Είναι ένα απο τα μεγαλύτερα κλαμπ όχι μόνο στην Λατινική Αμερική αλλά και σε ολόκληρο τον κόσμο. Δεν είναι τυχαίο ότι μαζί με την Μίλαν και την Ρεάλ Μαδρίτης έχει κερδίσει 18 διεθνείς τίτλους αναγνωρισμένους απο την FIFA, έχει κερδίσει όλου τους τίτλους της CONMEBOL και σύμφωνα με την IFFHS(Διεθνής Ομοσπονδία Στατιστικής και Ποδοσφαίρου) είναι η κορυφαία ομάδα στην πρώτη δεκαετία του 21ου αιώνα.Καθόλου άσχημα για την Μπόκα Τζούνιορς την ομάδα των Ιταλών μεταναστών στο Μπουένος Άιρες.
Στις πρώτες δεκαετίες του 20ου αιώνα το κύμα φυγής των Ιταλών μεταναστών προς την Αργεντινή είχε ενταθεί ειδικότερα προς την πρωτεύουσα της χώρας και εγκαθίστανται στην γειτονιά La Boca του Μπουένος Άιρες.
Τον Απρίλιο του 1905 μια ομάδα Ιταλών που κατάγονταν απο την περιοχή της Γένοβα και αποτελούταν απο τους Εστεμπάν Μπαλιέτο, Αλφρέντο Σκαρπάτι, Σαντιάγκο Σάνα, τα αδέρφια Χουάν και Τεόντορο Φαρένγκα, Ατρούρο Πένει, Μαρτσελίνο Βεργκάρα, Λύις Σερέθο, Αντόλφο Τάγκιο, Τζιοβανέλι, Ντονάτο Αμπατάντζελο και Μπερτολίνι αποφασίζουν να προχωρήσουν στην ίδρυση ενός ποδοσφαιρικού συλλόγου.
Οι Μπαλιέτο Σάνα και Σκαρπάτι πήραν το ερέθισμα απο τον Ιρλανδό ποδοσφαιριστή αλά και μποξέρ Πάτρικ Μακ Κάρθι ο οποίος δίδασκε τα παιδιά των μεταναστών ποδοσφαιρική τεχνική ως μέλος της Δημοτικής Αθλητικής Επιτροπής του Μπουένος Άιρες.
Οι Μπαλιέτο Σάνα και Σκαρπάτι πήραν το ερέθισμα απο τον Ιρλανδό ποδοσφαιριστή αλά και μποξέρ Πάτρικ Μακ Κάρθι ο οποίος δίδασκε τα παιδιά των μεταναστών ποδοσφαιρική τεχνική ως μέλος της Δημοτικής Αθλητικής Επιτροπής του Μπουένος Άιρες.
Στην συνάντηση αυτή υπήρχαν και απρόοπτα αφού ο πατέρας του Μπαλιέτο τους έδιωξε απο το σπίτι και έτσι κατέφυγαν στην Plaza Solis εκεί όπου μπήκαν οι πρώτες βάσεις για την δημιουργία της Μπόκα Τζούνιορς.
Το πρώτο παιχνίδι του νεοσυσταθέντα συλλόγου δόθηκε στις 21 Απριλίου του 1905 με την πρώτη εμφάνιση να είναι άσπρη με μαύρες ρίγες και η Μπόκα κέρδισε με 4-0 την Club Marriano Moreno. Πολύ σύντομα άρχιζε να παίρνει μέρος σε τουρνουά και το 1907 έδωσε το πρώτο της διεθνές παιχνίδι κόντρα στην Ουνιβερσάλ του Μοντεβιδέο όπου και ηττήθηκε με 1-0.
Επειδή όμως τα χρώματα τα φορούσε και η Αλμάγκρο αποφασίστηκε να γίνει ένα παιχνίδι μεταξύ τους και ο νικητής θα κρατούσε την συγκεκριμένη εμφάνιση. Η Μπόκα έχασε με συνέπεια να αναζητήσει νέα χρώματα για την στολή της. Τότε ο Χουάν Μπριγκέτο πρώην πρόεδρος και εργάτης στο λιμάνι έριξε τη ιδέα, να υιοθετήσουν τα χρώματα της σημαίας του πρώτου καραβιού που θα εμφανιστεί το επόμενο πρωινό.
Το πρώτο καράβι που εμφανίστηκε είχε την σημαία της Σουηδίας οπότε αποφασίστηκε να υιοθετηθεί το μπλέ και το κίτρινο(χρυσό) της συγκεκριμένης σημαίας. Έτσι η πρώτη εμφάνιση ήταν η μπλε με μια χρυσή διαγώνια ζώνη που παρέμεινε μέχρι το 1913 όταν και στην συνέχεια η ζώνη αυτή να είναι οριζόντια που παραμένει μέχρι και στις ημέρες μας.
Η Μπόκα έκανε ντεμπούτο στις εγχώριες διοργανώσεις απο την δεύτερη κατηγορία την Segunda de Ascenso και κατάφερε να πετύχει τον προβιβασμό στην μεγάλη κατηγορία το 1913 όταν η Ομοσπονδία αύξησε τον αριθμό των ομάδων απο 6 σε 15.
