγει από τον έλεγχο και χρειαζόταν ένα ισχυρό «σοκ» για να ανακάμψει ο σύλλογος (αν και τελικά η Μπάγερν συνέχισε να δυσκολεύεται και τερμάτισε 10η εκείνη τη χρονιά) φεύγοντας ύστερα απο 198 αγώνες με 113 νίκες, 46 ισοπαλίες και 39 ήττες.
Την 1η Ιουλίου του 1992 ανέλαβε την Αθλέτικ στην οποία έκατσε μέχρι και τις 30 Ιουνίου του 1994 όπου σε 82 παιχνίδια είχε 34 νίκες, 20 ισοπαλίες και 28 ήττες. Έχοντας ολοκληρώσει μια εξαιρετική σεζόν (1993/94), οδηγώντας την Αθλέτικ Μπιλμπάο στην 5η θέση της La Liga και στην έξοδο στο Κύπελλο UEFA, αυτή η επιτυχία εκτόξευσε τις μετοχές του.
Η Άιντραχτ Φρανκφούρτης ήταν εκείνη την εποχή μία από τις πιο ποιοτικές και θεαματικές ομάδες της γερμανικής Bundesliga (είχε τερματίσει 5η και 3η τα προηγούμενα χρόνια). Το πρότζεκτ θεωρήθηκε κορυφαία ευκαιρία για τον ίδιο ώστε να διεκδικήσει ξανά έναν τίτλο στη Γερμανία
Μετά από δύο χρόνια γεμάτα πίεση στο εξωτερικό (και παρά το γεγονός ότι αγαπήθηκε πολύ στο Μπιλμπάο), η πρόταση μιας μεγάλης γερμανικής ομάδας τον ώθησε να πάρει την απόφαση να επιστρέψει στο σπίτι του.
Την 1η Ιουλίου του 1994 ανέλαβε την Άιντραχτ Φρανκφούρτης αλλά τα πράγματα δεν πήγαν καθόλου καλά, αφού ήρθε σε κόντρα με τα αστέρια της ομάδας και εν τέλει αποχώρησε στις 2 Απριλίου του 1995 έχοντας σε 34 παιχνίδια 12 νίκες, 10 ισοπαλίες και 12 ήττες.
Την 1η Ιουλίου του 1995 θα αναλάβει την Τενερίφη, μια φιλόδοξη ισπανική ομάδα, η οποία διέθετε ένα πολύ ποιοτικό ρόστερ με σπουδαίους Λατινοαμερικάνους παίκτες (όπως ο Φερνάντο Ρεδόνδο λίγο καιρό πριν, και ο Χουάν Αντόνιο Πίτσι).
Η διοίκηση του συλλόγου έψαχνε έναν προπονητή εγγύηση για να κάνει το βήμα παραπάνω και προσέφερε στον Χάινκες το τιμόνι της ομάδας για τη σεζόν 1995/96. Θα κάτσει στα Κανάρια νησιά μέχρι τις 26 Ιουνίου 1997 όπου σε 104 παιχνίδια είχε 44 νίκες, 27 ισοπαλίες και 33 ήττες, οδηγώντας την ομάδα στην 5η θέση του Πρωταθλήματος και στα ημιτελικά του Κυπέλλου UEFA το 1997, αποκλείοντας μάλιστα κορυφαίες ομάδες.
Η Ρεάλ Μαδρίτης είχε μόλις κατακτήσει το πρωτάθλημα Ισπανίας (1996/97) υπό τις οδηγίες του Φάμπιο Καπέλο, ωστόσο, ο Ιταλός τεχνικός είχε κάκιστες σχέσεις με τον πρόεδρο του συλλόγου, Λορένθο Σανθ, και αποφάσισε να επιστρέψει εσπευσμένα στο Μιλάνο.
Ο Σανθ βρέθηκε ξαφνικά χωρίς προπονητή και χρειαζόταν επειγόντως ένα όνομα που θα μπορούσε να διαχειριστεί μια ομάδα γεμάτη αστέρες (Ραούλ, Ιέρο, Ρομπέρτο Κάρλος, Μιγιάτοβιτς, Ζέεντορφ). Ένα από τα πιο ισχυρά πρόσωπα στα αποδυτήρια της Ρεάλ ήταν ο Αργεντινός μέσος Φερνάντο Ρεδόνδο που είχε αγωνιστεί υπό τις οδηγίες του Χάινκες στην Τενερίφη και έτρεφε τεράστιο σεβασμό για τις προπονητικές του ικανότητες, την πειθαρχία και την κυρίαρχη τακτική του.
