Πρόκειται για την λαοφιλέστερη ομάδα της Βραζιλίας μάλιστα σε έρευνα που είχε δημοσιευθεί το 2010 39,1 εκατομμύρια την υποστηρίζουν.Επίσης η ΦΙΦΑ την είχε ανακηρύξει ως την ένατη κορυφαία ομάδα του 20ου αιώνα.Και όμως ο σκοπός ίδρυσης της Φλαμένγκο δεν ήταν το ποδόσφαιρο αλλά η κωπηλασία.
Στις 17 Νοεμβρίου του 1895(αν και ο ίδιος ο σύλλογος θεωρεί ως ημερομηνία ίδρυσης τις 15 Νοεμβρίου) μια παρέα φίλων συγκεντρώθηκαν στο Cafe Lamas στην περιοχή Φλαμένγκο του Ρίο Ντε Τζανέιρο για να δημιουργήσουν ένα κωπηλατικό σύλλογο. Λίγο αργότερα το 1898 υιοθέτησαν και τα σημερινά της χρώματα το κόκκινο και το μαύρο ενώ η ημερομηνία-ορόσημο όσον αφορά το ποδόσφαιρο είναι η 8η Νοεμβρίου του 1911.
Μία ομάδα ποδοσφαιριστών ήρθαν σε ρήξη με το Διοικητικό Συμβούλιο της Φλουμινένσε και αποφάσισαν να φύγουν από τους "τρικολόρ" και να ενταχθούν στην Φλαμένγκο μιας και ο Αλμπέρτο Μπόργκετ ήταν ήδη κωπηλάτης της. Παρότι υπήρξαν αντιδράσεις για την δημιουργία τμήματος ποδοσφαίρου αυτές τελικά κάμφθηκαν και στις 24 Δεκεμβρίου του ίδιου έτους ανακοινώνεται και επίσημα η δημιουργία του.
Το νέο άθλημα αρχίζει σιγά-σιγά να αποκτά δυναμική κατακτώντας τίτλους στο πρωτάθλημα "καριόκα" εντάσσοντας στο δυναμικό της παίκτες όπως οι Ζιζίνιο,Ντομίνγκος Ντα Γκουία αλλά και ο Λεονίντας Ντα Σίλβα το επονομαζόμενο και "μαύρο διαμάντι". Ο Λεονίντας που είχε αναδειχθεί πρώτος σκόρερ στο Μουντιάλ της Γαλλίας το 1938 από το 1936 εώς το 1942 που παρέμεινε στους "μενγκάο" πέτυχε 153 γκολ καταλαμβάνοντας την έβδομη θέση στην λίστα των τοπ-σκόρερ όλων των εποχών.
Οι επιτυχίες συνεχίζουν να έρχονται κυρίως σε τοπικό επίπεδο παίκτες σημαντικοί φοράνε την φανέλα της όπως οι Ντίντα, Πάολο Σέζαρ,Ζέρσον,Ροντινέλι, Οράσιο Ντοβάλ, Εβαρίστο Ντε Μασέδο και Ρέγιες. Της έλειπε όμως κάτι που θα της έδινε την δυνατότητα να γίνει ευρύτερα γνωστή όχι μόνο στην χώρα της αλλά και σε ολόκληρο τον κόσμο.
Αυτό το κάτι της το έδωσε ο Αρτούρ Αντούνιες Κοίμπρα η όπως είναι γνωστός σε όλο τον κόσμο Ζίκο που αγωνίστηκε με την φανέλα της "φλά" σε δύο περιόδους. Από το 1971 έως το 1983 και από το 1985 έως το 1989 έχοντας 731 συμμετοχές που του δίνει την δεύτερη θέση στον πίνακα πίσω μόνο από τον Τζούνιορ ο οποίος έχει 857, και 508 γκολ όντας ο πρώτος σκόρερ όλων των εποχών.