Στις δύο πρώτες σεζόν τερμάτισε 5η και 3η αντίστοιχα, όμως το 1916 δεν τα πήγε καθόλου καλά τερματίζοντας στην 14 ανάμεσα στις 25 γνωρίζοντας και κάποιες βαριές ήττες απο την Ρασίνγκ και την Σαν Ισίντρο με 6-0 αντίστοιχα.
Στις δύο πρώτες σεζόν τερμάτισε 5η και 3η αντίστοιχα, όμως το 1916 δεν τα πήγε καθόλου καλά τερματίζοντας στην 14 ανάμεσα στις 25 γνωρίζοντας και κάποιες βαριές ήττες απο την Ρασίνγκ και την Σαν Ισίντρο με 6-0 αντίστοιχα.
Εκείνα τα χρόνια και πιο συγκεκριμένα το 1913 θα γίνει και η πρώτη συνάντηση των δύο γιγάντων του αργεντίνικου ποδοσφαίρου της Μπόκα Tζούνιορς και της Ρίβερ Πλειτ το superclassico, με την Ρίβερ να επικρατεί με 2-1.
Στην δεκαετία του '20 η Μπόκα έφτασε στην κατάκτηση των πρώτων της εγχώριων τίτλων, δύο συνεχόμενων Πρωταθλημάτων το 1919 και το 1920, το 1923 κόντρα στην Ουρακάν σε τέσσερα παιχνίδια, και το 1924 ενώ κατέκτησε και τρία Copa Ibarguren τo 1920, τo 1923 και το 1924.
Τεσοριέρε, Έλι, Καλομίνο, Μπιντόλιο, Τσερότι, Ταρασκόνι, Κορτέγια, Περτίνι, Ορτέγκα, Καρασίνο, Μιράντα, Μαρτίν, Πότσο, Μπούσο, Μούτις, Μεντίτσι, Λόπεζ, Γκαρασίνο ήταν μερικοί απο το έμψυχο δυναμικό της ομάδας εκείνα τα χρόνια.
Τεσοριέρε, Έλι, Καλομίνο, Μπιντόλιο, Τσερότι, Ταρασκόνι, Κορτέγια, Περτίνι, Ορτέγκα, Καρασίνο, Μιράντα, Μαρτίν, Πότσο, Μπούσο, Μούτις, Μεντίτσι, Λόπεζ, Γκαρασίνο ήταν μερικοί απο το έμψυχο δυναμικό της ομάδας εκείνα τα χρόνια.
Το 1925 πραγματοποίησε το πρώτο της ταξίδι εκτός Αργεντινής παίζοντας φιλικά σε Ισπανία, Γερμανία και Γαλλία έχοντας 15 νίκες σε 19 παιχνίδια. Με κεκτημένη ταχύτητα έφτασε το 1926 σε ένα ακόμα Πρωτάθλημα αήττητη ενώ κατέκτησε και το Copa Estimulo ολοκληρώνοντας με τον καλύτερο τρόπο έχοντας στην κατοχή της και δύο Copa de Competencia Jockey Club το 1919 και το 1925.
Ύστερα απο τέσσερα χρόνια χωρίς τίτλο με προπονητή τον Μάρο Φορτουνάτο απο το 1930 έως το 1936, το 1930 έφτασε στην κορυφή έχοντας προσθέσει τους Ρομπέρτο Τσέρο, Αντόνιο Αλμπερίνο και Αρίκο Σουάρεζ, όπως και την αμέσως επόμενη χρονιά το 1931 όταν και δημιουργήθηκε το επαγγελματικό Πρωτάθλημα, με τους Χουάν Εβαρίστο και Φρανσίσκο Βαράγιο να προστίθενται στο ήδη υπάρχον ρόστερ.
Η δεκαετία του '30 θα ολοκληρωθεί με δύο ακόμα Πρωταθλήματα το 1934 και το 1935 με βασικούς παίκτες τους Χουάν Ελάις Γιούστριτς, Ερνέστο Λατσάτι, Ντελφίν Μπενίτες Κάσερες κάνοντας το καλύτερο ποδαρικό στην επαγγελματική εποχή του συλλόγου
Η δεκαετία του '30 θα ολοκληρωθεί με δύο ακόμα Πρωταθλήματα το 1934 και το 1935 με βασικούς παίκτες τους Χουάν Ελάις Γιούστριτς, Ερνέστο Λατσάτι, Ντελφίν Μπενίτες Κάσερες κάνοντας το καλύτερο ποδαρικό στην επαγγελματική εποχή του συλλόγου
Στην δεκαετία του 1940 η Μπόκα κατέκτησε τρία Πρωταθλήματα το 1940 μια σημαδιακή χρονιά αφού τότε φτιάχτηκε το Estadio Boca Juniors η όπως είναι πιο γνωστό στους περισσότερους ως La Bombonera(κουτί σοκολάτας στα ισπανικά), το 1943 και το 1944 με προπονητή τον Αλφρέντο Γκαρασίνι, και δύο Copa Ibarguren το 1940 και το 1944.