Όταν ο Σανθ ζήτησε τη γνώμη των αρχηγών της ομάδας για τον επόμενο τεχνικό, η εισήγηση του Ρεδόνδο υπέρ του Γερμανού ήταν καταλυτική. Αυτό που έπεισε οριστικά τον Λορένθο Σανθ ήταν η πορεία της Τενερίφης μέχρι τα ημιτελικά του Κυπέλλου UEFA το 1997, είχε καταφέρει να μετατρέψει μια μικρομεσαία ισπανική ομάδα σε ευρωπαϊκό φόβητρο, παίζοντας ελκυστικό και επιθετικό ποδόσφαιρο.
Το γεγονός ότι γνώριζε άπταιστα τη γλώσσα και την κουλτούρα της Ισπανίας (μετά από 4 χρόνια σε Μπιλμπάο και Τενερίφη) τον καθιστούσε την πιο ασφαλή επιλογή, η συμφωνία κλείστηκε με απόλυτη μυστικότητα κατά τη διάρκεια των τελευταίων εβδομάδων της σεζόν 1996/97.
Παρότι είχε προτάσεις από γερμανικές ομάδες όπως την Σάλκε και την Μπάγερ Λεβερκούζεν, που ήθελαν να τον επαναπατρίσουν, ενώ είχε προτάσεις και απο Ντεπορτίβο Λα Κορούνια και και Αθλέτκ Μπιλμπάο δεν μπορούσε να αρνηθεί την πρόκληση της «Βασίλισσας».
Υπέγραψε συμβόλαιο με έναν και μοναδικό, ξεκάθαρο στόχο από τη διοίκηση: την κατάκτηση του Champions League (το τότε Κύπελλο Πρωταθλητριών), το οποίο η Ρεάλ είχε να κερδίσει 32 ολόκληρα χρόνια (από το 1966
Στις 26 Ιουνίου του 1997 θα δεχτεί την πρόταση της Ρεάλ Μαδρίτης και στο "Σαντιάγκο Μπερναμπέου" θα παραμείνει μέχρι τις 28 Μαϊου του 1998 παρά την κατάκτηση του Champions League στο "Άμστερνταμ Αρίνα" κόντρα στην Γιουβέντους και το ισπανικό Σούπερ Καπ, η κακή παρουσία στο Πρωτάθλημα όπου κατέλαβε την 4η θέση τον έφερε εκτός Μαδρίτης.
Τα αποδυτήρια της Ρεάλ εκείνη την εποχή ήταν «ηφαίστειο», γεμάτα με τεράστια εγώ και ισχυρές προσωπικότητες (όπως οι Ραούλ, Ιέρο, Σούκερ, Μιγιάτοβιτς). Ο Χάινκες, με τη γερμανική και αυστηρή του νοοτροπία, δεν κατάφερε ποτέ να κερδίσει την πειθαρχία τους.
Οι παίκτες έκαναν ουσιαστικά ό,τι ήθελαν, με τον ίδιο τον Χάινκες να παραδέχεται ανοιχτά στη διοίκηση, λίγες εβδομάδες πριν τον τελικό, ότι «δεν μπορούσε να ελέγξει πλέον την ομάδα». Ο Σανθ είχε πάρει την απόφαση να διώξει τον Χάινκες αρκετούς μήνες πριν από το τέλος της σεζόν.
Μάλιστα, ο ίδιος δήλωσε αργότερα πως αν η Ρεάλ έχανε τον τελικό του Άμστερνταμ, ο Χάινκες θα είχε απολυθεί το ίδιο κιόλας βράδυ. Το Champions League απλά καθυστέρησε την ανακοίνωση για μία εβδομάδα έχοντας σε 53 αγώνες, 26 νίκες, 15 ισοπαλίες και 12 ήττες.
