Όταν στις 15 Ιουνίου του 2013 η Ιντεπεντιέντε γνώριζε την εντός έδρας ήττα από την Σαν Λορέντσο στο "Εστάντιο Λιμπερταδόρες ντε Αμέρικα" βίωνε για πρώτη φορά στην ιστορία της τον υποβιβασμό στην Primera B αφού στην συνολική βαθμολογία της τριετίας καταλάμβανε την 19η και προτελευταία θέση. Δεν είναι και λίγο πράγμα να υποβιβάζεται η ομάδα με τις περισσότερες κατακτήσεις Κόπα Λιμπερταδόρες και μία εκ των "πέντε μεγάλων" του αργεντίνικου ποδοσφαίρου.
Η κατάσταση ήταν έκρυθμη, με αποκορύφωμα λίγες ημέρες μετά όταν κατά την διάρκεια της γενικής συνέλευσης εξαγριωμένοι οπαδοί της ομάδας από την Αβελανέδα επιτέθηκαν στον πρόεδρο της ομάδας Χαβιέ Καντέρο πετώντας μπουκάλια ακόμα και καρέκλες, αναγκάζοντας την αστυνομία να τον φυγαδεύσει. Άν και ο ίδιος δήλωνε ότι δεν θα παραιτούνταν από τον προεδρικό θώκο εν τέλει ύστερα από πιέσεις τον Απρίλιο του 2014 αποχώρησε και στην θέση του ανέλαβε προσωρινά o δεύτερος αντιπρόεδρος Κλαούντιο Κεμπλάιτις
Με τον Ομάρ Ντε Φελίπε στην τεχνική ηγεσία, πέρασε από σαράντα κύματα κατα την διάρκεια της σεζόν. Μάλιστα παρότι είχε την τύχη στα χέρια της για να πάρει την απευθείας άνοδο, την τελευταία αγωνιστική "αυτοκτόνησε"αφού έφερε ισοπαλία με την Πατρονάτο δίνοντας έτσι την ευκαιρία στην Ουρακάν η οποία επικρατούσε εκτός έδρας με 1-0 της Αλμιράντε, να την πιάσει στην τρίτη θέση και τα πάντα να κριθούν σε αγώνα μπαράζ.
Στις 11 Ιουνίου του 2014 στην Λα Πλάτα "ρόχο" και "γκλόμπο"θα έδιναν τον αγώνα που θα έκρινε την άνοδο στην μεγάλη κατηγορία. Χάρις στα γκολ των Μάρτιν Ζαπάτα και Φραντσίσκο Πιτσίνι η Ιντεπεντιέντε επικράτησε της Ουρακάν με 2-0 και έπαιρνε το πολυπόθητο εισιτήριο ανόδου για την μεγάλη κατηγορία ύστερα από απουσία μόλις ενός έτους.
Με την άνοδο στην μεγάλη κατηγορία είχαμε αλλαγές τόσο σε διοικητικό όσο και σε τεχνικό επίπεδο με τον 70χρονο συνδικαλιστή Ούγκο Μογιάνο να αναλαμβάνει την προεδρία ενώ και ο Ντε Φελίπε αποχώρησε για να τον διαδεχθεί ο 43χρονος Χόρχε Αλμιρόν. Παρότι δεν είχε πολύ χρόνο στην διάθεσή του αφού μετά από δύο μήνες ξεκίνησε το Τορνέο Τρανζισιόν έχει καταφέρει μετά από εφτά αγωνιστικές να βρίσκεται στην τρίτη θέση του βαθμολογικού πίνακα ισοβαθμώντας με την Νιούελς Όλντ Μπόις πραγματοποιώντας το καλύτερο της ξεκίνημα ύστερα από 12 χρόνια.