Χουάν Αλμπέρτο Εστράδα, Λουίς Καρνίλια, Χάιμε Σαρλάνγκα, Μπερνάρντο Γκαντούγια, Κλαούντιο Βάκκα, Κάρλος Σόσα, Νατάλιο Πέσκια, Μάριο Μπόγιε, Πίο Κορκουέρα, Σεβερίνο Βαρέλα, αποτελούσαν το δυναμικό της ομάδας αυτά τα χρόνια, η οποία μάλιστα το 1949 λίγο έλειψε να υποβιβαστεί αλλά η νίκη επί της Λανούς την έσωσε παρότι τερμάτισε τελευταία.
Χουάν Αλμπέρτο Εστράδα, Λουίς Καρνίλια, Χάιμε Σαρλάνγκα, Μπερνάρντο Γκαντούγια, Κλαούντιο Βάκκα, Κάρλος Σόσα, Νατάλιο Πέσκια, Μάριο Μπόγιε, Πίο Κορκουέρα, Σεβερίνο Βαρέλα, αποτελούσαν το δυναμικό της ομάδας αυτά τα χρόνια, η οποία μάλιστα το 1949 λίγο έλειψε να υποβιβαστεί αλλά η νίκη επί της Λανούς την έσωσε παρότι τερμάτισε τελευταία.
Συνήθως μετά την ακμή έρχεται η παρακμή και η Μπόκα το βίωσε για τα καλά την δεκαετία αφού ύστερα απο εννιά χρόνια ξηρασίας επανήρθε στην κορυφή της Αργεντινής το 1954 με τον Χοσέ Μπορέγιο να πετυχαίνει 19 τέρματα τον Χούλιο Μεσιμέσι που είχε το παρατσούκλι ο "τραγουδιστής γκολκίπερ", τον Χουάν Φρανσίσκο Λομπάρντο, τον Ελισέο Μουρίνιο, τον Χουάν Κάρλος Κόλμαν και τον Φεντερικό Ρομπέρτο Έντουαρντς.
Την δεκαετία του 1960 η Μπόκα κατακτάει τέσσερα Πρωταθλήματα το 1962, το 1964, το 1965, το Nacional του 1969 και το Copa Argentina(τα δύο τελευταία με προπονητή τον Αλφρέντο Ντι Στέφανο), και με σημεία αναφοράς τους Αντόνιο Ρόμα, Αντόνιο Ρατίν, Σίλβιο Ματσορλίνι, Ερνέστο Γκρίγιο, Ορλάντο, Πάουλο Βαλεντίμ, Αλμίρ, Αλμπέρτο Μαρίο Γκονζάλεζ, Νορμπέρτο Μενέντεζ, Καρμέλο Σιμεόνε, Χοσέ Μαρία Σίλβερο και Άνχελ Κλεμέντε Ρόχας.
Ακολούθησε το Nacional του 1970 με προπονητή τον Χοσέ Μαρία Σίλβερο, και το 1976 είναι η χρονιά-ορόσημο αφού θα έρθει στο "Μπομπονέρα" ο Χουάν Κάρλος Λορένθο. Στα τρία χρόνια που θα παραμείνει στον σύλλογο θα κατακτήσει δύο Πρωταθλήματα το Metropolitano και το Nacional του 1976, αλλά το κυριότερο θα έρθουν και οι πρώτοι τίτλοι εκτός Αργεντινής.
Τερματίζοντας ως πρώτη τόσο στην πρώτη φάση, όσο και στην φάση των ημιτελικών στους ομίλους του Copa Libertadores το 1977, η Μπόκα έφτασε στον τελικό απέναντι στην Κρουζέιρο την οποία νίκησε με 1-0 χάρις στο τέρμα του Καρλος Βέλιο, ηττήθηκε στο Μπέλο Οριζόντε με 1-0, και στον τρίτο αγώνα μετά το 0-0, στην διαδικασία των πέναλντι με 5-4 και τον Ούγκο Γκάτι να αποκρούει το τελευταίο πέναλντι του Βαντερλέι πανηγύρισε το πρώτο της τρόπαιο.
Λίγους μήνες αργότερα κατακτούσε και το Διηπειρωτικό Κύπελλο απέναντι στην Μπορούσια Μενχενγκλάντμπαχ με το πρώτο παιχνίδι να λήγει στο 2-2 με τους Ερνέστο Μαστράντζελο και Χόρχε Ριμπόλτσι να είναι οι σκόρερ και στην Καρλσρούη με το εντυπωσιακό 0-3(Ντάριο Φέλμαν, Μαστράντζελο και Κάρλος Οράσιο Σαλίνας) να κατακτούν το Διηπειρωτικό.
Το 1978 αφού στην φάση των ομίλων στα ημιτελικά αφήνουν πίσω τους την "αιώνια" αντίπαλο Ρίβερ Πλέιτ στον τελικό αντιμετωπίζουν την Ντεπροτίβο Κάλι με την οποία έρχονται ισόπαλοι 0-0 στο Κάλι και στην ρεβάνς με δύο γκολ του Ούγκο Περότι, και απο ένα των Μαστράντζελο και Σαλίνας επικρατούν με 4-0 και φτάνουν στο δεύτερο Copa Libertadores της ιστορίας τους. Βιθέντε Πέρνια, Πέδρο Σα, Ρομπέρτο Μούτσο, Αλμπέρτο Ταραντίνι, Μάριο Ζανάμπρια, Ρούμπεν Σούνε, Χόρχε Μπενίτες, Χοσέ Μαρία Σουάρες να αποτελούν την βάση της ομάδας εκείνης.