Κατά τη διάρκεια αυτού του έτους που έμεινε ελεύθερος (1998/99), το όνομά του συνδέθηκε με ορισμένες μεγάλες ομάδες της πατρίδας του με τις Μπάγερ Λεβερκούζεν και Σάλκε να δείχνουν ενδιαφέρον και στο παρελθόν, και εξέτασαν ξανά την περίπτωσή του όταν έμεινε ελεύθερος.
Ο ίδιος, όμως, απέρριψε κάθε προσέγγιση από τη Γερμανία, καθώς είχε ήδη δώσει τον λόγο του στην πορτογαλική ομάδα και προτιμούσε να συνεχίσει την καριέρα του στην Ιβηρική χερσόνησο, όπου ένιωθε μεγαλύτερη εκτίμηση.
Η πιο ουσιαστική και επίμονη κρούση ήρθε από την Πορτογαλία και την Μπενφίκα. Έψαχνε έναν προπονητή κορυφαίου επιπέδου για να επιστρέψει στην κορυφή της χώρας και του κατέθεσε μια εξαιρετική οικονομική και αθλητική πρόταση.
Αποδέχθηκε την πρόταση της Μπενφίκα, αλλά έθεσε ως όρο να αναλάβει την ομάδα έναν χρόνο μετά, το καλοκαίρι του 1999. Ήθελε οπωσδήποτε να μείνει εκτός πάγκων για τη σεζόν 1998/99 ώστε να ξεκουραστεί, να γεμίσει τις μπαταρίες του και να αποφορτιστεί από την πίεση της Ρεάλ Μαδρίτης.
Επόμενος σταθμός η Λισαβόνα απο την 1η Ιουλίου του 1999 σε μια καθόλου πετυχημένη χρονιά χωρίς τίτλο, ενώ το γεγονός ότι συναίνεσε στην πώληση του Ζοάο Πιντο στην Σπόρτιγκ Λισαβόνας έγινε ανεπιθύμητος στους οπαδούς των "αετών" και τον Σεπτέμβριο του 2000 λύθηκε κοινή συναινέση το συμβόλαιο του ύστερα απο 48 παιχνίδια όπου είχε 27 νίκες, 8 ισοπαλίες και 13 ήττες.
Επέλεξε να μείνει εκτός πάγκων για περίπου 9 μήνες (μέχρι το καλοκαίρι του 2001), η θητεία του στην Μπενφίκα ήταν ψυχοφθόρα λόγω της έντονης κόντρας του με τη διοίκηση και τον εμβληματικό αρχηγό Ζοάο Πίντο.
Χρειαζόταν χρόνο να αποφορτιστεί, ενώ δήλωνε σε γερμανικά μέσα πως δεν ήθελε να αναλάβει ομάδα μεσούσης της περιόδου παρ'όλα αυτά δέχτηκε προτάσεις όπως της Χάνσα Ρόστοκ, ήταν η πρώτη ομάδα που του κατέθεσε επίσημη πρόταση τον Σεπτέμβριο του 2000, αμέσως μετά την απόλυση του δικού της προπονητή.
Αρνήθηκε ευγενικά, καθώς το ρόστερ της ομάδας πάλευε για τη σωτηρία και δεν ταίριαζε στις φιλοδοξίες του. Κατά τη διάρκεια της σεζόν, η Βόλφσμπουργκ τον προσέγγισε διερευνητικά για να αναλάβει ένα μακροχρόνιο πλάνο, προσφέροντάς του υψηλό συμβόλαιο.
Υπήρξε ξανά έντονη φημολογία και μια πρώτη επαφή με την Σάλκε, καθώς η ομάδα έψαχνε έναν τεχνικό με το δικό του ειδικό βάρος. Η πρόταση που τον έκανε να επιστρέψει στους πάγκους ήρθε από το γνώριμο και αγαπημένο του περιβάλλον, την Αθλέτικ Μπιλμπάο του πρόσφερε το τιμόνι της ομάδας για μια δεύτερη θητεία.