Ζίκο και Τζούνιορ αποτέλεσαν σημαντικά γρανάζια στην τετραετία 1979-1983 όταν συνεπικουρούμενοι από τους Αντίλιο,Αντράντε,ΚαρπετζιάνιΤίτα,Ραούλ,Λεάντρο,Μαρίνο,Μόζερ
Κλαούντιο Αντάο και Νούνιες κατέκτησαν τρία πρωταθλήματα Βραζιλίας(1980,1982,1983), το Κόπα Λιμπερταδόρες το 1981 απέναντι στην χιλιανή Κομπρελόα και ως επιστέγασμα το Διηπειρωτικό Κύπελλο απέναντι στην Λίβερπουλ με νίκη 3-0.
Το 1987 με την επιστροφή του Ζίκο απο την Ιταλία κατέκτησε το Copa Uniao μια διοργάνωση που δεν διοργανώθηκε από την βραζιλιάνικη ομοσπονδία αλλά από τις 13 κορυφαίες ομάδες της χώρας. Στον τελικό επικράτησε της Ιντερνασιονάλ και είχε στην σύνθεσή της παίκτες όπως οι Λεονάρντο Μπεμπέτο,Ζίνιο και Ρενάτο Γκαούτσο. Το 1990 πρόσθεσε στην τροπαιοθήκη της το πρώτο Κύπελλο Βραζιλίας επικρατώντας σε διπλούς τελικούς της Γκοίας και το 1992 πανηγύρισε το τέταρτο πρωτάθλημα στην ιστορία της.
Τα οικονομικά προβλήματα άρχισαν να κάνουν την εμφάνισή τους και σε μια προσπάθεια να αλλάξει το βαρύ κλίμα ο πρόεδρος του συλλόγου Κλέμπερ Λέιτε κατά την διάρκεια του εορτασμού των 100 ετών ανακοινώνει την υπογραφή του Ρομάριο που την βοήθησε να κατακτήσει το πρωτάθλημα της πολιτείας το 1996. Τρία χρόνια αργότερα το 1999 κατέκτησε το Κόπα Μερκοσούρ όταν και επικράτησε σε διπλούς τελικούς της Παλμέιρας.
Η πτώχευση του βασικού χορηγού της ομάδας ISL το 2002 έφερε σημαντικές ανακατατάξεις αφού πλέον δεν μπορούσε να προσελκύσει σημαντικούς ποδοσφαιριστές, αν και έφτασε σε δύο τελικούς κυπέλλου Βραζιλίας το 2003 και το 2004 τους έχασε αμφότερους απο Κρουζέιρο και Σαιντ Άντριους, ενώ το 2005 έφτασε πολύ κοντά στον υποβιβασμό τον οποίον τον απέφυγε μόλις τις τελευταίες αγωνιστικές.
Το 2006 ήρθε το δεύτερο κύπελλο της ιστορίας της επικρατώντας στους διπλούς τελικούς της Βάσκο Ντα Γκάμα, ενώ το 2009 ύστερα από μια εκπληκτική πορεία στον δεύτερο γύρο κατάφερε να κατακτήσει το πρωτάθλημα. Στην συνέχεια παρότι ήρθαν σημαντικοί παίκτες όπως οι Αντριάνο,Βάγκνερ Λόβ,Τιάγκο Νέβες,Ροναλντίνιο και Ντάριο Μποτινέλι πήρε το 2011 το πρωτάθλημα της πολιτείας όμως δεν κατάφερε να πετύχει κάτι σημαντικό τόσο στο Brasileirao αλλά και στο Κόπα Σουνταμερικάνα.
Το αντίθετο μάλιστα αφού το 2012 για δεύτερη φορά μέσα σε λίγα χρόνια φλέρταρε με τον υποβιβασμό στην SERIE B, τερματίζοντας τελικά στην 11η θέση. Λίγες ημέρες πριν ευτύχησε να φτάσει στην κατάκτηση του τρίτου κύπελλου Βραζιλίας στην ιστορία της απέναντι στην Ατλέτικο Παραναένσε εξασφαλίζοντας παράλληλα και την συμμετοχή της στο ερχόμενο Κόπα Λιμπερταδόρες.