Το 1979 έφτασε σε ένα τρίτο συνεχόμενο τελικό του Copa Libertadores όμως στον τελικό η Ολίμπια Ασουνσιόν κατέκτησε το τρόπαιο επικρατώντας στο πρώτο παιχνίδι στην πρωτεύουσα της Παραγουάης με 2-0, και αποσπώντας στο Μπουένος Άιρες "λευκή" ισοπαλία.
Την δεκαετία του 1980 η Μπόκα Τζούνιορς πανηγύρισε την κατάκτηση μόλις ενός Πρωταθλήματος το Metropolitano του 1981 με τους "χεινέσες" να παρατάσσονται έχοντας στη συνθεσή τους παίκτες όπως οι Μιγκέλ Άνχελ Μπρίντιζι, Οσβάλδο Εσκουδέρο, Μαρσέλο Τρομπιάνι, Όσκαρ Ρουτζέρι, Κάρλος Έκτορ Κόρντομπα και Άριελ Κρασούσκι, μα πάνω απο όλους το φαινόμενο Ντιέγκο Μαραντόνα, με προπονητή την παλιά δόξα της ομάδας τον Σίλβιο Ματσορλίνι.
Την δεκαετία του 1980 η Μπόκα Τζούνιορς πανηγύρισε την κατάκτηση μόλις ενός Πρωταθλήματος το Metropolitano του 1981 με τους "χεινέσες" να παρατάσσονται έχοντας στη συνθεσή τους παίκτες όπως οι Μιγκέλ Άνχελ Μπρίντιζι, Οσβάλδο Εσκουδέρο, Μαρσέλο Τρομπιάνι, Όσκαρ Ρουτζέρι, Κάρλος Έκτορ Κόρντομπα και Άριελ Κρασούσκι, μα πάνω απο όλους το φαινόμενο Ντιέγκο Μαραντόνα, με προπονητή την παλιά δόξα της ομάδας τον Σίλβιο Ματσορλίνι.
Εκείνο το πρωτάθλημα του 1981 αποδείχτηκε μια απλή αναλαμπή αφού αντιμετώπιζε οικονομικά προβλήματα και παρά την πώληση του Μαραντόνα στη Μπαρτσελόνα το 1982, δύο χρόνια αργότερα το 1984 έφτασε κοντά στην χρεωκοπία, τερματίζοντας μάλιστα στην 16η θέση σε σύνολο 19 ομάδων.
Η εκλογή του Αντόνιο Αλέγκρε στον προεδρικό θώκο της ομάδας το 1985 έδωσε το φιλί της ζωής στο σύλλογο αφού επί προεδρίας του τακτοποίησε περίπου 153 αγωγές που είχαν κατατεθεί κατά της Μπόκα υποθηκεύοντας περιουσιακά στοιχεία των επιχειρήσεών του ύψους 250 εκατομμυρίων δολαρίων, δανείζοντας της παράλληλα το ποσό των 800.000 δολαρίων, ενώ πούλησε το οικόπεδο στο οποίο βρισκόταν για 21 εκατομμύρια δολάρια.
Η εκλογή του Αντόνιο Αλέγκρε στον προεδρικό θώκο της ομάδας το 1985 έδωσε το φιλί της ζωής στο σύλλογο αφού επί προεδρίας του τακτοποίησε περίπου 153 αγωγές που είχαν κατατεθεί κατά της Μπόκα υποθηκεύοντας περιουσιακά στοιχεία των επιχειρήσεών του ύψους 250 εκατομμυρίων δολαρίων, δανείζοντας της παράλληλα το ποσό των 800.000 δολαρίων, ενώ πούλησε το οικόπεδο στο οποίο βρισκόταν για 21 εκατομμύρια δολάρια.
Ο Αλέγκρε κατάφερε να πετύχει την οικονομική εξυγίανση και το 1986 προχώρησε στην μετονομασία του γηπέδου αποτίοντας φόρο τιμής στον Καμίλο Σίσερο μιας και υπό την ηγεσία του ξεκίνησαν οι εργασίες του γηπέδου της Μπόκα. Λίγα χρόνια αργότερα το 2000 ο τότε πρόεδρος της Μπόκα Μαουρίτσιο Μάκρι θα αλλάξει την ονομασία σε Estadio Alberto J. Armando.
Η ομάδα άρχιζε σιγά-σιγά να βρίσκει τα πατήματα της, κατέκτησε με προπονητή τον Κάρλος Αιμάρ το Recopa Sudamericana του 1990 κόντρα στην Ατλέτικο Νασιονάλ, το Supercopa Sudamericana του 1989 κόντρα στην Ιντεπεντιέντε, και το 1992 ύστερα απο 11 χρόνια υπό την καθοδήγηση του Όσκαρ Ταμπάρες και με παίκτες τους Αλφρέντο Γκρατσιάνι, Κάρλος Τάπια, Ντιέγκο Λατόρε, Χοσέ Λουίς Βιγιαρεάλ, Κάρλος Ναβάρο Μοντόγια, Μπλάς Τζιούντα και Βίκτορ Ούγκο Μαρκεσίνο κατακτούσε το Apertura.