Είχε αφήσει εξαιρετικές αναμνήσεις στους Βάσκους από το πέρασμά του τη δεκαετία του '90 και αποδέχθηκε την πρόταση με ενθουσιασμό, υπογράφοντας το καλοκαίρι του 2001. Την 1η Ιουλίου του 2001 θα επιστρέψει στην Βασκωνία όπου θα παραμείνει μέχρι τις 17 Ιουνίου του 2003 και σε 86 παιχνίδια είχε 36 νίκες, 22 ισοπαλίες και 28 ήττες.
Μετά από συνολικά έξι χρόνια προπονητικής καριέρας στην Ιβηρική Χερσόνησο (Μπιλμπάο, Τενερίφη, Ρεάλ Μαδρίτης, Μπενφίκα), ο Χάινκες ένιωσε ότι έκλεισε ο κύκλος του στο εξωτερικό, ήθελε να επιστρέψει μόνιμα στην πατρίδα του για να βρίσκεται κοντά στην οικογένειά του.
Η επιθυμία του για επιστροφή στη Γερμανία συνέπεσε με μια πολύ ελκυστική και πιεστική πρόταση από τη Σάλκε. Η ομάδα του Γκελζενκίρχεν του πρόσφερε ένα φιλόδοξο πρότζεκτ, το οποίο ο Χάινκες αποδέχθηκε αμέσως μόλις ολοκληρώθηκαν οι υποχρεώσεις του με τους Βάσκους.
Στη δεύτερη αυτή θητεία του (2001–2003), ο Χάινκες πέτυχε τον στόχο του. Σταθεροποίησε την Μπιλμπάο στην πρώτη δεκάδα της La Liga (τερμάτισε 9η το 2002 και 7η το 2003, χάνοντας για μόλις έναν βαθμό την έξοδο στην Ευρώπη) και αναμόρφωσε την ομάδα προωθώντας νέους παίκτες.
Οι οπαδοί και η διοίκηση της Αθλέτικ τον αποχαιρέτησαν με μεγάλες τιμές, αναγνωρίζοντας ότι ο Γερμανός τεχνικός συνέδεσε το όνομά του με μερικές από τις πιο σταθερές αγωνιστικά περιόδους του συλλόγου στα νεότερα χρόνια.
Θα αναλάβει τους "βασιλικούς μπλέ" όμως τα πράγματα δεν ξεκίνησαν καθόλου καλά. Στην εκκίνηση του πρωταθλήματος, η Σάλκε, που είχε βλέψεις για τίτλο, υπέστη 3 ήττες στους πρώτους 4 αγώνες της Bundesliga.
Η ομάδα βρέθηκε άμεσα στη ζώνη του υποβιβασμού, γεγονός που ανάγκασε τον ισχυρό άνδρα του συλλόγου, μάνατζερ Ρούντι Ασάουερ, να τον απολύσει εσπευσμένα στις 15 Σεπτεμβρίου 2004, η διοίκηση της ομάδας και ο γερμανικός Τύπος άσκησαν έντονη κριτική στις μεθόδους του.
Ο Ασάουερ θεώρησε ότι η φιλοσοφία του Χάινκες ήταν πλέον «παραδοσιακή και ξεπερασμένη» (too old-fashioned) για τις απαιτήσεις του σύγχρονου ποδοσφαίρου, επιζητώντας έναν πιο μοντέρνο και επιθετικό προπονητή (όπως ο Ραλφ Ράνγκνικ που τον αντικατέστησε).
Συνολικά σε 45 παιχνίδια είχε 18 νίκες, 12 ισοπαλίες και 15 ήττες. Μετά το πλήγμα στη φήμη του από τη Σάλκε, ο Χάινκες έμεινε εκτός ποδοσφαίρου για σχεδόν δύο χρόνια, αποσύρθηκε στο αγρόκτημά του στο Σβάλμταλ για να ηρεμήσει, καθώς πολλοί στη Γερμανία θεωρούσαν ότι η καριέρα του σε κορυφαίο επίπεδο είχε πλέον τελειώσει.
Το καλοκαίρι του 2006, ανταποκρίθηκε στο κάλεσμα της καρδιάς του και ανέλαβε για δεύτερη φορά ως προπονητής την 1η Ιουλίου του 2006, την αγαπημένη του Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ. Αλλά και εκεί τα πράγματα δεν εξελίχθηκαν καλά, αφου αν και η ομάδα ξεκίνησε σχετικά καλά, μετά το φθινόπωρο κατέρρευσε εντελώς.