Ένα δεύτερο σημείο αναφοράς για την ιστορία της Μπόκα ήταν το 1998 όταν την ομάδα ανέλαβε ο Κάρλος Μπιάνκι ο οποίος κατάφερε μέχρι το 2001 όταν και έφυγε να κατακτήσει 9 τίτλους. Το Apertura του 1998, το Clausura του 1999(παρέμεινε αήττητη για 40 παιχνίδια σπάζοντας το ρεκόρ που κατείχε η Ρασίνγκ Κλάμπ), και το Copa Libertadores του 2000.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην πρώτη θέση του ομίλου μπροστά απο Πενιαρόλ, Μπλούμινγκ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στους "16" απέκλεισε την Έλ Νασιονάλ, στους "8" την Ρίβερ Πλέιτ και στα ημιτελικά την Αμέρικα. Στον τελικό απέναντι στην Παλμέιρας η κούπα κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι αφού τα δύο ματς ήρθαν ισόπαλα 2-2 και 0-0
Ακολούθησε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Ρεάλ Μαδρίτης με 3-1, το Apertura του 2000, και το Copa Libertadores του 2001 όπου στην πρώτη φάση πήρε την πρόκριση ως πρώτη απο τον ομιλό της με Κομπρελόα, Ντεπορτίβο Κάλι και Οριέντε Πετρολέρο. Ακολούθησαν οι αποκλεισμοί των Τζούνιορ, Βάσκο Ντα Γκάμα, Παλμέιρας και ο τελικός κόντρα στην Κρους Ασούλ κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1 υπέρ της Μπόκα αφού και τα δύο ματς έληξαν με 1-0.
Ο πολύπειρος τεχνικός στηρίχθηκε στον αρχισκόρερ Μάρτιν Παλέρμο, το "μυαλό" των "χεινέσες" Χουάν Ρομάν Ρικέλμε, τον Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, τον Ρομπέρτο Αμποταντσιέρι, τον Γκιγέρμο Μπάρος Σκελότο, τους Κολομβιανούς Χόρχε Μπερμούδες, Μαουρίτσιο Σέρνα και Όσκαρ Κόρντομπα, τους Ούγκο Ιμπάρα, Σεμπαστιάν Μπατάλια και Νικόλας Μπουρδίσο.
Το 2002 ο Μπιάνκι ήρθε σε ρήξη με τον Μαουρίτσιο Μάκρι και αποχώρησε απο τον σύλλογο με τον Όσκαρ Ταμπάρες να τον διαδέχεται, αλλά σύντομα επανήρθε στον πάγκο και συνέχισε την συγκομιδή των τίτλων με το Apertura του 2003, και το Copa Libertadores το τρίτο μέσα σε τέσσερα χρόνια.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, και στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε την Παισαντού, την Κομπρελόα και την Αμέρικα αντίστοιχα και στον τελικό με δύο νίκες κόντρα στην Σάντος με 2-0 και 3-1 πήρε το τρόπαιο.
Στην συνέχεια ήρθε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Μίλαν στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1, ενσωματώνοντας και νέους παίκτες όπως ο Κάρλος Τέβες, ο Μαρτσέλο Ντελγκάδο, ο Ρολάντο Σκιάβι, ο Κλεμέντε Ροντρίγκες και ο Ντιέγκο Κάνια.
Το 2004 έφτασε σε ένα ακόμα τελικό αλλά ηττήθηκε απο την κολομβιανή Όνσε Κάλδας, ο Μπιάνκι παραιτήθηκε και στην συνέχεια ανέλαβαν οι Μιγκέλ Άνχελ Μπρίντιζι και Χόρχε Μπενίτες με τον τελευταίο να την οδηγεί στο πρώτο Copa Sudamericana αποκλείοντας κατα σειρά Σαν Λορέντσο, Τσέρο Πορτένιο, Ιντερνασιονάλ, στον τελικό απέναντι στην βολιβιανή Μπολιβάρ ηττήθηκε με 1-0 στον πρώτο αγώνα, αλλά στον δεύτερο αγώνα με 2-0 ανέτρεψε το αποτέλεσμα και πήρε το τρόπαιο.
Ακολούθησε και δεύτερο Copa Sudamericana το 2005 αποκλείοντας Τσέρο Πορτένιο, Ιντερνασιονάλ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στον τελικό απέναντι στην μεξικάνικη Πούμας με τα δύο ματς να λήγουν ισόπαλα με 1-1 και στην διαδικασία των πέναλντι με 4-3 πήρε το τρόπαιο.
Ο απολογισμός συνεχίστηκε με δύο Recopa Sudamericana το 2005 και το 2006 κόντρα σε Όνσε Καλδας και Σάο Πάολο, για να ολοκληρωθεί εντός των συνόρων με το Apertura του 2005 και το Clausura του 2006, με τον Άλφιο Μπασίλε στον πάγκο και τους Φαμπιάν Βάργκας, Φερνάντο Γκάγκο, Κλαούντιο Μορέλ και Ροντρίγκο Παλάσιο να προστίθενται στο υπάρχον υλικό.
Το 2007 η Μπόκα κατέκτησε το 6ο Copa Libertadores της ιστορίας της με τον Μιγκέλ Άνχελ Ρούσο στον πάγκο της και τον Ρικέλμε να επιστρέφει. Στην πρώτη φάση τερμάτισε πίσω απο την Τολούκα, και στην συνέχεια απέκλεισε τις Βελέζ Σάρσφιλντ, Λιμπερτάδ, Ντεπορτίβο Κουκουτά, και στους τελικούς με δύο νίκες κόντρα στην Γκρέμιο με 3-0 και 2-0 σήκωσε το βαρύτιμο τρόπαιο.
Στο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στην Ιαπωνία στον ημιτελικό νίκησε με 1-0 την τυνησιακή Ετουάλ Ντι Σαχέλ, και στον τελικό η Μίλαν πήρε το τρόπαιο με 4-2. Το 2008 κατέκτησε το Recopa Sudamericana κόντρα στην Άρσεναλ Σαραντί όπως και το Apertura του 2008 με τον Κάρλος Ίσκια στον πάγκο της.
Οι συνεχόμενες αλλαγές προπονητών αλλά και οι πωλήσεις παικτών ειδικά στην Ευρώπη, και με τον Χούλιο Φαλτσιόνο οδήγησε την Μπόκα στους τελευταίους της τίτλους το Apertura του 2011 και το Κύπελλο Αργεντινής το 2012 κόντρα στην Ρασίγκ Κλάμπ, ενώ έφτασε σε ένα ακόμα τελικό Copa Libertadores όπου και ηττήθηκε απο την Κορίνθιανς, με τον Ρικέλμε να αποφασίζει να αποχωρήσει εκ νέου απο τον σύλλογο.
Το 2013 Κάρλος Μπιάνκι και Χουάν Ρομάν Ρικέλμε επιστρέφουν, ο Μπιάνκι για τρίτη φορά όμως τα πράγματα δεν κύλησαν όπως τις προηγούμενες φορές αφού δεν κατάφεραν να οδηγήσουν την Μπόκα στις επιτυχίες. Τον Ιούλιο του 2014 ο Ρικέλμε θα μετακομίσει στην Αρχεντίνος Τζούνιορς, και τον Ιανουάριο του 2015 θα ανακοινώσει την αποχώρησή του απο την ενεργό δράση
Τον Αύγουστο του 2014, ο Μπιάνκι θα παραιτηθεί με τον παλιό παίκτη του συλλόγου Ροδόλφο Αρουαμπαρένα να αναλαμβάνει την τεχνική της ηγεσία. Το καλοκαίρι του 2015 ο Κάρλος Τέβες μετά το πέρασμά του απο Αγγλία και Ιταλία θα επιστρέψει στο "Μπομπονέρα" και θα βοηθήσει τα μέγιστα ούτως ώστε η Μπόκα μία αγωνιστική πριν την ολοκλήρωση του Πρωταθλήματος με την νίκη της επι της Τίγκρε και την ήττα ης Ροσάριο Σεντράλ να στεφθεί Πρωταθλήτρια ύστερα απο τέσσερα χρόνια και να κατακτήσει το Κύπελλο κόντρα στην Ροζάριο Σεντράλ.
Μεγάλος πρωταγωνιστής για την ομάδα του Αρουαμπαρένα ήταν ο Τζόναθαν Καλέρι που ήταν ο πρώτος σκόρερ της ομάδας με 10 γκόλ, έχοντας δώσει και 5 ασίστ, απο κοντά και ο Ουρουγουανός επιτελικός μέσος Νικόλας Λοδέιρο. Αγκουστίν Οριόν στο τέρμα, Τζίνο Περούτσι, Ντάνιελ Κάτα Ντίας, Λουτσιάνο Μονζόν, Φερνάντο Τόμπιο, τον Χιλιανό Χοσέ Πέδρο Φουενζαλίδα και Νικόλας Κολάσο στην άμυνα.
Πάμπλο Πέρες, Κρίστιαν Ερμπες, Φερνάνδο Γκάγο, Μαρτσέλο Μέλι και Λοδέιρο στο κέντρο, με τους Καλέρι και Τέβες στην επίθεση ήταν οι βασικές επιλογές του γνωστού μας και απο την θητεία του στην Ελλάδα με την φανέλα της ΑΕΚ Αρουαμπαρένα.
Η ομάδα άρχιζε σιγά-σιγά να βρίσκει τα πατήματα της, κατέκτησε με προπονητή τον Κάρλος Αιμάρ το Recopa Sudamericana του 1990 κόντρα στην Ατλέτικο Νασιονάλ, το Supercopa Sudamericana του 1989 κόντρα στην Ιντεπεντιέντε, και το 1992 ύστερα απο 11 χρόνια υπό την καθοδήγηση του Όσκαρ Ταμπάρες και με παίκτες τους Αλφρέντο Γκρατσιάνι, Κάρλος Τάπια, Ντιέγκο Λατόρε, Χοσέ Λουίς Βιγιαρεάλ, Κάρλος Ναβάρο Μοντόγια, Μπλάς Τζιούντα και Βίκτορ Ούγκο Μαρκεσίνο κατακτούσε το Apertura.