Η Γκλάντμπαχ συμπλήρωσε 14 συνεχόμενους αγώνες πρωταθλήματος χωρίς νίκη και η αδυναμία του να ανατρέψει αυτή την κατάσταση έφερε την ομάδα στην προτελευταία θέση της βαθμολογίας και σε άμεσο κίνδυνο υποβιβασμού.
Η διοίκηση δεν τον στήριξε επαρκώς στις μεταγραφές, με αποτέλεσμα το υλικό της ομάδας να είναι εξαιρετικά χαμηλού επιπέδου για τα δεδομένα της Bundesliga. Το μεγαλύτερο πρόβλημα εντοπίστηκε στην επίθεση, καθώς η ομάδα δυσκολευόταν αφάνταστα να σκοράρει, γεγονός που καθιστούσε αδύνατη τη διεκδίκηση βαθμών ακόμα και σε βατά παιχνίδια.
Το κλίμα στην πόλη έγινε εξαιρετικά τοξικό. Παρά το γεγονός ότι ο Χάινκες ήταν ένας ζωντανός θρύλος του συλλόγου, μερίδα εξοργισμένων οπαδών στράφηκε εναντίον του. Η κατάσταση ξεπέρασε κάθε όριο όταν ο Χάινκες δέχθηκε σοβαρές απειλές για τη ζωή του, γεγονός που τον ανάγκασε να κυκλοφορεί με προσωπική ασφάλεια.
Οι απειλές και η τεράστια βαθμολογική πίεση λύγισαν τον 61χρονο τότε τεχνικό, παραιτήθηκε στις 31 Ιανουαρίου του 2007 όπου σε 21 αγώνες είχε 5 νίκες, 4 ισοπαλίες και 12 ήττες..
Δήλωσε ότι δεν άντεχε άλλο αυτή την κατάσταση και ότι η παραίτησή του ήταν ο μόνος τρόπος για να ηρεμήσει ο σύλλογος, αλλά και για να προστατεύσει την προσωπική του υγεία και την οικογένειά του. Μετά από αυτό το σοκ, ήταν τόσο απογοητευμένος που αποφάσισε να αποσυρθεί οριστικά στο αγρόκτημά του, πιστεύοντας ότι δεν θα ξαναδουλέψει ποτέ ως προπονητής.
Στις 27 Απριλίου 2009, η Μπάγερν Μονάχου απέλυσε τον Γιούργκεν Κλίνσμαν, καθώς η ομάδα κινδύνευε να μείνει εκτός Champions League (βρισκόταν στην 3η θέση, 3 βαθμούς πίσω από τη Βόλφσμπουργκ).
Ο Ούλι Χένες χρειαζόταν επειγόντως έναν άνθρωπο εμπιστοσύνης για τα τελευταία 5 παιχνίδια και ton κάλεσε αμέσως στο τηλέφωνο ο οποίος εκείνη την εποχή ζούσε αποσυρμένος στο αγρόκτημά του.
Ο Χένες δεν τον προσέγγισε με επαγγελματικό σκεπτικό ή οικονομικά ανταλλάγματα, αλλά με βάση τη φιλία τους. Του είπε χαρακτηριστικά: «Γιούπ, δεν σε παίρνω τηλέφωνο ως γενικός διευθυντής της Μπάγερν, αλλά ως ο καλύτερός σου φίλος που βρίσκεται σε απόλυτη ανάγκη. Η ομάδα καταρρέει και είσαι ο μόνος που μπορεί να με σώσει».
Παρότι είχε δηλώσει ότι δεν θα ξανακαθίσει σε πάγκο, λύγισε μπροστά στην παράκληση του φίλου του. Όπως δήλωσε αργότερα «Για οποιονδήποτε άλλον σύλλογο ή άνθρωπο, η απάντησή μου θα ήταν ένα ξεκάθαρο "Όχι". Αλλά στον Ούλι δεν μπορούσα να αρνηθώ. Έπρεπε να τον βοηθήσω».