Ένα δεύτερο σημείο αναφοράς για την ιστορία της Μπόκα ήταν το 1998 όταν την ομάδα ανέλαβε ο Κάρλος Μπιάνκι ο οποίος κατάφερε μέχρι το 2001 όταν και έφυγε να κατακτήσει 9 τίτλους. Το Apertura του 1998, το Clausura του 1999(παρέμεινε αήττητη για 40 παιχνίδια σπάζοντας το ρεκόρ που κατείχε η Ρασίνγκ Κλάμπ), και το Copa Libertadores του 2000.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην πρώτη θέση του ομίλου μπροστά απο Πενιαρόλ, Μπλούμινγκ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στους "16" απέκλεισε την Έλ Νασιονάλ, στους "8" την Ρίβερ Πλέιτ και στα ημιτελικά την Αμέρικα. Στον τελικό απέναντι στην Παλμέιρας η κούπα κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι αφού τα δύο ματς ήρθαν ισόπαλα 2-2 και 0-0
Ακολούθησε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Ρεάλ Μαδρίτης με 3-1, το Apertura του 2000, και το Copa Libertadores του 2001 όπου στην πρώτη φάση πήρε την πρόκριση ως πρώτη απο τον ομιλό της με Κομπρελόα, Ντεπορτίβο Κάλι και Οριέντε Πετρολέρο. Ακολούθησαν οι αποκλεισμοί των Τζούνιορ, Βάσκο Ντα Γκάμα, Παλμέιρας και ο τελικός κόντρα στην Κρους Ασούλ κρίθηκε στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1 υπέρ της Μπόκα αφού και τα δύο ματς έληξαν με 1-0.
Ο πολύπειρος τεχνικός στηρίχθηκε στον αρχισκόρερ Μάρτιν Παλέρμο, το "μυαλό" των "χεινέσες" Χουάν Ρομάν Ρικέλμε, τον Ροδόλφο Αρουαμπαρένα, τον Ρομπέρτο Αμποταντσιέρι, τον Γκιγέρμο Μπάρος Σκελότο, τους Κολομβιανούς Χόρχε Μπερμούδες, Μαουρίτσιο Σέρνα και Όσκαρ Κόρντομπα, τους Ούγκο Ιμπάρα, Σεμπαστιάν Μπατάλια και Νικόλας Μπουρδίσο.
Το 2002 ο Μπιάνκι ήρθε σε ρήξη με τον Μαουρίτσιο Μάκρι και αποχώρησε απο τον σύλλογο με τον Όσκαρ Ταμπάρες να τον διαδέχεται, αλλά σύντομα επανήρθε στον πάγκο και συνέχισε την συγκομιδή των τίτλων με το Apertura του 2003, και το Copa Libertadores το τρίτο μέσα σε τέσσερα χρόνια.
Στην πρώτη φάση τερμάτισε στην δεύτερη θέση πίσω απο την Ιντεπεντιέντε Μεντεγίν, και στις νοκ-άουτ φάσεις απέκλεισε την Παισαντού, την Κομπρελόα και την Αμέρικα αντίστοιχα και στον τελικό με δύο νίκες κόντρα στην Σάντος με 2-0 και 3-1 πήρε το τρόπαιο.
Στην συνέχεια ήρθε το Διηπειρωτικό Κύπελλο κόντρα στην Μίλαν στην διαδικασία των πέναλντι με 3-1, ενσωματώνοντας και νέους παίκτες όπως ο Κάρλος Τέβες, ο Μαρτσέλο Ντελγκάδο, ο Ρολάντο Σκιάβι, ο Κλεμέντε Ροντρίγκες και ο Ντιέγκο Κάνια.
Το 2004 έφτασε σε ένα ακόμα τελικό αλλά ηττήθηκε απο την κολομβιανή Όνσε Κάλδας, ο Μπιάνκι παραιτήθηκε και στην συνέχεια ανέλαβαν οι Μιγκέλ Άνχελ Μπρίντιζι και Χόρχε Μπενίτες με τον τελευταίο να την οδηγεί στο πρώτο Copa Sudamericana αποκλείοντας κατα σειρά Σαν Λορέντσο, Τσέρο Πορτένιο, Ιντερνασιονάλ, στον τελικό απέναντι στην βολιβιανή Μπολιβάρ ηττήθηκε με 1-0 στον πρώτο αγώνα, αλλά στον δεύτερο αγώνα με 2-0 ανέτρεψε το αποτέλεσμα και πήρε το τρόπαιο.
Ακολούθησε και δεύτερο Copa Sudamericana το 2005 αποκλείοντας Τσέρο Πορτένιο, Ιντερνασιονάλ και Ουνιβερσιδάδ Κατόλικα, στον τελικό απέναντι στην μεξικάνικη Πούμας με τα δύο ματς να λήγουν ισόπαλα με 1-1 και στην διαδικασία των πέναλντι με 4-3 πήρε το τρόπαιο.