Για να πειστεί οριστικά ο Χένες του ξεκαθάρισε ότι δεν επρόκειτο για μόνιμη δέσμευση, του ζήτησε να αναλάβει αποκλειστικά και μόνο για τις μόνο για τις τελευταίες 5 εβδομάδες της σεζόν, ως υπηρεσιακός, ώστε να εξασφαλιστεί η έξοδος στο Champions League, και μετά θα ήταν ελεύθερος να επιστρέψει στη σύνταξή του.
Έτσι ανέλαβε απο τις 28 Απριλίου έως τις 5 Ιουνίου του 2009 και στους 5 αγώνες είχε 4 νίκες και 1 ισοπαλία, οδηγώντας την στη 2η θέση και απευθείας στους ομίλους του Champions League. Μετά το δεύτερο πέρασμα του απο την Μπάγερν, η Μπάγερ Λεβερκούζεν είχε ολοκληρώσει τη σεζόν 2008/09 με αρνητικό τρόπο, τερματίζοντας στην απογοητευτική 9η θέση της Bundesliga και χάνοντας τον τελικό του Κυπέλλου Γερμανίας από τη Βέρντερ Βρέμης (1-0).
Οι σχέσεις του τότε προπονητή, Μπρούνο Λαμπαντία, με τη διοίκηση και τους παίκτες είχαν διαρραγεί πλήρως. Στις αρχές Ιουνίου του 2009, ο Λαμπαντία αποχώρησε για να αναλάβει το Αμβούργο, αφήνοντας τον πάγκο της Μπάγερ κενό.
Η διοίκηση της Λεβερκούζεν, με επικεφαλής τον αθλητικό διευθυντή Ρούντι Φέλερ, είδε από πρώτο χέρι την ποιότητα του Χάινκες. Στις 12 Μαΐου 2009, η Λεβερκούζεν αντιμετώπισε την Μπάγερν στο Μόναχο και ηττήθηκε κατά κράτος με 3-0, ο Φέλερ εντυπωσιάστηκε από τον τρόπο με τον οποίο ο Χάινκες είχε μεταμορφώσει την ψυχολογία και την τακτική της Μπάγερν μέσα σε ελάχιστες ημέρες.
Μόλις ο πάγκος της έμεινε κενός, ο Φέλερ πήρε αμέσως τηλέφωνο τον Χάινκες. Γνώριζε ότι ο Γερμανός τεχνικός είχε δηλώσει πως θα επέστρεφε στη σύνταξή του, αλλά πόνταρε στο γεγονός ότι ο Χάινκες είχε ξαναβρεί τη «σπίθα» του για το ποδόσφαιρο κατά τη διάρκεια του μήνα του στο Μόναχο.
Ο Φέλερ του παρουσίασε ένα εξαιρετικό πλάνο: μια ομάδα με τεράστιο ταλέντο και νεαρούς παίκτες (όπως οι Τόνι Κρόος, Αρτούρο Βιδάλ, Ρενέ Άντλερ και Στέφαν Κίσλινγκ) που χρειαζόταν έναν έμπειρο «πατέρα» για να τους καθοδηγήσει.
Πριν πει το τελικό «ναι», ο Χάινκες συμβουλεύτηκε τον στενό του φίλο, Ούλι Χένες. Η Μπάγερν είχε ήδη συμφωνήσει με τον Λουίς φαν Χάαλ για τη νέα σεζόν, οπότε ο Χένες τον ενθάρρυνε να αποδεχθεί την πρόταση, λέγοντάς του ότι το ποδόσφαιρο τον έχει ακόμα ανάγκη.
Έτσι στις 5 Ιουνίου του 2009 θα την αναλάβει την Μπάγερ Λεβερκούζεν έως τις 30 Ιουνίου του 2011 όπου σε 84 παιχνίδια είχε 44 νίκες, 26 ισοπαλίες και 14 ήττες και την οδήγησε σε ένα ιστορικό αήττητο σερί 24 αγώνων στη σεζόν 2009/10 και την επόμενη χρονιά (2010/11) την έφερε στη 2η θέση της Bundesliga, κερδίζοντας την επιστροφή στο Champions League.
Το συμβόλαιό του με τη Λεβερκούζεν ολοκληρωνόταν τον Ιούνιο του 2011, η διοίκηση της Μπάγερ (με επικεφαλής τον Ρούντι Φέλερ) του είχε καταθέσει πρόταση ανανέωσης, αλλά ο Χάινκες επέλεξε να μην υπογράψει, έχοντας ήδη αποφασίσει το επόμενο βήμα του.
Η Μπάγερν Μονάχου διένυε μια πολύ κακή σεζόν (2010/11) υπό τον Λουίς φαν Χάαλ και κινδύνευε να μείνει εκτός Champions League. Τον Μάρτιο του 2011, η διοίκηση των Βαυαρών ανακοίνωσε την απόλυση του Ολλανδού (με ισχύ από το τέλος της σεζόν) και στράφηκε αμέσως στον Χάινκες.
Παρά το γεγονός ότι ο Χάινκες ήταν απόλυτα ευτυχισμένος στη Λεβερκούζεν, την οποία μάλιστα οδήγησε στη 2η θέση εκείνη τη χρονιά, η προοπτική να επιστρέψει στο κορυφαίο επίπεδο με την Μπάγερν και να διεκδικήσει ξανά το Champions League και εγχώριους τίτλους στα 66 του χρόνια ήταν μια ευκαιρία που δεν μπορούσε να αρνηθεί.
Για τρίτη φορά απο την 1η Ιουλίου του 2011 έως τις 26 Ιουνίου του 2013 θα επανέρθει στο Μόναχο όπου σε 109 αγώνες είχε 83 νίκες, 12 ισοπαλίες και 14 ήττες. Μετά το τρίτο αυτό πέρασμα, η πιο σημαντική πρόταση ήρθε από τη Ρεάλ Μαδρίτης και τον Φλορεντίνο Πέρεθ.
Έχοντας μόλις απομακρύνει τον Ζοζέ Μουρίνιο, έψαχνε έναν έμπειρο προπονητή-προσωπικότητα για να φέρει την ηρεμία στα αποδυτήρια και να διεκδικήσει το δέκατο Champions League (La Decima). Ο μάνατζερ του Χάινκες επιβεβαίωσε δημόσια ότι η Ρεάλ του προσέφερε «λευκή επιταγή» για να επιστρέψει στη Μαδρίτη.
Ο Ρομάν Αμπράμοβιτς εξέτασε σοβαρά την περίπτωσή του για την Τσέλσι, πριν καταλήξει στην επιστροφή του Μουρίνιο, ενώ υπήρξε διερευνητική επαφή απο την Μάντσεστερ Σίτι, προτού οι Άγγλοι δώσουν τα κλειδιά στον Μανουέλ Πελεγκρίνι.
Στα γραφεία του έφτασαν προτάσεις με αστρονομικά ποσά (συμβόλαια άνω των 15-20 εκατομμυρίων ευρώ ετησίως) από συλλόγους της Κίνας και της Μέσης Ανατολής, που ήθελαν να εξαργυρώσουν τη φήμη του.
Σε μια ιστορική συνέντευξη τύπου τον Ιούνιο του 2013, ανακοίνωσε ότι δεν θα αποδεχθεί καμία πρόταση και ότι αποσύρεται από την προπονητική. Οι λόγοι ήταν ξεκάθαροι, ήταν ήδη 68 ετών και ένιωθε σωματικά και πνευματικά εξαντλημένος από την καθημερινή πίεση του πρωταθλητισμού.
Είχε υποσχεθεί στη γυναίκα του, Ίρις (η οποία αντιμετώπιζε προβλήματα υγείας), ότι η σεζόν 2012/13 θα ήταν η τελευταία του και όπως δήλωσε ο ίδιος, μετά την κατάκτηση του Τρεμπλ δεν υπήρχε τίποτα μεγαλύτερο να πετύχει στο ποδόσφαιρο.
Τον Οκτώβριο του 2017 η Μπάγερν είχε ξεκινήσει πολύ άσχημα τη σεζόν 2017/18 υπό τον Κάρλο Αντσελότι. Η βαριά ήττα με 3-0 από την Παρί Σεν Ζερμέν στο Champions League και η απώλεια του ελέγχου στα αποδυτήρια οδήγησαν στην απόλυση του Ιταλού.