Ο απολογισμός συνεχίστηκε με δύο Recopa Sudamericana το 2005 και το 2006 κόντρα σε Όνσε Καλδας και Σάο Πάολο, για να ολοκληρωθεί εντός των συνόρων με το Apertura του 2005 και το Clausura του 2006, με τον Άλφιο Μπασίλε στον πάγκο και τους Φαμπιάν Βάργκας, Φερνάντο Γκάγκο, Κλαούντιο Μορέλ και Ροντρίγκο Παλάσιο να προστίθενται στο υπάρχον υλικό.
Το 2007 η Μπόκα κατέκτησε το 6ο Copa Libertadores της ιστορίας της με τον Μιγκέλ Άνχελ Ρούσο στον πάγκο της και τον Ρικέλμε να επιστρέφει. Στην πρώτη φάση τερμάτισε πίσω απο την Τολούκα, και στην συνέχεια απέκλεισε τις Βελέζ Σάρσφιλντ, Λιμπερτάδ, Ντεπορτίβο Κουκουτά, και στους τελικούς με δύο νίκες κόντρα στην Γκρέμιο με 3-0 και 2-0 σήκωσε το βαρύτιμο τρόπαιο.
Στο Παγκόσμιο Κύπελλο Συλλόγων στην Ιαπωνία στον ημιτελικό νίκησε με 1-0 την τυνησιακή Ετουάλ Ντι Σαχέλ, και στον τελικό η Μίλαν πήρε το τρόπαιο με 4-2. Το 2008 κατέκτησε το Recopa Sudamericana κόντρα στην Άρσεναλ Σαραντί όπως και το Apertura του 2008 με τον Κάρλος Ίσκια στον πάγκο της.
Οι συνεχόμενες αλλαγές προπονητών αλλά και οι πωλήσεις παικτών ειδικά στην Ευρώπη, και με τον Χούλιο Φαλτσιόνο οδήγησε την Μπόκα στους τελευταίους της τίτλους το Apertura του 2011 και το Κύπελλο Αργεντινής το 2012 κόντρα στην Ρασίγκ Κλάμπ, ενώ έφτασε σε ένα ακόμα τελικό Copa Libertadores όπου και ηττήθηκε απο την Κορίνθιανς, με τον Ρικέλμε να αποφασίζει να αποχωρήσει εκ νέου απο τον σύλλογο.
Το 2013 Κάρλος Μπιάνκι και Χουάν Ρομάν Ρικέλμε επιστρέφουν, ο Μπιάνκι για τρίτη φορά όμως τα πράγματα δεν κύλησαν όπως τις προηγούμενες φορές αφού δεν κατάφεραν να οδηγήσουν την Μπόκα στις επιτυχίες. Τον Ιούλιο του 2014 ο Ρικέλμε θα μετακομίσει στην Αρχεντίνος Τζούνιορς, και τον Ιανουάριο του 2015 θα ανακοινώσει την αποχώρησή του απο την ενεργό δράση
Τον Αύγουστο του 2014, ο Μπιάνκι θα παραιτηθεί με τον παλιό παίκτη του συλλόγου Ροδόλφο Αρουαμπαρένα να αναλαμβάνει την τεχνική της ηγεσία. Το καλοκαίρι του 2015 ο Κάρλος Τέβες μετά το πέρασμά του απο Αγγλία και Ιταλία θα επιστρέψει στο "Μπομπονέρα" και θα βοηθήσει τα μέγιστα ούτως ώστε η Μπόκα μία αγωνιστική πριν την ολοκλήρωση του Πρωταθλήματος με την νίκη της επι της Τίγκρε και την ήττα ης Ροσάριο Σεντράλ να στεφθεί Πρωταθλήτρια ύστερα απο τέσσερα χρόνια και να κατακτήσει το Κύπελλο κόντρα στην Ροζάριο Σεντράλ.
Μεγάλος πρωταγωνιστής για την ομάδα του Αρουαμπαρένα ήταν ο Τζόναθαν Καλέρι που ήταν ο πρώτος σκόρερ της ομάδας με 10 γκόλ, έχοντας δώσει και 5 ασίστ, απο κοντά και ο Ουρουγουανός επιτελικός μέσος Νικόλας Λοδέιρο. Αγκουστίν Οριόν στο τέρμα, Τζίνο Περούτσι, Ντάνιελ Κάτα Ντίας, Λουτσιάνο Μονζόν, Φερνάντο Τόμπιο, τον Χιλιανό Χοσέ Πέδρο Φουενζαλίδα και Νικόλας Κολάσο στην άμυνα.
Πάμπλο Πέρες, Κρίστιαν Ερμπες, Φερνάνδο Γκάγο, Μαρτσέλο Μέλι και Λοδέιρο στο κέντρο, με τους Καλέρι και Τέβες στην επίθεση ήταν οι βασικές επιλογές του γνωστού μας και απο την θητεία του στην Ελλάδα με την φανέλα της ΑΕΚ Αρουαμπαρένα.