Ο Ούλι Χένες και ο Καρλ-Χάιντς Ρουμενίγκε κατάλαβαν ότι μόνο ένας άνθρωπος μπορούσε να ενώσει αμέσως τα σπασμένα αποδυτήρια, ταξίδεψαν προσωπικά στο Σβάλμταλ για να τον πείσουν. Ήταν άκρως αρνητικός αρχικά, αλλά όπως αποκάλυψε ο ίδιος, η σύζυγός του, Ίρις, και η κόρη του τον πίεσαν να δεχθεί, λέγοντάς του ότι η Μπάγερν του είχε φερθεί εξαιρετικά και έπρεπε να ανταποδώσει.
Αστειευόμενος μάλιστα δήλωσε: «Ακόμα και ο σκύλος μου, ο Κάντο, γάβγισε δύο φορές, οπότε η απόφαση είχε ληφθεί». Έθεσε όμως έναν απαράβατο όρο, θα παρέμενε μόνο μέχρι το καλοκαίρι του 2018.
Δεν ήθελε συμβόλαιο για την επόμενη σεζόν, ξεκαθαρίζοντας ότι στα 73 του χρόνια η επιστροφή του ήταν αποκλειστικά μια πράξη φιλίας. Πράγματι αυτή η τέταρτη παρουσία ξεκίνησε απο τις 9 Οκτωβρίου του 2017 και ολοκληρώθηκε στις 30 Ιουνίου του 2018 και σε 4 παιχνίδια είχε 32 νίκες, 4 ισοπαλίες και 5 ήττες.
Στις 19 Μαΐου 2018, αποχαιρέτησε οριστικά τους πάγκους, παρά τις έντονες πιέσεις του Ούλι Χένες κατά τη διάρκεια της χρονιάς για να μείνει ακόμα ένα έτος. Παρέμεινε πιστός στον λόγο του και αποχώρησε ως απόλυτος ήρωας, έχοντας σταθεροποιήσει τον σύλλογο και αποδεικνύοντας ότι, ακόμα και στα 73 του, η τακτική του οξύνοια και η διαχείριση των ανθρώπων παρέμεναν σε κορυφαίο παγκόσμιο επίπεδο.
Με τους Βαυαρούς θα κατακτήσει τέσσερα Πρωταθλήματα (1989,1990,2013,2018), 1 Κύπελλο το 2013, 3 Σούπερ Καπ Γερμανίας (1987,1990,2012) και το Champions League το 2013 στο "Γουέμπλει" στο Λονδίνο κόντρα στην Μπορούσια Ντόρτμουντ και συνολικά σε 353 παιχνίδια είχε 232 νίκες, 63 ισοπαλίες και 58 ήττες στα τέσσερα αυτά περάσματα.
Έγινε ο πρώτος προπονητής που οδήγησε γερμανική ομάδα στο να κατακτήσει το "τρέμπλ" και ένας απο τους εννέα που το έχουν πετύχει, ενώ είναι στην ίδια λίστα με τους Έρνστ Χάπελ, Ότμαρ Χίτσφελντ, Ζοσέ Μουρίνο, Κάρλο Αντσελότι, Πεπ Γκουαρντιόλα και Λουίς Ενρίκε που έχουν κατακτήσει το βαρύτιμο τρόπαιο με δύο διαφορετικές ομάδες
Το παράδοξο είναι ότι και τις δύο φορές που κατέκτησε στο Τσάμπιονς Λιγκ δεν συνέχισε την επόμενη σεζόν, Στην μεν Μαδρίτη του χρέωσαν την μη κατάκτηση του ισπανικού Πρωταθλήματος, στο δε Μόναχο οι διοικούντες είχαν ήδη συμφωνήσει με τον Πεπ Γκουαρντιόλα.
Επίσης είναι ο ρέκορντμαν συμμετοχών στην Μπουντεσλίγκα αφού είτε ως παίκτης είτε ως προπονητής έφτασε τα 1038 παιχνίδια ξεπερνώντας τον Ότο Ρεχάγκελ. Συνολικά σε 668 παιχνίδια ως προπονητής είχε 343 νίκες, 161 ισοπαλίες και 164 ήττες
